通过蛋白质互作网络预测已知部分功能的蛋白质的精细功能
摘要 基于高通量数据, 研究人员已经设计了许多算法用于寻找功能完全未知蛋白质的功能. 然而, 这些算法的效率受到一些根本因素的制约, 包括: (ⅰ) 功能完全未知的蛋白质参与一个精细功能的先验概率低; (ⅱ) 高通量互作数据中有大量的假阳性互作; (ⅲ) 蛋白质互作数据对功能类的覆盖不完全; (ⅳ)训练算法的大量阴性样本数据是异质的; (ⅴ) 训练算法的蛋白质的精细功能知识不足. 因此, 本研究提出一种新的方法对已知部分功能的蛋白质进行功能预测, 即利用功能特异的蛋白质互作子网或者基因表达模式信息来寻找蛋白质更为精细的功能. 该方法能够通过恰当地定义预测范围和过滤假阳性数据减少上述提到的问题, 因此可以高效地发现蛋白质的新功能. 对于几千个已知部分功能的酵母与人类蛋白质, 该方法能够以超过90%的精确率找到它们更为精细的功能. 预测的精细功能对于指导随后的湿实验和提供必要的功能知识来学习其他蛋白质的功能都具有重要的意义.点击这里......阅读全文
钟声团队开发快速揭示蛋白质互作图谱的新技术PROPERseq
近年来，大量新技术的开发与应用使我们对人类基因组及其产物的互作图谱有了更全面的了解。然而，对人类蛋白质互作图谱的揭示仍旧有限。现阶段，主流的大规模揭示蛋白质自身互作图谱的技术可分为单对单以及单对多两大类。单对单类技术例如酵母双杂交系统 （Yeast two-hybrid） 可以测试成对的蛋白质互
Nature发表蛋白质互作里程碑成果
德克萨斯大学和多伦多大学的科学家们日前绘制了超大规模的蛋白质互作图谱。这项研究发表在九月七日的Nature杂志上，为研究阿尔茨海默症、帕金森症和癌症等疾病的提供了强大的新工具。 细胞中的蛋白通常以蛋白复合体的形式，执行特异性的生物学功能。研究人员发现，海葵、线虫、小鼠和人类共享近千种关键的蛋白
Nature：科学家发现新型的蛋白质互作机制
日前，一项刊登在国际杂志Nature上的研究报告中，来自苏黎世大学等机构的研究人员通过研究发现了一种蛋白质互作的新机制，同时还阐明了细胞如何组织蛋白质间互相作用的发生。这种新型机制主要包括两种完全无组织的蛋白质能够根据其相反的净电荷来形成超高亲和力的复合体，蛋白质之间通常是相互结合的，因为其三维
蒋华良研究组合作发表最新PNAS文章：蛋白互作界面预测
来自中科院上海药物研究所，美国莱斯大学的研究人员报道了最新研究成果，在可药性蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）界面预测与识别计算方法发展方面取得重要进展。这一研究成果公布在《美国国家科学院院刊》（PNAS）杂志上，文章的通讯作者是上海药物研究所蒋华良研究员，以及莱斯大学José N. Onuchic博
分子互作方法之BIAcore！
BIAcore是一种基于光学表面等离子共振(Surface Plasmon Resonance，简称SPR）原理的用于分子互作分析的常用方法。因为其准确性高、重复性好、应用广泛，目前SPR原理用于药物分析的方法已经被录入中国、美国、日本的药典，基于BIAcore方法的文献也已经超过了15000篇。那
分子互作仪选择宝典
在现代生物学、医学及转化医学、药物学等研究中，随着功能基因组研究的深入，生物大小分子的生物学功能研究占具着非常重要的地位；生物大小分子的相互作用分析成为目前分子功能学研究中不可缺少的重要手段，因此一个好的分子互作研究工具，无疑将对我们的科研起到极大的促进作用。目前研究分子互作的检测技术层出不穷，从传
Cell－Research：研究发现病毒RNA与宿主蛋白质互作网络
RNA病毒是一类以RNA为遗传物质的病毒。许多RNA病毒可以感染人类并引起疾病，比如冠状病毒（如新冠病毒，SARS-CoV-2）、黄病毒属（如寨卡病毒，ZIKV；登革热病毒，DENV）、丝状病毒（如埃博拉病毒，EBOV）以及流感病毒（Influenza virus）等。由RNA病毒引起的疾病，比
Cell：最大规模的蛋白质互作组网络图谱
人类大约有2万个蛋白质编码基因，尽管自十年前首次完成人类基因组测序以来取得了一些显著的进展，对于这些蛋白质如何在细胞内发挥功能，科学家们仍然只详细了解了其中的一小部分。 作为人类基因组计划的延伸，蛋白质组学领域正在致力揭示蛋白质是如何执行由生成它们的基因所编码的过程的。一些先进的工具已帮助鉴别
生化与细胞所等在生物学通路分析方法研究中取得新成果
许多基因组学的工作常常涉及到这样的问题：哪些通路可能参与了所研究的生物学过程?近年来，围绕这一问题，已经发展出了大量的生物信息学分析方法，尤其是基于基因表达谱数据的生物学通路分析方法。 相关工作常常是利用经典的通路数据库(如KEGG，Biocarta和Gene Ontology 等)对
Cell子刊：研究发现病毒RNA与宿主蛋白质互作网络
RNA病毒是一类以RNA为遗传物质的病毒。许多RNA病毒可以感染人类并引起疾病，比如冠状病毒（如新冠病毒，SARS-CoV-2）、黄病毒属（如寨卡病毒，ZIKV；登革热病毒，DENV）、丝状病毒（如埃博拉病毒，EBOV）以及流感病毒（Influenza virus）等。由RNA病毒引起的疾病，
“鸟枪法(shotgun)”定量蛋白质组学技术
1999年，Yates研究组提出“鸟枪法”(shotgun)，其基本技术路线是针对液体或SDS-PAGE条带的复杂混合物用酶(Trypsin)酶解成肽段混合物，然后对肽混合物进行多维毛细管液相色谱分离和串联质谱分析以及数据库检索，从而确定蛋白质的种类，可同时鉴定成百上千种蛋白质。他们把这种思路称
我国科学家首次解析病毒RNA与宿主蛋白质互作网络
以流感为代表的由RNA病毒引发的疾病严重威胁人类健康，甚至影响社会经济发展。RNA作为RNA病毒的遗传物质，在致病过程中发挥着关键作用，但很少有研究报道病毒RNA与宿主蛋白间的相互作用。近期，我国科学家首次解析了多种病毒RNA与宿主蛋白质互作的关系网络，研究成果发表在《Cell Research
我国科学家首次解析病毒RNA与宿主蛋白质互作网络
以流感为代表的由RNA病毒引发的疾病严重威胁人类健康，甚至影响社会经济发展。RNA作为RNA病毒的遗传物质，在致病过程中发挥着关键作用，但很少有研究报道病毒RNA与宿主蛋白间的相互作用。近期，我国科学家首次解析了多种病毒RNA与宿主蛋白质互作的关系网络，研究成果发表在《Cell Research
我国科学家首次解析病毒RNA与宿主蛋白质互作网络
以流感为代表的由RNA病毒引发的疾病严重威胁人类健康，甚至影响社会经济发展。RNA作为RNA病毒的遗传物质，在致病过程中发挥着关键作用，但很少有研究报道病毒RNA与宿主蛋白间的相互作用。近期，我国科学家首次解析了多种病毒RNA与宿主蛋白质互作的关系网络，研究成果发表在《Cell Research
怎么理解蛋白与核酸的互作
如果是相互作用的话。我的理解是，核酸是细胞内携带遗传信息的物质。在生物蛋白质的合成中占有重要的作用。这就是为什么我们吃了猪肉没有长成猪，而是合成了自己的蛋白质。
通过TFEB激活吞噬溶酶体线粒体互作
巨噬细胞是我们先天免疫反应的关键细胞，这些细胞几乎遍布我们身体的所有组织，在维持我们器官的健康状态方面起着至关重要的作用。巨噬细胞特别擅长吸收、消化和破坏外来物质，它们会不断清除死亡细胞或入侵组织的微生物或病原体。然而，某些微生物和细菌，如沙门氏菌或分枝杆菌，已经发展出保护自己免受巨噬细胞消化的策略
计算机算法预测分子气味
这不是一件可被嗤之以鼻的事情。计算机破解了一道困扰化学家几个世纪的难题：从分子的结构预测它的味道。这一壮举或许使香水制造商和味道专家得以在试验和错误大大减少的情况下创造新产品。相关成果日前发表于生命科学预印本网站bioRxiv。和结果可通过分析光波长或声音被预测出来的视觉和听觉不同，人类的嗅觉一直很
浙大揭示新冠病毒RNA非编码区域与宿主蛋白质互作网络
近日，浙江大学生命科学研究院冯新华、蒋超、任艾明、杨兵实验室在美国微生物协会（American Society for Microbiology）旗下的期刊mSystems杂志上合作发表了题为“High-sensitivity profiling of SARS-CoV-2 noncoding
新研究揭示胚胎早期细胞互作关系
12月4日，Cell在线发表研究，科学家在同种培养条件下建立了小鼠和食蟹猴来源的早期胚胎三种干细胞系，这有助于探索早期发育时期细胞互作关系，助力疾病机制解析。 哺乳动物的生命由单细胞受精卵发育而来。受精卵卵裂形成桑葚胚，桑葚胚细胞极化，进一步发育形成具有不同谱系细胞类型的囊胚。囊胚中包含胚内组
蛋白互作研究技术：「FRET」VS「Duolink－PLA」
荧光能量共振转移 （FRET）检测活体中生物大分子纳米级距离和纳米级距离变化的有力工具，广泛应用于生物大分子相互作用分析、细胞生理研究、免疫分析等。原理当供体荧光分子的发射光谱与受体荧光分子的吸收光谱重叠，并且两个分子的距离在 10nm 范围以内时，就会发生一种非放射性的能量转移，即 FRET 现象
基因的分离独立分配和互作实验
实验方法原理：孟德尔定律包括“分离定律”及“独立分配定律”。根据分离规律，位于一对同源染色体上的一对等位基因在减数分裂形成配子时，要彼此发生分离，互不干扰地分到不同的配子中去。因此对于一对基因的杂合体，在完全显性条件下，其自交子代和测交子代的表现型分离比例分别为3:1和1:1。独立分配规律（自由组合
分子互作江湖（上）：门派林立－市场火爆
认知自然界的本质一定要了解相互作用，先辈们已总结了4种基本相互作用：引力相互作用、电磁相互作用、强相互作用和弱相互作用。就生命科学涉及的分子研究尺度而言，主要研究的是后两种相互作用。人们已经发展了ELISA、免疫共沉淀等一些经典的分子互作方法，但其只能描述终点。新型的分子互作仪器可以研究实时、动
NatureMethods公布最大人类蛋白互作网络
一个国际研究小组公布了迄今为止最大的蛋白互作数据库资源，这将有助于解析众多疾病相关的基因如何促发疾病发生和进程的。这项研究由麻省总医院MGH和Broad研究院领衔完成，相关数据库： InWeb_InBioMap (InWeb_IM) 在线公布在11月28日Nature Methods杂志上。“现代遗
棉花与黄萎病菌互作研究取得进展
棉花黄萎病是由大丽轮枝菌引起的土传维管束病害，是制约我国棉花生产的首要病害。从棉花黄萎病抗性品种中发掘关键抗病基因，进而通过分子育种与传统育种相结合的方法提高主栽品种的黄萎病抗性，是当前棉花领域基础和应用研究的重点。 质外体是植物细胞膜外由细胞壁和细胞间隙组成的系统，是植物抵御病原菌侵染的第一
基因的分离独立分配和互作实验
实验方法原理孟德尔定律包括“分离定律”及“独立分配定律”。根据分离规律，位于一对同源染色体上的一对等位基因在减数分裂形成配子时，要彼此发生分离，互不干扰地分到不同的配子中去。因此对于一对基因的杂合体，在完全显性条件下，其自交子代和测交子代的表现型分离比例分别为3:1和1:1。独立分配规律（自由组合规
植物与病原互作研究获重要进展
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519114.shtm
武汉病毒所建立研究活细胞内蛋白质互作的新方法
近日，中国科学院武汉病毒研究所/病毒学国家重点实验室胡志红、王曼丽研究团队在蛋白质相互作用的研究方法方面取得新进展，相关研究成果以Mito-docking: A novel in vivo method to detect protein-protein interactions（《线粒体锚定：
植物介导地上地下互作研究取得进展
从土壤颗粒到植物叶片，从动物牙齿到肠道表皮，地球上几乎每一个表面都有微生物的存在。这些微生物在诸如养分物质循环、动植物健康、生态多样性等方面起到至关重要的作用。早期的研究发现，植物作为媒介可以像“电话”一样为地上和地下生物传递信息。然而，地上地下微生物组是否也能通过植物进行传递尚不清楚。在近期完
Nature－Genetics揭示基因与环境的复杂互作
目前的个性化医疗主要是通过分子分析（尤其是基因测序）来鉴定遗传突变，进而评估个体患上特定疾病的风险。但日内瓦大学（UNIGE）的科学家们指出，真正的个性化医疗远没有这么简单。 研究人员对四百对双胞胎进行了RNA测序，量化了遗传背景和环境背景对基因表达的影响。这项发表在Nature Geneti
植物介导地上地下互作研究取得进展
从土壤颗粒到植物叶片，从动物牙齿到肠道表皮，地球上几乎每一个表面都有微生物的存在。这些微生物在诸如养分物质循环、动植物健康、生态多样性等方面起到至关重要的作用。早期的研究发现，植物作为媒介可以像“电话”一样为地上和地下生物传递信息。然而，地上地下微生物组是否也能通过植物进行传递尚不清楚。在近期完