上海交大开发出蛋白预测新方法

上海交通大学生命科学技术学院韦朝春研究团队与澳大利亚阿德莱德大学、美国范德堡大学、上海第二军事医科大学研究人员合作,通过从DNA序列直接预测并结合其他证据预测人类基因组蛋白质。相关研究成果近日在线发表于《科学报告》。 尽管目前人们已经知道能够编码蛋白质的人类基因的数量是2万多个,但是由于可变剪切机制,同一个基因可以表达成多个不同的蛋白质,这2万多个人类基因究竟能编码多少个蛋白质目前仍然是个谜。 韦朝春研究团队开发了一个直接从基因组序列从头预测可变剪切的方法,结合现有的海量基因表达数据,包括转录组和蛋白质组数据,找到了约3万个现有数据库中没有的蛋白质序列。随机抽样并设计实验验证表明:约85%的预测结果可以得到实验验证。这些蛋白质序列使现有数据库中蛋白质序列数量增加到约9万个。和公共数据库中已有的蛋白质相比,这些新发现的蛋白质的表达具有更高的组织特异性,表达量相对较低,因而也更难被发现。根据这些结果,他们预测人类基因组编码的......阅读全文

基因调控的研究方法

  筛选突变型   这是在原核生物中广泛应用的方法,例如在乳糖操纵子的研究中筛选失去了基因调控能力的组成型,包括调节基因发生突变和操纵基因发生突变的突变型,以及筛选即使有乳糖或其他诱导物存在的情况下仍然不能合成β-半乳糖苷酶的超阻遏型等等。  激素诱导   在高等的真核生物中,除了离体培养的体细胞以

简述基因的影响研究

  女性生育的时间与基因存在关联。科学家通过研究发现特定的基因变异能够让生育期更长、更年期更迟,从而使一些女性拥有高于常人10%的生育率。Mills教授和其他250名研究员一起,通过对33万男女生育信息进行统计和分析,结果发现基因能够影响一个人首次性行为的时间,另外对首次怀孕的年龄以及更年期何时到来

死亡基因的研究意义

这一特别的基因会影响一个人会在一天的哪个时间段内死去。人体内几乎所有的生理过程都有一个昼夜节律,这意味着,它们的高峰值主要出现在一天的某个时间段内。甚至死亡(也是一种生理过程)也有它的昼夜节律,大多数人的死亡昼夜节律平均出现在早晨,所以大多数人通常死于早晨。有些人死亡节律时间段在上午11点左右。研究

遗传重组热点基因研究

        遗传重组(它涉及DNA股的断开和重接以产生新的基因组合)是真核细胞生物中的一种基本的生物学过程。在哺乳动物减数分裂的时候,在这一专门化的细胞分裂过程中,来自母系和父系的染色体被一分为二并产生出精子细胞和卵子细胞,而重组过程则将同源染色体的不同部分连接在了一起,从而导致了后代中的基

蛋白质芯片对于基因表达的筛选的应用

从人胎儿脑的cDNA文库中选出92个克隆的粗提物制成蛋白质芯片,用特异性的抗体对其也进行检测,结果的准确率在87%以上,而用传统的原位滤膜技术准确率只达到63%。与原位滤膜相比,用蛋白质芯片技术在同样面积上可容纳更多的克隆,灵敏度可达到pg级。

基因突变致蛋白质合成异常分析(四)

  ②轻型β地中海贫血:患者是β+地贫、β0地贫或δβ0地贫的杂合子,基因型分别为β+/βA、β0/β+和δβ0/βA。这类患者由于还能合成相当量的β链,所以症状较轻,贫血不明显或轻度贫血。本病特点是HbA2升高(可达4%-8%)或(和)HbF升高。  ③中间型β地中海贫血:患者通常是某些β地贫变异

基因突变致蛋白质合成异常分析(二)

  (二)血红蛋白病的分类和分子基础  血红蛋白病可分为两大类,即异常血红蛋白病和地中海贫血。  1.异常血红蛋白病 异常血红蛋白(abnormal hemoglobin)是指由于珠蛋白基因突变导致珠蛋白肽链结构异常,如有临床表现者称为异常血红蛋白病或异常血红蛋白综合征。至今全世界已发现异常血红

基因突变致蛋白质合成异常分析(五)

   表4-2选择性免疫蛋白缺乏症分型IgA缺乏症选择性IgA缺乏症共济失调-毛细血管扩张症Nezelof综合症慢性皮肤粘膜念珠菌病SIgA(分泌型)缺乏症IgA缺乏症IgA缺乏症选择性IgM缺乏症Wiskott-Aldrich综合征IgE缺乏症IgA-IgM缺乏症IgA-IgG缺乏症L链缺乏症  

让基因沉默提高酵母中的蛋白质产量

  通过使基因沉默,研究人员成功地显著增加了酵母中的蛋白质产量。该方法可为制药蛋白和工业酶生产工业产出更好的工程化菌株。  来自丹麦科技大学诺和诺德基金会生物可生化性中心、查尔默斯技术大学和KTH皇家理工学院的研究人员已经鉴定出9个基因靶点,通过组合沉默使工程酵母细胞中的蛋白质产量提高了2.2倍。G

关于基因表达的机制蛋白质运输的介绍

  许多蛋白质定位于细胞质以外的其它细胞器,多种信号序列(信号肽)负责将蛋白质引导至它们应该在的细胞器。原核生物中,由于细胞的有限区室化,这通常是一个简单的过程。真核生物却存在多种不同的靶向过程以确保蛋白质到达正确的细胞器。  并非所有蛋白质都保留在细胞内,许多蛋白质如消化酶、激素和细胞外基质蛋白通

如何通过chip确定与基因结合的蛋白质

染色质免疫沉淀,所以对ChIP实验过程的每一步都应设计相应的对照.当检测如转录调控因子一类的DNA结合蛋白,在生理状态下把细胞内的DNA与蛋白质交联在一起.如果你是只知道你的蛋白.染色质免疫沉淀技术一般包括细胞固定,可是双链或者是单链,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,在非变性的聚丙烯凝胶电泳

基因突变致蛋白质合成异常分析(一)

   蛋白质性质是由DNA分子上碱基数量和顺序决定的。如果DNA分子的碱基数量或顺序发生变化,由它编码的蛋白质结构就发生相应的改变。由于基因突变导致蛋白质分子质和量异常,从而引起机体功能障碍的一类疾病称为分子病(molecular disease)。  分子病种类很多,根据各种蛋白质的功能可将分子病

基因突变致蛋白质合成异常分析(七)

   2.抗凝血因子缺乏症  (1)遗传性抗凝血酶Ⅲ缺乏症:抗凝血酶Ⅲ(antithrombin Ⅲ,ATⅢ)对凝血酶Xa有抑制作用,肝素能加速其对凝血酶的抑制。其次,ATⅢ还有抑制Ⅸ、Ⅺ及Ⅻ的功能。  遗传性抗凝血酶Ⅲ缺乏症(hereditary antithrombin Ⅲ deficiency

关于基因表达的蛋白质运输机制介绍

  许多蛋白质定位于细胞质以外的其它细胞器,多种信号序列(信号肽)负责将蛋白质引导至它们应该在的细胞器。原核生物中,由于细胞的有限区室化,这通常是一个简单的过程。真核生物却存在多种不同的靶向过程以确保蛋白质到达正确的细胞器。  并非所有蛋白质都保留在细胞内,许多蛋白质如消化酶、激素和细胞外基质蛋白通

基因突变致蛋白质合成异常分析(六)

   目前已知的DMD基因突变主要为缺失型,约占病例的50%-60%;重复(duplication)次之,约占6%,有两个缺失热区:即5’端的第4-21外显子(占缺失的20%);另一为第45-52外显子(占54%-60%)。内含子44约160-180kb,断裂频率最高,缺失导致移码突变者,多数会引起

蛋白质芯片技术应用与基因表达的筛选

基因表达的筛选AngelikaL.等人从人胎儿脑的cDNA文库中选出92个克隆的粗提物制成蛋白质芯片,用特异性的抗体对其也进行检测,结果的准确率在87%以上,而用传统的原位滤膜技术准确率只达到63%。与原位滤膜相比,用蛋白质芯片技术在同样面积上可容纳更多的克隆,灵敏度可达到pg级。

基因突变致蛋白质合成异常分析(三)

   2.地中海贫血由于珠蛋白基因缺失或突变导致某种珠蛋的链合成障碍,造成α链和β链合成失去平衡面导致的溶血性贫血称为地中海贫血(thalassemia)。根据合成障碍的肽链不同可把地中海贫血分为α和β地中海贫血两类。此外还有少见的δβ和γβ地中海贫血。  (1)α地中海贫血(α-thalassem

蛋白质磷酸化调控基因表达的机制

组蛋白的磷酸化一般导致对应区域基因表达的上调。表观遗传调控包括DNA甲基化,组蛋白修饰(磷酸化,乙酰化,甲基化等)和小RNA调节,是在DNA序列的基础上对基因表达的调节,是细胞分化的本质。如果除去表观遗传调控,人体各个细胞应该是一样的,但是组蛋白修饰在DNA复制过程中不但可以被复制,也可以在相应蛋白

2025蛋白质组学大会之跨物种蛋白质组学研究

  2025年10月14日下午,第12届AOHUPO大会、第8届AOAPO大会、π-HuB国际大科学计划第三届全球峰会暨第13届CNHUPO大会“Cross-species Proteomics(跨物种蛋白质组学)”分会场于广州白云国际会议中心国际会堂顺利举行。会议由中国科学院北京基因组研究所 (国

顽拗性植物组织的蛋白质组学研究(苯酚法提取蛋白质)

实验材料植物组织试剂、试剂盒苯酚提取缓冲液沉淀液等电聚焦缓冲液仪器、耗材低温粉碎机实验步骤3.1 蛋白质提取( 1 ) 新鲜植物组织在液氮中冷冻,然后在自动低温粉碎机中预先冷却的钢杯中将材料研磨成细碎的粉末(见注释 4) 。( 2 ) 在一个 15 ml 的离心管(falcon  tube) 中加入

顽拗性植物组织的蛋白质组学研究(苯酚法提取蛋白质...

顽拗性植物组织的蛋白质组学研究(苯酚法提取蛋白质)实验实验材料 植物组织试剂、试剂盒 苯酚提取缓冲液沉淀液等电聚焦缓冲液仪器、耗材 低温粉碎机实验步骤 3.1 蛋白质提取( 1 ) 新鲜植物组织在液氮中冷冻,然后在自动低温粉碎机中预先冷却的钢杯中将材料研磨成细碎的粉末(见注释 4) 。( 2 ) 在

顽拗性植物组织的蛋白质组学研究(苯酚法提取蛋白质)

1. 前言提取蛋白质是蛋白质组学研究的第一步。植物组织的蛋白质含量较低,并且存在多种非蛋白质成分,如细胞壁及贮藏多糖、脂质和酚类化合物,使蛋白质的提取难度增大 。植物蛋白质的可溶性与它们的细胞内定位关系密切,传统的蛋白质提取方法是用水合缓冲液、去垢剂或直接沉淀法 [1] 。除了普遍使用的 TCA

转基因技术基因工程疫苗的研究

  使用DNA重组生物技术,把天然的或人工合成的遗传物质定向插入细菌、酵母菌或哺乳动物细胞中,使之充分表达,经纯化后而制得的疫苗。应用基因工程技术能制出不含感染性物质的亚单位疫苗、稳定的减毒疫苗及能预防多种疾病的多价疫苗。  目前已经商业化使用的部分基因工程疫苗:  乙肝疫苗、丙肝疫苗、百日咳基因工

用克隆化基因在体外合成的蛋白质分析DNA蛋白质相互...

用克隆化基因在体外合成的蛋白质分析DNA-蛋白质相互作用实验实验方法原理 实验材料 含有所需结合位点的质粒DNA试剂、试剂盒 35S标记的蛋白5×结合缓冲液10 mg mL poly (dl-dC) • poly (dl-dC)或其他的大分子载体 DNA加样缓冲液45%甲醇 10%乙酸EN3HANC

克隆化基因体外合成蛋白质分析DNA蛋白质相互作用实验

体外合成的蛋白质对于测定一个克隆的基因是否编码一个特异的DNA结合蛋白, 以及分析DNA-蛋白质相互作用都是极为有用的。为了检测DNA的结合能力,可将标 记的蛋白质与特异的DNA片段共温育,用非变性丙烯酰胺凝胶电泳将蛋白质-DNA复 合物与游离的蛋白质分离开来。来源:《精编分子生物学实验指南》第五版

大连化物所蛋白质组学研究取得进展

  蛋白质甲基化是一种非常重要的翻译后修饰现象,其甲基供体为S-腺苷甲硫氨酸(SAM)。由于甲基化可发生在氨基酸残基的N-,O-和S-中心,并且N-中心甲基化还存在不同状态,同时甲基化对分离行为影响非常细微,限制了对蛋白质甲基化组的解析。常规基于抗体的研究策略仅捕获了部分N-中心甲基化的信息。中国科

蛋白质芯片对于筛选及研究的应用

常规筛选蛋白质主要是在基因水平上进行,基因水平的筛选虽已被运用到任意的cDNA文库,但这种文库多以噬菌体为载体,:通过噬菌斑转印技术(plaque life procedure)在一张膜上表达蛋白质。但由于许多蛋白质不是全长基因编码,而且真核基因在细菌中往往不能产生正确折叠的蛋白质,况且噬菌斑转移不

史上最大的血浆蛋白质组研究发布

  在2日发表于英国《自然·遗传学》杂志上的一项研究中,安进 (Amgen)制药属下deCODE基因公司的科学家们展示了通过结合序列多样性和RNA表达的数据,测量出迄今最大规模血浆中大量蛋白质的水平,以深入了解人类疾病和其他表型。  deCODE基因公司的科学家们使用了血浆中的5000种蛋白质,这些

研究发现蛋白质也有“双重人格”

  小说《化身博士》的主人公时善时恶,是典型的“双重人格”。最新研究发现,一种蛋白质也有类似双重性,有时能够抑制坏细胞,有时却促进癌细胞生长。研究人员称,未来可通过“抑恶扬善”来利用这种蛋白质开发抗癌新药。   英国牛津大学研究人员领导的一个国际研究小组近日报告说,一种名为“E2F”的蛋白质在细胞

研究蛋白质相互作用的新技术

  近期,来自多伦多大学Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute (LTRI)和Donnelly中心的一组研究人员,开发出一种新技术,可以将细胞内的DNA条形码拼接在一起,以同时搜寻数百万个蛋白质配对,用以分析蛋白质相互作用。相关研究结果发表在4月22日的《Mol