NatureMethods提出癌症分型新方法
肿瘤几乎从来就没有共享过完全相同的遗传突变，这一事实使得人们为更好地将癌症类型分门别类、以及开发出更有效的靶向性治疗所付诸的科学努力面临困难重重。 在发表于9月15日《自然方法》(Nature Methods)杂志上的这篇新研究论文中，来自加州大学圣地亚哥分校研究人员提出了一种称作为基于网络分层(network-based stratification, NBS)的新方法，这种方法不是根据个体患者的异常突变，而是根据这些突变如何影响共享的遗传网络或系统来鉴别癌症亚型。 课题负责人、加州大学圣地亚哥医学院遗传学部门主管Trey Ideker 博士说：“分型是朝着个体化医疗目标迈出的最基本的一步。根据患者的数据，将患者归类到与治疗相关的亚型。例如，一种癌症亚型已知对药物A反应很好，对药物B则反应不好。不进行分型，每位患者看起来当然都是一样的，你不会想到如何采用不同的方法来治疗他们。 近年来科学知识和......阅读全文
印度实施大规模基因组测序计划
据4月19日《印度教徒报》消息，印度将实施一项涉及1万人的基因组测序项目，以便进一步开展相关疾病防治研究。 2003年人类基因组首次被测序，开启了将个体特定基因与疾病相关联的新途径。包括囊性纤维病、珠蛋白生成障碍性贫血等在内的近万种疾病与单个基因故障有关。同时基因还可能对特定药物具有不同敏感性
简述全基因组测序的技术路线
全基因组测序的技术路线：提取基因组DNA，然后随机打断，电泳回收所需长度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接头, 进行DNA簇（Cluster）制备，最后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法对插入片段进行测序。然后对测得的序列组装成Contig，通
关于全基因组测序的应用介绍
全基因组测序的应用：通过生物信息手段，分析不同个体基因组间的结构差异，同时完成SNP及基因组结构注释。 DNA突变可诱发癌症。吸烟过程中所释放的>60种致癌化学物质可与DNA结合并对DNA链上的鸟嘌呤和腺嘌呤进行化学修饰从而产生大的加合物，该加合物改变了DNA双螺旋的结构，如果不被核苷酸剪切修复
人类基因组测序的缘起
虽然公众对于开展人类基因组测序已经翘首以待，但是为这项计划举办的首次协调会却令人泄气。1984年夏季，美国能源部（DOE）健康与环境研究项目主任查尔斯·德利西（Charles DeLisi）召开了专家会议，旨在评估人类基因组测序技术的可行性。自20世纪80年代早期以来，能源部的研究人员一直在致力
首个蕨类植物基因组测序完成
蕨类植物是地球上最多样化的植物种群之一，也是仅有的没有完成基因组测序的主要植物种群。2018年7月18日，美国康奈尔大学研究人员在《自然-植物》期刊上发表了其完成蕨类植物基因组测序的结果。 蕨类植物的基因组较大，可以拥有多达720对染色体，包含多达1480亿个碱基对的DNA序列（Gb）。相比之
HiSeqXTen开创基因组测序的新时代
新年伊始，Illumina公司在第32届摩根大通保健大会上重磅推出最强大的测序仪：HiSeq X Ten。这一套测序系统包括10台HiSeq X测序仪，适合群体规模的测序项目。据Illumina介绍，HiSeq X Ten首次让$1000的基因组测序成为现实。以Illumina成熟的
关于全基因组测序的内容介绍
1998年，克莱格·凡特的塞雷拉基因组公司成立，而且宣布将在2001年完成测序工作。随后国际团队也将完成工作的期限提前。2000年6月26日，塞雷拉公司的代表凡特，以及国际合作团队的代表弗朗西斯·柯林斯（Francis Collins），在美国总统柯林顿的陪同下发表演说，宣布人类基因组的概要已经
Nature子刊发布重磅测序技术：基因组和转录组平行测序
四月二十七日的Nature Methods杂志上发布了一项引人注目的测序技术，G&T-seq（Genome and Transcriptome Sequencing）。该技术能够实现大规模的DNA和RNA平行测序，同时展现单个细胞的基因组序列和基因活性。 研究人员用G&T-seq对220个小鼠
科学家进行基因组测序－成功破译金雕基因组
作为一种知名度极高的猛禽，金雕经常以威猛霸气的形象出现在影视作品和小说中。现在，英国研究人员完成了对金雕的基因组测序工作，希望从基因层面深入了解这一物种，以便更好地保护它们。 金雕以巨大的体型和敏捷有力的飞行等特征而著名，其成鸟的翼展平均超过2米，体长可达1米。金雕一般生活于多山或丘陵地区
宏基因组学技术测序木乃伊的肺结核基因组
来自华威大学的研究者使用宏基因组学技术发现215年之久的木乃伊的肺结核基因组。 由Mark Pallen带领的研究团队试图用技术来发现组织学标本中的肺结核的DNA。 宏基因组学是一种从样本中检测DNA序列的技术，并且样本不需要培养或扩增。这种方法避免了与细菌培养或DNA扩增
Nature对儿童癌症基因组分析，有望实现儿童癌症精准治疗
在一项新的研究中，来自美国圣犹大儿童研究医院等研究机构的研究人员证实患有癌症的儿童和成年人通常具有不同的发生突变的基因来促进疾病产生，这提示着这些患者可能受益于不同的疗法。这一发现强调了对儿童癌症进行精准医疗的必要性。相关研究结果于2018年2月28日在线发表在Nature期刊上，论文标题为“P
Nature子刊：癌症单细胞测序新技术
只有通过近距离观看修拉(Seurat)的绘画，你才能鉴别出点描法背后的复杂性。其在模式中应用了不同的纯色小点，从远处看就形成了一幅图像。与之相似，生物学家们和遗传学长期以来也在寻求在单细胞水平上分析基因的图谱，然而技术局限性使得直到现在也只能在远处遥望。 发布在7月22日《自然生物技术》(
Cell：癌症基因组计划再取重要成果
来自德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员称，他们将最致命的皮肤癌类型——黑色素瘤分为了4个不同的基因亚型，这一研究发现有可能会在寻求个体化医疗领域体现它的价值。这项研究是癌症基因组图谱计划（TCGA）的一个组成部分，研究人员将他们的成果发布在6月18日的《细胞》（Cell）杂志上。 研究人
Nature新闻：读取癌症的基因组蓝图
在过去的10年里，人类基因组测序从划时代的科学成果进入到了商业化的阶段。新一代的测序(NGS)设备结合强有力的生物信息学使得研究人员常规概览各种肿瘤类型扭曲及受损的基因组图谱成为可能。相应地，公司、临床研究团体和学术中心正竞相将来自癌症基因组学不断增长的数据转变为一些靶向性的、患者特异性的治疗策
Nature：99个癌症基因组全面解析
近日来自美国、澳大利亚、加拿大的研究人员组成的一个国际研究小组报告了一项大规模胰腺癌基因组分析研究的结果，揭示了导致这一癌症潜在突变的复杂性，发现了与之相关的两条新信号途径。这些信息将推动开发出胰腺癌的新早期诊断测试。相关论文在线发表在10月24日的《自然》(Nature)杂志上。 贝勒医
癌症基因组项目(TCGA)完成之反思
经过美国不懈的努力，涉及上万个癌基因的癌基因组项目正式告一段落。该项目在2006年开始，预计花费1亿美元进行研究，并且癌症基因组图谱（TCGA）现在已经成为国际癌症基因组协会最大的组成部分，该项目汇聚了来自16个国家的科学家，并发现了接近10万个与癌症相关的基因突变。 现在的问题是，下一步怎么
基因组学:－跨越癌症研究国界
1982年11月，在尼日利亚海军医院外足球场上踢球的一名军官，突然摔倒死亡。这名男子被带到急诊室时，当时还是一个新人的 Olufunmilayo Funmi Olopade医生正在值班。“我们搞不明白为什么他死亡，这让我感到震惊，从那时开始我意识到，我需要做更多的工作来理解和帮助人们。”Ol
PNAS：探查癌症基因组ncRNA“暗物质”
来自西奈山Icahn医学院的研究人员在癌细胞中发现了一组可以激发免疫反应的非编码RNA分子，它们具有与病原体相似的一些特征。由于这些分子在癌症中表达并扩增，它们造成的免疫反应有可能影响了癌症的生长。这项研究发布在《美国国家科学院院刊》（PNAS）上。 研究人员是通过探查基因组“暗物质”组成部分
《Nature－Genetics》：癌症的基因组结构研究
癌症的基因组结构研究发表《Nature Genetics》 B细胞通过一系列精心控制的染色体重排和“良好”突变产生抗体，这些突变使细胞能够产生大量不同的抗体。“尽管变化对产生大量多样的抗体至关重要，但仍有可能发生‘坏’突变并导致B细胞源性癌症，”研究负责人、哥伦比亚大学内科医师和外科医生学院微
今年底要测序3000个基因组
1月17日，美国《国家科学院院刊》刊发了一组文章，描述了地球生物基因组计划（EBP）的目标、迄今的成就和下一步的行动。这意味着旨在绘制地球上所有植物、动物、真菌和其他微生物基因组图的EBP进入一个新阶段，从试点项目转向全面测序。“EBP特辑报道了生物学史上最大规模协同工作的本质和激动人心之处。”EB
全基因组测序解密慢性高原病
8月16日，由加州大学圣地亚哥分校、华大基因等单位共同完成的安第斯高地人慢性高原病全基因组测序及相关研究，在《美国人类遗传学杂志》上发表。研究为探索高原适应性的遗传机制提供了基础理论，也为慢性高山病的机理研究及治疗提供了科学依据。 全球约有1.4亿人世居高原。对于高原低氧环境的不适，通常会
我国科学家完成谷子基因组测序
5月14日由深圳华大基因和河北省张家口市农科院等单位完成的谷子基因组研究成果于《自然·生物技术》在线发表。科研人员成功构建了谷子全基因组序列图谱，为揭示谷子抗旱节水、丰产、耐瘠和高光合作用效率等生理机制的研究提供了新的途径，并为高产优质、抗逆谷子新品种的培育奠定了坚实的基础。
单分子测序轻松升级参考基因组
现代基因组学的最大需求之一，就是得到人类和模式生物的高质量完成基因组。目前，人们利用二代测序技术对越来越多的物种(从原核生物到真核生物)进行了基因组测序，取得了许多重要的研究成果。 不过大部分物种的基因组还中存在有大量的缺口gap，就目前的数据来说，各种已测序物种的基因组中缺口gap所占的
如何选择适合自己的简化基因组测序
简化基因组鉴定位点数受基因组大小、基因组上酶切识别位点的分布和数量的影响。根据所使用酶的识别位点信息和基因组序列情况可以通过模拟估计理论的酶切片段数量。对于常规RAD和2bRAD来说目标就是所有酶切位点相关片段，但是GBS这种间接进行片段选择的，一般情况下位点数比真实的酶切相关片段数更多，可以通过选
《自然》：科学家成功测序水螅基因组
一个国际科研小组日前完成了水螅基因组的测序工作，相关成果3月14日公布在英国《自然》杂志网络版上。 水螅是一种腔肠动物，大多雌雄同体，通常进行无性生殖，夏初或秋末进行有性生殖。测序结果显示，水螅基因数目与人类基因相似，二者也分享了诸多相同基因。令科学家们惊讶的是，水螅也存在与亨廷顿舞蹈症以
最新果蝇基因组测序，展现奇妙的进化
对真核生物进行全基因组测序在二十世纪还是一项了不起的大工程，直到2000年末人们还只完成了四项这样的研究。不过自那以后，测序技术的飞速进步使全基因组测序对于许多研究团队来说触手可及，现在每隔不久就会涌现出一项新的测序成果。日前，维也纳兽医大学Christian Schlötterer研究组的
雪貂基因组测序加深人类疾病研究
近日，一个国际研究团队进行了雪貂基因组测序,他们认为这将巩固雪貂作为研究人类呼吸道疾病如流感和囊性纤维化的生物模型。 研究人员检查了雪貂感染大范围流感病毒后基因随着时间推移的不同表达，通过研究囊性纤维化雪貂模型反映了人类疾病的发展。 基因分析中心的合著人Federica Di Palm
《科学》：科学家完成牛基因组测序
有助于优质肉、奶生产 一个国际科学家团队4月23日说，他们已完成了牛的基因组测序工作，这一成果将有助于生产质量更好的牛肉和牛奶。 在美国农业研究局和贝勒医学院的领导下，来自25个国家的300多位科学家以海福特牛为样品牛，历经6年完成了基因组测序工作。24日出版的新一期美国《科学》杂志
英国发布部分小麦基因组测序结果
新的基因研究成果可能将成为开发各种更加抗盐、抗旱或提高产量的小麦新品种的开始。 随着英国科学家日前发布了第一批小麦基因组的测序结果，一项能够改进未来农作物并提高农业产量的生物技术研究取得了重要进展。 科学家们表示，新的基因研究成果可能将成为开发
300多种反刍动物基因组将测序
据最新一期《自然·遗传学》杂志报道，由多个机构组成的国际“端粒对端粒（T2T）”联盟正在推进“反刍动物端粒-端粒”项目，旨在对300多种反刍动物的基因组进行测序。研究团队期望通过测序得到的基因组图谱，推动农业的发展并促进动物保护工作的深入开展。该项目建立在T2T联盟最新发布的一系列重要成果的基础之上