5000bp！单分子测序读长再次升级
PacBio RS单分子测序在发布时就以其超长的读长引起研究者的极大兴趣。在不到一年的时间里，随着年初C2试剂的升级，Pacbio RS的平均读长达到了3000bp，并迅速在测序的各个领域，特别是De novo中发挥了巨大的读长优势。Pacific Biosciences公司在11月6日正式发布新的超长测序试剂：XL系列。该试剂将主要针对De novo应用，平均读长将达到5000bp，其中5%的读长将超过13000bp，最长超过20000bp。美国冷泉港实验室前期试用于水稻基因组的组装，得到9倍覆盖率的长片段读序中50%在4800bp以上，大大提高了其通过NGS mate-pair拼接的程度。相信随着该新试剂的正式全面投入使用，将会对现有基因组的完善带来更大的突破。 对于研究者所关心的一些问题，我们也联系了Pacific Biosciences公司的技术支持，并一一做了解答。 问：XL试剂有哪些更......阅读全文
Science：鉴定出保持细菌基因组完整性的关键分子ppGpp
在一项新的研究中，来自美国纽约大学朗格尼医学中心和俄罗斯科学院的研究人员发现一种关键的生物化学分子ppGpp能够让细菌修复它们DNA上的致命性损伤，包括抗生素导致的DNA损伤。相关研究结果发表在2016年5月20日那期Science期刊上，论文标题为“ppGpp couples transcri
Science：缺乏母爱竟会改变基因组－影响大脑神经元
今日，《科学》杂志上刊发了一项重量级研究：来自Salk研究所的团队发现，缺乏母爱的小鼠其基因组会出现明显改变，且这种改变集中在影响情感和记忆的海马体中。这一发现支持了“童年环境会影响人类大脑发育”的观点。什么？出生后的动物还会出现基因组的明显改变？Salk研究所的过渡所长，该研究的通讯作者Rusty
谢晓亮教授Science报道新型单细胞基因组线性扩增法
谢晓亮教授在4月14日的Science上发表文章报道了实验室的最新研究：一种新型的单细胞基因组线性扩增的方法——转座插入（LIANTI,Linear Amplification with Transposon Insertion）。LIANTI法在检测拷贝数目变异和单核苷酸变异上的准确度都优于以
Science：科学家挖掘冠状病毒基因组，寻找源头线索
中国科学家正在研究从广东捕捉到的蝙蝠，图源ECOHEALTH ALLIANCE 2020年1月31日，世界顶级期刊Science发布了一篇有关此次新冠病毒的最新科学报道，该报道指出，科学家们正在不断努力挖掘新冠病毒的基因组，通过对病毒基因组的探究，从而试图了解2019-nCoV的起源以及其是否与蝙
Science：重大突破！揭示piRNA建立安全系统保护基因组机制
数以千计的具有不同核苷酸序列的短RNA分子起着安全卫士的作用，能够识别和沉默侵入基因组的企图，比如病毒或被称为转座子的寄生元件插入到宿主基因组中的DNA。 这些不同的小RNA分子，被称为与Piwi蛋白相互作用的RNA（Piwi-interacting RNA, piRNA），是由各种动物（如从
Science封面6连发：人类最完整的基因组测序完成！
全世界科学家近40年的努力，今天终于圆满了！Science连发6篇封面文章，宣布人类完整基因组测序计划正式完成。 据路透社、Science等报道，这项成果填补了前人几十年努力后仍然存在的空白，为全球 79 亿人中寻找有关致病突变和遗传变异的线索提供了新的希望。 算起来，距离人类最早讨论基因组
Science封面6连发：人类最完整的基因组测序完成！
全世界科学家近40年的努力，今天终于圆满了！Science连发6篇封面文章，宣布人类完整基因组测序计划正式完成。 据路透社、Science等报道，这项成果填补了前人几十年努力后仍然存在的空白，为全球 79 亿人中寻找有关致病突变和遗传变异的线索提供了新的希望。 算起来，距离人类最早讨论基因组
国内三代测序技术瞄准遗传病诊断
在过去的2016年，第三代测序获得了完美突破，首次登上了太空，首次完成人类基因组测序，首次确定了二代测序未能检测到的致病性大片段缺失突变，最终确诊了一种罕见遗传病......第三代测序也被Science纳入2016年十大科学突破之一。 第三代测序技术避免了第二代测序读长短的缺点，在临床上具有无
Science子刊比较第二代CART与第三代CART的差别
过去十年间，免疫疗法这种新型癌症疗法取得了长足的进步，这种疗法激活了患者自身的免疫系统靶向癌细胞。其中一种称为嵌合抗原受体（CAR）T细胞疗法的免疫疗法在某些癌症中表现出明显的活性，两种CAR-T疗法：Kymriah®和Yescarta®已获得美国FDA批准，用于治疗急性淋巴细胞白血病和B细胞淋
Science：人黏连蛋白通过DNA环挤压折叠基因组机制被揭示
为了将大约两米长的人DNA携带的遗传信息包装到细胞核中，人细胞所要完成的工作相当于将80公里长的线放入一个足球大小的球体中。早在1882年，德国生物学家Walther Flemming便通过显微镜进行了观察，发现了有关这种包装是如何实现的线索。他当时观察到位于卵细胞细胞核内的DNA环，这让他想起
Science：发布首个全分辨率的人类基因组遗传图谱
在一项新的研究中，来自冰岛基因解码公司（deCODE genetics）、冰岛大学和雷克雅未克大学的研究人员发布了首个使用全基因组序列数据开发出来的全分辨率人类基因组遗传图谱。 该图谱提供了迄今为止关于人类进化的两个关键驱动因素之间的位置、速率和关联性的最详细观察：重组（recombinati
Science：重大突破！构建出有史以来生命所需最小基因组
为了避免生物学概念上混乱，生物谷小编先梳理一下相关概念。支原体是一种类似细菌但不具有细胞壁的原核微生物，能在无生命的人工培养基上生长繁殖，也是目前发现的最小的最简单的原核生物。它不属于狭义的细菌，即一类形状细短，结构简单，多以二分裂方式进行繁殖的原核生物。它是一类与细菌（狭义）、放线菌、蓝细菌、
Science：癌症基因组中的突变“热点”不一定会推动癌症
Science一篇文章描述了DNA单链如何以所谓的"发夹"结构折叠起来，对许多癌症中表达的基因编辑酶的突变高度敏感。但是，这些突变"热点"中的许多发生在与癌症完全无关的基因中，包括基因组的许多非编码区域。图片来源：Science MGH癌症中心的Dr.Michael Lawrence说："一个
肠道菌群－|－Science专刊：决定你健康状况的第二基因组
肠道菌群与人体健康密切相关，二者之间的关系是目前研究的热点。随着研究者的不断深入，我们发现，对人体微生物的了解还远远不够，它们能帮助我们做什么，以及我们如何改变它们？ 4月29日，美国《科学》杂志以“Microbiota at work”为主题发了一期专刊，从不同的方面介绍了人体微生物与健康的
Science：全基因组遗传筛选揭示了人类色素沉着的决定因素
斯坦福大学Joanna Wysocka团队在Science 在线发表题为“A genome-wide genetic screen uncovers determinants of human pigmentation”的研究论文，该研究利用黑色素的光散射特性对黑色素形成的调节因子进行了全基因组
Science里程碑成果：谱写真菌基因组百科全书
由包括美国能源部联合基因组研究所(DOE JGI)在内的20多家机构的研究人员组成的一个国际研究小组近日完成了对数十种真菌(fungi)完整基因组比较的综合性研究，从而谱写出了真菌基因组百科全书第一章。相关论文发布在最新一期(6月29日)的《科学》(Science)杂志上。 研究数据表
七篇《Science》公布：迄今为止最全面的大脑基因组分析
最新研究显示，科学家们通过迄今为止对人类大脑进行的最全面的基因组分析，揭示了大脑发育过程中所经历的变化，出现的个体差异，以及自闭症谱系障碍和精神分裂症等神经精神疾病的根源。 这项庞大的研究完成了近2000个大脑的分析，解析了大脑发育和功能的复杂机制，由多个机构完成，相关成果公布在12月14日S
Science公布三个低成本完整人类基因组测序结果
来自Complete Genomics公司，华盛顿大学，哈佛医学院等处的研究人员在11月6日《科学》(Science)杂志上发表论文，描述其ZLDNA测序平台，并公布了对三个完整人类基因组序列分析的结果，文章还报道了不同样本的测序成本，包括了从$8,005(87x coverage)到$1,72
Cell,Nature,Science三大顶级杂志发表功能基因组研究成果
由华盛顿大学领导的一个研究小组在新研究中确定了控制机体内不同的基因何时、何处及如何开启和关闭的百万DNA“开关”的位置。基因只占人类基因组的2%，且易于识别，然而控制这些基因的on/off开关却被加密保存在余下的98%的基因组中。 然而，当前的技术只允许这样的蛋白一次研究一个。它们也缺
七篇《Science》公布神经科学重要成果：最全面的大脑基因组
最新研究显示，科学家们通过迄今为止对人类大脑进行的最全面的基因组分析，揭示了大脑发育过程中所经历的变化，出现的个体差异，以及自闭症谱系障碍和精神分裂症等神经精神疾病的根源。 这项庞大的研究完成了近2000个大脑的分析，解析了大脑发育和功能的复杂机制，由多个机构完成，相关成果公布在12月14日S
第三代基因测序仪
基因测序仪（即DNA测序仪），是一台能自动灌胶、自动进样、自动数据收集分析等全自动电脑控制的测定基因片段的高档精密仪器。2009年12月3日，中科院北京基因组所与浪潮成立“中科院北京基因组研究所—浪潮基因组科学联合实验室”将研发国产第三代基因测序仪。该基因测序仪几十分钟就可完成一个人的完整基因组测序
第三代DNA测序技术
测序技术在近两三年中又有新的里程碑。以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies纳米孔单分子测序技术，被称之为第三代测序技术。与前两代相比，他们最大的特点就是单分子测序，测序过程无需进行PCR扩增。其中PacBio SMRT技术其实也应用了边合成边测序的思想
第三代多肽合成仪
第三代多肽合成仪诞生在上世纪九十年代 代表产品是美国Applied Biosystems公司的ABI 433 peptide synthesizer 与C S Bio公司的CS336无死角多肽合成仪。ABI433的设计原理是反应器上方相对固定，而下方作圆周360度快速旋转，带动反应器里的固液两
第三代基因测序技术
问题一：第三代测序技术的第三代测序技术原理 第三代测序技术原理主要分为两大技术阵营：第一大阵营是单分子荧光测序，代表性的技术为美国螺旋生物(Helicos)的SMS技术和美国太平洋生物(Pacific Bioscience)的SMRT技术。脱氧核苷酸用荧光标记，显微镜可以实时记录荧光的强度变化。当荧
Science：有比CRISPRCas更安全的技术吗？基于retroelement的基因组编辑工具
在一篇展望文章中，Stephen Tang和Samuel Sternberg讨论了基于retroelement的基因编辑作为CRISPR-Cas方法的一种更安全的替代方法。 精确的基因组编辑技术改变了现代生物学。可编程DNA靶向的能力已经迅速提高，这主要是由于细菌RNA引导的CRISPR-Ca
Science：15万数据汇总！科学家绘制出人类基因组新图谱
众所周知，世界上没有两个完全相同的有机体，每个人都是独一无二的，而造成人类DNA多样性的机制有两种：基因重组和新突变，或新的非遗传基因变异。随着利用全基因组序列数据开发的新基因图谱，安进基因研究子公司deCODE Genetics的科学家们发现了这两个过程的模式，为未来的医学研究提供了新的见解
Science：一种发现人类基因组中结构变异的新方法
自从20多年前首次对人类基因组进行测序以来，对人类基因组的研究几乎完全依赖于单一的参考基因组，并与其他基因组进行比较，以确定遗传变异。科学家们早就认识到，单一参考基因组不能代表人类的多样性，而且使用它给这些研究带来普遍的偏差。如今，在一项新的研究中，来自美国加州大学圣克鲁兹分校和田纳西大学等研究
《Science》VS《Science》：造假or结论不可靠？
Byrareddy等人报道 [Science 354,197（2016）]，在抗逆转录病毒疗法（ART）治疗期间和之后用抗整联蛋白α4β7的抗体治疗猿猴免疫缺陷病毒（SIV）阳性猕猴，之后在停止ART治疗后，可以持续的进行病毒学控制。 然而，这一次有3篇Science 背靠背发表，表明α4β7
第三代基因测序仪诞生
近日，由南方科技大学贺建奎团队自主研发的第三代基因测序仪在深圳诞生，目前已完成小批量样机生产，待量产后每个人有望拥有个人专属的“基因身份证”。 该基因测序仪已通过国际科学界评审，并在深圳市食品药品监督管理局备案，用于高通量测序并获取样本序列信息。贺建奎说，第三代基因测序仪能直接读取最原始的DN
第三代基因测序仪意义
具有国际先进水平的国产第三代基因测序仪的研制，将使中国在该领域建立先发优势，在未来的国际竞争中占据有利位置。这不仅将填补中国在基因测序基础装备领域的空白、提升装备自主化水平，同时也将使国内生命科学研究机构能获得低成本、高效率的测序工具，更有效地开发和利用中国丰富的基因资源，加速中国基因战略的发展。也