如何精准检测评估基因组组装质量？
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510594.shtm......阅读全文
怎样对基因组DNA质量检测
怎样对基因组DNA质量检测用凝胶电泳看,有没有质白质和RNA等物质的污染,还可以测OD,用OD260/280来判断,当OD260/OD280< 1.8,表示蛋白质含量较高当OD260/OD280> 2.0,表示RNA含量较高当OD260/OD280=1.2.0,表示DNA较纯
高质量枸杞基因组被公开
2021年6月3日，Nature旗下期刊Communications Biology发表了宁夏农林科学院曹有龙研究员团队与福建农林大学刘仲健教授团队等合作完成的“Wolfberry genomes and the evolution of Lycium (Solanaceae)” 的重要成果。该
高质量豌豆参考基因组和泛基因组解析完成
9月22日，中国农业科学院作物科学研究所特色农作物优异种质资源发掘与创新利用创新团队联合国内外多家合作单位，成功绘制了中国豌豆基因组高质量精细物理图谱，构建了栽培和野生豌豆泛基因组，解析了豌豆基因组进化特征、群体遗传结构，为揭示豌豆起源驯化，以及基因挖掘、种质创新、育种改良提供了宝贵资源及数据支撑。
Nature－Biotechnology定义病毒基因组标准：何谓高质量基因组
据说，地球上的微生物总量超过了银河系中的恒星数量，而且病毒总量也要比之前预计的多得多。 在最新的Nature Biotechnology杂志上，美国能源部（DOE）联合基因组研究所（JGI）构建了重要的病毒序列数据库，同时提出了病毒基因组标准，指出了三类基因组质量的分级。 目前虽然许多病毒未
高质量向日葵基因组“来了”
英国《自然》杂志5月21日发表论文称，法国卡斯塔内托洛桑国家农业研究院科研人员测序获得了高质量的向日葵参考基因组，这在此前是非常难以完成的。这一资源将为未来的研究提供帮助，有助于人们在考虑到农业限制因素和人类营养需求的前提下，利用遗传多样性改善向日葵的抗逆性和产油量。 向日葵是一种全球性的油料
高质量沙漠蝗虫基因组测序完成
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/6/481733.shtm 近日，美国农业部农业研究院（ARS）的一项研究公布了第一个高质量沙漠蝗虫基因组。这项研究是ARS的Ag100Pest计划的一部分。该计划旨在破译对农业和环境产生影响的100种害虫
谷子高质量图基因组“面纱”揭开
谷子即小米，起源于中国，作为粮食作物深受老百姓喜爱。近日，中国农业科学院作物科学研究所特色农作物优异种质资源发掘与创新利用团队，通过对谷子种质资源的基因组分析，组装了首个谷子高质量图基因组，系统阐明了谷子起源及驯化改良的过程，并创制了谷子图基因组精准高效育种方法，为培育谷子突破性品种提供了理论基础和
如何精准检测评估基因组组装质量？
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高质量的巴戟天基因组图谱发布
中药材巴戟天来源于茜草科植物巴戟天（Morinda officinalis How）的干燥根，是我国著名的“四大南药”和“十大广药”之一，具有1700余年药用历史，并收载于历版《中华人民共和国药典》。巴戟天在广东省的栽培面积最大，产量占全国总产量的90%以上，肇庆市高要、德庆等地为历史道
破译对虾基因组－获国际首个高质量对虾基因组参考图谱
由中国科学院海洋研究所相建海和李富花研究组主导的研究团队，与国内外多家单位共同合作，历时十年成功破译凡纳滨对虾基因组，获得国际首个高质量对虾基因组参考图谱，研究成果于1月21日在《自然-通讯》（Nature communications）在线发表，为甲壳动物研究及对虾基因组育种和分子改良提供了重
我国牵头完成高质量豌豆参考基因组和泛基因组解析
9月22日，中国农业科学院作物科学研究所特色农作物优异种质资源发掘与创新利用创新团队联合国内外多家合作单位，成功绘制了中国豌豆基因组高质量精细物理图谱，构建了栽培和野生豌豆泛基因组，解析了豌豆基因组进化特征、群体遗传结构，为揭示豌豆起源驯化，以及基因挖掘、种质创新、育种改良提供了宝贵资源及数据支
椰子高质量基因组揭示椰子高矮之谜
近日，中国热带农业科学院椰子研究所作为第一完成单位，联合海南大学、广西大学、华北理工大学科研团队，在国际学术期刊《基因组生物学》上发表最新研究论文。 该研究绘制了两个参考级别椰子基因组，结合变异组学、转录组学、代谢组学以及细胞学等，揭示了单子叶植物染色体的进化过程和椰子染色的形成历程；分析了高矮
全球首个血橙高质量基因组发布
5月19日，重庆市农科院发布消息，该院果树所柑橘创新团队杨蕾、洪林、王敏、李霜等研究人员发布了国际首个血橙高质量基因组。相关研究成果以学术论文近日在国际期刊《科学数据》发表。杨蕾介绍，血橙是一种极具特色的甜橙品种，具有较高的花青素含量，其含有的多种成分对人体健康有益。目前，国内血橙主要在川渝地区种植
全球首个血橙高质量基因组发布
5月19日，重庆市农科院发布消息，该院果树所柑橘创新团队杨蕾、洪林、王敏、李霜等研究人员发布了国际首个血橙高质量基因组。相关研究成果以学术论文近日在国际期刊《科学数据》发表。杨蕾介绍，血橙是一种极具特色的甜橙品种，具有较高的花青素含量，其含有的多种成分对人体健康有益。目前，国内血橙主要在川渝地区种植
用－PCR－控制基因组－DNA－文库的质量实验
在该方案中，用限制性内切酶的混合物处理人类基因组 DNA(内切酶混合物的识别位点为 4bp)，产生大概 50〜500bp 的片段。最终使用这一类型的表达文库，是通过利用表型的和生化的筛选方法，分离编码功能多肽或蛋白片段的基因片段。用KlenowDNA 聚合酶处理后，基因组 DNA 片段成为平末端，然
首个藜麦高质量参照基因组公布
英国《自然》杂志2月8日在线发表的一篇植物科学论文，公布了首个藜麦高质量参照基因组。这项新成果将促进藜麦的遗传改良和育种策略，有望提高全球粮食安全。 藜麦是一种营养丰富、无麸质、血糖指数低的作物，所含人体必需的氨基酸、纤维、脂肪、碳水化合物、维生素能和矿物质达到出色的平衡，是唯一一种单体植物，
用－PCR－控制基因组－DNA－文库的质量实验
试剂、试剂盒 ddH20 Vent 缓冲液 Vent DNA 聚合酶 dNTP 质粒 DNA PCR 引物
抗根肿病芜菁高质量参考基因组发布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/4/478019.shtm 芸苔属植株在长期对抗根肿病菌的过程中CR基因的进化模型 课题组供图 近日，华中农业大学教授张椿雨、教授杨庆勇团队与沈阳农业大学教授朴钟云团队合作，发布了抗根肿病的欧
用－PCR－控制基因组－DNA－文库的质量实验
试剂、试剂盒 ddH20Vent 缓冲液Vent DNA 聚合酶 dNTP质粒 DNAPCR 引物仪器、耗材 琼脂糖凝胶电泳所需的试剂和设备热循环仪实验步骤 一、材料1. 缓冲液、溶液和试剂ddH202. 酶和酶缓冲液10X Vent 缓冲液Vent DNA 聚合酶3. 核酸和寡核苷酸dNTP，各
接近完整：高质量白菜基因组图谱发布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494026.shtm近日，中国农业科学院蔬菜花卉研究所分子育种创新团队研究获得接近完整组装的白菜基因组，揭示白菜着丝粒的快速进化特征。相关研究成果在线发表于《植物生物技术》（Plant Biotechno
全球首张榨菜高质量基因组图谱问世
9月6日，《自然-遗传》（Nature Genetics）杂志在线发表了浙江大学农业与生物技术学院园艺系教授张明方团队的最新研究成果，课题组通过高通量测序技术，绘制了世界上第一张榨菜全基因组图谱，并从基因组选择与进化层面解答了榨菜“家乡味”的成因，这一进展将对芥菜类蔬菜作物的改良产生重要意义。
多种测序技术成就高质量的蚊子基因组
提起蚊子，相信大家没有爱只有恨吧。这种恼人的生物不仅会吵得你睡不好觉，还会传播多种疾病。每年全球大约有4亿人感染由埃及伊蚊（Aedes aegypti）传播的病毒，包括登革热、黄热病、寨卡和基孔肯雅病毒。 为了更好地了解蚊子背后的生物学，并开发消灭蚊子的工具，由洛克菲勒大学领导的国际研究团队本
科学家构建高质量金粟兰基因组图谱
11月26日，《自然—通讯》以背靠背的形式在线发表了两项由中国科研团队主导的研究，这两项研究填补了核心被子植物最后一个主要分枝——金粟兰目的基因组信息，为破解被子植物的早期演化历程提供了更翔实的证据。被子植物是地球上数量最多、种类最丰富的植物类群。还原植物清晰的间亲缘关系系统发育树，对了解被子植物的
基因组组装质量评价的建议指标体系发布
近日，中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所研究员王鹏联合上海应用技术大学博士王飞，提出了评价基因组组装连续性的CC ratio（contig/染色体对数比例）指标，建立了基因组组装质量评价的建议指标体系。该体系覆盖连续性、完整性、准确性、杂合性、细胞器基因组等五个方面、共十四项指标，解决了基因组
几近完整的高质量草莓参照基因组公布
据英国《自然·遗传学》杂志25日在线发表的一项研究，美国科学家报告了一个几近完整的草莓参照基因组。该高质量基因组不但为了解草莓起源和演化历史提供了新见解，还对未来改善其品种及提高抗病性大有助力。 八倍体栽培种草莓卡姆罗莎有8组染色体，也被称为花园草莓，因其味美清香而深受喜爱。 此次，美国密歇
高质量黑麦基因组揭示重要的农艺基因
Nature Genetics 2021年3月18日，由河南农业大学王道文研究员团队联合多个单位共同破译黑麦基因组。相关研究成果“A high-quality genome assembly highlights rye genomic characteristics and agronomi
中国热科院牵头发布椰子高质量基因组
近日，中国热科院椰子研究所作为第一完成单位，联合海南大学、广西大学、华北理工大学科研团队，在国际学术期刊 Genome Biology（影响因子：13.58；中科院一区）上发表题为“High-quality reference genome sequences of two coconut cu
我国科学家开发高质量基因组组装软件
11月25日，中国科学院遗传与发育生物学研究所梁承志研究组开发的高质量基因组组装软件HERA在《自然-通讯》在线发表（Nature Communications，DOI：10.1038/s41467-019-13355-3）。论文题目为Assembly of chromosome-scale c
提取基因组dna后，怎样判断dna的纯度和质量
用紫外分光光度计测od值a260/a280正常1.8左右如果制备的dna样品a260/a2802，说明样品中rna过高，可用rnase消化后，用酚、氯仿、异戊醇抽提，再用乙醇沉淀dna
首个野生大豆高质量参考基因组被解析
近日，香港中文大学林汉明教授团队及华大基因等多家国内外机构合作完成了全球首个野生大豆高质量参考基因组解析，该成果为挖掘野生大豆遗传资源和改良、优化栽培大豆品种提供了重要工具。相关研究成果近日在线发表于《自然-通讯》。图片来源于网络 基因组信息是当前作物改良计划的重要基础。过往大豆基因组研究主要