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精确修饰位点谱图库的建立与磷酸化蛋白质组的DIA解析2

2. 磷酸化样本的 DDA 鉴定、可信度筛选和谱图库建立磷酸化样本信息和色谱质谱参数见实验条件部分。3 针 DDA 数据按磷酸化检索流程使用 Proteome Discoverer 2.0 软件搜库鉴定（S/T/Y+79.966 Da），并使用 ptmRS 模块对位点打分（图 2-1）。搜库完成后，打开结果，使用 Filter 功能对 PSM 列表“Isoform Confidence Probability”项进行筛选，保留得分大于等于 0.75 的 PSM（图 2-2）。然后，点右键选择”Check All-In This Table”，将符合条件的PSM选定。最后，在”Spectra”中导出mzML格式，在“To PepXML”中导出 PepXML 格式，并将两个文件置于同一文件夹中，即可作为谱图库导入 Skyline（图 2-3）。 图 2. 翻译后修饰 DDA 数据检索、位点筛......阅读全文