针对治疗蛋白质的完整性水平进行峰检测的深度学习框架
最近，印度理工学院（位于德里）化学工程系进行了一项研究，使用液相色谱-质谱联用技术（LC–MS）来区分单克隆抗体（mAb）中的异变体（糖型），能够对其进行表征，揭示了在完整水平上可辨识的峰。尽管商业软件中具备自动化峰检测功能，但为了达到最优的真实阳性率，通常需要利用视觉检查和手动调整。最近，印度理工学院（位于德里）化学工程系进行了一项研究，使用液相色谱-质谱联用技术（LC–MS）来区分单克隆抗体（mAb）中的异变体（糖型），能够对其进行表征，揭示了在完整水平上可辨识的峰。LCGC International采访了文章的通讯作者Anurag Rathore，谈论了他的部门的研究结果。您的论文（1）展示了您和您的合著者进行的一项研究，该研究使用基于机器学习（ML）的方法进行峰检测，以促进商业许可生物类似药与创新产品之间的直接比较。与其他方法相比，使用ML进行此操作的优势是什么？与传统的峰检测方法不同，传统方法需要有关样本的预先信息，......阅读全文
Deep－Genomics：融资1670万美元，它将深度学习带到基因组学
基因组学正在探索DNA变异如何影响特定疾病，使用机器深度学习对DNA和细胞中关键分子的关系进行建模，从而让基因组学的研究更有效。 在用深度学习研究基因组学的时代，Deep Genomics推开了第一扇窗。Deep Genomics，即“Deep Learning + Genomics”，是
人工智能解锁新领域－深度学习算法助力发现古人类遗迹
近年来，深度学习作为机器学习的一个分支，在考古学中迅速普及应用，使得考古工作的效率得到提升。除了用于发现考古遗迹，预测、翻译古文字，人工智能还参与了部分文物的修复过程。 人工智能继续探索新领域，这次是考古。 近日，来自美国宾夕法尼亚州立大学、澳大利大悉尼大学等4所研究机构的研究人员，在著名考
BMC－Biology：基于深度学习预测E3泛素连接酶识别位点
真核细胞内蛋白质的降解依赖于自噬及泛素-蛋白酶体系统（2004年诺贝尔化学奖）。其中，泛素-蛋白酶体系统负责降解细胞内超过80%的蛋白，该系统的关键酶为E3泛素连接酶，负责识别要被降解的底物蛋白并将其泛素化。人体内表达600余种E3，这些E3以特定规则结合不同底物蛋白，从而实现降解过程的特异性。底物
深度学习方法可协助临床医生准确诊断糖尿病视网膜病变
近日，来自芬兰阿尔托大学(Aalto University)的科学家们通过研究发现深度学习（Deep Learning）方法可以协助临床医生准确诊断糖尿病视网膜病变及黄斑水肿，相关研究成果以“Deep Learning Fundus Image Analysis for Diabetic Ret
谷歌深度思维推出自我训练“机器猫”，可快速学习新任务
谷歌“深度思维”公司研究人员最近将人工智能与一款名为“机器猫”的机器人结合起来，预计它将在自我训练机器人的世界中实现一大飞跃。利用大型语言模型背后的相同技术研发的“机器猫”，不仅可快速学习新任务，还可通过构建自己的性能数据来提高性能。研究论文发表在预印本服务器arXiv上。 到目前为止，机器人
深度学习算法优化序列特异性的CtoG单碱基编辑器
8月12日，Nature Communications发表了题为Optimization of C-to-G base editors with sequence context preference predictable by machine learning methods的研究论文，该研
深度学习能够提高设备检测糖尿病性视网膜病变的准确度
根据2月14日在线发表于《Diabetes Care》的一项研究，深度学习会提升糖尿病相关检测设备灵敏度与准确度的提高，从而更加有利于准确检测糖尿病视网膜病变（DR）。 在最近发表的这项研究中，来自阿姆斯特丹VU医疗中心的Frank D. Verbraak及其同事通过混合深度学习增强设备对视网
深度学习方法可协助临床医生准确诊断糖尿病视网膜病变
糖尿病视网膜病变(diabetic retinopathyDR)是糖尿病(diabetes mellitusDM)最常见最严重的并发症之一，也是成年人低视力和盲的主要原因，它严重影响着全球成千上万人的生活质量。目前我国糖尿病确诊患者超过9000万，隐性患者近1.5亿人。糖尿病病史10年患者中DR
一种基于半监督学习的深度状态空间模型在植物生长建...
一种基于半监督学习的深度状态空间模型在植物生长建模中的应用研究培育优质高产的作物一直是科学家们追求的目标，人们通过一系列先进的栽培技术来实现此目标。比如对于番茄的培育，由于干旱胁迫有利于番茄的糖分积累，所以人们可以运用精准灌溉技术来控制水分的供给量从而优化番茄果实品质，然而这项技术并没有在农田实践中
灵素系统——一种基于基因指纹和深度学习的药效预测系统
2021年6月17日，北京大学国际癌症研究院谢正伟团队在Nature Biotechnology（IF=36.6）在线发表了题目为“Prediction of drug efficacy fromtranscriptional profiles with deep learning”的科研论文（
Nature子刊:深度学习预测传统RNASeq无法检测的选择性剪接
项目负责人Yi Xing博士是CHOP计算和基因组医学中心主任，本周他与博士生Zijun Zhang和Zhicheng Pan在《Nature Methods》报道了这款DARTS的框架。DARTS，又称为深度学习加强的RNA-seq转录剪接分析（Deep-learning Augmented
单细胞测序数据分析中使用深度学习方法的挑战有哪些？
在单细胞测序数据分析中使用深度学习方法面临以下一些挑战： 1. 数据稀缺性 - 高质量、大规模且标注准确的单细胞测序数据集相对较少，这限制了深度学习模型的训练和泛化能力。 2. 数据高维度和复杂性 - 单细胞测序数据通常具有高维度（成千上万的基因），这增加了模型学习的难度和计
声学所提出一种基于深度学习的水下目标定位新方法
近年来，浅海声源定位，尤其是水下低频宽带声源的定位问题，受到了国内外研究者的广泛关注。匹配场等传统方法需要环境的先验知识对声场进行建模，而环境参数瞬息万变，往往不能准确获得，环境参数的这种不确定性会造成传统方法的定位性能不佳。 为了减少对环境先验知识的依赖，近日，中国科学院声学研究所语言声学与
研究人员开发出能自动识别转移癌细胞的深度学习算法
亥姆霍茨慕尼黑中心2019年12月12日消息：该研究中心与慕尼黑大学、慕尼黑工大合作开发了一款不仅能自动识别扩散的癌细胞，而且还能找到分散在小鼠全身单个癌细胞的算法。 癌症是全球最常见的死亡原因，但90%以上的癌症病人不是死于癌细胞扩散而非原发性肿瘤。由于生物发光法、MRI成像法等目前的技术分
蛋白质组学之逆袭，深度注释基因组
申请课题缺创新点？撰写论文没思路？急着毕业时间紧？别怕，对于吉凯，一切都是套路！更有甚者，对于宇宙终极难题：“屌丝如何逆袭白富美？”老司机黄博也有一套经典案例分享给大家。 从前，在生物学研究领域，有一个白富美叫基因组学（Genomics），她有一项强大的技能：DNA测序，凭借这项技能，她完
双深度PCA：找到人类蛋白质关键变构位点
根据6日发表在《自然》网站上的一项新研究，人类蛋白质表面的潜在治疗靶点的数量比之前认为的要多得多。西班牙巴塞罗那基因组调控中心（CRG）的研究人员开发出一项突破性新技术，揭示了许多控制蛋白质功能的“秘密大门”，从理论上讲，这些“门”可以显著改变痴呆症、癌症和传染病等各种疾病的进程。现在，他们已经
北京大学深度学习实验室是北大数据科学研究中心
北京大学深度学习实验室是北京大学数据科学研究中心（北京大数据研究院）最重要的基础研究机构。它集结了北京大学在计算机科学、应用和计算数学、统计学等领域的最活跃的学者。实验室主任由机器学习领域国际上最活跃的学者之一张志华教授担任。希望用三到五年的时间建成世界一流的研究机构，成为中国深度学习和人工智能
单细胞测序数据分析中深度学习方法的稳定性如何提高？
提高单细胞测序数据分析中深度学习方法稳定性的策略： 1. 数据增强 - 采用数据扩充技术，如随机旋转、翻转、添加噪声等，增加数据的多样性，从而使模型对数据的变化更具鲁棒性。 2. 正则化 - 应用正则化方法，如 L1 和 L2 正则化、Dropout 等，防止模型过拟合，提高
科学家找到深度学习基因组学应用的一顶“黑帽子”
研究人员首次将深度学习与贝叶斯假设检验结合，利用深度学习强化RNA可变剪接分析的准确性。 在生命科研领域，常有人说深度学习的基因组学应用好比是“一个盲人在一间黑暗的房子里寻找一顶并不存在的黑色帽子”。言下之意，是遗憾深度学习的基因组学应用并没有给人们带来太多惊喜。不过，近日宾夕法尼亚大学和费
蛋白质组学之逆袭：深度注释基因组（三）
人类尚未充分认识复杂的癌症基因组是如何转化为导致复发和死亡的驱动生物学的，将蛋白质组学与基因组学结合在一起能够让我们获得对癌症的新认识，同时提供一种有价值的资源以便科学界能够用来提出关于这些疾病的新假设，以及治疗它的手段。蛋白质基因组学终有一天会被证明是一种强大的临床工具，使得人类能够横跨癌症基因组
蛋白质组学之逆袭：深度注释基因组（二）
针对一些乳腺癌亚型和携带常见突变如PIK3CA和TP53突变的肿瘤，分析结果揭示出了一些新的蛋白质标记物和信号通路。另外将一些基因中的拷贝数改变与蛋白质水平联系一起，从而鉴别出了10个新的候选调控因子。其中两个候选基因SKP1和 CETN3可能与癌基因EGFR有关联。EGFR是一种特别具有侵
蛋白质组学之逆袭：深度注释基因组（一）
申请课题缺创新点？撰写论文没思路？急着毕业时间紧？别怕，对于吉凯，一切都是套路！更有甚者，对于宇宙终极难题：“屌丝如何逆袭白富美？”老司机黄博也有一套经典案例分享给大家。从前，在生物学研究领域，有一个白富美叫基因组学（Genomics），她有一项强大的技能：DNA测序，凭借这项技能，她完成了对多种物
深度分析
目的是获得深度-成分分布曲线或深度方向元素的化学态变化情况。常用离子溅射法：用惰性气体离子束轰击样品，逐层剥离样品表面，然后对表面进行分析。
水生所等研发出基于大数据挖掘和深度学习的有害藻类水华预警系统
近日，中国科学院水生生物研究所毕永红团队联合德国卡尔斯鲁厄工学院，研发出基于大数据挖掘和深度学习的有害藻类水华预警系统。相关研究成果作为封面文章，发表在《环境科学与技术》（Environmental Science & Technology）上。该研究致力于创建高时间分辨率的水柱垂向维度有害藻华（H
新探针可实现对蛋白质N端组学深度富集检测
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/518515.shtm2月29日，中国科学院上海药物研究所研究员黄河、柳红合作，研究设计合成了一种含有吡啶甲醛片段的可断裂分子探针2PCA-Probe，可实现对蛋白质N-端的深度富集检测。相关研究发表于《美
新探针可实现对蛋白质N端组学深度富集检测
中国科学院上海药物研究所研究员黄河、柳红合作，研究设计合成了一种含有吡啶甲醛片段的可断裂分子探针2PCA-Probe，可实现对蛋白质N-端的深度富集检测。相关研究发表于《美国化学会志》。蛋白质水解是一种广泛存在的翻译后修饰方式，在多种生物过程中发挥重要作用。在正常组织中，大多数蛋白酶的活性受到严格调
向低等动物学习，向年轻个体学习
再生是人类永恒的梦想：东方有借莲花重生的哪吒，西方有靠一滴血就能复活的金刚狼。但扫兴的是，现实中人类的再生能力非常、非常弱。还能挽救一下吗？就在大年初一，中国科学家在学术期刊Cell Discovery上发表了一篇论文，指出一种常见的小分子化合物，能显著促进哺乳动物的组织再生：加速伤口修复、促进毛发
学习资料：浆质体
浆质体，又称浆逸出体或胞浆球，是早幼粒细胞极度增生时，其胞浆逸出而形成。为圆球形，大小同成熟红细胞，一般直径在8-10微米左右，有些则直径略大，如本图的浆质体则接近白细胞大小。浆染淡蓝色，无细胞核，有类似早幼粒细胞的颗粒。在急性粒细胞性白血病时较易见，偶见感染或正常人。
捕集离子淌度质谱带来磷酸化蛋白质组研究新的深度
Yasushi Ishihama 教授 京都大学分子与细胞生物分析实验室 2021年1月发表于www.ddw-online.com 目前，在蛋白质生物化学和蛋白质组学相关研究中，质谱（MS）已广泛应用于鉴定和表征蛋白质。且随着技术的不断发展，质谱已经实现了更高的覆盖深度、更快的分析速度和更
深度结合技术可预言蛋白结合点查出致病突变
据国外媒体报道，美国加州食品与农业研究学会科学家近日提出一项名为“深度结合”的最新技术手段，通过运用机器学习技术分析蛋白质与DNA和RNA的结合方式，查出可阻断细胞进程的致病突变。 美国加州食品与农业研究学会高级研究员布伦丹-弗雷运用“深度学习”技术，最新研发出一项可查出致病突变的科技手段。