中国科学院开发比较群体基因组学新算法
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510371.shtm随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为从基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了前所未有的机遇。但是，目前的分析方法面临着一些技术瓶颈和挑战，其中一个关键问题是如何高效准确地检测作用于非编码区的自然选择效应。另一方面，能够高效、高性能地分析多物种大样本数据也成为方法学方面的迫切要求。中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）陈华团队在多物种联合等位基因频谱理论以及HKA（Hudson-Kreitman- Aguadé）检验的框架上构建了CEGA（Comparative Evolutionary Genomic Analysis）方法。CEGA整合微进化过程与宏观进化过程模型，有效刻画自然选择和群体历史在非编码区形成的遗传多态性“印记”，可高效、准确地检测作用于非编码区上的正向选......阅读全文
群体密度的概念
中文名称群体密度英文名称population density定 义细胞培养皿内每单位面积或体积中的细胞数。常以细胞数/cm2表示。应用学科细胞生物学（一级学科），细胞培养与细胞工程（二级学科）
新研究发现体内微生物群体失衡可能导致癌症
尽管在癌症的预防和治疗方面取得了重大进展，但恶性肿瘤导致的死亡人数逐年稳步上升。在工业化国家，每两三个人中就有一个人在一生中患上一种癌症，而且这一趋势还在上升。长期以来，某些病原体，特别是病毒和细菌，被认为是癌症的潜在病因。三种病毒和一种细菌被认为是危险因素：人乳头瘤病毒、人乙型和丙型肝炎病毒，
危机？群体自然免疫被破功！新冠病毒引发ADE效应
当地时间5月24日，CELL期刊发表了一篇来自日本大阪大学的关于新冠病毒ADE效应的研究，确定了新冠病毒感染后存在抗体依赖性增强（Antibody-dependent Enhancement，ADE）效应，使得去年疫情早期即备受关注和争议的这一议题有了确定答案。CELL最新刊出的关于新冠病毒AD
新冠疫苗接种率达到多少才能真正建立群体免疫屏障？
人群中具有免疫力的人占比要多高,才能阻断某种传染病的有效传播。它主要取决于病毒或细菌传播能力的强弱,我们叫基本再生数(R0),直观地说,就是一个感染者能传染给多少个易感人群,这个数字越大,病毒的传播能力就越强。建立群体免疫屏障的接种率可以用“(1-1/R0)x100%”算出。R0就是一个病毒携带者能
比较基因组杂交技术在肿瘤研究中的应用实验
比较基因组杂交技术在肿瘤研究中的应用 试剂、试剂盒 Ham F10 培养基 胎牛血清
比较基因组杂交技术在肿瘤研究中的应用实验
比较基因组杂交（CGH) 可以提供肿瘤细胞全基因组染色体拷贝数改变的信息 [1]。与常规细胞遗传学分析不同，CGH 无需细胞培养，因此只要是可以获得 DNA 的临床标本，包括存档的石蜡包埋组织，都可以进行该实验 ra。CGH 可以在正常染色体上定位扩增或缺失的 DNA 序列，从而显示出重要基因的位点
用比较基因组杂交描述染色体结构异常实验
实验方法原理比较基因组杂交（CGH)是一种能够在一步全基因组筛查程序，描述G带不能发现的细胞遗传物质增加或减少的分子细胞遗传学技术。CGH优于进行全染色体涂染（wcp)的常规荧光原位杂交（FISH)和多色FISH之处，是它不仅能够识别增加的未知片段的染色体来源，而且还可将该片段定位于特定的染色体区带
基本方案1－应用直接标记－DNA－比较基因组杂交
实验方法原理实验材料荧光素标记的待测探针 DNA德克萨斯红标记的参照 DNA试剂、试剂盒乙酸钠乙醇主要的杂交溶液正常人染色体铺片变性液蛋白酶 K 溶液杂交片洗液2 X SSCPN 缓冲液DAPI 的抗淬灭溶液仪器、耗材玻璃刀水浴箱玻片加热器橡皮胶带湿盒实验步骤展开
微阵列—比较基因组杂交技术检测染色体异常
【摘要】近年微阵列一比较基因组杂交(microarraycomparativegenomichybirdization，microarray．CGH)技术被应用到临床细胞遗传学领域。该技术是选择DNA特殊片段作为靶，固化在载体上，形成密集、有序的分子微阵列。然后，从测试标本中提取DNA，将测试DNA
北京基因组所单细胞中识别染色质类染色质拓扑的算法
基因组DNA和组蛋白以特定的形式高度折叠在细胞核中，这一高级结构即三维基因组学，对细胞核内的诸多生命活动至关重要。基于染色质构象捕获（3C），尤其是高通量技术（Hi-C，ChIA-PET）的发展推动了三维基因组的研究，发现了包括染色质拓扑相关结构域（TAD），染色质环等一系列层次化的结构特征。近
科学家研发新算法－可快速揭示细胞内部结构
借由高功率显微镜和机器学习，美国科学家研发出一种新算法，可在整个细胞的超高分辨率图像中自动识别大约30种不同类型的细胞器和其他结构。相关论文发表在最新一期的《自然》杂志上。 领导该COSEM（电子显微镜下细胞分割）项目团队的奥布蕾·魏格尔说，这些图像中的细节几乎不可能在整个细胞中手动解析。仅一
新算法可使用遗传标记来预测糖尿病肾脏疾病
肾脏疾病是糖尿病的一种常见的、不可逆转的并发症。研究人员开发了一种算法，利用遗传标记提前数年预测2型糖尿病患者是否会发展成肾脏疾病，这可能为早期诊断和治疗这种可预防的疾病提供一种方法。 根据世界卫生组织的数据，全球2型糖尿病患者的人数从1980年的1.08亿上升到2014年的4.22亿。糖尿病
新算法高效预测病毒天然宿主－可助人类预防传染病
据美国《科学》杂志4日消息，英国格拉斯哥大学研究团队发布了一项最新人工智能研究报告：科学家借助全新的机器学习算法，可以更高效地从基因层面预测埃博拉和寨卡等病毒的天然宿主，从而采取措施预防这些病毒传播到人类身上。图片来源于网络 科学家一直试图在第一时间发现病毒的天然宿主，这对人类的传染病防控事
原噬菌体de－novo预测新算法在南海研究所建立
中国科学院南海海洋研究所研究员王晓雪团队建立了一种不依赖于噬菌体基因序列相似性的原噬菌体de novo预测新算法，集成分析流程的工具名为Prophage Tracer。9月22日，相关研究成果在线发表在《核酸研究》上。 烈性噬菌体侵染细菌宿主后，大量繁殖，裂解宿主细胞释放子代噬菌体粒子。温和噬
大数据成为反腐利器－新算法体系精准发现疑似问题线索
如何从碎片化、结构化的电子政务大数据中发现疑似问题线索？ 中科院计算所的研究团队经过长期研究找到了答案。 “在不同电子政务系统产生的偶然数据中蕴含着具体人、具体事的必然章法和趋势。”在中科院计算所研究员方金云看来，大数据具有使小恶小善振荡放大的力量，有助于从电子政务数据中精准发现疑似问题线索
清华大学提出冷冻电镜粒子筛选新算法获得国际认可
为进一步提高冷冻电镜分辨率和效率，清华大学研究团队提出的一款新算法CryoSieve，受到了国际冷冻电镜研发领域的高度关注。4月24日，由哈佛大学医学院管理，为全球结构生物学提供计算支持的SBGrid联盟收录了CryoSieve算法。冷冻电子显微镜是一种确定生物大分子的近原子分辨率结构的重要方法。在
一种新的酵母菌细胞明场图像分割算法
酵母菌细胞由于其易培养和易操作性已成为一种在生物学界被广泛应用的模式生物。在遗传学研究中，对已发生基因突变的与人类遗传疾病有关的酵母进行表型研究，极大地提高了人类疾病的诊断和治疗水平。然而，在研究中，研究人员通常需要采集大量的酵母细胞图像，观察基因突变或不同药物处理下的细胞结构和行为。比较常用的
加速新药研发！新算法助力质谱数据准确高效预测小分子
小分子的鉴定是生命科学一项关键任务。质谱（mass spectrometry，MS）可用于分析化合物成分，高通量质谱技术能够从数十万个环境中收集小分子的串联质谱。然而，现有的方法是基于化学领域的知识，无法解释小分子质谱中的许多峰。 卡内基梅隆大学和俄罗斯圣彼得堡国立大学的研究人员提出一种算法—
吴尊友：群体保护需要新冠疫苗接种率需达到70％、80％
中国国务院联防联控机制新闻发布会11日在北京举行。中国疾控中心流行病学首席专家吴尊友指出，新冠疫苗需要接种比例达到人群的70%、80%，才能产生群体保护效果，这也是为什么全球各国都在大力推广疫苗接种的原因。 他表示，从世界卫生组织新冠疫情的信息更新中可以看到，在今年1、2月份，全球疫情出现了一
俄罗斯首批新冠疫苗已发运，高风险群体优先接种
9月12日，俄罗斯表示，第一批“卫星-V”新冠疫苗已向有关地区发运。 综合塔斯社和俄罗斯卫星通讯社9月12日报道，俄罗斯卫生部发言人当天表示，首批 “卫星-V（Sputnik V）”疫苗已运往俄罗斯相关地区。 “作为试点交付的一部分，将确保向俄罗斯联邦组成实体运送疫苗的物流链、向高风险群
CELL：已证实！新冠病毒可引发ADE效应群体自然免疫破产
当地时间5月24日，CELL期刊发表了一篇来自日本大阪大学的关于新冠病毒ADE效应的研究，确定了新冠病毒感染后存在抗体依赖性增强（Antibody-dependent Enhancement，ADE）效应，使得去年疫情早期即备受关注和争议的这一议题有了确定答案。 CELL最新刊出的关于新冠病
三大主流测序仪Z新性能比较
去年一组由多国研究人员组成的研究组对三种基因组测序仪：罗氏454的GS Junior，Illumina的MiSeq，还有Life Technologies的Ion Torrent个人化基因组测序仪（PGM）进行了性能比较，今年这一研究组又发表了升级版比较内容。比较对象： GS Junior （; T
毕文健等开发针对大样本两基因组分析的算法——SPAGE
复杂疾病的发生与发展不能完全由遗传变异来解释，而是遗传变异和环境因素共同作用的结果。基于关联分析找出基因与环境的交互作用（GxE effect）有助于我们了解疾病的发病机制和设计个体化治疗方案。但是这种交互作用的关联性较弱，因此常常需要较大的数据样本才能达到足够的检验效能。最近几年，随着测序技术
北京基因组研究所Plant－cell基因组研究新成果
来自中科院北京基因组研究所、荷兰瓦赫宁根大学和中科院/马普学会等10多家机构的研究人员组成的一个研究小组，通过测序及分析醉蝶花(Tarenaya hassleriana)的基因组提供了关于十字花科植物繁殖性状和基因组进化的新认识。相关研究发表在植物学权威期刊The Plant Cell杂志上
缺陷检测算法
基本两个步骤：1、缺陷检出，算法较多，本人认为是不变矩阵法和主成分分析法；2、缺陷识别和分类,多数使用BP神经网络进行训练，提高识别率。
基质效应的算法
化学分析中，基质指的是样品中被分析物以外的组分。基质常常对分析物的分析过程有显著的干扰，并影响分析结果的准确性。例如，溶液的离子强度会对分析物活度系数有影响，这些影响和干扰被称为基质效应（matrix effect）。去除方法 目前最常用的去除基质效应的方法是，通过已知分析物浓度的标准样品，同时尽
版纳植物园叶绿体比较基因组学研究取得进展
樟科油丹属树种木材质优，国际市场上的商品名为“medang”，和楠木树种的亲缘关系较近。以往的分子系统学研究表明油丹属为复系类群，但与润楠属、鳄梨属和楠属等的系统关系尚不明晰。 近日，中国科学院西双版纳热带植物园生物多样性研究组以分布于印度南部的油丹模式种Alseodaphne semecar
用比较基因组杂交描述染色体结构异常实验（一）
实验方法原理 比较基因组杂交（CGH)是一种能够在一步全基因组筛查程序，描述G带不能发现的细胞遗传物质增加或减少的分子细胞遗传学技术。CGH优于进行全染色体涂染（wcp)的常规荧光原位杂交（FISH)和多色FISH之处，是它不仅能够识别增加的未知片段的染色体来源，而且还可将该片段定位于特定的染色体区
用比较基因组杂交描述染色体结构异常实验（二）
二、正常男性中期染色体标本的制备1.准备一个封闭环境，其相对湿度约55%(可在50%〜60%变化），温度24〜26.5℃。2.将巴斯德吸管置于玻璃载片上方2〜4in处，让一滴细胞悬液滴在玻片的左侧。然后迅速将第二滴细胞悬液滴在玻片右侧（见注释7)3.在固定液全部蒸发前，将玻片浸入盛有新鲜固定液的染色
用比较基因组杂交描述染色体结构异常实验（三）
六、中期染色体标本的变性1.在染色缸中加入大约50mL变性液，将染色缸放于75〜76℃水浴中。预热变性液使其温度达到（73±2)℃。2.从-20℃冰箱中取出实验所需的标本，室温下系列乙醇脱水，各2min。3.室温干燥片子（5min)，或在实验室抽风橱中微风吹过标本使标本干燥。4.在37〜40℃电热板