如何精准检测评估基因组组装质量？
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百香果高质量基因组获破译
百香果是一种具有重要经济和观赏价值的热带水果。近日，中国热带农业科学院海口实验站百香果研究团队在《园艺研究》在线发表论文，报道了百香果染色体级别基因组，明确了百香果的进化地位，基因组、转录组和代谢组等多组学角度挖掘了影响百香果风味的潜在基因和基因家族，为百香果改良栽培提供了宝贵资源。 研究团
高质量基因组揭示草果特有风味物质生物合成
近日，华南农业大学联合怒江绿色香料产业研究院、中国农业科学院深圳基因组研究所、广东药科大学等8家单位完成了草果（Amomum tsao-ko）高质量基因组组装工作及解析草果特有风味物质生物合成。相关研究在线发表于Horticulture Research。 草果是姜科豆蔻属重要的香料作物，也是传
我国学者攻破高质量角苔参考基因组
苔藓类包括苔、藓和角苔三大分支，是现存最早的陆生植物，代表了植物演化过程中从水生到陆生的过渡类群。长久以来关于早期陆地植物的起源与植物登陆一直存在诸多争论和未解之谜。近年来，人们利用组学数据将早期陆地植物的系统位置争论聚焦到了角苔类上。角苔类以其难解的系统位置、衍生与原始兼具的形态特征、与细菌和
PacBio构建目前最高质量的植物基因组参考序列
来自中科院遗传与发育生物学研究所，四川农业大学的研究人员发表了题为“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章，对一个籼稻基因组蜀恢498（R498）进行PacBio单分子测序，结合遗传图谱和
两个菠菜野生种高质量基因组序列发布
近日，国际期刊《新植物学家》（New Phytologist）在线发表了两个高质量的菠菜野生种基因组序列。这项研究由中国农业科学院蔬菜花卉研究所菠菜遗传育种课题组钱伟团队完成，揭示了菠菜的染色体结构，并解析其重要的驯化性状。该研究为进一步利用菠菜野生资源、培育优质菠菜品种具有重要意义。两个菠菜野生种
两个菠菜野生种高质量基因组序列发布
近日，国际期刊《新植物学家》（New Phytologist）在线发表了两个高质量的菠菜野生种基因组序列。这项研究由中国农业科学院蔬菜花卉研究所菠菜遗传育种课题组钱伟团队完成，揭示了菠菜的染色体结构，并解析其重要的驯化性状。该研究为进一步利用菠菜野生资源、培育优质菠菜品种具有重要意义。两个菠菜野生种
水生所发布高质量AB品系斑马鱼参考基因组
斑马鱼是生命科学、健康科学和环境科学等研究领域的重要模式生物之一。常见的两种实验室斑马鱼品系分别是Tubingen品系和AB品系。其中，AB品系斑马鱼被国内外很多实验室作为研究对象。然而，却缺乏一个高质量的AB品系斑马鱼参考基因组。 由于不同品系斑马鱼来源不同，各品系之间存在着大量基因序列上的
世界重大害虫马铃薯块茎蛾高质量基因组破译
马铃薯块茎蛾形态特征和危害症状。中国农科院植保所供图 近日，中国农业科学院植物保护研究所经济作物虫害监测与防控创新团队联合国内外多家单位，组装了茄科作物的世界重大害虫马铃薯块茎蛾的染色体水平高质量基因组，相关研究结果发表在Nature旗下刊物《科学数据》（Scientific Data）。 马铃薯
中国科学家开发出高质量基因组组装软件
高质量基因组序列对于研究一个物种基因组的结构、功能、进化、基因定位和克隆等都至关重要。目前单分子测序技术的发展，已使得构建高质量基因组草图越来越容易。然而，这些草图序列仍然存在着由于组装序列碎片化而导致的多种错误，比如不完整的基因序列、排列到染色体上之后的片段遗漏、排列顺序错误和方向错误等。这些
我国科学家成功绘出高质量木本棉基因组图谱
我国科学家成功绘制出高质量的木本棉基因组图谱，并对棉属进化机制及重要经济性状功能基因进行了分析。对四倍体棉种及其它多倍体物种的形成过程的揭示，为研究棉花纤维质量和抗病虫灾害等重要农艺性状奠定了遗传学基础。研究成果近日发表在《自然·遗传学》杂志上。 棉花是全球最重要的经济作物之一，棉花属共包括4
Frontiers－in－Genetics首个非性逆转黄鳝高质量基因组参考图谱
中国水产科学研究院长江水产研究所水产养殖与遗传育种研究室科研人员在国际期刊《遗传学前沿》（Frontiers in Genetics）发表题为《Chromosome-Scale, Haplotype-Resolved Genome Assembly of Non-Sex-Reversal Fem
Nature：科学家绘成高质量油棕榈全基因组图谱
日前，一支国际联合研究小组确定了一种称之为 Shell 的基因调控了油棕榈树的产量。油棕榈的果实和种子是全球近一半食用植物油的供应源，并且是最有前景的生物燃料来源之一。 新研究为我们提供了高质量的油棕榈全基因组图谱，并且还搜索了对于科学和工业均极为重要的基因序列。这一付诸多年努力所取得
动物、植物、微生物中提取高质量的基因组DNA
基因组DNA的提取通常用于构建基因组文库、Southern杂交(包括RFLP)及PCR分离基因等。利用基因组DNA较长的特性,可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。加入一定量的异丙醇或乙醇，基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中, 可用玻棒将其取出，而小分子DNA则只形成颗粒状沉淀
动物、植物、微生物中提取高质量的基因组DNA
概 述 基因组DNA的提取通常用于构建基因组文库、Southern杂交(包括RFLP)及PCR分离基因等。利用基因组DNA较长的特性,可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。加入一定量的异丙醇或乙醇，基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中, 可用玻棒将其取出，而小分子DNA则
我国科学家成功绘制出高质量木本棉基因组图谱
我国科学家成功绘制出高质量的木本棉基因组图谱，并对棉属进化机制及重要经济性状功能基因进行了分析。对四倍体棉种及其它多倍体物种的形成过程的揭示，为研究棉花纤维质量和抗病虫灾害等重要农艺性状奠定了遗传学基础。研究成果近日发表在《自然·遗传学》杂志上。 棉花是全球最重要的经济作物之一，棉花属共包括4
具有独特浓郁风味的中国水蜜桃高质量参考基因组发布
近日，北京市农林科学院在《自然·通讯》上发表了研究论文，公布了具有独特浓郁风味的中国水蜜桃高质量参考基因组，阐释了以水蜜桃为代表的优质资源对于全球桃现代育成品种遗传贡献；揭示了桃风味改良过程中，东、西方对甜度趋同选择和酸度分化选择的模式，解析了重要基因在果实有机酸和可溶性糖积累中的功能。该研究提
动物、植物、微生物中提取高质量的基因组DNA（一）
基因组DNA的提取概 述基因组DNA的提取通常用于构建基因组文库、Southern杂交(包括RFLP)及PCR分离基因等。利用基因组DNA较长的特性,可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。加入一定量的异丙醇或乙醇，基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团飘浮其中, 可用玻棒将其取出，而小分子DN
动物、植物、微生物中提取高质量的基因组DNA（二）
5. 仔细移取上清液至另一50ml离心管,加入1倍体积异丙醇,混匀,室温下放置片刻即出现絮状DNA沉淀。 6. 在1.5ml eppendorf中加入1ml TE。用钩状玻璃棒捞出DNA絮团,在干净吸水纸上吸干,转入含TE的离心管中,DNA很快溶解于TE。 7. 如DNA不形成絮状沉淀,则可用500
Caliper微流体芯片技术成为评估基因组DNA质量的新方法
随着疾病和药物治疗在遗传水平上的研究越来越普遍，高质量基因组DNA的有效性及评估其质量的方法是必不可少的。在一些研究中，比如下一代测序和分子诊断，保证基因组DNA的完整性(有大片段的分布并没有降解)是得到高质量结果的决定性步骤。 目前，琼脂糖凝胶通常被用于直观的分析基因组DNA的质量。这些
科学家开发基因组组装质量评估和改进的新方法
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中国科研团队研发出新工具，精准检测评估基因组组装质量
京10月19日电 (记者 孙自法)近年来，随着基因测序技术和算法不断发展，大量物种基因组被陆续测序和组装，为相关研究和应用提供重要遗传信息。因此，如何精准检测评估基因组组装质量高低、避免组装错误等非常关键，也备受关注。 记者19日从中国科学院植物研究所获悉，该所焦远年研究团队最新研究开发出一种
我国科学家发布海带高质量染色体水平参考基因组
近日，中国科学院海洋研究所海藻种质库团队在大型海藻基因组学研究方面取得重要突破，成功构建了海带的高质量染色体水平参考基因组。该成果发表在国际期刊《科学数据》。这是该团队在海洋经济藻类基因组研究领域取得的又一重要成果，为海带的遗传改良和基因组学研究提供了关键资源。海带孤雌生殖孢子体基因组组装 海洋
科学家首次发布银鲳高质量染色体水平参考基因组
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519516.shtm近日，中国科学院海洋研究所在银鲳基因组学研究方面取得新进展，首次发布了我国重要名贵经济鱼类——银鲳的高质量染色体水平参考基因组，相关研究成果在《自然》子刊《科学数据》在线发表。银鲳隶属
科学团队研究组装无患子染色体级别高质量基因组
近日，中国林业科学研究院亚热带林业研究所林木种质资源研究团队在《经济作物和产品》（Industrial Crops & Products）上发表了研究论文。该研究组装了无患子的染色体级别高质量基因组，分析挖掘了油脂合成候选基因，开发验证了一套特异分子标记，为无患子基因组学研究和种质遗传改良及鉴定评价
科学家构建出目前最高质量的植物基因组参考序列
随着PacBio单分子实时（SMRT）测序技术的发展，利用它已能够独立完成高质量基因组草图的组装。然而，这些草图序列中仍然存在多种错误，比如序列中会包含有很多嵌合体（即不同位置的序列连接到了一起）或是组装质量比较差的区域等，特别是重复序列区域有的没有组装出来，有的组装出来多个序列，而且这些错误通
郑果所解析桃高质量基因组及果实香气遗传进化机制
桃汁多、味美，受到全世界广大消费者的喜爱。然而，随着长期以来育种家培育出大果、高糖和耐贮藏品种，消费者反映果实香气变淡、桃没桃味。利用基因组是研究果实重要农艺性状的有力工具。7月26日，Plant Journal在线发表了中国农科院郑州果树所王力荣和曹珂研究员为通讯作者的题为“New high-
小小角苔－会“借”基因——首个高质量角苔参考基因组发布
中国科学院植物研究所研究员陈之端团队通过一系列精细设计的去污染流程，得到了119 Mb的芽胞角苔基因组组装结果，获得了第一个高质量的角苔参考基因组，填补了苔藓类植物相关研究的空白。相关成果2月10日作为封面文章在线发表于国际学术期刊《自然—植物》（Nature Plants）上。图片来源于网络
香港中文大学等解析全球首个野生大豆高质量参考基因组
香港中文大学林汉明团队和华大基因等多家机构合作，完成全球首个野生大豆高质量参考基因组解析。该成果为挖掘野生大豆遗传资源和改良、优化栽培大豆品种提供了重要依据。相关成果近日在线发表于《自然—通讯》。 “大豆的基因组含有大量重复区，组装时困难重重。我们整合了几种最新测序方法产生大量数据，才最终把问
华中农大张吉斌组等获得高质量水虻基因组图谱
水虻基因组图谱和肠道微生物组降解规律获解析 近日，华中农业大学生命科学技术学院张吉斌教授课题组与上海植物生理研究所黄勇平研究员课题组合作，对武汉亮斑扁角水虻纯化10代的品系进行了全基因组测序，获得了高质量水虻基因组图谱，并对水虻转化不同有机废弃物的肠道微生物组进行分析，揭示了水虻能在畜禽粪污等
迄今最完整植物测序之一高质量现代月季基因组图“开花”
科技日报北京5月2日电 英国《自然·遗传学》杂志1日在线发表了一个法国联合研究团队的论文，公布了现代月季的基因组序列，这是迄今最完整的植物基因组序列之一。现代月季的基因组非常难以破译，该研究成果将帮助人们从分子角度了解其背后的基因和代谢流程。 现代月季（Rosa chinensis）拥有独