棕树蛇隐藏遗传多样性研究取得重大进展
棕树蛇是世界知名的入侵物种之一。原产澳大利亚与南太平洋，它可能在二战后随军用货机悄然抵达关岛，后果极具破坏性：导致当地多种森林鸟类局部灭绝，并因攀爬电线杆每年引发数百次停电，部分美属领地密度高达每平方英里 3 万条。这一入侵长期令生物学家困惑——关岛种群被认为始于极少数个体，通常此类“奠基瓶颈”会因近交削弱适应能力、不利于快速扩张。新研究则揭示，真相远比“基因贫乏”复杂。 由布法罗大学（UB）领衔、7 月 24 日发表于《Science Advances》的研究给出新解：棕树蛇拥有的遗传变异远多于此前认知。团队联合美国地质调查局（USGS）采用先进的长读长测序，检视了蛇基因组的大片段，发现了数以千计的结构变异——包括被复制、删除或重排的 DNA 片段，且大量集中在免疫与嗅觉相关基因。这种隐藏的多样性，或可解释一个由寥寥数蛇奠基的种群如何挺过强烈近交、适应关岛并剧烈扩张。 数据规模令人惊讶：团队在 Krabbenhoft 实验室......阅读全文
棕树蛇隐藏遗传多样性研究取得重大进展
棕树蛇是世界知名的入侵物种之一。原产澳大利亚与南太平洋，它可能在二战后随军用货机悄然抵达关岛，后果极具破坏性：导致当地多种森林鸟类局部灭绝，并因攀爬电线杆每年引发数百次停电，部分美属领地密度高达每平方英里 3 万条。这一入侵长期令生物学家困惑——关岛种群被认为始于极少数个体，通常此类“奠基瓶颈”会
长读长测序的“灾难”——检测结构变异成为空谈！
长读长测序技术以其读长的优势，能够更大程度的检测结构变异（Structural Variations，SV）。然而面对市面上常见的Nanopore测序技术，检测结构变异的事实真的如此吗？在今年11月bioRxiv杂志上发表的文章则指出：使用Nanopore对具有反向重复结构的CNV序列进行DN
《Nature－Genetics》长读长测序鉴定隐藏变异
鉴定生命基因组中的复杂突变一直都很困难。加州大学欧文分校（University of California -Irvine）生态学和进化生物学副教授J.J. Emerson的研究团队最近在《Nature Genetics》发表文章，他们开发了一款基因分析方法，能以前所未有的分辨率水平识别复杂突
长读长测序可以帮助诊断结构变异导致的罕见病
最近发表的一项研究显示，长读长测序可以帮助诊断结构变异导致的罕见病，这类变异难以用短读长测序进行鉴定。斯坦福大学临床基因组服务部的研究人员近期报道，他们使用 Pacific Biosciences 公司的 Sequel 测序仪对具有未知疾病的个体进行全基因组测序，找到了短读长测序技术未能发现的致病突
长读长测序显优势－基因组复杂结构变异检测实现新突破
基因组结构变异是很多癌症、遗传病等疾病的重要诱因。目前基于二代测序技术检测基因组结构变异存在很大的局限性，而三代测序存在错误率较高等多种问题，尤其针对复杂结构变异大多软件识别能力较差。针对这一问题，近日，在Nature Methods发表的一项最新研究中，研究人员开发了基因组比对工具NGMLR和
长读长－读序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/3/454746.shtm 赵方庆（左二）与团队成员（左一侯玲玲、右二张金阳、右一左振强）查看测序数据情况。课题组供图 实际上，核糖核酸（RNA）不总是“一条线”，这种遗传信息载体
斯坦福团队证明，长读长如何诊断结构变异引起的疾病
一项最近发表的研究显示，长读长测序可以帮助诊断结构变异引起的罕见病，而这些变异难以通过短读长来鉴定。斯坦福大学临床基因组学服务的研究人员上个月在刊前版服务器（Pre-print Server）bioRxiv上报道称，他们利用Pacific Biosciences的Sequel仪器来测序一名身患未知疾
长读长测序技术：拯救基因组组装项目
随着高精度长读长测序技术的出现，基因组难以组装的状态正在改变。《Nature Methods》杂志上近日发表了一篇文章，介绍了基因组组装项目如何受益于这种技术。 自测序技术问世以来，利用DNA序列的片段来组装人类、动植物或微生物的基因组就一直是难题。许多参考基因组都存在缺陷，如组装错误或存在缺
纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述
RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中，转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本，可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时，cDNA测序也极大
纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述
RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中，转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本，可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时，cDNA测序也极大
因美纳推出首创产品，一台仪器实现长读长和短读长测序
率先体验客户分享的数据证实了新型长读长技术的准确性和灵活性， 开启了对具有挑战性的、低DNA起始量样本的解码 美国加利福尼亚州圣迭戈——2023年3月14日，全球基因测序和芯片技术的领导者因美纳（纳斯达克股票代码：ILMN）宣布，其首款基于新型Illumina Complete Long R
因美纳推出首创产品，在同一仪器上长读长和短读长测序
2023年3月14日，全球基因测序和芯片技术的领导者因美纳(纳斯达克股票代码：ILMN)宣布，其首款基于新型Illumina Complete Long Read技术的产品现已接受订购。Illumina Complete Long Read Prep, Human，这一高性能、长读长的人类全基因组测
长读测序技术发现蚂蚁重大基因
蚂蚁是一种新兴的神经表观遗传学模型系统，迄今为止，虽然许多研究团队已经对各种蚂蚁进行了基因组测序，但这些测序结果并不能帮助科学家对表观遗传基因调控的复杂性进行分析。 美国宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院表观遗传学研究所埃米莉·希尔兹等研究人员，使用第三代长读测序技术，极大地改进了蚂蚁的基因组测序，
5000bp！单分子测序读长再次升级
PacBio RS单分子测序在发布时就以其超长的读长引起研究者的极大兴趣。在不到一年的时间里，随着年初C2试剂的升级，Pacbio RS的平均读长达到了3000bp，并迅速在测序的各个领域，特别是De novo中发挥了巨大的读长优势。Pacific Biosciences公司在11月6日
测序平台的读长真的很重要吗？
在EdgeBio，我们一直关注如何提高效率，降低成本，并为我们的客户提供整体上更优质的服务。随之而来的是大量的R&D和新技术开发(NTD)费用。一个很好的例子是我们近期发布的一系列技术白皮书(共五篇)，是关于定向重测序应用的，包括外显子组。您可以在这里找到。今天我将与大家分享一些使用Illumi
纳米孔测序首次实现1－Mb的读长
高通量测序的产量让人惊叹不已，但读长却屡屡遭人诟病。不过，从100 bp到1 kb，读长始终在进步。近日，测序界传来了一个激动人心的消息，澳大利亚Garvan研究所的研究人员利用Oxford Nanopore测序技术实现了> 1 Mb的读长，这堪称测序历史上的一个里程碑。 Kinghorn临床
重大突破！新加坡发布长读长RNA测序数据集SGNEx
由新加坡科技研究局基因组研究所领导的科学家团队，发布了迄今全球最大、最全面的长读长RNA测序数据集之一——新加坡纳米孔表达数据集（SG-NEx）。这一成果有望解决疾病研究中长期存在的技术瓶颈，使研究人员能够更精确地解析RNA的复杂结构，为制定下一代精准诊断和治疗策略奠定了坚实基础。相关研究发表在最新
国外企业“妙招”－攻克长读长测序技术中“DNA提取”的痛点？
近年来，Pacific Biosciences、Oxford Nanopore Technologies、Bionano Genomics和10x Genomics等公司的长读长测序和基因组图谱技术越来越受欢迎。随着相关技术的推广应用，长读长测序技术在快速、高效提取高质量高分子量DNA方面的痛点
长读测序发现高达20％的果蝇基因来自细菌
科学家芭芭拉·麦克林托克在20世纪40年代首次发现了“跳跃基因”，即那些可以在其他物种基因组内移动或转移到其他物种基因组中的基因。然而，研究人员继续发现它们在进化和健康中的重要性。在UMSOM和IGS的微生物学和免疫学教授Julie Dunning Hotopp博士的带领下，IGS的研究人员使用了新
－长读取测序揭秘转录本结构
短读取的 RNA-seq 虽然可以精确计数已表达的转录本，但无法提供这些转录本的结构信息。 现在，斯坦福大学研究人员在《自然-生物技术》(Nature Biotechnology)杂志上报告称，他们开发出了一种能保留转录本结构信息的新方法，他们通过环状 cDNA 模板和长读取测序，
Nature子刊：长读长DNA分析会导致错误
研究表明，读取长串DNA的先进技术会产生有缺陷的数据，这些数据可能影响基因研究。 新方法可以读取很长的“遗传密码”，准确率高达99.8%，然而，如果样本是超过30亿碱基的基因组，这相当于数百万个错误。 这些错误可能错误地表明一个人的基因差异会增加某种疾病的风险。研究员说，这些技术产生的数据应
基因“掰手腕”－蛇就变得长
数年来，研究人员一直试图弄清蛇躯干如此长的起源。这是一个动物发育之谜，能阐明形成躯干的组织的控制机制。近日，由葡萄牙IGC 研究所Moisés Mallo领衔的团队，发现了调控脊椎动物躯干发育的关键因子，并解释了蛇为何有如此不同的身体。该研究成果近日刊登于《发育细胞》期刊，或为脊髓再生研究开辟了
长读长组装错误更多？两派学者起争论
近日，英国爱丁堡大学的研究人员对三个利用长读长测序技术组装的人类基因组进行分析。他们发现，与短读长组装相比，这些长读长组装的蛋白编码区域含有相当多的错误。他们在《Nature Biotechnology》上发表结果，并建议人们花大力气去解决这些错误。 文章的共同作者Mick Watson和Am
新年新动向：Illumina测序读长有望增加至1k
新年伊始，第31届摩根大通保健大会(JP Morgan Healthcare Conference)在美国旧金山举行。这是行业中最大规模的医疗保健投资洽谈会，吸引了全球的行业领导者、快速增长的新兴公司、创新技术的开发者以及投资界的人士参与。在2013年的大会上，将有300家公司的CEO发表演
Blue－Pippin－采用先进的文库制备方法，回收长读长的核...
Blue Pippin 采用先进的文库制备方法，回收长读长的核酸片段
Genome－Biology：RNAseq需要多长的读长？
随着新一代测序（NGS）的读长在不断增长，研究人员也开始纠结：到底多长的读长才合适？双端测序是不是优于单端测序？近日，康奈尔大学维尔医学院的研究人员在《Genome Biology》杂志上发表文章，认为对于差异表达分析而言，读长并非越长越好。不过，双端测序和长的读长无疑能改善剪接的检测。 最初
长链非编码－RNA－测序案例分析
背景：人类寿命的延长伴随着神经退行性疾病的发病几率的增加，因而价格不贵的血液诊断的发展迫在眉睫。通过 RNA-seq 分析血液细胞的转录本是发现新的生物标志物的非常高效的途径。 目的：利用 Illumina 测序平台对帕金森病人白血球中 lncRNAs 进行分析，探讨其对 mRNA 选择性剪接的
测长仪主要结构组成
1-底座；2、11-微动手轮；3-读数显微镜；4-测量座；5-测量轴；6-万能工作台；7-微调螺钉；8-尾管紧固手柄；9-尾座；10-尾管；12-尾座紧固手柄；13-工作台转动手柄；14-平衡手轮；15-工作台摆动手柄；16-微分筒；17-限位螺钉；18-工作台升降手轮；19-锁紧螺钉。19-锁紧螺
基因编辑技术给植物基因结构变异研究带来新机遇
植物基因组结构变异（Structural variations, SVs）包括基因插入/缺失变异和拷贝数变异，与单核苷酸多态性和表观遗传差异一起构成种内和种间可遗传表型的多样性。了解SVs在植物表型变异中的作用对于植物育种工作者生产改良品种具有重要意义。但早期基因技术的低分辨率和低效的方法限制了
外来入侵物种危及资源和生物多样性引关注
当在路边草丛或者自家庭院中发现一两只从未见过的甲虫时，你可能不会感到惊奇。但在生物学家或者生态学家看来，或许这是一场“战争”的信号。专家们将其生动形象地比喻成“生物入侵者”，它们不仅会破坏某个地区原有的生态系统，更会造成难以估量的经济损失。 这些入侵者，包括啃食森林的黄蜂、耐寒的北美鲈鱼和吸