中国科学院开发比较群体基因组学新算法
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510371.shtm随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为从基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了前所未有的机遇。但是，目前的分析方法面临着一些技术瓶颈和挑战，其中一个关键问题是如何高效准确地检测作用于非编码区的自然选择效应。另一方面，能够高效、高性能地分析多物种大样本数据也成为方法学方面的迫切要求。中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）陈华团队在多物种联合等位基因频谱理论以及HKA（Hudson-Kreitman- Aguadé）检验的框架上构建了CEGA（Comparative Evolutionary Genomic Analysis）方法。CEGA整合微进化过程与宏观进化过程模型，有效刻画自然选择和群体历史在非编码区形成的遗传多态性“印记”，可高效、准确地检测作用于非编码区上的正向选......阅读全文
抑制瞬时射频干扰新算法助力脉冲星观测
脉冲星是一种周期性发射微弱脉冲信号的中子星，长期以来都是天文和物理的前沿研究领域，涉及引力波探测、精确验证广义相对论、限制极端物理条件下的物态方程、高精度时空基准建立等重要问题。但随着近及时年来通讯及数字技术快速发展，人为的射频信号对来自遥远深空的天文信号造成严重干扰，导致射电天文“干净”的观测
中科院声学所发现新的频率追踪算法
近期，中国科学院声学研究所噪声与振动重点实验室研究员杨军、孙红灵领导的有源降噪团队提出一种新的基于并型陷波器的多频估计算法，该算法复杂度低、估计结果准确，可以有效地追踪多个变化的噪声频率。相关研究成果已在线发表于国际学术期刊《信号处理》。 噪声通常指不需要的声音，它对人类身心均会构成损害。常规
刘小乐教授：CRISPR高通量筛选的新算法
高通量的CRISPR筛选，已在功能基因组学研究中显示出巨大的潜力。12月16日，华人女学者、哈佛大学公共卫生学院Dana-Farber癌症研究所的刘小乐教授，在国际著名学术期刊《Genome Biology》发表题为“Quality control, modeling, and visualiz
美国开发高效法医指纹识别技术新算法
在美国，涉及指纹证据的第一大案是1911年芝加哥的托马斯·詹宁斯谋杀案，因其在犯罪现场留下的指纹而被定罪。在后来的近乎一个世纪里，指纹同时被法庭和公众认为是一个可靠识别方法，然而，最近的研究表明，指纹检查也可能导致错误的结果。如2009年美国科学院的研究报告表明，即使是经验丰富的探员在后来重复检
新算法将更好组装DNA序列－检测特殊遗传突变
刊登在国际杂志Bioinformatics上的一项研究论文中，来自杨百翰大学(Brigham Young University)的研究人员开发了一种新方法来进行人类基因组的装配，而且这或许可以帮助鉴别引发常见遗传障碍的新型突变。 这种新方法依赖于一种新算法，其可以非常敏感地检测DNA序列的特异
Science：新算法有望加快艾滋病疫苗研发
美国研究人员9日在学术期刊《科学》上报告说，他们开发出一种新计算方法，可以更快地发现抵御艾滋病病毒的强力抗体，这一成果有望加快艾滋病疫苗研发。 开发艾滋病疫苗是全球面临的重要任务和挑战。尽管艾滋病病毒已发现30多年，但由于其多变和多样性，迄今还没有一种针对该病的疫苗能离开实验室并大量应用。
新算法突破实现药物靶标亲合力快速精准预测
海南大学药学院教授罗海彬团队联合中山大学药学院副教授李哲团队提出了一种基于组合结构的相对结合自由能 (CS-FEP) 的药物设计新方法，实现小分子药物与生物大分子靶标间的结合自由能（以下简称药物-靶标亲合力）的快速精准预测，取得药物设计关键技术的突破，实现自由能微扰（FEP）在药物设计新方法领域
心血管疾病风险评估新算法再引争议
美国心脏病学会（ACC）和美国心脏协会（AHA）发布《2013ACC/AHA心血管疾病评估指南》。2013美国心脏协会科学会议（AHA2013）上提出的评估动脉粥样硬化性心血管疾病（ASCVD）10年风险的新算法遭到质疑，两位研究人员认为可能存在缺陷。 美国波士顿Brigham妇女医院的Pau
我国科学家提出DNA数字存储纠错新算法
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所农业基因组学技术研发与应用创新团队提出DNA数字存储纠错新算法，成功突破了冗余对纠错能力的限制，将大幅提升DNA存储纠错能力。相关研究成果发表在《国家科学评论》（National Science Review）上。 DNA数字存储以其存储密度高、存储寿命
刘小乐教授：CRISPR高通量筛选的新算法
高通量的CRISPR筛选，已在功能基因组学研究中显示出巨大的潜力。12月16日，华人女学者、哈佛大学公共卫生学院Dana-Farber癌症研究所的刘小乐教授，在国际著名学术期刊《Genome Biology》发表题为“Quality control, modeling, and visualiz
新算法为组织发育和疾病研究提供重要支撑
近日，西南华大生命科学研究院科研团队成功开发了推断细胞时空分化轨迹的新算法SpaTrack，该算法可充分整合细胞的转录组和空间信息，构建细胞分化的动态轨迹，为揭示组织发育、器官再生和疾病进展的动态研究提供了有效的方法支持与重要见解。相关成果在线发表于Cell旗下子刊《细胞系统》。空间坐标和取样时间可
西交大研究提出细胞群体运动与变形新模拟方法
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/4/520164.shtm西安交通大学徐光魁教授团队结合细胞微纳结构特征和活性分子的力-化学反馈回路，开发出基于结构刚度矩阵的高效离散顶点模拟方法，用于研究细胞群体运动与变形的时空演化过程。近日该研究成果发表在
西交大研究提出细胞群体运动与变形新模拟方法
西安交通大学徐光魁教授团队结合细胞微纳结构特征和活性分子的力-化学反馈回路，开发出基于结构刚度矩阵的高效离散顶点模拟方法，用于研究细胞群体运动与变形的时空演化过程。近日该研究成果发表在《纳米快报》上。 研究结果表明，该离散模型能够定量地捕捉扩散集体细胞中的一些关键特征，包括X型波和细胞间应力的
黄萎病菌群体结构与分子演化机制研究取得新突破
近日，中国农业科学院植物保护研究所（以下简称植保所）作物黄萎病研究团队与美国加州大学戴维斯分校等单位合作，在解析黄萎病菌的重要生物学特性以及群体基因组背景下黄萎病菌种群结构与分子演化机制等国际前沿科学问题方面，给出了系统的解决路径与方法，相关论文在线发表在国际知名期刊《植物病理学年评》（Annu
研究发现全新全基因组组装方法
十年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 英国时间12月9日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 这篇论文只有两位作者，
注水算法
迭代注水算法是由Wei Yu提出的，它是一种多用户功率分配算法。这是一种自私算法，当接收端和发送端没有共享信道信息时，它的实现非常简单，复杂度低。但是，当信道上有共享信 息，需要共享信道，这是网络拓扑就会出现远近效应，这就产生了非平衡状态，引起用户间信号干扰，信息传输效率下降。 迭代注水
全基因组分析方法创新，人类百万年前的群体秘密被发现！
9月1日，《科学》（Science）在线发表了中国科学院上海营养与健康研究所李海鹏研究组与华东师范大学脑功能基因组学研究所潘逸萱研究组合作撰写的题为Genomic inference of a severe human bottleneck during the Early to Middle
双向扫描算法和电梯调度算法区别
双向扫描算法和电梯调度算法区别：1、双向扫描(SCAN)算法不仅考虑到欲访问的磁道与当前磁道间的距离，更优先考虑的是磁头，当前的移动方向。例如，当磁头正在自里向外移动时，SCAN算法所考虑的下一个访问对象应足其欲访问的磁道既在当前磁道之外，又是距离最近的。这样自里向外地访问直至再无更外的磁道需要访问
关于蓝藻和叶绿体基因组的比较研究介绍
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。 蓝藻基因组的
分析和比较各种基因组数据的多面手
Partek®是一家致力于开发与整合用于生命科学研究数据分析软件的公司。该公司的系列软件包括――Partek® Flow™, Partek® Genomics Suite™, and Partek® Pathway™――可以提供基因组数据分析的整体解决方案，也是唯一一家可以提供
细胞化学基础蓝藻和叶绿体基因组的比较研究
原核的蓝藻和真核植物（包括其他藻类）中的叶绿体，都同样进行放氧的光合作用，这为人类和整个生物界提供了赖以生存的食物、氧气、能源和原料。对叶绿体和蓝藻的细胞结构和分子生物学特性作分析，证明真核生物的叶绿体可能起源于蓝藻祖先的内共生。这使蓝藻在20多年来已成为光合作用研究的模式生物。蓝藻基因组的作图和测
用新算法实现原子力显微镜精确粒子识别
图像分析是原子力显微镜成像的重要一环。《科学报告》在2018年1月17日发表了一篇名为The Hessian Blob Algorithm: Precise Particle Detection in Atomic Force Microscopy Imagery的文章，采用新算法提高了原子力显微图
新算法能确定两神经元间的连接概率
据物理学家组织网10月18日报道，由德国哥廷根马普研究院科学家领导的一个研究小组，开发出一种破解连接脑神经线路的运算方法，通过检测总体神经元的活动，能确定两个神经元连接在一起的概率。了解神经元之间如何建立信号线路，有助于人们理解大脑的工作原理。相关论文发表在最近的《公共科学图书馆·计算生物学》上
新算法将助科学家生成首张黑洞图像
作为宇宙间的当红“大咖”，黑洞可谓声名赫赫，但迄今人们都未曾见过其真面目。而今，据美国麻省理工学院（MIT）官网消息，一种新算法可将多台射电望远镜提供的数据集成在一起，为黑洞的事件视界（指黑洞最外层的边界范围）生成首张图像。研究人员表示，首张照片最早于2017年“亮相”。 新算法名为“使用补丁
华大基因成功开发移植瘤生物信息分析新算法――PDXomics™
2012年7月17日，华大基因宣布其成功开发出一套适用于异种移植瘤模型生物信息学分析的新算法——PDXomics™，该算法能够将移植瘤与宿主基因组序列进行区分，有效地排除后续分析中异源物种数据的污染，保证分析结果的准确性和可靠性，从而可使移植瘤模型更为有效的应用于肿瘤新药开发和疾病机理研究。
学者提出SDGSAT1地表温度反演新算法
中国科学院广州地球化学研究所研究员王云鹏团队博士研究生李娜和广东省科学院广州地理研究所副研究员许剑辉等合作，针对可持续发展科学卫星1号（SDGSAT-1）提出了改进的三通道劈窗地表温度反演算法，在传统反演算法的基础上考虑了大气水汽对热红外数据地表温度反演的影响。近日，相关成果发表于《IEEE地球科学
基于酶工作原理，新算法设计出高效合成酶
以色列魏茨曼科学研究院科学家在新一期《自然》杂志发表文章称：他们利用基于酶工作原理的计算机新算法设计出高效人工合成酶。这种新型酶不仅能催化天然蛋白质无法完成的化学反应，其效率更达到人工智能（AI）设计酶的100倍，标志着“按需定制”高效酶的新阶段即将来临。通过算法设计的一种酶（白色）将底物（红色、黄
浙大教授Nature子刊：水稻基因组重测序及群体遗传学研究
浙江大学农业与生物技术学院作物科学研究所，中国水稻研究所的研究人员发表了题为“Genomic variation associated with local adaptation of weedy rice during de-domestication” 的文章，以杂草稻群体为材料，通过基因组
北京生科院等在大型褐藻海带群体基因组学研究中取得进展
4月24日，国际学术期刊Nature Communications在线发表了中国科学院北京生命科学研究院研究员赵方庆团队与中国水产科学院黄海水产研究所和复旦大学合作研究的研究论文Saccharina genomes provide novel insight into kelp biology。
版纳园等自主开发出叶绿体全基因组分析比较基因组程序包
高通量测序(High-throughput sequencing)，又称“下一代”测序(Next-generation sequencing)，是近年来在测序技术发展史中具有革命性改变的新突破，能一次并行对几十万到几百万条DNA分子同时测序，因此能对物种的转录组和基因组进行比以往较细致全貌的