首届中国计算蛋白质组学研讨会第一轮通知
The First China Workshop on Computational Proteomics (CNCP2010) 2010年11月10日至11日, 北京 一.会议简介 随着蛋白质组学的兴起，特别是质谱技术的快速发展，蛋白质组学研究中产生的数据规模越来越大。依靠简单的手工处理已经远远不能满足问题的需求, 通过先进的计算机算法与软件工具来自动处理大批量的蛋白质组数据已经成为蛋白质组学研究的重要分支，这就是“计算蛋白质组学” (Computational Proteomics)。 “计算蛋白质组学”是以计算技术为主要手段，通过开发高效的算法和实用的软件工具来处理大规模的蛋白质实验或模拟数据，解决蛋白质组学研究中的 蛋白质鉴定、翻译后修饰分析、蛋白质定量、蛋白质相互作用、蛋白质定位、蛋白质结构或蛋白质动力学等领域中的问题。我国的计算蛋白质组学与国际基本处于同 步的发展态势，特别是最近十年......阅读全文
上海药物所发现赖氨酸丙二酰化的新蛋白修饰及其调控酶
蛋白翻译后修饰是调控诸多生物学过程和疾病的主要生物学通路之一，因而，蛋白翻译后修饰通路研究正成为目前新药研发的重要热点之一。近日，中科院上海药物研究所联合美国芝加哥大学Ben May癌症研究所赵英明教授实验室建立的中科院上海药物所化学蛋白质组学研究中心发现了细胞中赖氨酸丙二酰化的新蛋白修饰及
华质泰科与美国－Protein－Metrics－Inc－达成代理合作协议
华质泰科生物技术(北京)有限公司(ASPEC)和美国加州硅谷生物质谱软件开发商 Protein Metrics Inc (PMI)就下一代蛋白质及翻译后修饰搜索与鉴定引擎Byonic™ 和Preview™ 在大中华地区的独家总代理达成了战略合作协议。PMI 授权ASPEC在中国大陆、台湾
葛峰课题组最新文章发布原核生物的蛋白基因组分析软件
蛋白基因组学(Proteogenomics) 是基于高精度的串联质谱数据对基因组进行注释，不仅能在蛋白质水平上验证基因表达和模式，还能提供蛋白质组层面特有的信息，如翻译后修饰、信号肽等,目前 已成为功能基因组学研究不可或缺的重要工具。然而，对海量质谱数据实现全面和精准的解读仍是当前蛋白基因组学研
2025蛋白质组学大会之模式生物蛋白质组
2025年10月13日14:00-16:00，模式生物蛋白质组分论坛成功举办。论坛云集圣保罗大学、中国科学院昆明动物研究所、国家蛋白质科学中心（北京）、中国科学院大连化学物理研究所、湖南师范大学、东北林业大学、南方海洋科学与工程广东省实验室（广州）、湖北工业大学等10余家国内外高校及科研机构的顶尖专
RNA翻译与蛋白质折叠之间的微妙舞蹈
在蛋白质的合成过程中，RNA翻译会影响蛋白质的折叠，而蛋白质折叠也会影响RNA的翻译。 在过去的十年里，我们对细胞内蛋白质合成方式的认知取得了快速的增长，其中包括蛋白质合成的各个基本步骤：转运RNA（transfer RNA， tRNA）是如何高保真、高速率地对信使RNA（messenger
翻译全局控制改善外源蛋白质的折叠效率
近日，华南理工大学林影教授和暨南大学张弓教授的团队在Biotechnology for Biofuels杂志（生物工程类一区）上发表文章，使用翻译全局控制方法，改善外源蛋白质在毕赤酵母中表达的折叠效率，有效提高活性蛋白质产量。据悉，这是翻译组调控在真核生物细胞工厂底盘细胞中的首次成功应用，极大地
关于蛋白质合成真核生物翻译起始的特点
一、真核生物翻译起始的特点： 1.真核起始甲硫氨酸不需甲酰化。 2.真核mRNA没有S-D序列，但5'端帽子结构与其在核蛋白体就位相关。帽结合蛋白（CBP）可与mRNA帽子结合，促进mRNA与小亚基结合。 3.肽链的延长 ：延长阶段为不断循环进行的过程，也称核蛋白体循环。分为进位、
蛋白质和多肽反相HPLC分析和纯化指南（一）
蛋白质组学蛋白质组学是鉴定和定量细胞、组织或生物体蛋白质的科学，目的是了解生物学变化和疾病状态，开发疾病的生物标记和治疗药物的靶点。如果将一个基础蛋白的各个修饰蛋白算作一个蛋白，那么哺乳动物细胞含多达3~4万个蛋白。当计算各个修饰后的蛋白时，蛋白质的数量远远超过了10万。细胞内不同蛋白质的丰度或浓度
水生所在原核生物的蛋白基因组分析研究中取得进展
蛋白基因组学(Proteogenomics) 是基于高精度的串联质谱数据对基因组进行注释，不仅能在蛋白质水平上验证基因表达和模式，还能提供蛋白质组层面特有的信息，如翻译后修饰、信号肽等。目前，蛋白基因组学已成为功能基因组学研究不可或缺的重要工具。然而，对海量质谱数据实现全面和精准的解读仍是当前蛋
精确修饰位点谱图库的建立与磷酸化蛋白质组的－DIA－解析3
结果显示，从 DIA 数据中提取、定量到 6401 条可信的磷酸化肽，占谱图库磷酸化肽总数（6505 条）的 98.4%（图 5）。磷酸化肽的丰度和离子化效率普遍较低，本实验如此高的解析成功率表明，基于 Orbitrap 的 DIA 数据具有极高的谱图质量和出色的灵敏度。 图5. DIA可
精确修饰位点谱图库的建立与磷酸化蛋白质组的－DIA－解析2
2. 磷酸化样本的 DDA 鉴定、可信度筛选和谱图库建立磷酸化样本信息和色谱质谱参数见实验条件部分。3 针 DDA 数据按磷酸化检索流程使用 Proteome Discoverer 2.0 软件搜库鉴定（S/T/Y+79.966 Da），并使用 ptmRS 模块对位点打分（图 2-1）。搜库完成
精确修饰位点谱图库的建立与磷酸化蛋白质组的－DIA－解析1
引言 数据非依赖采集（Data-Independent Acquisition, DIA）是当前最热门的质谱采集技术之一，它以非目标的方式将质量范围分为若干窗口，依次并循环采集窗口内所有母离子的二级碎片[1,2]。DIA 与 SRM 类似，也是基于子离子（transition）定量，相比
基因表达的调控
转录调控可分为三种主要途径：1）遗传调控（转录因子与靶标基因的直接相互作用）；2）调控转录因子与转录机制相互作用，3）表观遗传调控（影响转录的DNA结构的非序列变化）。通过转录因子直接调控靶标DNA表达是最简单和最直接的转录调控改变转录水平的方法。基因的编码区周围通常都具有几个蛋白质结合位点，具有调
基因表达的调控模式介绍
转录调控可分为三种主要途径:1)遗传调控(转录因子与靶标基因的直接相互作用);2)调控转录因子与转录机制相互作用,3)表观遗传调控(影响转录的DNA结构的非序列变化)。通过转录因子直接调控靶标DNA表达是最简单和最直接的转录调控改变转录水平的方法。基因的编码区周围通常都具有几个蛋白质结合位点,具有调
上海交大PNAS新文章：至关重要的蛋白质修饰
来自上海交通大学、新加坡Proteos 分子与细胞生物学研究所、哥伦比亚大学等处的研究人员证实，棕榈酰基转移酶Aph2在心脏功能及心肌病形成中起重要作用。这项研究发布在12月7日的《美国国家科学院院刊》（PNAS）上。 上海交通大学的李保界（Baojie Li）教授及哥伦比亚大学的Stephe
布鲁克最新发布@HUPO2024
★ 强大、无偏且低成本的4D-蛋白质组学技术应用于超高特异性的蛋白质鉴定与定量，可实现高置信度的大规模血浆蛋白质组学分析。★ 每种细胞系可以鉴定超过10万条多肽，每种蛋白质鉴定对应超过10条多肽，高序列覆盖率显著提升蛋白鉴定置信度，实现超高特异性的蛋白质组学分析（HiFi Proteomics）。A
南京大学研究团队实现纳米孔蛋白质组学重大突破
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/9/509528.shtm蛋白质是生命活动的执行者，由20种天然存在的蛋白质氨基酸构成。与高歌猛进的DNA测序技术相比，高灵敏、高通量的蛋白质测序技术的发展严重滞后，目前仅Edman降解法和质谱法能做到蛋白质测
线性离子阱质谱仪的应用介绍
1、应对代谢物鉴定和确证，线性离子阱质谱仪可自动查找到所有可能的代谢物。 2、基于离子/离子化学的电子转移解离，线性离子阱质谱仪是实现此技术的仪器。ETD与CID互为补充，提高蛋白序列覆盖率；保护不稳定PTM翻译后修饰基团，简化数据分析；单次进样自动启动CID和ETD。 3、母离子智能选择：自动
线性离子阱质谱仪都有哪些应用
1、应对代谢物鉴定和确证，线性离子阱质谱仪可自动查找到所有可能的代谢物。 2、基于离子/离子化学的电子转移解离，线性离子阱质谱仪是实现此技术的仪器。ETD与CID互为补充，提高蛋白序列覆盖率；保护不稳定PTM翻译后修饰基团，简化数据分析；单次进样自动启动CID和ETD。 3、母离子智能选择：自动
线性离子阱质谱仪的主要应用领域
1、应对代谢物鉴定和确证，线性离子阱质谱仪可自动查找到所有可能的代谢物。 2、基于离子/离子化学的电子转移解离，线性离子阱质谱仪是实现此技术的仪器。ETD与CID互为补充，提高蛋白序列覆盖率；保护不稳定PTM翻译后修饰基团，简化数据分析；单次进样自动启动CID和ETD。 3、母离子智能选择：自动
结核杆菌研究新进展：乙酰化修饰图谱公布
近日，发表于杂志Int J Biochem Cell Biol.上的一篇文章中，来自西南大学和杭州景杰生物科技有限公司的研究者公布了结核分歧杆菌的乙酰化修饰谱图。近年来科学家都非常有兴趣致力于病原微生物的蛋白质翻译后修饰研究，本文中作者首次全面鉴定了结核分歧杆菌的乙酰化修饰。这也是继公布首张结合
有关蛋白质的修饰与加工的介绍
包括糖基化、羟基化、酰基化、二硫键形成等，其中最主要的是糖基化，几乎所有内质网上合成的蛋白质最终被糖基化。 糖基化的作用是： ①使蛋白质能够抵抗消化酶的作用；②赋予蛋白质传导信号的功能；③某些蛋白只有在糖基化之后才能正确折叠。 糖基一般连接在4种氨基酸上，分为2种： O-连接的糖基化（O-
蛋白质乙酰化修饰的精细调控
近期，国际著名学术期刊《美国国家科学院院刊》在线发表了中国科学技术大学生命科学学院施蕴渝教授与姚雪彪教授研究组的合作成果，文章标题为EB1 acetylation by P300/CBP-associated factor (PCAF) ensures accurate kinetochore -m
蛋白质的糖基化修饰主要分为
特征 N-连接 O-连接合成部位 粗面内质网 主要在高尔基体合成方式 来自同一个寡糖前体 一个个单糖加上去与之结合的氨基酸残基 天冬酰氨 丝氨酸、苏氨酸、羟脯、羟赖最终长度 至少5个糖残基 1-4个糖残基第一个糖残基 N-乙酰葡萄糖胺 N-乙酰半乳糖胺大概清楚了吧！ 蛋白质糖基化是一种蛋白质修饰，作
植物所发现泛素修饰调控植物类黄酮合成的分子机制
类黄酮是植物界广泛存在的次生代谢产物，具有包括使植物器官和组织着色、吸引昆虫传粉、抵御紫外线伤害等一系列重要的生物学功能。近年来，类黄酮的药用价值和保健功能备受关注。科学家对植物中的类黄酮合成途径在转录水平上的调控研究较为深入，但转录后、翻译及翻译后的修饰机制相关研究较少。在真核细胞中，目标蛋白
琥珀酰化修饰组+代谢组揭示水产动物病原菌的...（二）
2. 筛选修饰蛋白进行验证并探究修饰位点功能进一步，作者对6个候选琥珀酰化蛋白进行验证（LuxS、PkG等），先通过Co-IP富集候选的修饰蛋白，随后利用琥珀酰化抗体进行WB，证明了这些蛋白确实发生了琥珀酰化修饰。随后，作者锁定了一个调节群体感应自诱导剂AI-2的合成酶-----LuxS进行深入研究
琥珀酰化修饰组+代谢组揭示水产动物病原菌的...（一）
琥珀酰化修饰组+代谢组揭示水产动物病原菌的代谢调控机制 随着组学研究步入后基因组时代，蛋白质组、修饰蛋白质组、代谢组、多组学研究逐步向生命科学研究的各个领域渗透。尽管，相对于发展迅速的医学等领域，水产科学中对修饰组等较新组学技术的应用起步较晚，但目前已有不少高质量文章发表，这为水产科学研究领域打开了
水生所四膜虫蛋白质磷酸化修饰特征等研究获进展
11月7日，国际蛋白质组学领域刊物Molecular & Cellular Proteomics在线发表了题为Phosphoproteomic analysis of protein phosphorylation networks in Tetrahymena thermophila, a
蛋白质组学实用分析技术一览
分析其实也属于技术的一部分，且在蛋白质组学研究中显得尤为重要，因为蛋白质组学研究提供的数据是生物学上最庞大的，而且蛋白质组比基因组具有更大的复杂性，因此蛋白质组信息学更有挑战性。今天小编先抛砖引玉地介绍几个常用的分析方法和软件。蛋白质定性分析蛋白质定性分析通常是指利用质谱法进行蛋白质鉴定和序列分析。
2025蛋白质组学大会之蛋白质组学新技术
2025年10月13日上午，蛋白质组学新技术（Emerging proteomics technologies）专题分论坛顺利召开。本场会议由本领域学者陆豪杰教授、王初教授、谭敏佳教授、秦伟捷教授和Yasushi Ishihama教授共同召集和组织。来自海内外的多位知名学者围绕该领域的前沿进展，分享