NatureGenetics|中国农大等单位合作通过泛基因组分析揭示苹果属（Malus）的进化与多样性
近日，Nature Genetics在线发表中国农业大学等团队合作的题为“Pan-genome analysis reveals the evolution and diversity of Malus”的研究论文，该论文首次对30个苹果属物种（涵盖二倍体与多倍体）进行高质量基因组测序与组装，构建图基泛基因组揭示遗传多样性，解析多倍体杂交起源与进化机制，验证驯化关键基因MdMYB5的功能变化，并开发生物信息工具IntervalConvertor提升选择清除分析效率。 主要研究内容 1. 基因组测序与组装 目标：对30种苹果属（Malus）物种进行全基因组测序和组装，包括20个二倍体和10个多倍体物种，涵盖主要进化谱系和地理区域。 方法：使用PacBio HiFi数据结合Hi-C技术进行基因组组装，实现染色体级别的组装质量。 2. 进化分析与系统发育树构建 目标：解析苹果属的进化历史和遗传多样性。 ......阅读全文
Cell：全基因组测序揭示人类遗传多样性
遗传的历史就书写在现代非洲人的DNA中，但还需要一些调查工作来对其进行注释。在即将出现在8月3号《细胞》(Cell)杂志封面上的一篇报道中，宾夕法尼亚大学的遗传学家们和他们的同事对分属三个不同狩猎者(hunter-gatherer)群体的15个非洲人的完全测序基因组进行了分析，并破解了一些必定涉
Nature－Genetics－|－中国农大等单位合作通过泛基因组分析揭示苹果属（Malus）的进化与多样性
近日，Nature Genetics在线发表中国农业大学等团队合作的题为“Pan-genome analysis reveals the evolution and diversity of Malus”的研究论文，该论文首次对30个苹果属物种（涵盖二倍体与多倍体）进行高质量基因组测序与组装，构
大豆基因组重测序表明:野生大豆遗传多样性更高
“中原有菽，庶民采之。”五千年前，华夏始祖将野生大豆驯化，变成今天的“五谷”之一。而今，一项被称为“大豆回家”的基因组研究计划在其故乡中国取得突破。 11月15日，由香港中文大学、华大基因研究院、农业部基因组重点实验室、中国农业科学院等单位合作完成的《31个大豆基因组重测序揭示遗传多样性和
科学家发现控制红苹果着色分子机制
红苹果，人人爱。可是，苹果皮为什么能进化出诱人的红色，是个有趣而复杂的问题。 4月2日，《自然-通讯》在线发表了中国科学家的最新成果，诠释了苹果为什么这样红的奥秘。中国农业科学院果树研究所（以下简称果树所）苹果资源与育种创新团队在完成了苹果花药培育纯系高质量基因组测序的基础上，揭示了反转座子控
中国农大团队构建首个苹果属图形泛基因组
中国农业大学教授韩振海团队基于30份苹果属植物高质量基因组，系统解析了苹果属数千万年的演化历程，并构建了首个苹果属图形泛基因组，发布了苹果属遗传多样性全景图。日前，相关研究成果发表于《自然-遗传学》。苹果属植物倍性复杂，分布横跨欧亚、美洲等多个地理区域，是研究基因组多倍化与杂交的重要木本植物类群。全
长读长测序技术：拯救基因组组装项目
随着高精度长读长测序技术的出现，基因组难以组装的状态正在改变。《Nature Methods》杂志上近日发表了一篇文章，介绍了基因组组装项目如何受益于这种技术。 自测序技术问世以来，利用DNA序列的片段来组装人类、动植物或微生物的基因组就一直是难题。许多参考基因组都存在缺陷，如组装错误或存在缺
单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员近日在《Genome Biology》上发表文章，介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为，单分子测序数据能降低测序费用，并带来更多完整的基因组，改善微生物基因组数据库的质量。 随着测序费用的不断下降，测序项目的数量也在不断上升。G
研究揭示苹果转座子调控等位基因特异性表达机制
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/8/484573.shtm 苹果花瓣颜色与MYB10和MYB110a的表达量相关。中国农科院果树所供图 近日，中国农业科学院果树研究所苹果资源与育种创新团队联合国内外科研机构，从全基因组层面上阐
苹果的红色从哪来
红苹果，人人爱。可是，苹果皮为什么能进化出诱人的红色，是个有趣而复杂的问题。4月2日，《自然—通讯》在线发表了中国科学家诠释红苹果奥秘的最新成果。中国农业科学院果树研究所（以下简称果树所）苹果资源与育种创新团队在完成苹果花药培育纯系高质量基因组测序的基础上，揭示了反转座子控制红苹果着色的分子机制
《自然—方法学》发表媲美基因组测序速度的组装算法。
10年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 12月10日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 论文作者、中国农业科学院农业
海洋所首次完成仿刺参基因组测序和组装
日前，我国科学家在国际上首次完成仿刺参基因组测序和组装，对刺参生物学和遗传育种研究具有重要科学意义，将对我国刺参产业发展产生重要推动作用。 该成果由中国科学院海洋研究所研究员杨红生团队和相建海团队共同完成，在天津生物芯片技术公司的技术支撑下，突破了刺参复杂基因组测序和组装技术瓶颈，采用新一代测
我国科学家完成大蒜基因组测序和组装
近日，中国农业科学院麻类研究所南方蛋白饲料植物资源开发与利用团队联合有关高校和企业，历时4年完成了大蒜基因组的测序和组装工作。相关研究成果在线发表在《分子植物》上。 据课题组成员刘头明研究员介绍，大蒜是重要的蔬菜作物之一，我国大蒜的年播种面积达到1000万亩以上。大蒜具有膨大的鳞茎，富含大
图形泛基因组为苹果精准育种“加码”
人生尝到的第一口水果很可能就是苹果。它不仅口感大众化，而且营养颇为丰富，是全世界最受欢迎的水果之一。 中国工程院院士、中国农业科学院作科所研究员刘旭指出，当前我国苹果种业面临优异种质资源匮乏、核心性状改良周期长、现代分子技术应用不足等“瓶颈”问题，严重制约了苹果新品种的选育及产业的持续提质增效
武汉植物园在苹果遗传多样性及驯化特征方面取得进展
DNA序列差异的鉴定是解析重要生物学性状的基础。中国科学院武汉植物园果树分子育种学科组博士马百全在研究员韩月彭的指导下，对30份苹果种质资源进行了简化基因组测序，获得39,635个均匀分布在苹果染色体上的单碱基多态性位点（SNPs）。 基于这些SNPs的遗传学研究结果表明：苹果野生种的遗传多样
全基因组测序揭示蒙古族遗传结构
内蒙古民族大学生命科学学院白海花团队对175名蒙古人进行了全基因组测序，从而揭示了蒙古族的遗传结构。11月6日，相关成果发表于《自然—遗传学》。 历史上，蒙古族的统治疆域曾北至俄罗斯的西伯利亚，南至中国南海，东北至黑龙江，西南至缅甸泰国境内，蒙古族民众也因此四散各地。不过，对于蒙古族人如何影响
全基因组测序揭示蒙古族遗传结构
内蒙古民族大学生命科学学院白海花团队对175名蒙古人进行了全基因组测序，从而揭示了蒙古族的遗传结构。11月6日，相关成果发表于《自然—遗传学》。 历史上，蒙古族的统治疆域曾北至俄罗斯的西伯利亚，南至中国南海，东北至黑龙江，西南至缅甸泰国境内，蒙古族民众也因此四散各地。不过，对于蒙古族人如何影响其他
研究揭示海湾扇贝两个亚种基因组测序和组装
日前，青岛农业大学在扇贝育种研究方面再次取得重要进展，海洋科学与工程学院教授王春德课题组与合作单位成功完成海湾扇贝北部亚种和南部亚种基因组测序和分析，相关研究成果在线发表于《自然》旗下开源期刊Scientific Data。 此前，王春德课题组已完成紫扇贝基因组测序和组装，紫扇贝和海湾扇贝两个
基因测序证明栽培苹果起源于新疆
15日，国际著名学术期刊《自然·通讯》以《基因组重测序揭示苹果起源演化历史及果实大小的二步驯化模型》为题发表了山东农业大学陈学森教授研究团队与美国康奈尔大学费章君研究团队的合作研究成果，证明世界栽培苹果起源于我国新疆。 苹果是世界温带地区栽培面积最大的果树之一，其起源演化与人类文明进步密不可分
中医科学院中药所等完成菊花基因组测序
近日，中国中医科学院中药研究所和安利植物研发中心宣布，利用纳米孔测序技术突破复杂基因组测序，该团队在世界首次完成了菊属植物菊花的全基因组测序，并完成了重要的药用菊花品种——杭白菊的全长转录组遗传信息发掘。相关研究成果和基因组数据已在中国中医科学院中药研究所官网及安利植物研发中心学术研究网站公布，
遗传发育所研究团队领衔完成小麦A基因组测序
3月24日，国际著名学术刊物《自然》在线发表了题为Draft genome of the wheat A-genome progenitor Triticum urartu的研究论文。该项研究首次完成了小麦A基因组的测序和草图绘制，比较全面地揭示了A基因组的结构和表达特征，对未来
聚焦基因组组装－至今最大组装竞赛寻找最优基因组指标
2013年7月23日，由华大基因和BioMed Cental联合创办的开放式期刊《GigaScience》发表了当前最大、最系统的基因组组装过程及评价结果。在第二届Assemblathon竞赛中，共有21个团队基于由三种不同的测序技术所得的鸟、鱼和蛇的未组装基因组数据，提交了43个组装结果，
千种热带植物基因组计划启动
近日，第一届国际热带植物学术会议在海南三亚举行。会上启动的海南大学—贝纳基因等千种热带植物基因组计划与热带作物基因组与分子育种数据库联合平台计划，将进一步加强热带海量植物资源保护与利用基础研究，服务海南热带高效农业发展，同时为热带雨林植物数字化管理提供理论依据及全新方法。 据介绍，我国和全球热
PacBio全新Sequel－II系统助力入侵物种的鉴定
对于美国葡萄园和苹果园的园主来说，斑衣蜡蝉（spotted lanternfly）简直是噩梦一般的存在。这种贪婪的食客吸食葡萄、苹果等70多种植物的汁液。若任其蔓延，将会造成数百亿美元的损失。 不过好消息是，美国农业部的科学家近日已利用PacBio新推出的Sequel II测序系统，对一只田间
Science蜜蜂多样性越高，苹果越高产
康奈尔大学领导的，发表在Science杂志的一项新研究表明，与自然栖息地环绕的果园相比，被农业用地包围的苹果园的蜜蜂种类的多样性较差。相应的，为果园授粉的蜜蜂种类越少，亲缘关系越密切，苹果的产量就会受到影响。相反，在被自然栖息地包围的果园里，有更多种类的蜜蜂给苹果花授粉，产量增高。 研究人员检
蝴蝶基因组大小进化进展－发现表型多样性进化遗传基础
蝴蝶因其丰富的形态多样性，自达尔文时代就作为研究物种适应性进化的重要类群之一，近几年更被认为是研究形态遗传、进化和发育的理想模型，已成为发育生物学、进化生物学、种群遗传学、保护生物学和生态学等研究领域的重要模式生物之一。 中国科学院昆明动物研究所科研团队在2015年完成所有蝴蝶模式种金凤蝶及其
昆明动物所揭示家养动物高原适应遗传机制
青藏高原低氧低压、寒冷、强紫外线等极端环境塑造了其独特的生物多样性资源。家养动物高原适应性状遗传机制的解析，不仅能够研究环境与遗传发育的相互作用机制，也有助于青藏高原动物遗传资源的保护和长远开发利用，为高原家畜育种、提高家畜的生产性能和品种改良提供重要信息和理论指导，进一步促进青藏高原地区生态文
中国科学家国际上首次完成仿刺参基因组测序组装
近日，记者从中国科学院海洋研究所获悉，我国科学家正式完成仿刺参基因组测序和组装，这在国际上尚属首次。该研究成果对刺参生物学和遗传育种研究具有重要科学意义，对我国刺参产业发展将产生重要推动作用。 据了解，该项研究得到了国家科技部973 、863计划，国家基金委，中国科学院和山东省科技厅、青岛市
Nat－Commun：全基因组测序剖析肾癌形成的遗传结构
近日，来自麦基尔大学等处的研究人员通过研究揭示了肾癌发病的遗传结构，或为揭示马兜铃酸暴露和肾癌的发生率之间的关系提供一定的依据，相关研究刊登于国际杂志Nature Communications上。 文章中研究人员主要对一种名为透明细胞癌的肾癌进行研究，透明细胞癌占所有成人细胞癌的2.4%，每年
健康个体全基因组测序，竟发现罕见病遗传风险！
全基因组测序涉及对个体DNA中30亿个碱基的分析，是一项先进的生物技术，这项技术将迎来预测和预防疾病的新纪元。 然而，对健康人群使用基因组测序是有争议的，因为没有人完全确定具有稀有遗传病风险的变异以及患者和他们的医生将如何应对这些风险。 在哈佛医学院研究员6月26日发表的一篇新文章中，报告了
健康个体全基因组测序，竟发现罕见病遗传风险
全基因组测序涉及对个体DNA中30亿个碱基的分析，是一项先进的生物技术，这项技术将迎来预测和预防疾病的新纪元。 然而，对健康人群使用基因组测序是有争议的，因为没有人完全确定具有稀有遗传病风险的变异以及患者和他们的医生将如何应对这些风险。 在哈佛医学院研究员6月26日发表的一篇新文章中，报告了