迄今最大哺乳动物基因组库为进化提供新见解
当21世纪初，小鼠、人类、大鼠和黑猩猩的完整基因组首次发表后，遗传学家通过比较基因序列为了解哺乳动物进化打开了大门。为什么一些哺乳动物嗅觉特别灵敏？为什么有些哺乳动物要冬眠？为什么一些哺乳动物的大脑发更大？20年后的今天，由美国麻省理工学院、哈佛大学等单位的科学家牵头的大型国际研究项目——“Zoonomia计划”的研究人员收集并比较了240种哺乳动物基因组，并通过研究分析这批迄今最大的哺乳动物基因序列对上述问题有了进一步的了解。相关研究近日以系列文章形式发表于《科学》。美国加利福尼亚大学旧金山分校数据科学家、“Zoonomia计划”成员Katie Pollard指出，上述数据不仅突出了不同哺乳动物基因组哪些区域是相似的，还找到了在数百万年尺度上，不同哺乳动物基因序列是何时出现分歧的。瑞典乌普萨拉大学遗传学家、“Zoonomia计划”领导者之一Kerstin Lindblad Toh说，她和同事意识到，要想从统计学上了解哺乳动物如......阅读全文
北京基因组所开发表观组关联分析数据库
近日，由中国科学院北京基因组研究所国家基因组科学数据中心开发的人类表观组关联分析数据库EWAS Data Hub正式上线。该项研究成果以EWAS Data Hub: a resource of DNA methylation array data and metadata 为题在国际学术期刊《核
新研究在番茄基因组库中添加近5000个基因
现在，来自农业研究局（ARS）和Boyce Thompson研究所（BTI）的科学家们在刚刚发表的《Nature Genetics》一文中，重点讨论了这个问题。 位于纽约伊萨卡的ARS植物、土壤和营养研究实验室的分子生物学家James Giovannoni和BTI生物信息学科学家Zhangju
微缩化技术在宏基因组测序建库中的应用
2020年伊始，突如其来的新冠疫情牵动着每个人的心。自武汉卫健委首发肺炎疫情情况通报后的短短一个星期，新型冠状病毒就在实验室中被检出，并获得了该病毒的全基因组序列。如此快速地确定病原体抢占研究先机，宏基因组测序技术功不可没。 宏基因组学(Metagenomics)，以环境样品中的微生物群体为研究对象
北京基因组所的脑疾病知识库BrainBase正式上线
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的脑疾病知识库BrainBase正式上线。相关研究成果以BrainBase: a curated knowledgebase for brain diseases为题，在线发表在Nucleic Acids Resear
我国发布首个柑桔全基因组变异数据库
近日，《园艺研究》（Horticulture Research）在线发表了中国农业科学院柑桔研究所构建完成的柑桔全基因组变异数据库CitGVD（http://citgvd.cric.cn/home），这是第一个园艺类作物全基因组变异数据库。 柑桔是全世界最重要的商业水果作物之一。当前，柑桔类物
基因组所重复序列与哺乳动物内含子扩张关系研究获进展
近日，在中国科学院北京基因组研究所副所长、基因组科学与信息重点实验室主任于军研究员和“百人计划”雷红星研究员的指导下，基因组所王大鹏博士、博士研究生苏尧等科研人员在哺乳动物基因组内含子扩张与基因功能关系研究，以及突变和自然选择在基因组进化中的作用研究中取得新进展。相关学术论文在Ev
北京基因组所发布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。该研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cance
北京基因组所发布癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心开发的癌症单细胞表达图谱数据库CancerSCEM上线。该研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human can
多种养殖哺乳动物携带的病毒基因组遗传多样性被解码
复旦大学公共卫生学院教授粟硕团队与中国科学院微生物研究所研究员毕玉海等合作者，揭示了多种哺乳动物宏基因组数据中的病毒基因组组成、生态学特征与潜在跨物种传播风险，为构建“人-动物-环境”一体化、多维度新发传染病预测预警体系奠定了重要数据基础。9月4日，相关研究发表于《自然》。21世纪以来，人类多次经历
研究揭示宿主基因组趋同是地下哺乳动物适应穴居生活的趋同演化基础
趋同演化是指亲缘关系较远的物种在相似环境或生活方式下，独立演化出相似的表型或特征。地下哺乳动物独立演化出多种适应性表型和特征，以应对极端地下环境带来的低氧、黑暗等挑战，是研究特殊环境适应性演化与趋同演化的理想模型。目前，地下哺乳动物的适应性演化和趋同演化机制的研究集中在基因组层面，而转录组和肠道
首个近完整黄瓜基因组及多组学综合数据库发布
近日，中国农业科学院蔬菜花卉研究所葫芦科蔬菜遗传育种创新团队在黄瓜基因组学方面取得重要进展，首次完成接近完整的黄瓜参考基因组组装和基因注释，搭建了第一个黄瓜多组学综合数据库。相关研究成果发表在《分子植物》（Molecular Plant）上。 黄瓜是葫芦科的重要经济蔬菜作物。黄瓜基因组中有近3
Nature子刊公布世界最大的自闭症基因组数据库
自闭症，或称为自闭症谱系障碍，是指包括了社会技能、重复行为、语言和非语言交流、以及与众不同的优势或差异等多表征型障碍。我们现在得知，自闭症分好多亚型，大多数由遗传和环境共同作用造成。据估计，每68名儿童中就有一人患有自闭症。虽然，目前自闭症的干预方法很多。但是大多数缺乏循证医学的证据。尚无最优治
首个近完整黄瓜基因组及多组学综合数据库发布
近日，中国农业科学院蔬菜花卉研究所葫芦科蔬菜遗传育种创新团队在黄瓜基因组学方面取得重要进展，首次完成接近完整的黄瓜参考基因组组装和基因注释，搭建了第一个黄瓜多组学综合数据库。相关研究成果发表在《分子植物》（Molecular Plant）上。黄瓜参考基因组“9930”和核心种质资源。中国农科院蔬菜所
贝瑞和康建成全球最大妇科肿瘤基因组数据库
基因组大数据的重大意义开始凸显，贝瑞和康与阿里云合作开展的“神州基因组数据云”项目取得的阶段性成果，便已经收效显著。 9月23日，在第十九届全国临床肿瘤学大会暨CSCO学术年会上，北京贝瑞和康生物技术股份有限公司（以下简称“贝瑞和康”）公布了在生物信息分析领域和大数据建设方面做出的重要成果。
北京基因组所构建出多物种转录图谱综合数据库
随着高通量测序技术的发展，转录组测序（RNA-seq）已成为系统研究基因转录及转录后水平调控状态的常规方法，并在多个物种中得到广泛应用。海量转录组数据以前所未有的速度产生，以数据驱动为导向的大规模数据整合、挖掘与解析面临挑战。为更充分展现转录组数据蕴含的丰富信息，服务生物医学基础研究领域需求，构
Nature子刊：用于百万级生物样本库的基因组序列分析工具
人类的疾病易感性和生理特征等常见性状的差异，往往由DNA序列变化造成，这些DNA片段缺失、增加、异位等变化被统称为遗传变异。全基因组关联研究（Genome-Wide Association Study，GWAS）是通过比对大量人群的遗传信息，利用统计学检测遗传变异和性状之间关联性的方法。西湖大学
研究人员发布全基因组单核苷酸变异数据库
10月22日，国际学术期刊Genome Biology 以PGG.SNV： understanding the evolutionary and medical implications of human single nucleotide variations in diverse popul
首个近完整黄瓜参考基因组及多组学综合数据库发布
近日，中国农业科学院蔬菜花卉研究所葫芦科蔬菜遗传育种创新团队在黄瓜基因组学方面取得重要进展，首次完成接近完整的黄瓜参考基因组组装和基因注释，搭建了第一个黄瓜多组学综合数据库。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》（IF5 year = 21.4）上。黄瓜（Cucumis s
爱沙尼亚基因组中心生物样本库的自动化解决方案
概述爱沙尼亚生物样本库是收集能够代表整个爱沙尼亚人口的以民族委基础的生物样本库。因为整体工作量、反应时间、样本的完整性和过程的安全性等因素，为研究伙伴人工发放样本变得越来越困难，因此爱沙尼亚生物样本库采用了由一套自动化存储系统，一台自动化液体处理系统和多个小设备（如离心机和开盖机）组成的Hamilt
北京基因组所合作开发完成长非编码RNA数据库
长非编码RNA（Long non-coding RNA, lncRNA）是近年来国际研究的新热点,与人类癌症、神经系统等疾病发生密切相关，在疾病诊疗方面表现出了潜在的重大应用价值。虽然长非编码RNA表达量相对较低，但由于其在转录、基因组印记、翻译、可变剪切、转录后表达调控、蛋白运输与定位等过程的
基于同源基因簇的水稻泛基因组综合数据库建成
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/4/498300.shtm近日，华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室、湖北洪山实验室教授张建伟课题组联合国内外高校与科研机构在《自然—通讯》与《分子植物》连续发表两篇研究论文。这两项工作以代表亚洲稻群体结构的
科学家得到详细的恶性胶质细胞瘤细胞基因组数据库
科学家启动了肿瘤基因组图谱计划(The Cancer Genome Atlas，TCGA)，打算分析所有组织的肿瘤细胞的基因组。脑组织肿瘤是科学家的第一个目标，因为其挑战性大回报也最大。 TCGA收集了多形性成胶质细胞瘤(glioblastoma multiforme，GBM)的组
北京基因组所开发完成DNA甲基化重编程数据库
DNA甲基化是一个重要的表观遗传标记，在胚胎早期发育过程中起到至关重要的作用，不同物种所采用的机制亦各不相同。因而，整合多个物种的海量甲基化数据并提供在线的数据浏览、获取及其功能分析，可帮助更多研究人员深入探析不同物种在早期发育时期的DNA甲基化差异，并揭示其DNA甲基化重编程过程与机制。
国家基因组科学数据中心发布2019新型冠状病毒资源库
1月22日，国家基因组科学数据中心正式发布2019新型冠状病毒资源库。该库整合了世界卫生组织（WHO）、中国疾病预防控制中心（CDC）、美国国家生物技术信息中心（NCBI）、全球流感序列数据库（GISAID）等机构公开发布的冠状病毒基因组序列数据、元信息、学术文献、新闻动态、科普文章。同时，对不
天津大学：新冠病毒基因组注释数据库向全球开放
疫情就是命令！30日从天津大学获悉，该校生物信息中心新型冠状病毒基因组注释数据库上线，并纳入中国国家基因组科学数据中心向全球开放服务。新型冠状病毒基因组注释数据库 ZCURVE_CoV Database 网站截图 面对疫情加快蔓延的严重形势，科技界正在争分夺秒与病毒抗争，开展病毒防治相关药物的
上海生科院发布基因组多样性和祖源信息数据库
该研究分析了涵盖全球范围107个国家的356个人类族群的基因组多样性和祖源信息，并发布了开放获取的专门数据库——PGG.Population（群体基因组学·族群）。PGG.Population是迄今唯一在基因组水平专门解析人类族群遗传关系和祖源信息的公开数据库，也是目前收集族群数量最大的群体基
生科院发布首个全球人群基因组多样性和祖源信息数据库
11月3日，中国科学院上海生命科学研究院（人口健康领域）计算生物学研究所徐书华课题组的研究成果，以PGG.Population: a database for understanding genomic diversity and genetic ancestry of human popula
全球共享的基因组数据库办不下去了，怎么办？
1资金困境 作为世界上最具权威性的人类疾病相关的基因目录第五十个生日时，它面临着令人不安的变化。在接下来的几年里，美国国家人类基因组研究所（NHGRI）预计退出作为基因组数据库的始祖——称为在线人类孟德尔遗传（OMIM）唯一的资助者。谁将继承标签尚未明确。当美国国家卫生研究院（NIH）评估其数
我国建成全球第四个综合基因组权威数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心团队题为“The BIG Data Center： from deposition to integration to translation”（北京基因组研究所生命与健康大数据中心：从存储到整合、再到转化）的研究论文被国际学术期刊《核酸研究》
北京基因组所阿尔兹海默症基因知识库ALzBase正式上线
阿尔兹海默症（Alzheimer’s disease,AD）是一种在老年人人群中常见的神经退行性疾病，目前无有效治疗手段。人们对AD致病机理方面的研究也没有取得突破性的进展。为了能够更好地助力AD相关的研究，中国科学院北京基因组研究所雷红星研究组通过整合不同来源的数据，以阿尔兹海默症扰动基因为核