重大突破！新加坡发布长读长RNA测序数据集SGNEx
由新加坡科技研究局基因组研究所领导的科学家团队，发布了迄今全球最大、最全面的长读长RNA测序数据集之一——新加坡纳米孔表达数据集（SG-NEx）。这一成果有望解决疾病研究中长期存在的技术瓶颈，使研究人员能够更精确地解析RNA的复杂结构，为制定下一代精准诊断和治疗策略奠定了坚实基础。相关研究发表在最新一期《自然·方法学》期刊上。短读长RNA测序是现代转录组学的核心工具，但其局限性日益显现。它通常无法完整捕获全长RNA分子以及诸如剪接异构体、融合转录本等复杂变异，也无法识别影响疾病进展（如癌症）的关键RNA化学修饰。这些缺陷限制了其在发现临床相关生物标志物方面的应用潜力。相比之下，SG-NEx采用的是长读长RNA测序技术，能够直接读取完整的RNA分子，从而揭示更深层次的生物学信息，并显著减少分析盲区。这种能力对于发现新的生物标志物和开发更精确的治疗方法至关重要。为了形象理解，可以将RNA比作一本书：短读长测序就像将书页撕成碎片后尝试......阅读全文
科研人员研发RNA甲基化7甲基鸟嘌呤测序技术
7-甲基鸟嘌呤（m7G）修饰是转录后调控中最常见的碱基修饰形式之一，广泛分布于tRNA、rRNA以及真核生物mRNA的5’帽子区，对维持RNA的加工代谢、稳定、出核以及蛋白质翻译具有重要作用。近期研究表明高等真核生物mRNA内部也含有m7G修饰，然而对其分布特征和调控作用目前尚不清楚。 中国科
Genome－Biol：RNA测序有助于前列腺癌个性化治疗
根据最近发表在《Genome Biology》的一项研究报道，RNA测序，而不仅仅是DNA测序，能够帮助医生预测前列腺肿瘤如何响应治疗。因为肿瘤的RNA显示了一种治疗方法正在引起的实时变化，作者认为这可能是一种有用的工具，帮助诊断和预测哪种治疗方法将最有利于患者个人。 来自温哥华沿岸卫生研究所
石乐明教授Nature子刊：RNA测序到底可不可靠
RNA测序可以检测人类和其他生物的基因表达情况。最近这一方法在生物科学和医学研究中非常流行，而且正在逐渐走向临床应用。与之前的方法相比，RNA测序的优势是便于研究选择性剪切形成的基因异构体或转录本。 那么RNA测序到底可不可靠呢？日前，由美国FDA牵头的测序质量控制（SEQC）项目对RNA测序
研究发现RNA测序新方法：检测亚细胞水平转录组空间分布
斯坦福大学研究团队在RNA测序方面取得突破性进展，发明了一种亚细胞水平转录组空间分布的RNA测序新方法，研究论文于近日在线发表于国际期刊Cell，论文标题为“Atlas of subcellular RNA localization revealed by APEX-Seq”。 该研究发明了一
整合RNA测序与ATAC测序：揭示耐盐水稻品种抗氧化防御机制，助力培育抗逆水稻新种
在广袤的农田里，水稻是人类重要的主食作物之一。然而，土壤盐渍化这一全球性难题，正严重威胁着水稻的生长与产量。据联合国粮食及农业组织相关数据显示，全球至少 10% 的土地受到盐渍化影响，这使得水稻在生长过程中面临诸多挑战。盐胁迫会导致水稻植株矮小、千粒重下降、小穗数量减少，最终造成产量大幅降低。在众多
Nat.－Methods:－更精细！多维度！单细胞RNA测序又往前一步
美国纽约基因组中心的科学家开发出了一种新技术，在单细胞的RNA测序方面向前迈出重要的一步，推进了为了解单个细胞的基因组学领域的发展，让在单个细胞水平上区分不同类型的细胞和研究疾病的机制成为可能。 CITE-seq叫做细胞转录组和表位抗原通过测序的索引（Cellular Indexing of
基于单细胞RNA测序绘制人类大脑高分辨率免疫细胞图谱
近日，在德国弗赖堡大学医学中心科学家的指导下，一个联合研究团队利用单细胞RNA测序技术绘制了首个人类大脑高分辨率免疫细胞图谱！有史以来第一次证明大脑中的小胶质细胞（即吞噬细胞）具有相同的核心特征，并会根据大脑功能需求进行适应性表达，揭示了小胶质细胞的时间和空间异质性。2月14日，相关研究成果发表
直接RNA测序、串联质谱法揭示新冠转录组和蛋白质组特征
此前，南开大学高山、阮吉寿等在中国预印本ChinaXiv网站发表论文，称新冠病毒S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点。近日，发表在预印本网站bioRxiv上的一篇论文使用直接RNA测序和串联质谱法表明了SARS-CoV-2的转录组和蛋白质组的特征，揭示了细胞通道在去除了疑似Furin 蛋白酶切位点的
中国首发纳米孔RNA直接测序揭示其在全长转录本中的作用
近日发表在RNA Biology上的研究中，来自中国科学院北京生命科学研究院、动物研究所及中国科学院大学等多家单位的科学家们首次通过5’-Cap捕获法对蝗虫的 RNA直接测序，揭示了Piwi 外显子化模式的广泛建立以及蝗虫转录组中的转座子（TEs）对RNA剪接的重要作用。 转座子（TEs）在后
单细胞核RNA测序技术建立了种子早期胚乳发育的转录图谱
种子是裸子植物和被子植物特有的繁殖体，是胚珠经过受精以后形成的结构，在植物生命周期中处于关键位置。种子主要由种皮、胚和胚乳组成。其中胚乳是大多数开花植物双受精后产生的组织，一般为三倍体（每个细胞核有三套染色体），胚乳中含有丰富的营养物质，是人类消耗热量的主要来源。 基因组印迹是一种表观遗传基因
上海生科院通过单细胞RNA测序对躯体感觉神经元重新分类
12月22日的Cell Research 杂志在线报道，中国科学院上海生命科学研究院神经科学研究所张旭研究组研究发现，通过高覆盖的单细胞测序和以神经元大小为参考的层次聚类，可对小鼠背根神经节初级感觉神经元进行分类，又通过全细胞膜片钳在体记录结合单细胞PCR方法可检测各类初级感觉神经元对外周皮肤刺
王建斌/黄岩谊合作组比较液滴超高通量单细胞RNA测序
自2009年汤富酬研究员首次报道其开创性工作【1】以来，单细胞RNA测序技术已经逐渐成为生物医学研究的重要方法，其在发育生物学和干细胞领域展现出强大的应用前景。随着单细胞转录组扩增方法的不断优化，以及测序通量的持续提升，研究人员已经不再满足于几十甚至几百个单细胞所提供的信息量。2015年以来，一
研究比较芯片和测序在分析无细胞胎儿RNA转录组上的能力
来自GenomeWeb的消息——美国塔夫茨医学中心（Tufts Medical Center）的一组研究人员最近评估了芯片和新一代测序在分析无细胞胎儿RNA中基因表达的能力，这些胎儿RNA来自羊水上清。 他们发现，表达芯片带来了基因表达的更广泛视图，特别是对低浓度或降解的样品，而在这一方面，R
上海生科院通过单细胞RNA测序对躯体感觉神经元重新分类
12月22日的Cell Research 杂志在线报道，中国科学院上海生命科学研究院神经科学研究所张旭研究组研究发现，通过高覆盖的单细胞测序和以神经元大小为参考的层次聚类，可对小鼠背根神经节初级感觉神经元进行分类，又通过全细胞膜片钳在体记录结合单细胞PCR方法可检测各类初级感觉神经元对外周皮肤刺
上海生科院通过单细胞RNA测序对躯体感觉神经元重新分类
12月22日的Cell Research 杂志在线报道，中国科学院上海生命科学研究院神经科学研究所张旭研究组研究发现，通过高覆盖的单细胞测序和以神经元大小为参考的层次聚类，可对小鼠背根神经节初级感觉神经元进行分类，又通过全细胞膜片钳在体记录结合单细胞PCR方法可检测各类初级感觉神经元对外周皮肤刺
DNA测序PCR测序反应
1. 取0.2 ml的PCR管，用记号笔编号，将管插在颗粒冰中，按下表加试剂： 所加试剂 测定模板管 标准对照管 BigDye Mix 1 μl 1 μl 待测的质粒DNA 1 μl － pGEM-3Zf (+) 双链DNA － 1 μl 待测DNA的正向引物 1 μl － M13(
DNA测序的测序技术
高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（Next-generation sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等，主要有以
DNA测序的测序原理
DNA测序的测序原理是：利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团，使延长的寡聚核苷酸
RNA干涉(RNA－Interference，RNAi)（2）
早期的 RNAi 技术可用在研究与胚胎发育相关基因的功能上，但是由于细胞分裂造成 dsRNA 的稀释，使得这种方法在研究成体的基因功能时有一定的局限性。为弥补早期 RNAi 技术的不足，Tavernarakis 等将 RNAi 技术做了一些改进及更动，将目的基因之标的序列以反向重复的方式，由
RNA干扰技术(RNA－interference，RNAi)
1995年，康乃尔大学的Su Guo博士在试图阻断秀丽新小杆线虫（C. elegans）中的par-1基因时，发现了一个意想不到的现象。她们本是利用反义RNA技术特异性地阻断上述基因的表达，而同时在对照实验中给线虫注射正义RNA（sense RNA）以期观察到基因表达的增强。但得到的结果
RNA干涉(RNA－Interference，RNAi)（1）
基因沉默（gene silencing）是生物体内特定基因由于种种原因不表达的遗传现象。一方面，基因沉默是生物遗传操作创造新的遗传修饰生物（genetically modified organisms）的障碍，另一方面，它又是植物抵抗外来核酸入侵（如病毒）的一种反应，为植物抗病毒的遗传育
RNA提取时RNA降解原因
1 ) 新鲜细胞： 裂解液的量不足，使得裂解不充分。 2 ) 新鲜组织： 某些含有内源性核酸酶的样品，很难避免RNA酶的降解，建议采用的方法为在液氮条件下将组织研碎，并且，匀浆时采用更多的裂解液。 3 ) 冷冻样品： 样品取材后应该迅速置于液氮中冷冻存放，然后转移到-70℃冰箱存
RIP测序解析RNA结合蛋白SORBS2在卵巢癌细胞转移中的作用...
RIP测序解析RNA结合蛋白SORBS2在卵巢癌细胞转移中的作用机制作为环状RNA和RNA甲基化领域的领跑者，云序生物最近一个月捷报频传。RNA甲基化领域，云序m6ARNA甲基化测序服务协助上海交大余健秀组发表18年国内首篇10分以上RNA甲基化文章（“Nucleic Acid Research”，
RIP测序解析RNA结合蛋白SORBS2在卵巢癌细胞转移作用机制
作为环状RNA和RNA甲基化领域的领跑者，云序生物最近一个月捷报频传。RNA甲基化领域，云序m6ARNA甲基化测序服务协助上海交大余健秀组发表18年国内首篇10分以上RNA甲基化文章（“Nucleic Acid Research”，IF:10.162)；环状RNA领域，云序环状RNA测序服务助力
通过单细胞RNA测序，揭示PD1疗法成功治疗结直肠癌的机制
结直肠癌（Colorectal Cancer，CRC）是全世界范围内发病率第三的癌症，每年新增发病人数近200万（仅次于乳腺癌和肺癌），每年导致的死亡人数接近100万（仅次于肺癌）。大约每25个人就有1人会在其一生中患上结直肠癌。而在我国，结直肠癌年发病人数仅次于肝癌，2020年新增56万结直肠癌患
RIP测序解析RNA结合蛋白SORBS2在卵巢癌细胞转移中作用机制
环状RNA作为研究持续火热的明星分子，不同于对其丰富的表达谱研究，环状RNA功能机制研究还仅仅处在起步阶段。环状RNA研究多为miRNA海绵机制，部分circRNA可竞争性结合miRNA，解除miRNA对靶基因的抑制作用，上调靶基因的表达。其实，环状RNA可以通过结合不同种类的功能蛋白，分别在转
二代测序的焦磷酸测序，合成法测序，连接法测序和离子半导体测序原理
不同的二代测序平台的区别主要体现在测序反应的技术上，这些差别可以分为4类： 焦磷酸测序，合成法测序，连接法测序和离子半导体测序。焦磷酸测序 在焦磷酸测序中，测序反应通过每个核苷酸结合过程中释放的焦磷酸来调控。释放的焦磷酸参与了一系列化学反应从而导致链光的产生。发出的光由记录基因蔟相应序列的相
DNA测序的测序目的
确定重组DNA的方向与结构，对突变进行定位、鉴定和比较研究。
DNA测序仪：454测序仪
454测序仪的出现极大促进了测序业务的开展，科研人员已经将测序技术作为解决科研工作中许多常见 问题的利器。这是因为454测序仪在以下几个方面取得了质的突破：首先是解决了高通量测序问题；其次它简 化了样品准备步骤，将以往转化大肠杆菌扩增质粒的繁琐过程全部用简单的体外PCR扩增法替代了；最后， 它缩小了
DNA测序——自动测序法
DNA测序可用于：（1）测定未知序列；（2）确定重组DNA的方向与结构；（3）对突变进行定位和鉴定比较研究。实验方法原理ABI PRISM 310型基因分析仪(即DNA测序仪)，采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳，应用该公司ZL的四色荧光染料标记的ddNTP(标记终止物法)，因此通过单