成都生物所在系统发育基因组学研究方法中获进展
系统发育基因组学研究，主要是利用基因组/转录组数据和基因组学方法解决重要类群的进化关系，从而揭示物种起源与分化以及多样性形成机制等重要问题。与传统的系统发育研究相比，系统发育基因组学具有信息量大、结果可靠的优点。但是在这个新兴的领域，研究方法的发展严重滞后于数据量的爆炸式增长。传统的方法在处理成千上万个基因数据时运算较慢，存在难以克服的系统误差(如速率异质性)。为此，科研人员新提出了“一个基因一个性状”的系统发育基因组学研究方法，以更好地适应系统发育基因组学发展的要求。 龟在四足动物中的系统发育位置长期以来备受争议。在龟是和鸟类还是蜥蜴的亲缘关系更近的问题上，不同的研究会存在相互矛盾的结论。 中国科学院成都生物研究所系统进化与保育学科组吕彬博士和傅金钟研究员通过测定乌龟的转录组，得到了4584个同源基因，同时使用了传统方法和“一个基因一个性状”的方法进行推断。传统的系统学方法强烈地支持龟与鸟和鳄鱼的亲缘关系最近，......阅读全文
治疗鼻咽癌新策略：药物基因组学
鼻咽癌是我国华南地区高发的肿瘤类型，但过往对其癌症发生机制和分子分型的研究较少，因而在鼻咽癌的临床治疗中，尚缺乏有效的精准治疗策略。化疗和放化疗是鼻咽癌治疗常用的手段，尤其是对于中晚期或者癌转移患者。但是，如何为不同类型的鼻咽癌患者提供最佳的个性化药物治疗方案，仍是临床上亟待解决的难题。 澳门
解局：腾飞前夜的基因组学检测市场
2001年是一个遥远的年份。那一年，维基百科刚刚上线，苹果公司推出了第一代iPod，微软的操作系统也仅停留在Windows XP。但如果论对未来的影响，这些成果或许都比不上人类基因组草图的公布。在短短的15年里，基因/基因组测序从昂贵的科研项目，迅速成为了可靠且价格合适的工具。它推动了靶向药物与
美X大奖基因组学挑战赛流产
图片来源：美国国家人类基因组研究所 美国X大奖基金会宣布废止其备受瞩目的奖金为1000万美元的基因组学挑战赛。报名截止时，该比赛仅吸引了两组竞争者参加。不过发言人表示，取消竞赛的决定与参赛人数无关。 7年前，阿康基因组学X大奖高调设立。该奖项旨在通过提供1000万美元奖金，推动医学基因组
PNAS:从基因组学角度剖析“你幸福吗？”
好的心态会对你的基因产生影响。在首个该类研究中，来自加州大学洛杉矶分校和北卡罗来纳大学的研究人员调查了积极心理状态对于人类基因表达的影响。他们发现，不同类型的快乐对人类基因组的影响有着很大的差异。研究报告在线发表在《PNAS》杂志上。 那些有着高水平实现幸福感(eudaimonic w
解码“基因组学之父”桑格：测序，测序，测序
“桑格当之无愧地被称为‘基因组学之父’，他的工作为人类读取和理解基因代码奠定了基础，彻底变革了生物学并极大促进了当今的医学发展。”、 有一天，65岁的英国生物化学家弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)突然停下手中的试验，转身走出实验室，宣布自己正式退休。那一年是1983
Illumina推出全球首个基因组学孵化器
Illumina公司是生命科学工具和遗传变异及功能分析集成系统的领先的开发商、制造商和销售商。它不仅能为基因分型、拷贝数变异分析、甲基化研究、基因表达分析以及DNA、RNA、蛋白质的低复制率分析等提供创新的排序和基于阵列的解决方案，同时，它还为消费者的基因组学和诊断学研究进展提供工具和服务。Il
深度解读：个人基因组学的现状与发展
什么是Personal Genomics？ Personal Genomics，一般翻译为“个人基因组学”。是基因组学的一个分支，主要关注个人基因组的测序和分析。 1990年开始发起的浩大的“人类基因测序计划”是从大量的个体中获取基因信息，综合之后建立一个具有“参考价值”的人类“平均”基因组
单分子遇上基因组学：会擦出什么火花
当单分子遇上基因组学，它们会擦出什么样的火花?著名华人学者谢晓亮(Sunney Xie)博士围绕这个话题，在《美国医学会杂志》(JAMA)上发表了文章。谢博士现任哈佛大学化学及化学生物学系教授，也任北京大学生物动态成像中心主任。 谢博士写道，单分子成像和操作的进步导致了单分子生物学的出现。由于
基因组学常规流程中SPIA通路分析方法
基因组学常规流程中通过实验样本组与组之间的比较得到成千上百的差异基因，再通过通路分析，从生物学角度探究差异基因的功能。但是常规的ORA、FCS方法往往忽视了基因在通路中复杂的相互作用关系，所以给大家介绍一种考虑更周全的分析方法SPIA。 SPIA整合了差异倍数、基因集显著性和拓扑分析，为每条通路计算
华大基因携手爱丁堡大学，共促基因组学研究
2012年7月24日，深圳华大基因研究院与英国爱丁堡大学签署合作协议，宣布双方将在基因组领域展开广泛的科研合作，通过汇聚中英两国研究专长，加速基因组学在人类健康和农业及其他相关领域的创新和发展。 在签署的合作备忘录中，双方将着眼于对人类和其他生物的科学认识，通过共同努力，对遗传信息进行深入
英国成立功能基因组学实验室
近日，英国科研与创新署（UKRI）宣布，医学研究理事会（MRC）、剑桥大学米尔纳治疗研究所（MTI）等联合成立功能基因组学实验室，作为英国卓越研究中心和国家资源中心，汇集英国生命健康领域学术界、产业界优势和专业知识，加速新药物和诊断方法的研究发现，巩固英国在全球基因组学方面的领先地位。 该实验
8位大牛畅谈基因组学的未来
过去几十年已经彻底改变了遗传学和基因组学，那么，下一个十年呢？《PLOS Biology》请了不同领域的8位牛人科学家，谈谈他们的预测。无一例外，所有预测都指向更大规模和更多类型的数据。当然，这些大牛都很乐观，许了遗传学和基因组学一个光明的未来。 Wellcome Trust Sanger研究
2年Science基因组学文章引用次数高达100
据The Scientist报道，一篇发表在Science杂志上的基因组学文章成为基因组学领域热门的文章，从2007年发表后，总的引用次数高达100次。 这篇文章即是：V. Nene et al., “Genome sequence of Aedes aegypti, a major ar
973计划支持蔬菜基因组学研究取得重要进展
在973计划的支持下，中国农业科学院蔬菜花卉研究所黄三文研究员的研究团队构建了包含360多万个位点的黄瓜全基因组遗传变异图谱，为全面了解黄瓜这一重要蔬菜作物的进化及多样性提供了新思路，并为全基因组设计育种打下了基础。该研究成果于10月21日由《自然 遗传学》杂志在线发表。 黄瓜是最重要
Optalysys光计算发力中国基因组学市场
“国际基因组学大会”由华大基因主办，是基因组学领域最具影响力的国际性学术年会。该盛会不仅汇聚了生物组学的专家泰斗和企业精英进行深入的学术交流，更促进了基因组学领域在全球范围内的合作、创新与应用。今年ICG-12大会更是吸引了全球领先的光计算研发公司Optalysys参加，其公司创始人兼CEO N
顶级实验室《Nature》发布表观基因组学图谱
基因组中表观遗传变化是能遗传的，近期来自Salk生物学研究所等处的一组研究人员完成了一项野生植物表观基因组学全范围内的研究分析，从中发现了这种修饰与遗传信息相互作用的共同模式。这一成果公布在3月7日Nature杂志在线版上。 文章通讯作者是Salk研究所的著名教授Joseph R. E
宏基因组学：查明微生物身份新手段
背景 《美国医学会杂志》(JAMA)近期刊发了一篇题为《利用不需培养的宏基因组学测序技术研究产志贺毒素大肠杆菌O104∶H4暴发株》的研究论文，引起了学界和社会的广泛关注。这篇论文中应用了一种称为“宏基因组学”的技术方法，不通过培养，直接从病人样品中检测分析其携带的病原微生物，甚至可以
张锋等人Cell发表空间基因组学最新成果
如果要观察细胞，我们常常需要显微镜。现在，科学家已经开发出一种方法，可通过细胞自身的遗传物质对细胞进行“拍摄”，进而生成独特的可视化图像。虽然当前该方法生成的图像比传统显微镜图像要模糊，但这种方法或许可以帮助科学家们改进癌症治疗，并探索人类神经系统的形成过程等。 在今日发表于Cell杂志的重磅
蛋白基因组学研究揭示肝癌发生和发展机制
慢性乙肝病毒（hepatitis B virus，HBV）感染是导致我国肝癌发生的最主要原因，约85%的肝癌患者携带HBV感染标志。肝癌的发生发展是一个非常复杂的生物学过程，受到机体的系统性调控，基因突变会对HBV相关肝癌的表型产生怎样的影响，目前这方面的研究报道较少，亟待深入探究。同时，新药研
测序技术发展过快？基因组学千万大奖告吹
X奖基金会近日决定取消了奖金高达1000万美元的基因组学Archon X奖(Archon Genomics X Prize)，因为基因组测序成本的直线下降已使得竞争毫无意义。 X奖基金会的主席兼CEO Peter Diamandis在上周四宣布了关闭竞赛的决定。他表示，这是因为如今
Nat－Rev－Cancer综述：肿瘤蛋白质基因组学
导 读 肿瘤蛋白质基因组学（Cancer proteogenomics）是将基于质谱（MS）的蛋白质丰度和翻译后修饰（PTM）信息与临床前肿瘤模型和肿瘤样本的基因组、表观基因组和转录组数据相结合的组学技术。基因组学和表观基因组学为解释可能发生的生物过程提供了基础知识，蛋白质组学是对已经发
水稻基因组学与农业应用研讨会召开
由华大基因研究院举办的“水稻基因组学与农业应用研讨会”近日在深圳召开。 作为世界上最早种植水稻的国家，水稻一直在我国粮食生产中起着举足轻重的作用。华大基因等国内多家单位曾于2002年率先合作完成籼稻基因组框架图与精细图的绘制工作，并在美国《科学》杂志发表科学专论。
Nature论述：单细胞基因组学揭开“免疫新世界”
人类对生命的好奇，从来没有减退。一个多世纪以来，科学家们一直试图解析构成我们机体的成千上万亿个细胞，从一米长的神经元到8微米宽的红细胞。他们希望从中找到解析重要生理、病理过程，挖掘重要的细胞类型和信号通路。 但是，过去几十年，包括荧光抗体标记技术、DNA和RNA测序技术等在内的研究工具却不能解
利用植物表型组学挖掘基因组学的成果
到2050年，全球人口将达到97亿，预计作物产量翻一番才能满足全球人口的粮食需求。为了达到这一目标，作物产量需每年增长2.4%，但目前作物产量平均增长率仅为1.3%。作物生产性能的遗传改良仍然是提高作物生产力的关键因素，但当前的改善速度无法满足可持续性和粮食安全的需要。为了确保粮食安全、生态系统的可
单细胞基因组学：通往个体化医疗之门
随着第二代测序技术的普及，单细胞测序迎来了迅猛发展。 近日，南方科技大学生物学系副教授贺建奎在美国冷泉港参加了单细胞分析会议后，在科学网博客里写道：“这是一个非常令人激动的前沿学术会议，我深深地体会到了单细胞基因组学时代的来临。” 他对《中国科学报》表示：“单细胞基因测序技术的突破，只是开了
英国｜基因组学和基因编辑：未来的研究方向
英国下议院（House of Commons）的科学技术委员会（Science and Technology Committee）发起对基因组学（Genomics）和基因编辑（Genome editing）的调查，呼吁这些新兴的科学领域的研究能提供其影响人类健康、植物、动物和生态系统的证据。20
基因组学突破性成果：斑马鱼序列解析
人类发育，生理功能及疾病发生的过程涉及到成千上万的基因和其变异体，但是大部分的基因和其变异体的功能依然是未知的。过去的20年里，斑马鱼逐渐成为研究人类基因功能的重要模式动物。在《自然》杂志网站发表的两篇文章里1,2，报道了斑马鱼参考基因组序列和完成超过10,000个蛋白编码基因的断裂性突变体的鉴
海南大学团队定义植物基因组学“终极参考图谱”
近日，记者从海南大学获悉，该校三亚南繁研究院陈飞教授团队首次构建了“分型端粒到端粒超级泛基因组”理论体系，实现了植物基因组从个体单倍型完整到群体遗传多样性全覆盖的技术跨越。相关成果发表在国际期刊《植物科学趋势》。植物基因组研究长期受制于参考基因组的局限——传统组装难以解析着丝粒、端粒等复杂区域，且无
王宪辉：“寂寞”基因组学和“爱热闹”蝗虫
中国“天眼”建成启用，“悟空”“墨子”发射成功，“蛟龙”号深海科考，体细胞克隆猴成功培育……自从2013年7月17日习近平总书记视察中国科学院并提出“四个率先”要求以来，中国科学院实施“率先行动”计划、加快改革创新发展，产出了一批具有重大国际影响力的标志性科技创新成果，为实施创新驱动发展战略、
安捷伦财政收入:－诊断和基因组学增长快
安捷伦科技公司在周三收市后宣布，其第三财季的收入较去年同期下降4%，但诊断和基因组学部门的收入增加54%。 在截至7月31日的第三财季，该公司总收入达16.5亿美元，低于去年同期的17.2亿美元，但略微高于华尔街预计的16.4亿美元。 按业务部门来分，诊断和基因组