Thescientist：2013年度最热基因组
新的一年即将来临，The scientist杂志盘点了2013年度的高引基因组研究，让我们看看今年又有哪些新解码的基因组受到热捧。 斑马鱼基因组 种属：Zebrafish, Danio rerio 基因组大小：~1.41 billion base pairs 斑马鱼(Danio rerio)是广泛用于遗传学、发育和疾病研究的重要模式生物，其透明胚胎特别容易观察。此外，这种小鱼既容易培养成本又低。近十年来，人们在不断完善斑马鱼的基因组草图。不过直到今年四月，人们才最终获得了高质量的斑马鱼参考基因组，文章发表在Nature杂志上。 英国桑格研究所的科学家们，在斑马鱼的基因组中发现了26,000个蛋白编码基因，这是已测序脊椎动物中最多的。研究显示，斑马鱼70%的基因与人类基因直系同源。他们在同期Nature上还发表了另一篇文章，通过诱变和测序，在斑马鱼基因组中鉴定了10,000多个蛋白编码基因的功......阅读全文
Nature：系统解析斑马鱼参考基因组
斑马鱼(Zebrafish)是研究发育生物学的新兴模式动物。斑马鱼由于具有饲育容易、胚胎透明、体外受精、突变种多、遗传学工具成熟等诸多优点，近年来已成为研究脊椎动物发育与人类遗传疾病的新兴模式动物。 近日，英国桑格研究所(Wellcome Trust Sanger Institute)
斑马鱼基因编辑技术介绍
斑马鱼又叫蓝条鱼，因为其体表有暗蓝色和银色的类似于斑马一样的条纹而命名。斑马鱼属于鲤科鱼类，同属鲤科的还有我们十分熟悉的鲤鱼、鲫鱼等。斑马鱼的体型较小，成鱼体长约4-6厘米，而且成鱼常年产卵且产卵量大，可达300-1000粒，还是体外受精并发育，因此十分适合进行实验室的大规模养殖与筛选。斑马鱼这种原
转基因斑马鱼的构建
实验概要本实验对斑马鱼导入含 EGFP的质粒，观察其在动物体内的表达情况，在斑马鱼体内，绿色荧光蛋白从原肠胚到出苗期均能在荧光显微镜下观察到绿色荧光。主要试剂EGFP、绿色荧光蛋白基因、pEGFP-N2载体、E.coli主要设备试管、试管架、可调式微量加样器、电泳仪、电泳槽、染色缸、42℃恒温水浴箱
斑马鱼
一、概述斑马鱼是生长在印度、巴基斯坦淡水河流中的一种硬骨鱼（鲤鱼），成年鱼全身仅长4－5厘米，因全身横向分布着一道一道褐色的斑马线而得名。斑马鱼很容易在实验室饲养，一般3个月就可以达到生殖成熟期，雌鱼每次产卵200枚左右，一生可产卵数千枚，斑马鱼所产之卵经24小时即可胚胎发育成熟，仔鱼期只有1个月。
基因组学突破性成果：斑马鱼序列解析
人类发育，生理功能及疾病发生的过程涉及到成千上万的基因和其变异体，但是大部分的基因和其变异体的功能依然是未知的。过去的20年里，斑马鱼逐渐成为研究人类基因功能的重要模式动物。在《自然》杂志网站发表的两篇文章里1,2，报道了斑马鱼参考基因组序列和完成超过10,000个蛋白编码基因的断裂性突变体的鉴
水生所发布高质量AB品系斑马鱼参考基因组
斑马鱼是生命科学、健康科学和环境科学等研究领域的重要模式生物之一。常见的两种实验室斑马鱼品系分别是Tubingen品系和AB品系。其中，AB品系斑马鱼被国内外很多实验室作为研究对象。然而，却缺乏一个高质量的AB品系斑马鱼参考基因组。 由于不同品系斑马鱼来源不同，各品系之间存在着大量基因序列上的
定向基因编辑改写斑马鱼的DNA
斑马鱼是基因研究中一种常用的模式生物。现在科学家可以对它们的基因组进行定向的编辑。 据Nature近日报导，在对脊椎动物和人类疾病的研究中，斑马鱼是一种重要的模式生物。它的卵是透明的，在体外孵化，它的繁殖周期很短，生长速度快，这些都意味着，很适合在生物生存的条件下对它的胚胎进行密切研究。而
迄今最全斑马鱼基因图谱发布
一个国际科研团队在5日出版的《自然·遗传学》杂志上发布了迄今最全面的斑马鱼基因图谱。斑马鱼是医学和生命科学研究领域使用量第二大的动物模型，这一成果将帮助科学家们更好地研究各种癌症、心脏病和神经退行性疾病，以及在研究中用斑马鱼模型取代哺乳动物模型。 最新研究由DANIO-CODE联盟开展，该联盟由
北大、加大等联手探索斑马鱼全基因组突变新技术
来自北京大学生命科学学院、美国国立人类基因组研究所和加州大学生物系的研究人员，最近在利用逆转录病毒插入法引发斑马鱼全基因组范围内基因突变的研究中取得重大进展。文章刊登于7月18日在线版《PNAS》。 研究人员采用其研制的一组技术，用假性逆转录病毒（pseudotyped retroviruses）
基因组学研究成果让斑马鱼研究“快马加鞭”
基因组学研究成果让斑马鱼研究快马加鞭（Genomics: Zebrafish earns its stripes）作者：谢训卫人类发育，生理功能及疾病发生的过程涉及到成千上万的基因和其变异体，但是大部分的基因和其变异体的功能依然是未知的。过去的20年里，斑马鱼逐渐成为研究人类基因功能的重要模式动物。
敲降斑马鱼基因的方法学比较
一、基因敲降的前期准备工作相同 1.1 生物信息学分析目标基因在斑马鱼早期胚胎发送过程中是否有表达。 1.2 收集斑马鱼早期发育胚胎（通常为48 hpf前的胚胎），提取总RNA，然后进行体外转录（RT）。 1.3 设计检测目标基因表达的PCR引物，以1.2获得的cDNA为模板，
斑马鱼基因敲除是怎么做的
一、基因敲除的设计方案 1.1 基因的基本信息 确认斑马鱼基因的基本信息，包括名称ID号等，一般会在NCBI等查询。 1.2 分析基因结构、氨基酸序列等做生物学信息的分析 1.3分析蛋白质的保守结构功能域 通过综合考虑，设计最佳的KO靶点。 1.4
斑马鱼基因敲除是怎么做的
一、基因敲除的设计方案 1.1 基因的基本信息 确认斑马鱼基因的基本信息，包括名称ID号等，一般会在NCBI等查询。 1.2 分析基因结构、氨基酸序列等做生物学信息的分析 1.3分析蛋白质的保守结构功能域 通过综合考虑，设计最佳的KO靶点。 1.4
Dev－Cell：转基因斑马鱼的彩色皮肤
美国杜克大学的研究人员，利用基因工程改造的方法，造成单个的皮肤细胞可以产生70种不同颜色的荧光。该研究发表在最近的《Developmental Cell》上。 该团队并非是为了好玩才做成这样五彩斑斓的斑马鱼，实际上，他们希望通过颜色标记来研究斑马鱼皮肤的愈合。利用颜色来标记细胞，可以让斑马鱼皮
敲降斑马鱼基因的方法学比较
一、基因敲降的前期准备工作相同 1.1 生物信息学分析目标基因在斑马鱼早期胚胎发送过程中是否有表达。 1.2 收集斑马鱼早期发育胚胎（通常为48 hpf前的胚胎），提取总RNA，然后进行体外转录（RT）。 1.3 设计检测目标基因表达的PCR引物，以1.2获得的cDNA为模板，
斑马鱼基因敲除是怎么做的？
一、基因敲除的设计方案1.1 基因的基本信息确认斑马鱼基因的基本信息，包括名称ID号等，一般会在NCBI等查询。 1.2 分析基因结构、氨基酸序列等做生物学信息的分析 1.3分析蛋白质的保守结构功能域通过综合考虑，设计最佳的KO靶点。 1.4 分析并设计CRISPR，分析其效率及脱靶的情况一般使用C
敲降斑马鱼基因的方法学比较
一、基因敲降的前期准备工作相同1.1 生物信息学分析目标基因在斑马鱼早期胚胎发送过程中是否有表达。1.2 收集斑马鱼早期发育胚胎（通常为48 hpf前的胚胎），提取总RNA，然后进行体外转录（RT）。1.3 设计检测目标基因表达的PCR引物，以1.2获得的cDNA为模板，进行PCR扩增，确认目标基因
斑马鱼出生就识数！
意大利科学家发现，斑马鱼幼鱼在孵化后96小时里可以识别不同数量的黑条，研究者表示这一发现表明数字能力可能在新生斑马鱼中是与生俱来的。相关研究3月24日发表于《通讯—生物学》。 过去的研究表明，人类新生儿和新孵化的孔雀鱼、小鸡（孵化时脑已经高度发育的物种）具有数学能力。但在此之前，人们对新生时处
斑马鱼显微CT实验
斑马鱼作为传统的脊椎动物模型已经广泛应用于人类疾病和胚胎发育过程的研究，斑马鱼全基因已经完全清楚，与人类基因组有85%同源性，这意味着在斑马鱼身上进行的实验，其结果很多都适用于人类。斑马鱼与其他实验常用动物相比，具有较高的繁殖率和生长速率，并且其胚胎发育过程是在体外进行的，科研人员通过显微镜直接观察
斑马鱼基础研究
近期，我们收到了很多小伙伴提交的文献奖励申请，其中，有2篇成功吸引了小编的注意，这2篇文章的内容都是斑马鱼研究相关的。我们都知道，斑马鱼是一种常见的模式生物，但是市面上针对斑马鱼的抗体却非常少，我们不仅有一百多种斑马鱼抗体，而且还可以根据客户需求来进行定制生产。下面来看看这2篇文章吧。01标题：Sa
一个抑癌基因可抑制斑马鱼再生
总有一天，再生医学会让医生能够矫正先天性畸形，再生受损的手指，甚至修补一颗受损的心脏。但是要做到这一点，他们将必须对付身体的抗癌安全系统。现在，来自加州大学旧金山分校（UCSF）的研究人员，发现了一个人类基因，可能是这种权衡的一个关键介质，阻断肿瘤和健康的再生。延伸阅读：斑马鱼神经元助力人类出生
斑马鱼胚胎DNA的制备
材料和试剂1. 蛋白酶K（罗氏03115836001）2. 1M的Tris，pH值8.33. 氯化钾4. 吐温20（10％，EMD4 biosciences，655207）5. NP40（10％，Merck，492018）设备1.
斑马鱼胚胎细胞的培养
成纤维细胞饲养层 原代培养 细胞系 实验方法原理 通过用链酶蛋白酶除去绒毛膜、用添加成分的 FGF 培养液培养细胞和采用不同的胰蛋白酶消化
斑马鱼——CRISPR高通量基因功能研究新平台
近日，来自美国NIH的研究人员进行了一项研究，他们利用CRISPR-CAS9技术靶向斑马鱼特定DNA序列进行基因功能探索和人类治病基因的发现研究，相关研究成果在线发表在国际学术期刊genome research。 在这项研究中，研究人员发现利用基因编辑技术CRISPR-CAS9进行斑马鱼基因靶
斑马鱼的基因敲除定制（Cas9KO）法介绍
利用 CRISPR/Cas9 技术，针对靶基因序列设计 sgRNA， 指导 Cas9 蛋白在特定基因位点引起 DNA 双链断裂，在非同源性末端接合修复断裂 DNA 的过程中，靶基因碱基突变或缺失被引入到斑马鱼基因组中，最终导致靶基因无法正常转录翻译，达到基因敲除的目的。目前我们利用 CRISPR
深受科学家的热爱斑马鱼基因编辑技术介绍
斑马鱼又叫蓝条鱼，因为其体表有暗蓝色和银色的类似于斑马一样的条纹而命名。斑马鱼属于鲤科鱼类，同属鲤科的还有我们十分熟悉的鲤鱼、鲫鱼等。斑马鱼的体型较小，成鱼体长约4-6厘米，而且成鱼常年产卵且产卵量大，可达300-1000粒，还是体外受精并发育，因此十分适合进行实验室的大规模养殖与筛选。
斑马鱼的基因敲除定制（Cas9KO）法介绍
利用 CRISPR/Cas9 技术，针对靶基因序列设计 sgRNA， 指导 Cas9 蛋白在特定基因位点引起 DNA 双链断裂，在非同源性末端接合修复断裂 DNA 的过程中，靶基因碱基突变或缺失被引入到斑马鱼基因组中，最终导致靶基因无法正常转录翻译，达到基因敲除的目的。目前我们利用 CRIS
深受科学家的热爱斑马鱼基因编辑技术介绍
斑马鱼又叫蓝条鱼，因为其体表有暗蓝色和银色的类似于斑马一样的条纹而命名。斑马鱼属于鲤科鱼类，同属鲤科的还有我们十分熟悉的鲤鱼、鲫鱼等。斑马鱼的体型较小，成鱼体长约4-6厘米，而且成鱼常年产卵且产卵量大，可达300-1000粒，还是体外受精并发育，因此十分适合进行实验室的大规模养殖与筛选。
斑马鱼人类疾病模型的构建
斑马鱼是唯一的经过大规模遗传筛选的脊椎动物物种。许多斑马鱼的哺乳动物同源基因已经被克隆，并且发现有相似的功能，证实了斑马鱼作为人类疾病模型的可行性。通过Tol2转座子技术、基因突变（插入诱变、ENU化学诱变）、基因敲除（TALEN,CRISPER）等技术，构建在特点靶点标记荧光蛋白的转基因品系及
斑马鱼色素细胞如何形成条带
一项研究发现，斑马鱼的特征条带反映了这种动物的皮肤上的色素细胞的运动和它们之间的相互作用。尽管科研人员长久以来就注意到了数学模型可以准确地重现动物界的许多特征条带和斑点，动物图案背后的生物过程在很大程度上尚未得到解释。为了更好地理解这些过程，Hiroaki Yamanaka 和Shigeru