Nature，Science两大顶级杂志聚焦单细胞测序
去年Nature Methods盘点值得期待的技术中，就有单细胞测序，今年Science盘点更是将这一技术列为2013科研热点的榜首。近期两个研究组分别在Science，Nature Methods杂志上公布了单细胞测序技术的最新进展，分别介绍了这种“Solitary Sequencing”的两种最新技术。 首先来自加拿大英属哥伦比亚大学等处的研究人员研发出了一种称为Strand-seq的新型测序方法，这种单细胞测序新方法能分别对单细胞的双亲DNA模板链进行测序，获得高分辨率的姊妹染色体交换图谱。 在细胞分裂过程中，当双螺旋解旋后，两条染色体上的遗传信息偶然会出现交换，如果这样的交换水平不断提高，也就是DNA损伤和癌症的一个标志，那么传统的基因组测序方法就无法检测出来。 利用Strand-seq方法，研究人员可以完成单链DNA测序，并发现了首个基因组压力和不稳定性的痕迹。这种方法能来捕捉DNA一条链......阅读全文
单细胞分离仪在单细胞测序领域有着很大的帮助
单细胞分离仪可以实现从微孔芯片转移单细胞到细胞收集管中。单细胞转移分离系统集单细胞成像，单细胞隔离，单细胞选择功能于一体，自动聚焦成像。 转移单细胞到微管，PCR微孔板或其它反应微管中，在隔离单细胞后，它可以对选定收集的细胞进行扫描并成像，采用倒置荧光显微镜，配备自动扫描显微镜载物台，自
Nature－methods发布单细胞测序新技术
来自瑞典Ludwig癌症研究所及Karolinska研究所的研究人员，在最新一期(9月22日)的《自然方法》(Nature Methods)杂志上报告了一项获得重大改良的新技术，可以利用它来分析单细胞中的基因表达——这一性能与从基础研究到未来癌症诊断的一切事物均存在关联。 资深作者Ri
《细胞》：单细胞测序助力基因重组图谱
来自斯坦福大学医学院等处的研究人员发表了题为“Genome-wide Single-Cell Analysis of Recombination Activity and De Novo Mutation Rates in Human Sperm”的文章，首次公布了来自一个成人男子91个
Science：单细胞分析？并行测序技术可以
近日，一项发表于国际杂志Science上的研究论文中，来自美国的研究者描述了一种新型的大规模并行技术，通过利用新一代测序技术来在单细胞水平上实现对基因表达的监测；研究者表示，单细胞分析对于理解人类造血系统的必要性及重要性不断凸显，如果没有这种分析的话，来自少许细胞的大量表达改变就和来自许多细胞的
单细胞测序基准数据集的概念
单细胞测序基准数据集是一组经过精心挑选和整理、具有高质量和代表性的单细胞测序数据集合。这些基准数据集通常具有以下特点和作用：特点：高质量：数据经过严格的质量控制和处理，具有低噪声、高准确性和完整性。多样性：涵盖多种细胞类型、组织、疾病状态、实验条件等，以全面反映单细胞测序的各种情况。详细标注：对细胞
时空分辨单细胞测序技术的原理
时空分辨单细胞测序技术的原理通常包括以下几个关键步骤：单细胞分离和捕获利用微流控技术、激光捕获切割或荧光激活细胞分选等方法，从组织样本中分离并捕获单个细胞，同时尽量保持细胞的完整性和生物活性。空间定位标记通过特定的标记方法，如给组织切片进行区域划分、使用特定的条码标记或成像技术，记录每个细胞在原始组
时空分辨单细胞测序技术的优势
时空分辨单细胞测序技术具有以下显著优势：全面解析细胞微环境能够清晰地揭示细胞与其周围微环境的相互作用，包括细胞外基质、血管、神经以及其他细胞类型，从而更深入地理解细胞的功能和行为。精准追踪细胞发育和分化路径可以精确地确定细胞在发育和分化过程中的时空顺序，揭示细胞状态转变的关键时间点和空间位置，有助于
Nature新技术：CRISPR+单细胞测序=？
CRISPR-Cas9“基因剪刀”的基因组编辑技术是生物研究和新型靶向药物研发的有力工具。比如利用CRISPR筛选基因（pooled CRISPR screens），可以通过CRISPR gRNAs靶向成百上千个不同的基因，同时编辑许多细胞，然后实验筛选编辑细胞，gRNA可以帮助确定哪些基因对于生物
单细胞测序技术的原理和步骤
单细胞测序技术是一种在单个细胞水平上对核酸（如 DNA、RNA）进行测序和分析的强大工具。这项技术的主要步骤通常包括：单细胞分离：通过各种方法（如流式细胞术、微流控技术等）从组织或细胞群体中分离出单个细胞。核酸提取和扩增：从单个细胞中提取核酸，并进行扩增以获得足够的量用于后续测序。文库构建：将扩增后
单细胞测序基准数据集如何选择？
选择单细胞测序基准数据集时，可以考虑以下几个关键因素： 1. 研究目的和问题 - 明确您的具体研究目标，例如是关注特定细胞类型的分类、细胞发育轨迹分析还是差异表达基因检测等，选择与研究问题相关的数据集。 2. 细胞类型和组织 - 确保数据集包含您感兴趣的细胞类型和组织来源。如果您
单细胞测序技术的应用场景
单细胞测序技术是一种在单个细胞水平上对基因组、转录组、表观基因组等进行高通量测序分析的技术。以下是其一些主要的应用场景：发育生物学描绘胚胎发育过程中细胞的分化轨迹和命运决定。揭示器官形成过程中不同细胞类型的特化和相互作用。肿瘤研究解析肿瘤细胞的异质性，包括不同的亚型、突变状态和药物反应。追踪肿瘤的进
单细胞测序技术的技术优势
单细胞测序技术具有许多优势：揭示细胞异质性：能够发现不同细胞之间基因表达和遗传变异的差异。研究细胞发育和分化：追踪细胞在发育过程中的动态变化和谱系关系。解析复杂组织：剖析组织中各种细胞类型的组成和功能。助力疾病研究：在肿瘤学中，有助于了解肿瘤细胞的进化、异质性和耐药机制。
单细胞测序技术的缺点有哪些？
单细胞测序技术存在以下一些缺点： 1. 成本较高：包括实验设备、试剂和数据分析等方面的费用相对较高，限制了其在大规模研究中的广泛应用。 2. 技术难度：实验操作流程较为复杂，对操作人员的技术要求较高，容易出现操作失误导致数据质量下降。 3. 数据量大且复杂：产生的数据量巨大，数据分析和处理具有
《自然—方法学》年度方法：单细胞测序
2014年1月《自然—方法学》(Nature Methods)上发表年度特别报道，将“单细胞测序”(Singled out for sequencing)的应用列为2013年度最重要的方法学进展。 近几年来，基于单细胞测序技术的科学研究取得了突飞猛进的发展，其成果有望为一些重
单细胞测序技术的发展趋势
单细胞测序技术的发展呈现出以下几个主要趋势：更高的分辨率和准确性不断提高检测的灵敏度和特异性，能够更精确地检测低丰度的转录本和稀有细胞类型。减少技术噪音和误差，提供更准确的基因表达定量。多组学整合整合基因组、转录组、表观基因组、蛋白质组等多组学信息，全面揭示细胞的状态和功能。实现同时对多个层面的分子
北大生科院PNAS发布单细胞测序新技术
来自北京大学生命科学学院等处的研究人员发表了题为“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的文章，开发出了一种新型微流控单细胞全转录测序新方法，这种方法有效地消除转录组高度动态特性所带来的测量差异，提高单细胞全转录组分析的准
北大生科院PNAS发布单细胞测序新技术
来自北京大学生命科学学院等处的研究人员发表了题为“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的文章，开发出了一种新型微流控单细胞全转录测序新方法，这种方法有效地消除转录组高度动态特性所带来的测量差异，提高单细胞全转录组分析的准
Nature子刊：癌症单细胞测序新技术
只有通过近距离观看修拉(Seurat)的绘画，你才能鉴别出点描法背后的复杂性。其在模式中应用了不同的纯色小点，从远处看就形成了一幅图像。与之相似，生物学家们和遗传学长期以来也在寻求在单细胞水平上分析基因的图谱，然而技术局限性使得直到现在也只能在远处遥望。 发布在7月22日《自然生物技术》(
计算小RNA分子的单细胞测序新法
最近，卡罗林斯卡学院的研究人员开发出了一种单细胞程序，测量了单个胚胎干细胞中短的非编码RNA序列的绝对数量。这种新方法可以加深我们对于“基因是如何被调节、不同的细胞类型如何发展”的理解。相关研究结果发表在10月31日的《Nature Biotechnology》。当我们基因中的信息被使用时――例如构
PNAS：单细胞测序绘制大脑的细胞图谱
斯坦福大学的著名学者Stephen Quake及其同事本周在《美国科学院院刊》（PNAS）上发表文章，介绍了人类脑细胞的单细胞转录组测序研究成果。 研究小组对近500个成人或胎儿脑细胞进行了单细胞RNA测序。利用这种方法，他们能够鉴定出大脑中所有主要的细胞类型，并确定神经元的亚型。他们还观察了
单细胞RNA测序发现新的免疫细胞
最近在《Nature Immunology》发表的一项新研究，详细检测了一组新发现的免疫细胞（被称为ILC）。通过对单个扁桃体细胞的基因表达进行分析，瑞典卡罗林斯卡学院的科学家们，发现了三个以前未知的ILC子群，并揭示了关于“这些细胞在人体中如何发挥功能”的更多信息。 先天淋巴细胞（ILC）是
单细胞测序预测化疗的有效性
在近一项研究中，来自密歇根大学的Jun Hee Lee博士课题组使用一种单细胞RNA测序的技术，*展示了单个癌细胞群中的各个细胞对化学疗法引起的DNA损伤的基因表达差异。他们发现，这些反应可以被分为三类：激控制细胞死亡，细胞分裂或应激反应。相关结果发表在近的《Cell Reports》杂志上。“不同
单细胞多组学高通量测序平台（一）
一单细胞多组学高通量测序技术简介通过测序手段检测细胞多层次信息，如基因组、表观组、转录组甚至蛋白组已经成为生物学研究的重要手段。几乎一切生命体的活动都围绕着DNA->RNA->蛋白质的过程，而现有的组学技术也围绕这一过程获取信息（如DNA层面的基因序列），从而解读生物体运行机制，应用于疾病的诊断和治
单细胞研究指南：测序方法大比拼
多细胞生物的每个细胞都携带着相同的遗传学信息。不过，近年来蓬勃发展的单细胞研究告诉我们，每一个细胞都是独一无二的。不同类型的细胞激活特定组合的机制，即使是同类型细胞，基因表达也会出现差异。 那么，细胞之间的哪些差异有生物学意义，哪些差异来自于技术偏好呢？要获得可靠的结果又需要研究多少细胞呢？这
单细胞RNA测序，众多研究都pick它
多细胞测序和单细胞测序，你pick谁？如今，大多数研究人员也许会选择后者，因为不一样的角度，会带来不一样的见解。 多细胞测序和单细胞测序，你pick谁？如今，大多数研究人员也许会选择后者，因为不一样的角度，会带来不一样的见解。单细胞测序的最初动力来自癌症研究，可帮助人们了解肿瘤异质性和肿瘤微环
单细胞测序有望揭示胃癌异质性
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/12/514613.shtm
当宏基因组遇上单细胞测序
日前，科学家们通过宏基因组测序和单细胞测序鉴定了一类新细菌。 16S rRNA基因序列的保守性和普遍性，使其成为了微生物检测和分类鉴定的强有力工具。这种方法为科学家们揭示了微生物群体的高度复杂性，但它还是有所遗漏。美国能源部联合基因组研究所上周的一次会议上，研究者人员向人们展示了在四个温泉样本
同济大学发布单细胞测序新技术
单细胞转录组和甲基化组分析已经成为了单细胞研究的强大工具。然而，在单细胞中揭示DNA甲基化与基因表达的直接关联还比较困难。这是因为细胞之间存在较大的差异，又不能同时检测一个细胞的转录组和甲基化组。 加州大学范国平教授和同济大学薛志刚教授领导团队解决了这个问题。他们在五月五日的Geno
单细胞测序基准数据集有哪些特点？
单细胞测序基准数据集通常具有以下特点：高质量和准确性：数据经过严格的质量控制和处理，具有较低的噪声和错误率，以确保分析结果的可靠性。多样性：涵盖多种细胞类型、组织来源和实验条件，能够全面评估分析方法在不同情况下的性能。标注详细：包括已知的细胞类型、标记基因、细胞状态等信息，为评估分析结果的准确性提供
单细胞测序基准数据集的选择标准
选择单细胞测序基准数据集的标准通常包括以下几个方面： 1. 数据质量和可靠性 - 低噪声、低错误率，经过严格的质量控制步骤，例如对低质量细胞的有效过滤。 2. 代表性 - 涵盖广泛的细胞类型、组织和生理/病理状态，能够代表常见的研究场景和问题。 3. 标注完整性和准确性