Cell子刊：谁在推动干细胞的分化
美国凯斯西储大学的科学家们发现了多能干细胞分化的关键推手，这一突破性成果为干细胞的临床应用提供了宝贵的新线索，文章于六月五日发表在Cell旗下的Cell Stem Cell杂志上。 多能干细胞能够分化成为多种不同的细胞类型，具有修复机体损伤治疗疾病的巨大潜力。这项研究的两位资深作者，凯斯西储大学的助理教授Paul Tesar和副教授Peter Scacheri将干细胞生物学与基因组学技术结合起来，对两种密切相关的干细胞进行了表观基因组比较。他们发现了一类新型的遗传学开关，并将其称为Seed增强子。 胚胎干细胞和外胚层干细胞关系紧密，它们代表着发育的最早阶段，其中外胚层干细胞是Tesar于2007年首次分离到的。“这两种干细胞让我们可以深入研究哺乳动物发育的最初阶段，”文章的共同第一作者Daniel Factor说。 “干细胞能够再生组织，在再生医学领域备受关注，”文章的另一位第一作者Olivia Corradin说。“......阅读全文
简述顺式作用元件结构增强子的作用原理
增强子的作用原理：一种观点认为，增强子为转录因子提供进入启动子区的位点。另一种认为，增强子能改变染色质的构象。因为增强子区域容易发生从B—DNA到Z—DNA的构象变化。
顺式作用元件的结构增强子的特点介绍
（1）增强子可提高同一条DNA链上基因转录效率，可以远距离作用，通常距离l～4kb，个别情况下离开所调控的基因30kb仍能发挥作用，而且在基因的上游或下游都能起作用。 （2）增强子作用与其序列的正反方向无关，将增强子方向倒置依然能起作用。而将启动子倒置就不能起作用，可见增强子与启动子是很不相同
Cell重要论文：扣动干细胞分化的扳机
不同于肌肉细胞或神经细胞，胚胎干细胞被定义为能够承担所有细胞的功能。科学家们将这种灵活性称之为“多能性”，这意味着随着生物体的发育，干细胞必须随时准备激活各种各样的基因表达程序，将它们转为血液细胞、脑细胞或肾细胞。 在12月27日的《细胞》(Cell)杂志上，来自Stowers研究所Ali
Science重大成果：细胞分化的通用规则
日本RIKEN牵头的国际合作项目FANTOM（Functional Annotation of the Mammalian Genome）在本期Science杂志上发表了一项具有里程碑意义的新成果。 研究人员对不同细胞类型的RNA表达进行了广泛的分析。他们发现，当细胞经历表型改变（比如细胞分化
Science重大成果：细胞分化的通用规则
本RIKEN牵头的国际合作项目FANTOM（Functional Annotation of the Mammalian Genome）在本期Science杂志上发表了一项具有里程碑意义的新成果。 研究人员对不同细胞类型的RNA表达进行了广泛的分析。他们发现，当细胞经历表型改变（比如细胞分化）
两篇Cell子刊：对干细胞分化的全新认识
全世界对干细胞研究寄予了厚望，希望它们能够给医疗领域带来一场革命。要充分挖掘干细胞的潜力，就得先理解它们的发育调控机制。现在，科学家们在这一方面找到了新的线索。 干细胞能够发育成为具有不同功能的特化细胞。对于那些与特定细胞死亡有关的疾病来说（例如帕金森症或糖尿病），人们可以利用干细胞的再生能力
拟南芥超级增强子鉴定与功能验证研究获进展
近日，东北地理所农田有害生物控制学科组孟凡立研究员团队与美国密歇根州立大学（Michigan State University）Jiming Jiang团队和英国约翰英纳斯中心（John Innes Centre）Anne Osbourn团队合作，在国际权威SCI期刊PROCEEDINGS OF
研究发现影响血液干细胞中特殊基因表达的关键元件
基因转录通常会被启动子和调节元件（比如增强子和沉默子）之间的染色质环来进行调节，不同的转录因子（TFs，transcription factors）能够与这些调节元件结合，并以一种细胞类型特异性的方式来调节启动子-增强子环。尽管其在控制基因表达方面发挥着重要作用，但转录因子如何促进启动子-增强子
长链非编码RNA:－从科研到临床（一）
概述长链非编码RNA (LncRNA)是一类真核生物中长度大于200 nt的非编码RNA分子；根据其与邻近基因的位置可以分为反义lncRNA、增强子lncRNA、基因间lncRNA、双向lncRNA、和内含子lncRNA；它具有多种作用机制，比如在细胞核中作为分子支架、协助可变剪接、调节染色体结
Nature突破守则：干细胞基因表达新规则
十年前，基因的表达看上去是那么的简单：基因被开启或被关闭，不能同时开启又关闭。之后时间到了2006年，一个重磅级的发现指出，在小鼠胚胎干细胞中的发育调控基因可以即激活基因，又抑制基因，这样的基因被称为“二价标记基因(bivalently marked genes)”，在发育和分化过程中可以有
CRISPR触发的内源Oct4或Sox2基因位点染色质重塑激活细胞
题目：CRISPR-Based Chromatin Remodeling of the Endogenous Oct4 or Sox2 Locus Enables Reprogramming to Pluripotency 期刊：Cell stem cell 影响因子：23.3
CRISPR触发的内源Oct4或Sox2基因位点染色质重塑激活细胞
题目：CRISPR-Based Chromatin Remodeling of the Endogenous Oct4 or Sox2 Locus Enables Reprogramming to Pluripotency 期刊：Cell stem cell 影响因子：23.3
研究人员揭示超级增强子动态甲基化调控转录异质性
CpG DNA甲基化早在70年代就被提出是一种用来控制基因表达的DNA化学修饰，而我们对DNA甲基化在基因组不同区域的具体功能，在疾病、发育过程中所扮演的具体角色，以及控制基因表达的详细机理，直到今天并没有全面详细的认知。 2019年8月15日，美国Whitehead研究所Rudolf Jae
一种全新肿瘤发生机制：增强子劫持
肿瘤细胞中有着大量的基因组结构变异（Structural Variation/SV），比如基因组的缺失、重复、倒位、异位等。一些很重要的结构变异已被证明和肿瘤的发生息息相关，并被用于肿瘤的分型与预后诊断，成为设计靶向治疗药物的重要依据。然而过去的研究大多数集中在SV介导的融合基因，比如由白血病中
Nat－Genet：新方法揭示基因“增强子”的工作机理
来自日本理化研究所（RIKEN）综合医学科学中心和肿瘤分子研究所(IFOM)的研究人员与京都大学、卡罗林斯卡研究所和DNAFORM的合作者一起开发出了一种被称为NET-CAGE的新技术，揭示了基因组中被称为增强子的非编码基因的结构，增强子可以激活特定基因的功能。基因组的这些部分曾经被认为是不重要
NAR：科学家阐明基因调节过程中的关键表观遗传开关机制
2016年10月16日 讯 /生物谷BIOON/ --日前，来自普渡大学的研究人员通过研究阐明了一种关键的表观遗传学机制，其或许是一种关键因子来揭示基因如何被开启和关闭，相关研究刊登于国际杂志Nucleic Acids Research上。遗传学和表观遗传机制都能够调节人类机体基因的表达，外部环
“超级增强子”调控关键基因－科学家为其编目录
据物理学家组织网10月10日报道，最近，美国怀特黑德生物医学研究所科学家发现了一套称为“超级增强子”的基因调控器，能控制、影响人类和小鼠的大量细胞型。研究人员指出，超级增强子富集在基因组的变异区，而这些变异区与多种疾病谱系密切相关，所以它们最终可能在疾病诊断与治疗方面发挥重要作用。相关论文在线发
Nature子刊：用CRISPR操控表观基因组
杜克大学的研究人员开发出了一种新方法，可以精确地控制基因开启及激活的时间。借助这一新技术研究人员可通过化学操控包装DNA的蛋白，来开启特异的基因启动子和增强子——控制基因活性的基因组片段。 研究人员说，拥有操控表观基因组的能力将有助于他们探究特殊启动子和增强子在细胞命运或遗传病风险中所起的作用
CRISPR触发的内源Oct4或Sox2基因位点染色质重塑激...（二）
3. CRISPR-dCas9-SunTag-VP64系统单独对Sox2基因进行内源激活，也能有效获得iPS研究者单独选取了能对Sox2进行激活的SgRNA进行iPS诱导，发现在有效激活内源Sox2基因表达的情况下，能成功得到诱导性多能干细胞，并能稳定增殖传代。得到iPS通过体内体外实验，如干细胞基
增强子转录在小麦基因表达调控中的作用获揭示
广州大学分子遗传与进化创新研究中心董志诚团队与复旦大学、中国科学院分子植物科学卓越创新中心张一婧团队合作，首次报道了植物中的增强子转录，初步阐释了增强子转录在小麦基因表达调控中的作用。相关研究近日发表于《基因组生物学》（Genome Biology）。 增强子是一种40
为什么增强子对启动子没有专一性
（1）增强子可提高同一条DNA链上基因转录效率，可以远距离作用，通常距离l～4kb，个别情况下离开所调控的基因30kb仍能发挥作用，而且在基因的上游或下游都能起作用。 （2）增强子作用与其序列的正反方向无关，将增强子方向倒置依然能起作用。而将启动子倒置就不能起作用，可见增强子与启动子是很不相同
新一代单细胞itChIP技术解析早期胚胎细胞命运决定机制
2019年9月3日，北京大学分子医学研究所、北大-清华生命科学联合中心何爱彬组在《Nature Cell Biology》在线发表了题为Profiling chromatin state by single-cell itChIP-seq的文章，报道了利用一种全新的普适性，易操作的单细胞ChIP
CRISPR后起之秀：“20,000个平行实验”发现增强子
我们人体每个细胞的基因组中都有大致相同的22,000个基因，但每个细胞采用的都是这些基因的不同组合，根据不同的需求开启或关闭某个基因。就是这些基因的表达以及抑制模式决定了细胞会成为什么细胞，是肾脏细胞，脑细胞，皮肤细胞，还是心脏细胞。 要想操控这些转换模式，我们的基因中就必须有调节序列，比如“
美研究发现保持干细胞本性有关键作用的蛋白质因子
干细胞是细胞界“永远的少女”。人们认为它会一直保持静止状态，直到有某种信号迫使它分裂，产生差异而形成高度特化的细胞。理论上它们能发育成任何类型的成熟细胞，因而在组织与器官再生领域有着光明前景，但人们还需要更充分地掌握干细胞生理学。 据物理学家组织网9月25日报道，纽约大学朗格尼医学中心一
CRISPR触发的内源Oct4或Sox2基因位点染色质重塑激...（一）
CRISPR触发的内源Oct4或Sox2基因位点染色质重塑激活细胞重编程题目：CRISPR-Based Chromatin Remodeling of the Endogenous Oct4 or Sox2 Locus EnablesReprogramming to Pluripotency期刊：C
将CRISPRCas9基因编辑应用于造血干细胞中－治疗镰状细胞病
在一项新的研究中，来自美国达纳法伯癌症研究所、波士顿儿童医院和马萨诸塞大学医学院等研究机构的研究人员通过将CRISPR-Cas9基因编辑应用于患者自己的造血干细胞中，开发出一种治疗一种最为常见的遗传性血液疾病---镰状细胞病（sickle cell disease）---的策略。这种方法克服了之
研究证明增强子活性的维持不依赖H3K27乙酰化修饰
2月21日，Genome Biology 在线发表了中国科学院生物物理研究所朱冰课题组的研究论文“Histone H3K27 acetylation is dispensable for enhancer activity in mouse embryonic stem cells”。组蛋白H3
从全才到专家，Cell子刊揭示启动干细胞分化的蛋白团队
生物通报道：当植物将根扎进土壤的时候，根尖形成的新细胞就要担负不同的责任，比如输送水和营养物质或者感知重力。 Duke大学的研究人员在拟南芥根部鉴定了一组DNA结合蛋白。他们在Developmental Cell杂志上发表文章指出，这些蛋白共同作用帮助前体细胞选择性读取基因组的不同部分，从而走
遗传发育所等发现增强子调控茉莉酸信号途径的机理
增强子是真核细胞调控基因转录的重要元件。在模式动物中，增强子与相应的基因启动子通过形成染色质环在物理上相互靠近，从而精确调控基因的时空特异性表达。然而目前在植物中，如何界定特定基因的启动子和增强子元件尚未明确，特定生理途径中增强子的系统鉴定未见报道，增强子与启动子之间染色质环的形成及其作用机理也
Science：保守再生反应性增强子竟影响脊椎动物再生能力
在一项新的研究中，来自美国斯托瓦斯医学研究所、霍华德-休斯医学研究所和斯坦福大学的研究人员发现保守的与两种鱼类的尾部再生有关的再生反应性增强子（regeneration-responsive enhancer）。相关研究结果近期发表在Science期刊上，论文标题为“Changes in reg