毕文健等开发针对大样本两基因组分析的算法——SPAGE

复杂疾病的发生与发展不能完全由遗传变异来解释,而是遗传变异和环境因素共同作用的结果。基于关联分析找出基因与环境的交互作用(GxE effect)有助于我们了解疾病的发病机制和设计个体化治疗方案。但是这种交互作用的关联性较弱,因此常常需要较大的数据样本才能达到足够的检验效能。最近几年,随着测序技术和电子健康记录(Electroic Health Record, EHR)的发展,很多大型的生物样本资源库(Biobank)为研究者提供了非常详尽的大样本信息。比如UK-Biobank就收集了50万个样本的全基因组DNA测序信息,疾病诊断信息,以及环境因素信息。这使得我们可以在全基因组(genome-wide)乃至于全表型组(phenome-wide)尺度下进行基因与环境的交互作用(GxE)关联分析。然而,样本量的大量增长对全基因组关联分析算法的运算速度提出了更严苛的要求。比如,当分析40万样本数据时,一次逻辑回归(logistic ......阅读全文

毕文健等开发针对大样本两基因组分析的算法——SPAGE

  复杂疾病的发生与发展不能完全由遗传变异来解释,而是遗传变异和环境因素共同作用的结果。基于关联分析找出基因与环境的交互作用(GxE effect)有助于我们了解疾病的发病机制和设计个体化治疗方案。但是这种交互作用的关联性较弱,因此常常需要较大的数据样本才能达到足够的检验效能。最近几年,随着测序技术

叶健文:廉价菌株“养”出绿色材料

“明早我去实验室看结果。如果实验结果不理想,我们再讨论修改方案。”晚上10点,华南理工大学生物科学与工程学院教授叶健文给学生发完微信,结束了一天的工作。“实验按周排期,本周应该把菌株‘养’好。不过,辛苦设计出来的菌株,表现不及预期也是常有的事。做科研得有颗平常心。”叶健文对科技日报记者说。在夜色中,

叶健文:廉价菌株“养”出绿色材料

  “明早我去实验室看结果。如果实验结果不理想,我们再讨论修改方案。”晚上10点,华南理工大学生物科学与工程学院教授叶健文给学生发完微信,结束了一天的工作。  “实验按周排期,本周应该把菌株‘养’好。不过,辛苦设计出来的菌株,表现不及预期也是常有的事。做科研得有颗平常心。”叶健文对科技日报记者说。 

陈国强/叶健文合作团队最新成果简报

  Nat Comm|陈国强/叶健文合作团队利用温控动态调控开关在大肠杆菌实现聚羟基脂肪酸酯的精确组装  合成生物学通过构建各类动态调控系统控制精确调控代谢通路,实现目标产物的生产和特定的细胞行为。然而在代谢工程领域,由于实验室构建的基因线路往往缺少鲁棒性,要想在大体积的发酵体系中实现生长对数期的中

武汉卫健委:向李文亮表示沉痛哀悼

  武汉中心医院2月7日凌晨3点48分发布微博:我院眼科医生李文亮,在抗击新型冠状病毒感染的肺炎疫情工作中不幸感染,经全力抢救无效,于2020年2月7日凌晨2点58分去世,对此我们深表痛惜和哀悼。  2月7日3点57分,武汉市卫生健康委员会发布公告:  武汉市中心医院眼科医生李文亮在抗击新型冠状病毒

一文了解hiv基因组结构

  HIV属逆转录病毒科慢病毒属。为逆转录RNA病毒。形状为圆形或杆状,直径100~140nm.  1.HIV的结构蛋白:①包膜蛋白:含外膜蛋白和跨膜蛋白,信号肽。②核心蛋白:在细胞内合成,包括p24、pl7和p12三种结构蛋白、RNA逆转录酶、蛋白酶和整合酶。  2.HIV基因组:基因组为两条相同

关于劳蒙毕综合症的病因分析

  劳蒙毕综合症的病因不明,一般认为是常染色体隐性遗传性疾病,常有阳性家族史,近亲结婚者子女发病率增加,绝大多数患儿染色体检查正常,尸检时下丘脑或垂体先天性缺陷,引起促性腺激素分泌不足,同时合并其他先天性异常。因下丘脑、垂体均有病理改变,分泌LHRH缺陷,导致性腺和性器官发育不良,青春期延迟。

Nature医学:表观基因组决定你胖得健不健康

  肥胖容易带来糖尿病,但并不是所有胖子都会生病。不少肥胖的人拥有正常的代谢能力,“健康”的胖子发展成糖尿病的机率并不高。瑞典卡罗林斯卡学院(Karolinska Institutet)和法国国家健康和医学研究院(INSERM)的研究人员在Nature Medicine杂志上发表文章指出,与肥胖有关

转化毕赤酵母

实验概要本实验介绍了毕赤酵母的转化方法。主要试剂1. 转化当天,配制下列试剂:存于4度5% SDS溶液RD(Regeneration Dextrose) 融化琼脂100ml2. 溶液:转化试剂40%PEG:用水配制40%(w/v)PEG3350(试剂纯)CaT:20mMTris pH7.5,20mM

化学分析揭示毕宿星团恒星末日情形

  天文学界一般认为,某些恒星会在存活近百亿年后变成白矮星,步入“行将就木”阶段。英国科研人员不久前研究了两颗白矮星及其附近环境,揭示了白矮星对其周围天体的影响。   英国剑桥大学等机构的研究人员9日在新一期《皇家天文学会月刊》上报告说,他们借助哈勃太空望远镜的宇宙起源光谱仪,研究了两颗白矮星周边

毕赤酵母活化多久

18小时。根据查询知乎得知,毕赤酵母活化18小时,超过时间会死亡。毕赤酵母巴斯德毕赤酵母,是甲醇营养型酵母中的一类能够利用甲醇作为唯一碳源和能源的酵母菌。

毕赤酵母电转化

实验概要本实验介绍了毕赤酵母电转化方法。该方法无需产生去壁细胞,是产生毕赤酵母重组子的简便方法。与去壁细胞效率相似。实验步骤1. 细胞准备:   1) 在含5mlYPD 的50ml 离心管中,培养毕赤酵母,30 度过夜。   2) 取0.1-0.5ml 过夜培养物,接种含500ml 新鲜培养基的2L

国家卫健委人口文发展中心“精准医疗健康科普项目”启动

6月4日,国家卫生健康委人口文化发展中心“精准医疗健康科普项目”(以下简称“项目”)启动会在北京召开。全国爱国卫生运动委员会办公室副主任、国家卫生健康委规划发展与信息化司司长毛群安通过视频致辞,中国妇幼保健协会会长陈资全、国家卫生健康委人口文化发展中心主任张建兵、副主任刘健和国家卫生健康委科学技术研

重组毕赤酵母的表达

实验概要本文介绍了重组毕赤酵母目的基因表达的方法及条件,为毕赤酵母表达因素给予指导,但对于任何表达系统,最优化条件因表达蛋白的特征而不同。实验步骤1. Mut 胞内或分泌表达:为检测表达条件是否有效,可培养GS115β-gal (Mut )(胞内表达-半乳糖苷酶)。亲代载体转化GS115 或KM71

毕赤酵母LiCl-转化方法

实验概要本文介绍了毕赤酵母LiCl 转化方法。该程序是电转化的替代方法。转化效率为102-103cfu/ug线性化DNA。主要试剂溶液准备:不能用醋酸锂,一定要用氯化锂1. 用无菌去离子蒸馏水配制1M LiCl,过滤除菌,用无菌水稀释2. 用无菌去离子蒸馏水配制50%PEG(3350),过滤除菌,存

毕赤酵母可以养多久

毕赤酵母可以养一年至十年之久。毕赤酵母是一种常见的酵母菌,通常用于发酵面包、蛋糕等食品。酵母在适宜的条件下可以长时间存活和繁殖,但具体存活时间取决于酵母的储存方式和环境条件。如果购买的是干燥的毕赤酵母,可以在密封的包装中保存数年至十年之久,前提是保持包装完好无损,并储存在干燥、阴凉的环境中。

国家卫健委连发三文-给医疗机构、医药电商等带来机遇

  分析测试百科网讯 近日,国家卫健委连发三文《互联网诊疗管理办法(试行)》《互联网医院管理办法(试行)》《远程医疗服务管理规范(试行)》,这是中国医疗主管部门为互联网诊疗、互联网医院、远程医疗服务制定的首批实施细则,对互联网诊疗的定义、范围、规范性做了细致的说明,全面规范互联网行业的同时,也给医疗

郭健:生化分析仪的选择与分析系统

    生化分析仪是利用物理、化学、计算机等技术对生物化学分析过程实现操作自动化的设备,自动化过程可以包括:识别与传递样本、加载样本和试剂、控制反应和检测条件(如温度、波长、时间)、数据处理和系统维护。生化分析仪的分类按其自动化程度可分为全自动和半自动型;按同时可测定项目数又可分为单通道(每次只能检

云南发现亚洲首例发光叩甲

  叩甲科属于昆虫纲鞘翅目叩甲总科,分布于全世界各大洲,大约有10000多种。已报道的发光类群约有200多种,主要分布于拉丁美洲和大洋洲。长期以来,人们一直困惑于拉丁美洲和大洋洲之外的地区是否也有发光叩甲分布。这一困惑近期终于被解开。来自上海的昆虫分类爱好者、中国科学院昆明动物研究所进化基因组学与基

高内涵细胞分析仪的细胞生物学应用——人类基因组RNAi文...

高内涵细胞分析仪的细胞生物学应用——人类基因组RNAi文库筛选Acumen eX3高内涵细胞分析仪的细胞生物学应用(一)——人类基因组RNAi文库筛选得益于高通量技术的广泛应用,在过去的几年里关于基因组学、蛋白组学、细胞组学等“组学”的研究都得到了空前的发展。科学家们从来没有像今天这样能够借助各种自

Science:热点受体结构纤毫毕现

  研究人员得到了人体细胞膜蛋白前所未有的清晰图像。Leiden研究人员Ad IJzerman、Laura Heitman与其同事得到了一种医学靶点蛋白,G蛋白偶联受体家族A2A腺苷受体分辨率最高的晶体结构,研究发表在Science杂志上。   受体   A2A腺苷受体是人体的主要咖啡因受体

毕赤酵母如何做表达

Pichia.pastoris酵母菌体内无天然质粒,所以表达载体需与宿主染色体发生同源重组,将外源基因表达框架整合于染色体中以实现外源基因的表达。包括启动子、外源基因克隆位点、终止序列、筛选标记等。表达载体都是穿梭质粒,先在大肠杆菌复制扩增,然后被导入宿主酵母细胞。为使产物分泌胞外,表达载体还需带有

毕赤酵母表达系统的特点

自从1987年Cregg等首次用巴斯德毕赤酵母(Pichia pastoris)作为宿主表达外源蛋白以来,作为一种新的高效的表达系统,毕赤酵母越来越引起人们的重视,到1995年,已有四十多种外源蛋白在该宿主菌中获得表达。而最近几年每年报道的在毕赤酵母中表达的外源基因就有几十种,且一年比一年多,与其它

一文搞定晶粒度分析!

  金属晶粒的尺寸(或晶粒度)对其在室温及高温下的机械性质有决定性的影响,晶粒尺寸的细化也被作为钢的热处理中最重要的强化途径之一。因此,在金属性能分析中,晶粒尺寸的估算显得十分重要。那么根据一张金相照片我们能从中得到哪些信息呢?一、晶粒度概述  晶粒度表示晶粒大小的尺度。金属的晶粒大小对金属的许多性

一文了解TGA检测分析

  1、名词:热重分析(Thermogravimetric Analysis,TGA),又叫热重法(Thermogravimetry,TG),热重仪(热重分析仪):Thermogravimetric Analyzer 。  2、定义:在程序控制温度下,测量物质的质量与温度关系(w=f(T))的一种热

王文研究组连发Science,Nature子刊文章解析基因组

  在“973”项目的支持下,中国科学院昆明动物研究所研究员王文领导的团队继2013年解析山羊基因组揭示羊绒生长的基因基础之后,近日再次携手华大基因研究院、澳大利亚联邦科学与工业研究组织等国内外机构“破译”了绵羊基因组。至此,所有重要家畜动物的基因组密码全部告破。  山羊和绵羊是反刍动物的典型代表动

王道文委员:促进农作物基因组编辑育种成果转化

“虽然目前有多种育种方法可用于品种选育,但基因组编辑已成为国际上品种创新研发的新一代热点技术。”日前,全国政协委员、中科院遗传与发育生物学所研究员王道文向《中国科学报》记者介绍,与其他方法相比,基因组编辑直接改良农艺性状控制基因,具有精准、高效、省时、省力等特点,因此该技术的优化与应

王道文委员:促进农作物基因组编辑育种成果转化

  “虽然目前有多种育种方法可用于品种选育,但基因组编辑已成为国际上品种创新研发的新一代热点技术。”日前,全国政协委员、中科院遗传与发育生物学所研究员王道文向《中国科学报》记者介绍,与其他方法相比,基因组编辑直接改良农艺性状控制基因,具有精准、高效、省时、省力等特点,因此该技术的优化与应用已成为美欧

高龄患者骨科术毕出现肺栓塞致呼吸心跳骤停病例分析

患者,男,85岁,体质量84kg,身高175 cm。因右大腿肿物进行性增大1月,来甘肃省肿瘤医院就诊,门诊以“右大腿肿物待查”收住院,行“右大腿巨大肿物切除及血管神经探查术”。术前2周患者在外院就诊,行MRI检查提示:右大腿外后缘巨大占位(15 cm×15 cm),合并血栓形成。给予溶栓治疗。用药剂

2019年教育部科技奖评审委员会会议专家(第二批)公布

  2019年高等学校科学研究优秀成果奖(科学技术)评审委员会会议将于2019年9月17-22日召开,现将参加会议的专家(第二批)名单公布如下(按姓氏笔画排序)。  王瑞林、文元桥、方维海、叶为民、田红旗、毕军、朱苗勇、华子春、刘云圻、刘文礼、刘勇、刘静波、孙红文、麦立强、李三忠、李亚栋、李建国、李