《自然—方法学》发表媲美基因组测序速度的组装算法。
10年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 12月10日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 论文作者、中国农业科学院农业基因组研究所博士阮珏与美国哈佛大学医学院博士李恒，将这个新的第三代测序数据组装算法称为Wtdbg。 第三代测序的尴尬 20年前，破译人类遗传密码还是极具挑战的大科学工程，当时的人类基因组测序计划与曼哈顿原子弹计划、阿波罗计划并称为三大科学计划。 如今，完成一个人的全基因组测序已经是普通实验室甚至家庭都可以负担起费用的“平常事”。用第三代测序技术完成个体全基因组测序仅需一天，费用也已经低于5万元。 2011年，PacBio公司正式宣布第三代单分子测序开始商业化。相比于第二代测序每个序列的几百碱基对测序读长，第三代测序的平均读长达......阅读全文
《自然—方法学》发表媲美基因组测序速度的组装算法。
10年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 12月10日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 论文作者、中国农业科学院农业
三代基因测序组装算法和软件研发获突破
DNA基因测序技术从上世纪70年代起，历经三代技术后，目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域，并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计，2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿，按最近几年增长
北京生科院提出基因组重复区域组装新算法
2016年12月，国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为The combination of direct and paired link graphs can boost repetitive
分析比产生更快？中国“智”造全基因组组装算法
10年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 12月10日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 论文作者、中国农业科学院农业
单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员近日在《Genome Biology》上发表文章，介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为，单分子测序数据能降低测序费用，并带来更多完整的基因组，改善微生物基因组数据库的质量。 随着测序费用的不断下降，测序项目的数量也在不断上升。G
长读长测序技术：拯救基因组组装项目
随着高精度长读长测序技术的出现，基因组难以组装的状态正在改变。《Nature Methods》杂志上近日发表了一篇文章，介绍了基因组组装项目如何受益于这种技术。 自测序技术问世以来，利用DNA序列的片段来组装人类、动植物或微生物的基因组就一直是难题。许多参考基因组都存在缺陷，如组装错误或存在缺
《自然》封面：大熊猫基因组测序
由深圳华大基因研究院发起，中国科学院昆明动物研究所、中国科学院动物研究所、成都大熊猫繁育研究基地和中国保护大熊猫研究中心参与的合作研究成果《大熊猫基因组测序和组装》，1月21日以封面故事形式在国际权威杂志《自然》上发表。 在国家林业局、深圳市政府、深圳市盐田区政府及相关企业的支持下，“
《自然》社论关注人类基因组测序
2月10日出版的《自然》杂志刊登社论——《最好的还未到来》（Best is yet to come），回顾了人类基因组测序工程过去10年的发展并展望其值得期盼的辉煌未来。以下为文章主要内容： 从比尔·克林顿（Bill Clinton）到托尼·布莱尔（Tony Blair），2001年
《自然》：科学家成功测序水螅基因组
一个国际科研小组日前完成了水螅基因组的测序工作，相关成果3月14日公布在英国《自然》杂志网络版上。 水螅是一种腔肠动物，大多雌雄同体，通常进行无性生殖，夏初或秋末进行有性生殖。测序结果显示，水螅基因数目与人类基因相似，二者也分享了诸多相同基因。令科学家们惊讶的是，水螅也存在与亨廷顿舞蹈症以
海洋所首次完成仿刺参基因组测序和组装
日前，我国科学家在国际上首次完成仿刺参基因组测序和组装，对刺参生物学和遗传育种研究具有重要科学意义，将对我国刺参产业发展产生重要推动作用。 该成果由中国科学院海洋研究所研究员杨红生团队和相建海团队共同完成，在天津生物芯片技术公司的技术支撑下，突破了刺参复杂基因组测序和组装技术瓶颈，采用新一代测
我国科学家完成大蒜基因组测序和组装
近日，中国农业科学院麻类研究所南方蛋白饲料植物资源开发与利用团队联合有关高校和企业，历时4年完成了大蒜基因组的测序和组装工作。相关研究成果在线发表在《分子植物》上。 据课题组成员刘头明研究员介绍，大蒜是重要的蔬菜作物之一，我国大蒜的年播种面积达到1000万亩以上。大蒜具有膨大的鳞茎，富含大
研究发现全新全基因组组装方法
十年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 英国时间12月9日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 这篇论文只有两位作者，
《自然》：美首次对老鼠基因组调控序列测序
美国科学家在7月1日出版的英国《自然》杂志上撰文表示，他们首次详细标示出了老鼠基因组功能序列中一个重要部分——调控序列的详细情况。老鼠是生物医学研究中最广泛使用的哺乳动物模型，因此，最新研究也将有助于我们进一步解读人类基因组。 加州大学圣地亚哥分校路德维格癌症研究所基因调控实验
研究揭示海湾扇贝两个亚种基因组测序和组装
日前，青岛农业大学在扇贝育种研究方面再次取得重要进展，海洋科学与工程学院教授王春德课题组与合作单位成功完成海湾扇贝北部亚种和南部亚种基因组测序和分析，相关研究成果在线发表于《自然》旗下开源期刊Scientific Data。 此前，王春德课题组已完成紫扇贝基因组测序和组装，紫扇贝和海湾扇贝两个
聚焦基因组组装－至今最大组装竞赛寻找最优基因组指标
2013年7月23日，由华大基因和BioMed Cental联合创办的开放式期刊《GigaScience》发表了当前最大、最系统的基因组组装过程及评价结果。在第二届Assemblathon竞赛中，共有21个团队基于由三种不同的测序技术所得的鸟、鱼和蛇的未组装基因组数据，提交了43个组装结果，
中国科学家国际上首次完成仿刺参基因组测序组装
近日，记者从中国科学院海洋研究所获悉，我国科学家正式完成仿刺参基因组测序和组装，这在国际上尚属首次。该研究成果对刺参生物学和遗传育种研究具有重要科学意义，对我国刺参产业发展将产生重要推动作用。 据了解，该项研究得到了国家科技部973 、863计划，国家基金委，中国科学院和山东省科技厅、青岛市
希望组自主三代组装软件NextDenovo最新版本全球学术开源
希望组面向全球释放三代测序数据高效纠错、组装软件NextDenovo最新版本V2.0-beta.1 （https://github.com/Nextomics/NextDenovo），并免费开放用于学术和其他非商业用途。据悉，本次希望组发布的最新版本NextDenovo是专为三代测序数据开发的纠
基因组测序
如果楼主指的是人类基因组计划，那时用的方法叫做双脱氧终止法，也叫做sanger法。它的原理是在DNA合成过程中，DNA聚合酶能够使用ddNTP(双脱氧核苷酸）来作为原料，但它的反应会在加入ddNTP的时候终止。具体实验是通过PCR来完成的，但与普通PCR不同，它只需要一个引物而不是一对。在4个相同的
新算法将更好组装DNA序列－检测特殊遗传突变
刊登在国际杂志Bioinformatics上的一项研究论文中，来自杨百翰大学(Brigham Young University)的研究人员开发了一种新方法来进行人类基因组的装配，而且这或许可以帮助鉴别引发常见遗传障碍的新型突变。 这种新方法依赖于一种新算法，其可以非常敏感地检测DNA序列的特异
青岛农大等团队完成海湾扇贝两个亚种基因组测序和组装
日前，青岛农业大学在扇贝育种研究方面再次取得重要进展，海洋科学与工程学院教授王春德课题组与合作单位成功完成海湾扇贝北部亚种和南部亚种基因组测序和分析，相关研究成果在线发表于《自然》旗下开源期刊Scientific Data。 此前，王春德课题组已完成紫扇贝基因组测序和组装，紫扇贝和海湾扇贝两个
细胞器基因组组装软件开发研究获进展
真核生物细胞器基因组包括线粒体和质体（包括叶绿体、白色体等）的全部DNA分子，是细胞质遗传的主要载体。在动植物和真菌的单个细胞内，有多个（甚至成千上万个）细胞器基因组单元的拷贝，使得利用低覆盖度的全基因组测序数据组装得到完整的细胞器基因组成为可能。随着DNA高通量测序技术的发展，测序成本下降，低
我国科学家完成小麦A基因组测序，成果在《自然》发表
小麦是全球最重要的粮食作物，养活了世界上40%的人口，但其庞大且复杂的基因组一直是国际研究的难题。近日，我国科学家成功完成了小麦A基因组的测序和染色体精细图谱的绘制，对小麦的遗传改良和分子设计育种等具有重要意义。这一成果今天（10日）凌晨在国际学术刊物《自然》上在线发表。 科研人员通过对乌拉尔
《自然》：新一代高速测序技术完成沃森基因组
该成果向个人化基因组的目标又迈进了一步 图片说明：新测序出的碱基代码排出的沃森头像。（图片来源：Nature） 在4月17日的《自然》杂志上，美国的科学家发表了首个利用新一代高速测序技术得到的全基因组，而接受这一全基因组测序的不是别人，正是“DNA之父”詹姆斯•沃森。该成果标志着人类基因
中美合作Sparc新软件弥补三代基因测序“硬伤”
中国科学院昆明动物研究所“计算生物与医学生态学科组”研究员马占山与美国马里兰大学博士叶承曦在基因测序领域的合作取得新的突破。针对第三代基因测序仪硬件错误率高达15%~40%的现实，该团队研发出了一套“线性复杂度”的算法，这套算法复杂性最低，基于该新算法完成了Sparc软件的开发。 Sparc
Nature子刊：新技术攻克单分子测序大问题
来自冷泉港实验室(CSHL)的一位定量生物学家及同事们开发出了一种混合错误校正新方法攻克了单分子测序的重大问题，可将长读(long reads)的准确度提高到99.9%。这一研究成果发布在7月1日的《自然生物技术》(Nature Biotechnology)杂志上。 领导这一研究的是冷
中国科研团队研发出精准检测评估基因组组装新工具
近年来，随着基因测序技术和算法不断发展，大量物种基因组被陆续测序和组装，为相关研究和应用提供重要遗传信息。因此，如何精准检测评估基因组组装质量高低、避免组装错误等非常关键，也备受关注。 记者19日从中国科学院植物研究所获悉，该所焦远年研究团队最新研究开发出一种不依赖参考基因组的组装质量评估新工
新型DNA测序算法让“重复片段”不再神秘
美国华盛顿大学的一个研究小组称，他们使用了一种被称为“mrFAST”的新型DNA测序算法，可对基因的重复片段进行精确统计并对其作用作出初步判断。相关研究发表在8月30日出版的《自然·遗传学》杂志上。 据了解，截至2003年底，绝大部分的人类基因组已获得测定。但基因组中仍有许多的区域未获得测
北京生科院提出编码基因重建的新方法
2016年11月，国际学术期刊《基因组生物学》（Genome Biology）在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室研究员赵方庆团队题为A novel codon-based de Bruijn graph algorithm for gene construction fro
中美合作在三代基因测序软件领域再次取得重要突破
针对第三代基因测序仪硬件错误率高达15%—40%的现实，该团队研发出了一套“线性复杂度”（复杂性最低）的算法，Sparc软件即基于该新算法完成。 综合测试显示：采用测序深度仅为30x的三代基因测序数据，Sparc取得组装共识（Consensus)时错误率低于0.5%；同时与目前最优秀的同类软件
中国科研团队研发出新工具，精准检测评估基因组组装质量
京10月19日电 (记者 孙自法)近年来，随着基因测序技术和算法不断发展，大量物种基因组被陆续测序和组装，为相关研究和应用提供重要遗传信息。因此，如何精准检测评估基因组组装质量高低、避免组装错误等非常关键，也备受关注。 记者19日从中国科学院植物研究所获悉，该所焦远年研究团队最新研究开发出一种