北京基因组所阿尔兹海默症基因知识库ALzBase正式上线
阿尔兹海默症（Alzheimer’s disease,AD）是一种在老年人人群中常见的神经退行性疾病，目前无有效治疗手段。人们对AD致病机理方面的研究也没有取得突破性的进展。为了能够更好地助力AD相关的研究，中国科学院北京基因组研究所雷红星研究组通过整合不同来源的数据，以阿尔兹海默症扰动基因为核心整理并开发了阿尔兹海默症基因知识库AlzBase，相关论文于近期发表于Molecular Neurobiology。 雷红星研究员多年来一直从事AD相关的研究工作，特别是在组学数据相关的研究领域开展了一系列的研究，例如AD相关致病机制的系统生物学研究，AD外周血扰动特异性研究以及AD相关染色体区域的研究等。这些研究成果为Alzbase的开发与上线打下了坚实的基础，同时也使得AlzBase作为AD组学研究领域的知识型数据库更具专业性和指导性。 AlzBase知识库收集了若干组代表性的AD脑转录组研究结果，并结合AD研究中的一些热点......阅读全文
日本研究气象数据如何影响水稻基因
将气温、降水量等气象数据输入电脑程序，就能推算出水稻稻叶中发挥机能的约1.72万个基因的表达状况，这是日本一个研究小组的最新研究成果。它将有助于人们更有针对性地改良水稻品种。 这是日本农业生物资源研究所等机构进行的一项研究，研究人员选择了日本两种较为常见的水稻品种“日本晴”和“农林8号”，
日研究气象数据如何影响水稻基因
将气温、降水量等气象数据输入电脑程序，就能推算出水稻稻叶中发挥机能的约1.72万个基因的表达状况，这是日本一个研究小组的最新研究成果。它将有助于人们更有针对性地改良水稻品种。 这是日本农业生物资源研究所等机构进行的一项研究，研究人员选择了日本两种较为常见的水稻品种“日本晴”和“农林8号”，
中国开放最新家蚕基因组研究数据
“我们通过网络，以开放的姿态与世界共享家蚕基因组最新研究成果”，中国家蚕基因组计划项目主持人、中国工程院院士向仲怀26日介绍，包含有最新研究数据的中国家蚕遗传数据库目前已收到来自国内外科研人员的访问25万余次。 向仲怀介绍，中国家蚕遗传数据库由西南大学家蚕基因研究团队和深圳华大基因研究院合
癌症研究人员联手汇集肿瘤基因组数据
研究人员希望，数据分享将为利用诸如这些脑部腺癌细胞等肿瘤的基因组信息带来更好的方法。 这是为大型癌症研究中心的很多病人提供的最新希望：“让我们测序你的肿瘤，或许我们能将其同击败这种恶性疾病的药物匹配。”不过，现实是基因组分析仍然仅为癌症病人提供了一小部分帮助。“我们多半时候不知道如何处理这些
北大重庆大数据研究院将共建“基因智能大数据实验室”
18日在重庆召开的2023世界中联中医药大数据产业高峰论坛上，北京大学重庆大数据研究院与上海睿昂基因科技股份有限公司签署共建“基因智能大数据联合实验室”(以下简称实验室)战略合作协议，双方将发挥各自优势，挖掘基因数据价值，赋能医疗健康。据介绍，实验室将整合北京大学北京国际数学研究中心和北京大学生物统
Bluebird－公布基因疗法－LentiD™顶线研究积极数据
近日，开发严重遗传性疾病治疗的变革性基因疗法以及 T 细胞癌症免疫疗法的生物公司 Bluebird Bio 表示，正在进行中的评估基因疗法 Lenti-D™用于初始队列中 17 名 18 岁以下男性肾上腺脑白质营养不良（CALD）患者治疗的临床 2 / 3 期研究 Starbeam Study
人类基因研究走近平民－数据是基础解读更重要
5万美元可以做什么?最近，美国斯坦福大学教授斯蒂芬·夸克在国际著名学术期刊《自然·生物技术》发表论文宣布，只用3个人、4周、1台已经上市的仪器，花费不到5万美元，就绘制出了自己的全基因组图谱。虽然价格还有些高，但比起去年的25万美金，显然离走近平民，又近了一大步。 从基因组了解自己的健康隐
Secure－Federated－GWAS：打破数据壁垒，开启基因组研究新篇
在生命科学的广袤领域中，基因组关联研究（Genome-Wide Association Studies，GWAS）宛如一座灯塔，照亮了探索遗传变异与健康、疾病关系的道路。想象一下，若能整合全球各机构的基因数据进行研究，那将为攻克疑难病症、揭示生命奥秘带来多大的助力！然而，现实却如同一堵高墙，横亘在理
DNA研究缺数据－你愿意把你的基因信息卖了吗
据外媒Telegraph报道，你是否曾经担心过那些科技巨头会利用你的个人信息来赚钱？是否猜测过这些“幕后黑手”的身份？在Facebook数据泄露事件愈演愈烈的背景下，设想一下，如果数据泄露所包含的范围超越了“个人喜好”和所谓的问卷调查结果，而进一步触及到了你最私密的生物特征——你个人基因组的细节
人类肠道微生物基因集－为研究提供精准数据支持
7月7日，由华南理工大学生物科学与工程学院博士研究生李俊桦为第一作者，与深圳华大基因研究院、丹麦哥本哈根大学等单位共同合作完成的《人肠道微生物组参考基因集》研究成果在《自然—生物技术》上发表。这是“华工—华大”基因组科学创新班学子在国际顶级学术期刊上以第一作者身份发表的第二篇文章。 据介绍，人
北京基因组所生命与健康大数据研究获进展
与健康大数据研究成果，包括生命组学数据资源建设成果（D14-20）、实时定量PCR内参基因知识库——ICG（Internal Control Genes；D121-126），甲基化数据库Methbank升级版（D288-295）以及基因组序列变异库——GVM（Genome Variation M
Nature：测序研究引发的思考，谁该拥有个人基因数据？
大样本数据库是影响基因数据分析解读的重要因素，也是影响测序产业链发展的瓶颈之一。如今，越来越多的志愿者将自己的基因数据贡献给科研，但是对于后续的数据反馈，却是一个值得深思的问题。近日，一位遗传学研究者在Nature网站上披露了如今遗传学研究中存在的问题：是否有必要将原始数据反馈给参与者？以下为她
天津工生所等基因组数据整合研究获系列进展
随着人类基因组计划(Human genome project, HGP)和高通量生物芯片技术的成功研发，人们广泛利用高通量全基因组生物芯片的技术手段，采用全基因组关联研究（Genome-Wide Association Studies, GWAS）的方法筛选复杂疾病易感多态（Single Nuc
美国国立卫生研究院“冷对”基因数据隐私新挑战
本周发表的一篇极具“挑衅性”的论文提到，研究人员找到一个方法可以连接一个人的基因到某一公共研究数据库里其匿名的基因数据上。但是，美国国立卫生研究院（NIH）作为最大的此类数据库的拥有者之一，表示不打算采用任何新步骤预防某些人利用这种办法破坏基因隐私。这与NIH四年前的反应形成鲜明对比，当时
油菜害虫研究新突破：西北斑芫菁基因组数据发布
近日，中国农业科学院油料所(以下简称油料所）油料基因工程与转基因安全评价创新团队发布了油菜害虫西北斑芫菁染色体水平高质量基因组数据，明确该害虫含10条染色体和11687个蛋白编码基因，为研发害虫绿色防控新方法奠定了理论基础。相关成果发表在《科学数据》（Scientific Data）上。西北斑芫菁染
谷歌致力于基因数据市场，整合Tute－Genomics基因数据库
谷歌希望凭借人类基因组云端服务Google Genomics在基因组研究市场占有一席之地，如今，公司正忙于用最好的工具来填满这个工具箱。 Google Genomics是谷歌2013年推出的一项云端服务，帮助大学实验室和医院等机构将患者或科研对象的生物基因储存到云端上，推进人类基因组信息的存
新冠病毒有美国ZL基因片段？看病毒研究团队数据实锤
就在俄罗斯在乌克兰发现大量美国生化实验室利用蝙蝠研究冠状病毒的证据之后，英国媒体又透露出一个令人震惊的消息。 一个病毒研究团队发现，新型冠状病毒含有美国莫德纳公司在2016年2月申请的ZL基因片段，这个基因序列通过自然进化而随机出现在新冠病毒中的概率为三万亿分之一。也就是说，新冠病毒不是美国
缺乏数据使用指导原则，基因组数据共享遇阻
基因组数据共享将生物医学研究推向快车道，但向公共领域发布的现有数据指南一方面承认免费和无条件使用数据的重要性，另一方面还未能解决这种重要性与数据生产者首次发布数据的“权利”之间的关系。 在美国能源部联合基因组研究所负责人Nikos Kyrpides看来，这种自相矛盾导致了数据生产者和数据使用
北京大数据研究院成立拟推动数据研究成果转化
8月27日，国内首个整合了政府、大学和市场三方面资源的大数据研究机构——北京大数据研究院今天在北京大学揭牌。北京大数据研究院是在北京市委市政府的支持与指导下，由中关村管委会、海淀区政府、北京大学、北京工业大学四方共同支持中科院院士、北京大学教授鄂维南牵头筹建。目标是吸引国际一流大数据研究人员来京
基因芯片数据的分析方法
研究背景：基因芯片可以通过探针和荧光标记对某个时间点生物体的全部基因表达量进行检测，探针代表的基因荧光强度通过仪器转换成基本数据。这些数据的背后隐藏着很多的生物学意义，这就需要我们通过生物信息学的方法去分析和挖掘。不同实验设计方案产生的海量芯片数据，其分析方法和思路都大同小异，这里分享一个多组实验设
群众基因数据：揭示疾病病因
本月月初，来自40个国家的研究人员和提倡者成立了一个全球联盟来开启安全共享的基因组和临床数据库，目的是为了在这个时代结束时可以使人类能够利用遗传数据。 英国政府，凯萨医疗机构及美国共同努力收集和整理了大量的遗传数据。但是随着全球的联盟，有一天临床医生可以广泛使用遗传数据，全世界的研究者可以
美国推进癌症基因数据共享
美国麦利亚德基因公司(Myriad Genetics)拥有关于乳腺癌和卵巢癌的两个基因的ZL，这让它们垄断乳腺癌检测的行业多年。虽然美国最高法院在去年六月已经对这两个基因的ZL做了无效判决，但该公司仍然掌握这独有的130万份的检测数据。这些信息则使得麦利亚德公司在检测结果解释上有巨大优势。但是遗
基因芯片数据的分析方法
研究背景：基因芯片可以通过探针和荧光标记对某个时间点生物体的全部基因表达量进行检测，探针代表的基因荧光强度通过仪器转换成基本数据。这些数据的背后隐藏着很多的生物学意义，这就需要我们通过生物信息学的方法去分析和挖掘。不同实验设计方案产生的海量芯片数据，其分析方法和思路都大同小异，这里分享一个多组实验设
大数据：助力判定癌症驱动基因！
目前已知超过100个新的癌症驱动基因，帮助解释了怎样的肿瘤驱动会造成：相同的癌症基因导致不同的病患！ 在一项由Sanford Burnham Prebys医学发现研究所(SBP)引导下的协作研究中,研究人员结合两个公开的“组学”数据库创建一个新的目录“癌症驱动者”。当癌症驱动基因的改变造成癌症
呼吁数据共享！数据烂手里，何谈研究话语权？
导 读 在大气、海洋、冰川等需要国际合作的研究领域，中国普遍缺乏拿得出手的高质量数据。问题出在了哪里？ “我们国家在数据方面基本没有话语权。” 在谈到IPCC报告里鲜有来自中国的数据时，A学者不无感慨地告诉《知识分子》。这位要求匿名的研究者举例说，在2013年第五次IPCC报告中，为决策者
大数据研究推翻常规认识
近年来，科学创新日渐进入"大数据"时代，各种高通量的分析手段以及各类"组学"的发展，使得我们对生命科学的基本原理以及与人类健康有关的疾病发生机制方面有了更加深入的认识。针对最近一段时间以来科学家们利用"大数据"的手段产生的科学进展，我们进行简要的盘点，希望大家能够喜欢。 1. Nat Gene
研究填补三千年来中原人群古基因组数据空白
厦门大学人类学研究所、郑州大学考古与文化遗产学院等单位成功提取和测序了从西周、春秋、唐代到明清时期的中原地区38个古人的基因组，论证了3000年来中原地区人群遗传稳定性。该研究填补了中原人群距今3000年来的古基因组数据的部分空白。日前，相关研究成果发表在《科学通报》上。中原地区是中华文明的主要发祥
BRCA基因突变信息－美国国家癌症研究所启动BRCA数据库
日前，美国国家癌症研究所（NCI）宣布启动BRCA Exchange。这是一个汇集了全球成千上万个遗传性BRCA1和BRCA2基因变异信息的数据库。大众可以通过一个网站和一款智能手机app来获取数据库中的信息。这一数据资源让临床医生们可以参考专家们对不同BRCA基因变异与癌症关系的评估，从而对解
研究填补三千年来中原人群古基因组数据空白
厦门大学人类学研究所、郑州大学考古与文化遗产学院等单位成功提取和测序了从西周、春秋、唐代到明清时期的中原地区38个古人的基因组，论证了3000年来中原地区人群遗传稳定性。该研究填补了中原人群距今3000年来的古基因组数据的部分空白。日前，相关研究成果发表在《科学通报》上。中原地区是中华文明的主要发祥
大数据时代：海量数据为科学研究带来重大机遇
“大数据的概念听上去和云计算一样，有些‘高大上’，但是大数据绝不是一个空泛的口号，事实上它不仅改变了人们的生存面貌，更为科学研究带来重大的机遇。”中国科学院遥感与数字地球所研究员郭华东说。 依托海量的数据状态和云级别的数据处理能力，大数据以其Volume（大量）、Velocity（高速）、Va