昆明动物所在预测蛋白质功能位点方面取得重要进展
随着蛋白质结构信息的不断积累，以及结构基因组学不断的发展，越来越多的功能未知但结构已知的蛋白质提交到了国际大分子数据库中(PDB数据库)，这些蛋白质的功能及其功能位点需要注释。而随着实验生物学的不断发展，以前一些已知功能的蛋白质的功能及其功能位点可能需要重新注释。因此，发展一种精确快速的可用于大规模功能注释的算法是结构生物信息学的重要研究内容之一。尽管已有许多算法用来对蛋白质结构或序列进行功能注释，但这些算法的精确性，敏感度等需要更进一步的提高。 日前，中国科学院昆明动物研究所黄京飞研究员指导的博士研究生李功华，开发出一个新的预测蛋白质功能位点的算法（CMASA）。这个算法相对于其它已知的算法具有更高的精确性和敏感性，而且具有计算速度快的特点。利用CMASA，黄京飞研究员课题组研究人员对PDB数据库中的酶进行了催化位点的注释并发现了166个新的未被注释的酶的催化位点。 该研究工作已发表在......阅读全文
llumina向ClinVar数据库贡献人类遗传变异
近日，来自圣地亚哥的消息– Illumina公司（纳斯达克股票代码：ILMN）宣布，它已向美国国家生物技术信息中心（NCBI）主办的公共数据库ClinVar贡献了超过95,000个人类遗传变异（信息）。Illumina所贡献的信息包括从致病变异到良性变异在内的各种类别的变异，这些变异是在Illu
我国首个蜻蜓综合性参考数据库建立
蜻蜓目是现存最古老的飞行昆虫类群之一，也是重要的环境指示物种。中国作为全球蜻蜓物种多样性最高的国家之一，已记录蜻蜓超过900种，其丰富的类群与独特的地理分布，在生物多样性研究与生态保护中具有重要意义。长期以来，国内缺乏系统性整合形态、生态、分布与分子数据的蜻蜓专题数据库，制约了蜻蜓大尺度生态演化研究
众包个体基因数据库缓慢发展
Yaniv Erlich 计算遗传学家Yaniv Erlich因其建立了世界最大“家谱”而引人注目。而目前，他的DNA.land又引发新一轮个体基因数据库“众包热潮”。 早在2013 年，Erlich 团队就发表了一篇论文，介绍了如何利用公共资源，通过交叉比对的方法确定遗传学研究参与者的个人身
山西建立国内首家计生科学数据库
被科学界誉为“试管婴儿之父”的美籍华人科学家张民觉先生研究资料数据库建设项目，近日在山西省人口计生委科学研究所启动。 张民觉是山西岚县人，他一生致力于生殖生理学科研究，是“试管婴儿”技术的奠基者，也是口服避孕药的发明人。张民觉虽身居海外，却时刻关注着祖国计生科学的发展，1991年将其
我国首次发布海洋化合物数据库
3日，在青岛举行的“2018年全球海洋院所领导人会议”上，青岛海洋科学与技术试点国家实验室学术委员会主任、中国工程院院士管华诗发布了海洋试点国家实验室海洋天然产物三维结构数据库。这是我国首次正式发布海洋化合物数据库。 管华诗表示，海洋是一个巨大的药源宝库，迄今为止，人们已经发现了约3万个结
GCMS数据库都告诉我们什么？
现在我们越来越多的需要GC-MS进行相关的分析检测工作，但是，GC-MS在定量之余更能给我们许多定性未知物的信息，各种数据库则是其强大的后援，今天，我们就来说说这数据库检索的门道。GC-MS常见数据库介绍谱库检索是定性分析最为广泛的辅助手段之一。通常GC-MS仪器的数据系统软件都配有不同的质谱数据库
《清洁能源》期刊正式被EI数据库收录
5月21日，记者从国家能源集团北京低碳清洁能源研究院（简称低碳院）获悉，国家能源集团主管的《清洁能源》（Clean Energy）期刊已正式被Ei Compendex（简称EI）收录，这是《清洁能源》杂志创刊以来的突出成果和一个重要里程碑，标志着该杂志国际影响力的大幅提升。 《清洁能源》创刊
PI数据库及其在电厂SIS中的应用
随着电力体制改革的深人开展，厂网分开、竞价上网己经成为必然的发展趋势。这就要求各电厂必须重视整合企业现有的软硬件资源，在整个电厂范围内实现信息共享，做到管控一体化。而目前电厂中的分布式控制系统DCS（Distributed Control System）等往往将数据分散在不同的计算机或控制系统
大白菜突变体库数据库建立
大白菜属十字花科芸薹属，以结球叶片为食用器官，原产于中国，栽培历史悠久，是我国的重要蔬菜作物之一。大白菜全基因组测序和群体变异组解析已经完成，大量基因等待着农业科学家去诠释其功能。突变体是开展植物功能基因组学研究的重要材料，但小范围获得突变体进行单个基因研究已经不能满足科研和育种的需要。所以，在功能
我国首次发布海洋化合物数据库
昨日，在青岛举行的“2018年全球海洋院所领导人会议”上，青岛海洋科学与技术试点国家实验室学术委员会主任、中国工程院院士管华诗发布了海洋试点国家实验室海洋天然产物三维结构数据库。这是我国首次正式发布海洋化合物数据库。 管华诗表示，海洋是一个巨大的药源宝库，迄今为止，人们已经发现了约3万个结
基因序列排序与整理、数据库比对与意义
由于定序系统的定序方法都是将体细胞内的基因序列打断成很多段落后，再利用DNA扩增的方式原理，在扩增的同时借由侦测萤光的方式（将不同碱基原料接上萤光讯号，只要这有接讯号的碱基被合成了，即会发出不同强度的萤光讯号）即能得到大量的片段式基因序列。经数字化后的基因序列需经整理将每段落的头尾相接成一个完整的基
建立临床数据库时需要注意哪些问题？
在建立临床数据库时，需要注意以下几个重要问题： 1. 数据标准化：确保收集的数据遵循统一的标准和格式，包括疾病诊断标准、实验室检测指标的单位和正常范围、患者人口学信息的记录方式等。 2. 数据质量控制：实施严格的数据质量检查流程，例如检查数据的完整性、准确性和一致性。对缺失值、异常值和错误数据进
应急管理部：建设乡村灾害风险隐患数据库
国务院新闻办公室15日举行新闻发布会。国务院第一次全国自然灾害综合风险普查领导小组办公室副主任、应急管理部风险监测和综合减灾司司长陈胜介绍，下一步，在普查成果转化为乡村自然灾害防治能力的提升上下功夫。指导建设乡村地区灾害风险隐患数据库，支持灾害预警信息精准传递到村到户到人。陈胜表示，在这次普查调查中
《绿碳》期刊被国际数据库CAS正式收录
近日，中国科学院青岛能源所创办的国际学术期刊《绿碳》（Green Carbon），被全球知名科技期刊数据库美国化学文摘Chemical Abstracts Service（CAS）数据库正式收录。《绿碳》正式被国际数据库CAS收录 青岛能源所供图CAS数据库是美国化学会（American Chem
陈赛娟：重大疾病专病数据库势在必行！
当前，医学科技和信息技术的飞速发展，使诊疗数据和病理及影像等数据，正在以惊人的速度增长。此外，包括基因组、表观组、蛋白组和代谢组在内的组学技术发展，也促使生物医学领域快速进入“大数据”时代。 “当今世界正处于以海量数据为基础的循证医学时代。”全国政协委员、中国工程院院士、上海交通大学转化医学研究
《Nature》发布小鼠细胞的开源数据库Tabula－Muris
近日，斯坦福大学、陈-扎克伯格生物中心以及加州大学旧金山分校的研究人员建立了一个名为Tabula Muris的开源数据库，收录了小鼠的多个细胞类型及其基因表达数据。这项成果于上周发表在《Nature》杂志上。 研究团队利用荧光活化细胞分选（FACS）方法和微流体液滴捕获方法，从小鼠20个不同器
全球药典草药基因组数据库已上线
近期，中国中医科学院中药研究所团队建立了全球药典基因组数据库(GPGD)。该数据库是全球首个针对药典收载草药物种的大型基因组学数据库。相关研究成果发表在《Science China-Life Sciences》杂志，标题为“Global Pharmacopoeia Genome Database
B细胞表位数据库简介与预测方法
抗原表位预测适用于已知一级结构的蛋白质或多肽抗原的线性表位的预测。人们通过观察抗原表位与已知氨基酸序列的蛋白质某些结构特征关系，发现一些蛋白质的序列或结构特征与抗原表位有关。在抗原抗体的结合反应中，抗原参与结合的部位称为 B 细胞抗原决定簇或者表位。从空间结构上看，B 细胞表位可分为线性表位（也
研究建立中国人高度近视pRNFLT标准数据库
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/8/505847.shtm
美化学数据库收录第7000万种物质
美国化学文摘社(CAS)日前宣布，其旗下最大的已知化学物质信息数据库CAS REGISTRYSM收录了第7000万种物质。目前，该物质正由韩国知识产权局(KIPO)进行ZL审查。 此次所收录的第7000万种物质是一种潜在的T型钙通道阻滞剂，由韩国首尔的一所跨学科研究机构——韩国科技研究
岛津香味物质数据库荣获2022年Antop奖
西瓜汁，吊带背心，噶几噶几转的风扇，清凉带着点闷热，蓝天拽着厚厚的棉花糖，是七月。2022年ANTOP奖的谜底也逐渐揭晓。历经全网投票和专家评审后，由岛津企业管理（中国）有限公司申报的香味物质数据库正式获得2022年ANTOP奖——GCMS分析利器 特色香味物质数据库。 获奖名称：GCMS分析
国内首个“入境固体废物鉴别查询数据库”上线
2月17日，我国首个“入境固体废物鉴别查询数据库”在广西防城港检验检疫局官方网站上线使用。该数据库涵盖近年来我国大部分进口金属矿和冶炼渣的鉴别特征数据，能为我国进口固体废物监管提供技术支持。 我国对固体废物进口实施严格管理，将固体废物分为禁止进口固体废物、限制进口类可用作原料的固体废物和自动
《自然》发表人类遗传变异体大型数据库gnomAD
英国《自然》杂志及其子刊27日在线发表了基因组聚集数据库（gnomAD）团队的系列研究论文，介绍了研究人员对这个大型数据库的多方面分析，其结果有助人们深入认识人类基因功能，提升对罕见和常见遗传病的理解。 基因组聚集数据库(gnomAD)是一个大规模的人类遗传变异体数据库，汇集了来自不同人群的外
土壤侵蚀遥感调查与数据库建设通过验收
12月24日，由中国科学院水利部成都山地灾害与环境研究所承担的“西藏一江两河地区土壤侵蚀遥感调查与数据库建设”项目顺利通过由西藏自治区水利厅组织的专家评审验收。专家组评审后一致认为该项目基础工作扎实、数据资料详实，技术方法先进、结果可靠，数据库系统界面友好、实用性强，为西藏自治区水土保持信息化建
重要化学数据库调查近千条存疑条目
英国剑桥晶体数据中心（CCDC）是化学家寻找晶体结构信息的首选资源库。近日，该中心正在对数据库中近1000个条目进行审查，因为一项研究诚信调查发现，数据库中的一些科学论文可能出自“论文工厂”。经常用CCDC数据进行日常研究的科学家对疑似造假论文的规模感到震惊，表示从未见过如此大量的条目存疑。“这让人
全球最大的海洋微生物组数据库建立
9月4日，《自然》在线发表中外科学家的合作成果，该成果建立了全球最大的海洋微生物组数据库，从中发掘塑料降解酶、基因编辑工具、抗菌肽等重要基因资源。山东大学微生物技术国家重点实验室教授李盛英为文章共同通讯作者，助理研究员刘琨为文章共同第一作者。该成果在《自然》报道 山东大学供图微生物已在生物制造、
全球最大的海洋微生物组数据库建立
9月4日，《自然》在线发表中外科学家的合作成果，该成果建立了全球最大的海洋微生物组数据库，从中发掘塑料降解酶、基因编辑工具、抗菌肽等重要基因资源。山东大学微生物技术国家重点实验室教授李盛英为文章共同通讯作者，助理研究员刘琨为文章共同第一作者。 微生物已在生物制造、生物医药、生物农业、环境治理等
中国完成首个人类肿瘤放疗增敏数据库
近日中科院合肥物质科学研究院技术生物与农业工程研究所研究员赵国平课题组、吴李君课题组与安徽大学夏俊峰教授合作，在前期工作基础上开发建立了人类肿瘤放疗增敏数据库dbCRSR。该成果是国际上首个关于人类肿瘤放疗相关基因的多组学整合数据库。研究成果发表在《数据库：生物数据库与管理》。图片来源于网络
美国联邦疼痛研究科学数据库正式上线
近期，由美国国立卫生研究院、保健研究与质量署、食品药品管理局、疾病预防控制中心、退伍军人部和国防部六家联邦机构合作建立的“跨部门疼痛研究档案”（IPRP）数据库正式上线。该数据库将向公众和科研人员开放，为他们提供一个了解联邦政府资助的疼痛研究相关信息的平台。 疼痛是困扰患者的一种常见健康问题
微电子所举办专业数据库Inspec相关培训
为了更广泛的推广使用Inspec数据库这一先进的信息查询工具，使之更有效的服务于科学研究工作，6月10日下午，中科院微电子研究所图书资料室举办了题为“利用专业数据库Inspec开展物理及工程领域科学研究”的培训。 本次培训采用网络在线培训的形式，主讲人为Thomson Sc