精确修饰位点谱图库的建立与磷酸化蛋白质组的DIA解析1
引言 数据非依赖采集（Data-Independent Acquisition, DIA）是当前最热门的质谱采集技术之一，它以非目标的方式将质量范围分为若干窗口，依次并循环采集窗口内所有母离子的二级碎片[1,2]。DIA 与 SRM 类似，也是基于子离子（transition）定量，相比传统蛋白质组学定量方法具有更好的选择性和更高的准确度。然而，目前DIA在翻译后修饰分析上仍有较大瓶颈。DIA 依赖于 DDA 建立谱图库，而 DDA 数据在搜库鉴定时，修饰位点定位错误的概率较高，特别是磷酸化修饰发生在常见的 S/T/Y 上，若肽段含有 2 个或以上位置接近的 S/T/Y，位点就容易找错。将含有错误位点信息的鉴定结果作为谱图库，就会导致翻译后修饰 DIA 解析结果的不可靠[3]。因此，DIA 尚难用于大规模的翻译后修饰样本分析。 针对修饰位点的打分算法使修饰位点的定位更加准确，Proteome D......阅读全文
精确修饰位点谱图库的建立与磷酸化蛋白质组的－DIA－解析1
引言 数据非依赖采集（Data-Independent Acquisition, DIA）是当前最热门的质谱采集技术之一，它以非目标的方式将质量范围分为若干窗口，依次并循环采集窗口内所有母离子的二级碎片[1,2]。DIA 与 SRM 类似，也是基于子离子（transition）定量，相比
精确修饰位点谱图库的建立与磷酸化蛋白质组的－DIA－解析3
结果显示，从 DIA 数据中提取、定量到 6401 条可信的磷酸化肽，占谱图库磷酸化肽总数（6505 条）的 98.4%（图 5）。磷酸化肽的丰度和离子化效率普遍较低，本实验如此高的解析成功率表明，基于 Orbitrap 的 DIA 数据具有极高的谱图质量和出色的灵敏度。 图5. DIA可
精确修饰位点谱图库的建立与磷酸化蛋白质组的－DIA－解析2
2. 磷酸化样本的 DDA 鉴定、可信度筛选和谱图库建立磷酸化样本信息和色谱质谱参数见实验条件部分。3 针 DDA 数据按磷酸化检索流程使用 Proteome Discoverer 2.0 软件搜库鉴定（S/T/Y+79.966 Da），并使用 ptmRS 模块对位点打分（图 2-1）。搜库完成
上科大水雯箐博士：DIA－常用软件及分析流程－|－WeOmics－G21
“Westlake Proteomics Series” (WeOmics)系列研讨会 由西湖大学Guomics实验室，西湖实验室iMarker实验室，CN-HUPO，The Proteomic Navigator of the Human Body (π-HuB) Project共同举办，并由西湖
布鲁克发布PaSER重磅更新，强大新算法支持diaPASEF
布鲁克PaSER™ 2022软件加入TIMS DIA-NN模块，具有处理dia-PASEF®数据的能力 创新的TIMScore算法支持dda-PASEF数据和dia-PASEF库，与TIMS DIA-NN相结合，仅需35分钟梯度即可从200ng K562裂解液中鉴定约9000种蛋白质组 TI
数据非依赖采集DIA－解决方案（四）
Skyline 软件Skyline 软件是华盛顿大学 MacCoss 教授实验室开发的目标蛋白质组学分析软件（https://skyline.gs.washington.edu），是 DIA/SWATH 数据处理的权威工具，由于功能全面、性能强大而受到普遍认可，是目前使用最广泛的 DIA/S
创新数据非依赖性采集用于复杂基质目标蛋白质...（一）
创新数据非依赖性采集用于复杂基质目标蛋白质的定量分析摘要 数据非依赖性采集(DIA)是随着定量蛋白质组学而建立的质谱扫描技术。DIA 能够获得扫描范围内所有母离子及二级子离子信息,不会造成低丰度离子信息的丢失,同时突破了高分辨质谱二级定量的通量限制。本研究基于静电场轨道阱Q-qIT-OT 三
解析糖基化修饰及位点分析
经常听到糖基化修饰，今天带大家一探究竟。什么是糖基化修饰呢？糖基化是在糖基转移酶的控制下，蛋白质或脂质附加上糖类的过程，发生于内质网和高尔基体。糖基化修饰是一类非常重要的翻译后修饰，大部分膜蛋白和分泌蛋白均为糖蛋白，糖基化修饰不仅影响蛋白质的空间构象、活性、运输和定位，同时在信号转导、分子识别，
用蛋白质组学方法绘制磷酸化位点图谱
方案1 用带有 Fe(Ⅲ) 和 Ga(Ⅲ)的 IMAC 纯化磷酸化多肽 方案2 在 MALDI 分析之前或之后对磷酸化多肽进行碱性磷酸酶处理 方案3 结合固定化金属离子亲和介质和 MALDI-TOF-MS 直接分析方法对磷酸化多肽进行特征分析实验 方
4D组学新时代！更精确的磷酸化修饰组学
离子淌度分离概念的引入使得蛋白质组学进入了4D新时代。4D蛋白质组学是在3D分离即保留时间（retention time）、质荷比（m/z）、离子强度（intensity）这三个维度的基础之上增加了第四个维度，离子淌度（mobility）的分离（图1），进而大幅度的提高扫描速度和检测灵敏度，带来蛋白
布鲁克发布新型4DProteomics™－timsTOF技术
A. 基于人工智能的TIMSquant™软件，实现CCS-enabled非标记定量，可扩展到成千上万的样本； B. midia-PASEF®采集模式，早期能够用在超灵敏的 timsTOF Ultra 上进行免疫肽组学和蛋白质翻译后修饰（PTMs）研究，实现在dia-PASEF中的类似DDA母离
蛋白质磷酸化位点怎么确定
鉴定了磷酸化肽后,还要进一步确定磷酸化肽中修饰了磷酸化位点的哪个残基.用于确定磷酸化肽中磷酸化位点的质谱方法基于两种不同原理,第一种方法取决于磷酸酯键的化学稳定性,如在ESI质谱仪的碰撞室或离子源中,或在MALDI-MS的PSD过程中.磷酸化肽可通过磷酸酯键断裂产生的碎片离子鉴定.第二种方法基于肽段
蛋白质磷酸化位点怎么确定
鉴定了磷酸化肽后,还要进一步确定磷酸化肽中修饰了磷酸化位点的哪个残基.用于确定磷酸化肽中磷酸化位点的质谱方法基于两种不同原理,第一种方法取决于磷酸酯键的化学稳定性,如在ESI质谱仪的碰撞室或离子源中,或在MALDI-MS的PSD过程中.磷酸化肽可通过磷酸酯键断裂产生的碎片离子鉴定.第二种方法基于肽段
蛋白质磷酸化位点怎么确定
鉴定了磷酸化肽后,还要进一步确定磷酸化肽中修饰了磷酸化位点的哪个残基.用于确定磷酸化肽中磷酸化位点的质谱方法基于两种不同原理,第一种方法取决于磷酸酯键的化学稳定性,如在ESI质谱仪的碰撞室或离子源中,或在MALDI-MS的PSD过程中.磷酸化肽可通过磷酸酯键断裂产生的碎片离子鉴定.第二种方法基于肽段
捕集离子淌度质谱带来磷酸化蛋白质组研究新的深度
Yasushi Ishihama 教授 京都大学分子与细胞生物分析实验室 2021年1月发表于www.ddw-online.com 目前，在蛋白质生物化学和蛋白质组学相关研究中，质谱（MS）已广泛应用于鉴定和表征蛋白质。且随着技术的不断发展，质谱已经实现了更高的覆盖深度、更快的分析速度和更
磷酸化位点分析实验磷酸化位点的确定
磷酸肽的化学测序 磷酸肽的质谱分析 源后衰变 用酶和化学方法去磷酸化 实验方法原理 磷酸化位点的确定也使用一
磷酸化位点分析实验磷酸化位点的确定
实验方法原理 磷酸化位点的确定也使用一些通用方法；磷酸化蛋白质被纯化，如果可能蛋白质要均一；磷蛋白被特异性的化学或酶反应切断、产生肽混合物，其中含有一到两个磷酸肽不同之处在干其分离磷酸肽的策略是为了确定氨基酸序列，定位肽段内磷酸化的残基。上面所述的分离方法， 2D-PP 作图、 HPLC 或 l
一小时DDA鉴定DIA定量4000个Hela蛋白（一）
引言数据非依赖性的扫描模式（data-independent acquisition, DIA）是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式[1]。它的理念是用二级碎片离子进行蛋白相对/绝对定量。 DIA 扫描模式中，超高分辨质谱对特定质量范围内的所有母离子进行碎裂，采集所有母离子的碎片离子，并
黄超兰Cell发文－绝对定量质谱揭示CD3ε的多重信号转导功能
2020年7月29日，北京大学医学部精准医疗多组学研究中心黄超兰团队，中科院上海生化与细胞所许琛琦团队、美国加州大学圣地亚哥分校惠恩夫团队，联手在Cell上发表了题为“Multiple signaling roles of CD3ε and its application in CAR-T cell
一小时－DDA－鉴定－DIA－定量－4000－个－Hela－蛋白（一）
引言数据非依赖性的扫描模式（data-independent acquisition, DIA）是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式[1]。它的理念是用二级碎片离子进行蛋白相对/绝对定量。DIA 扫描模式中，超高分辨质谱对特定质量范围内的所有母离子进行碎裂，采集所有母离子的碎片离子，并快
2020CMSS精彩继续，质谱揭开生命组学与药代的神秘面纱
分析测试百科网讯 2020年9月15日，2020年中国质谱学会质谱网络研讨会（2020CMSS）进行到第二天，由北京生命科学研究所董梦秋研究员、中国科学院生态环境研究中心汪海林研究员、同济大学田志新教授、中国医学科学院药物研究所张金兰研究员；吉林大学药物代谢研究中心顾景凯教授、军事医
上海植物逆境中心建立植物基因组精确定点修饰技术
中科院上海植物逆境生物学研究中心朱健康课题组近日通过模仿和改造微生物中的一种抵御外源侵染的防护机制，成功开发出一种能对植物基因组进行精确定点修饰的技术，从而使高效植物分子改良性状成为可能。这一适用于植物的CRISPR/Cas技术就像一把剪刀可以对基因组任意感兴趣的位置进行编辑，它的成功开发将革命
为什么蛋白质保守丝氨酸位点是其磷酸化位点
磷酸化位点一般有丝氨酸，苏氨酸，酪氨酸。其中，丝氨酸和苏氨酸是最常见的磷酸化位点，因为其结构末端含有羟基，羟基很活泼，可以与磷酸基团结合。磷酸化的过程就是传递磷酸基团。所以说，蛋白质中如果某个丝氨酸很保守的话，很大程度上就是磷酸化位点。
为什么蛋白质保守丝氨酸位点是其磷酸化位点
磷酸化位点一般有丝氨酸，苏氨酸，酪氨酸。其中，丝氨酸和苏氨酸是最常见的磷酸化位点，因为其结构末端含有羟基，羟基很活泼，可以与磷酸基团结合。磷酸化的过程就是传递磷酸基团。所以说，蛋白质中如果某个丝氨酸很保守的话，很大程度上就是磷酸化位点。
一小时－DDA－鉴定－DIA－定量－4000－个－Hela－蛋白（二）
500 ng Hela 细胞裂解液用相同的色谱柱，相同的色谱梯度，将 QE HF 切换至 DIA 扫描模式进行 3 次 DIA 数据采集。在一次扫描循环中，目标母离子质核比范围 400–1000，四极杆的隔离窗口为 12 Da，包含 50 次 MS/MS 扫描。每一张 MS/MS 谱图中
一文了解质谱确定磷酸化位点
电喷雾质谱仪为英国Micromass公司的电喷雾四极杆正交加速飞行时间串联质谱仪Q-TOF2。配备毛细管液相色谱和纳升喷雾源。镀金属钯的硼硅酸盐电喷雾针（palladiμm-coated borosilicate electrospray needle）(Protana, Odense, Den
一小时DDA鉴定DIA定量4000个Hela蛋白（二）
Skyline 中嵌入的 mProphet 软件会根据同一肽段的多个子离子峰的 feature 进行打分。 Feature 包括子离子共流出峰形、保留时间偏差、 dotp 值、信噪比等。为了区分假阳性的子离子峰， mProphet 可以建立 decoy 库，也可以将打分排名第二的肽段作为decoy，
数据非依赖采集DIA－解决方案（二）
二、特点与优势 数据非依赖采集（DIA）：• 采集所有离子及碎片谱图，不丢失任何信息，重现性好；• 数据易于追溯，即使目前的水平无法发现某些蛋白/ 化合物，未来可以回溯；• 无需优化方法，对于易降解样品可以即刻采集，获得数据后再深入挖掘；• 基于碎片离子（即母子离子对）定量，选择性好，与 SRM/M
鲁克在－timsTOF－4D蛋白质组学和表观蛋白质组学平台上扩展
在蛋白质组论坛| EuPA 2022，布鲁克公司（纳斯达克股票代码：BRKR）宣布扩展了更深层次的蛋白质组学和表观蛋白质组学覆盖的能力，包括使用创新的 TIMScore 算法增强磷酸肽分析，该算法现在是基于 GPU 的新 PaSER 2022 平台的一部分。新的 TIMScore 算法利用机器学
布鲁克新品发布@USHUPO
#摘要# 应用在免疫肽组学的PaSER™ Novor，具有更快速、实时从头测序的特点 使用PaSER 2023b蛋白质组学软件实现无需构建谱图库的dia-PASEF数据分析（Library-free dia-PASEF®） 与Mass Dynamics合作, 实现4D-Proteomics