原始数据管理体系（GSAFamily）研发取得进展
8月14日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心（CNCB-NGDC）在Genomics，Proteomics & Bioinformatics上，在线发表研究论文The Genome Sequence Archive Family: Toward Explosive Data Growth and Diverse Data Types。GSA数据库体系接受全世界科研工作者的数据提交，汇交和管理各类型的数据，并对所有公开可用数据提供免费开放访问，支撑生命科学研究。 组学原始数据归档库（GSA）是生命组学原始测序数据管理的公益性数据库，旨在推动全球生命组学数据的共享与应用。近年来，随着组学数据的爆炸性增长和数据类型的多样化，以及人类遗传资源数据管理的特殊需求，CNCB-NGDC对GSA数据库进行了更新和扩展，形成了GSA数据库体系，包括GSA、GSA-Human和OMIX。 GSA数......阅读全文
基因组新数据或改写人类进化史
新的人类进化模型表明，人类起源于非洲大陆的多个祖先种群。5月17日发表在《自然》杂志上的一项新研究对主流理论提出了挑战，认为智人是从非洲多个不同的种群进化而来的，在经历了长期的基因混合后，最早可检测到的分裂发生在12万至13.5万年前。 在检测非洲当前种群的遗传物质，并将其与那里早期智人种群的现有
15000年前“农民”全基因组数据出炉
英国《自然·通讯》杂志近日发表的一项遗传学报告中，德国科学家公布了生活在15000年前的安纳托利亚“农民”的首个全基因组数据。该研究结果有助于认识欧亚大陆的农业起源。图片来源于网络 农业在公元前10000年至9000年左右起源于亚洲西南部的新月沃土（Fertile Crescent），随后传
加拿大个人基因组计划公布首批数据
加拿大个人基因组计划（PGP-Canada）于2012年启动，欲建立一个在线的加拿大人基因组数据库，供全世界的研究人员使用。近日，该计划公布了首批测序数据。根据《加拿大环球邮报》（the Globe and Mail）的报道，研究人员发现了许多意想不到的结果。 这个计划测序了首批56名参与者的
科学家搭建草莓基因组数据库
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/3/454861.shtm 草莓为蔷薇科草莓属，因芳香多汁、营养丰富受到喜爱，在全国各地均可种植。栽培草莓为异源多倍体，基因组复杂，杂合度高。 2019年，《自然—遗传学》发表了利用三代测序数据组装的高
家犬基因组联盟发表dog10K计划白皮书
2016年，来自世界各地的20多位科学家成立家犬基因组联盟，全面深度探讨家犬起源与驯化、人工选择、疾病机制、医学模型等重大科学问题。自成立后，科研工作积极有序进行，近期研究联盟在国际刊物National Science Review上发表dog10K计划白皮书。 研究联盟指出，家犬是行为和表型
种质资源库科学贮藏荔枝种子
广东作为我国荔枝适栽地域最广、种质资源最丰富、优良品种最多的省份，为了打造最具竞争力的优势产业，广东将建造世界最大的荔枝种质资源库。这些资源可提供给科研、教学及育种单位研究利用。 种质资源库是通过低温低湿原理将荔枝种子科学地加以贮藏，种质库在接纳到种子后，需对种子进行清选、生活力检测、
种子资源库的“秘密”是什么？
现代人形象的把种质资源库称作是野生物种的“银行”，主要是因为它的功能和银行的功能类似，都是用于存储的机构，只不过种质资源库储藏的是野生物种这些种质资源，而银行存储的是钱而已。不过通过种子资源库的保护，可以收集和保存各类种植资源，维护地球生物的多样性。 很难想象有一天，地球上的主粮只剩下
种质资源库怎么去制冷除湿？
种质资源库的制冷除湿，应着眼于创造一个稳定而有规则的可控环境，同时能节约能源和充分发挥设备效能。其中对于种质资源库内各室又有不同的要求：1、贮藏室。贮藏室空气调节系统国内外近年来基本采用制冷除湿设备，送入贮藏室的低温、干燥空气应分布均匀，不能形成涡流。因此，常采用上部送风、下部回风的方式。在机房内或
种质资源库的类型及特点
植物种质资源库是 指以植物种质资源为保护对象的保存设施。至1996年, 全世界已建成了1 300余座植物种质资源库, 在我国也已建成30多座作物种质资源库。种质入库保存类型也从单一种子形式, 发展到营养器官、细胞和组织, 甚至是DNA 片段等多种形式。保护的物种也从有性繁殖植物, 扩展到无性繁殖植物
首个中国地区古人全基因组数据被测序
近日，《当代生物学》发表了首次针对中国地区古人类的全基因组研究成果。该项目由中国科学院古脊椎动物与古人类研究所和德国马普进化人类研究所等团队合作完成，研究分析了距今4万年前出土于北京房山田园洞的一具男性个体基因组，发现东亚早期人群组成十分复杂。 虽然欧洲和西伯利亚地区都有古人类样本基因组被测序
基因组数据显示现代人类进化细节
据物理学家组织网报道，发表在5日出版的《公共科学图书馆·生物学》杂志上的研究论文显示，对英美两国21万人基因组数据分析发现，在长寿人群中，较少发生与阿尔茨海默症和重度吸烟相关的遗传变异，这表明自然选择一直在“努力”消除这些不利种群的变异。 进一步研究发现，与心脏病、高胆固醇、肥胖和哮喘相关的遗
基因组育种大数据计算新工具“天权”发布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494792.shtm近日，国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表了华中农业大学动物遗传育种团队开发的基因组育种大数据计算新工具HIBLUP，中文名为“天权”。相关论文
首次公布！河南仰韶村遗址古人基因组数据发表
近日，河南省文物考古研究院、厦门大学等单位在国际学术期刊《科学通报》发表研究成果。研究发现，仰韶村遗址仰韶文化与龙山文化相关人群之间具有高度的遗传连续性，并对中华民族的形成有着重要的遗传贡献。 河南省文物考古研究院和厦门大学的研究人员取样提取和测序了仰韶村遗址的古人DNA，并于论文《古代基因组
北京基因组所开发系列特色科学数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心（BIG Data Center，BIGD）有七篇数据库文章在国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表，并将于该刊2019年1月出版的数据库专刊中集中刊发。包括表观组关联分析知识库EWAS Atlas
基因组育种大数据计算新工具“天权”发布
近日，国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表了华中农业大学动物遗传育种团队开发的基因组育种大数据计算新工具HIBLUP，中文名为“天权”。相关论文被期刊评为“突破性进展”论文。 该研究系统分析了已有遗传评估算法特点，针对现有算法在处理快速增长的基因组育种大
迄今最详细人类基因组分析数据出炉
迄今最详细的人类基因组分析数据出炉。图片提供：ENCODE计划 一项大型国际计划显示，与青少年在学校掌握的知识相比，人类基因组—— 一个人的遗传信息总和——包含有更多的蛋白质编码基因。当研究人员决定在上世纪90年代晚期对人类基因组进行测序时，他们专注于寻找那些用来确定全部生
分析和比较各种基因组数据的多面手
Partek®是一家致力于开发与整合用于生命科学研究数据分析软件的公司。该公司的系列软件包括――Partek® Flow™, Partek® Genomics Suite™, and Partek® Pathway™――可以提供基因组数据分析的整体解决方案，也是唯一一家可以提供
阿里联合生物技术公司打造基因组数据云
本报讯 近日，北京贝瑞和康生物技术有限公司与阿里云共同向外界宣布，双方将共同打造以海量的中国人群基因组数据为核心的数据云，实现对个人基因组数据的精准解读。此次，双方共同合作的“神州基因组数据云项目”将首先聚焦于基因组大数据在云平台上的批量计算、分析、存储，进而在基因大数据领域共同进行前沿探索。
北京基因组所开发系列特色科学数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心（BIG Data Center，BIGD）有七篇数据库文章在国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志在线发表，并将于该刊2019年1月出版的数据库专刊中集中刊发。包括表观组关联分析知识库EWAS Atlas
Secure－Federated－GWAS：打破数据壁垒，开启基因组研究新篇
在生命科学的广袤领域中，基因组关联研究（Genome-Wide Association Studies，GWAS）宛如一座灯塔，照亮了探索遗传变异与健康、疾病关系的道路。想象一下，若能整合全球各机构的基因数据进行研究，那将为攻克疑难病症、揭示生命奥秘带来多大的助力！然而，现实却如同一堵高墙，横亘在理
北京基因组所实现对大样本全基因组数据的群体遗传学分析
计算基因组学旨在发展理论和方法学，对基因组数据进行数据挖掘、提取信息。其中对遗传多态性，如基因频谱、单倍型结构等进行建模，利用群体基因组水平的遗传变异数据来推断群体的历史和变迁是群体遗传学的核心内容。传统的群体遗传学分析方法通常基于小样本数据，所推断的多为相对古老的历史事件，例如，被广泛应用的L
我国建成全球第四个综合基因组权威数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心团队题为“The BIG Data Center： from deposition to integration to translation”（北京基因组研究所生命与健康大数据中心：从存储到整合、再到转化）的研究论文被国际学术期刊《核酸研究》
－亚太地区唯一“突变小鼠胚胎干细胞库”落户苏大
近日，由英国剑桥大学威康信托桑格研究所赠送的41万株突变小鼠胚胎干细胞，越过重洋，成功落户苏州大学剑桥—苏大基因组资源中心，该中心由此成为亚太地区仅有的一个突变小鼠胚胎干细胞资源库。 突变小鼠胚胎干细胞是由桑格研究所领导的欧美联盟共同研发，全球仅有4份，其中3份分别在英国、德国和美国，最后1份
美大规模评估癌症病人临床和基因组数据
英国《自然·遗传学》杂志1月15日在线发表的一项大型研究称，美国癌症中心展开了大规模癌症晚期患者临床数据和基因组数据评估，结果显示癌细胞的突变水平与患者接受检查点抑制剂治疗后的存活率相关。该研究意味着这一现象普遍存在于众多类型的癌症中，或有助于预测哪些患者将对这种免疫疗法应答良好。 人们一直致
北京基因组所生命组学数据资源建设获进展
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心团队题为The BIG Data Center: from deposition to integration to translation 的研究论文被国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表。该研究成
人类基因组DNA甲基化数据分析
近期来自电子科技大学，清华大学等处的研究人员从CpG岛等基本定义出发，阐述了高通量DNA甲基化的检测技术以及针对芯片技术与下一代测序技术的低水平数据处理方法，并重点对比了基于机器学习理论对CpG位点及CpG岛甲基化水平的预测算法，以及所利用的特征对预测效果的影响与发展趋势。 DNA甲基化是表观
武汉科研团队破译并公布莲基因组数据库
近日，武汉市园林科学研究院和中科院武汉植物园携手研发出破译荷花遗传密码的莲基因组数据库。日前，该数据库在国际知名学术期刊公布，供各国荷花研究人员免费共享。 据介绍，水生植物莲是地球上最早出现的开花植物之一。研究发现，早在约1.4亿年前蕨类植物和恐龙称霸地球的时代，在北半球许多水域已有莲的分布。
“万岁婴儿”基因组数据讲述人类迁徙秘辛
英国《自然》杂志3日报告了一项基因组学最新研究成果：一名约生活在11500年前阿拉斯加的人类婴儿基因组序列被测定。这同时也是迄今首个直接基因组证据，证明所有美洲原住民祖先都可追溯至晚更新世一次单一迁徙事件中的同一个源种群。 虽然一般认为，人类最先于更新世（地质时代第四纪的早期）通过白令大陆桥进
科学家获取首个中国地区古人基因组数据
记者从中国科学院古脊椎动物与古人类研究所获悉，由该所研究员付巧妹、高星、同号文及博士后Melinda Yang领衔的古人类研究团队，与德国马普进化人类研究所等团队合作，于前不久获取了第一个中国地区古人的基因组数据。这也是截至目前东亚地区最为古老的人类基因组数据。 10月12日，这项成果以“4万
基因组多样性和祖源信息数据库
11月3日，中国科学院上海生命科学研究院（人口健康领域）计算生物学研究所徐书华课题组的研究成果，以PGG.Population: a database for understanding genomic diversity and genetic ancestry of human popul