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苏州大学GenomeBiology:聚焦基因组中的新基因

来自苏州大学、芝加哥大学的研究人员在新研究中,调查了人类和小鼠基因组中新基因驱动基因间相互作用(GGI)网络的速度及模式。这项研究发布在近期的《基因组生物学》(Genome Biology)杂志上。 苏州大学的沈百荣(Bairong Shen)教授及芝加哥大学遗传与进化系终身教授龙漫远(Manyuan Long)是这篇论文的共同通讯作者。 新基因为生物体创造了遗传和表型多样性,往往是重要的生物学过程和结构中一些谱系特异性或物种特异性元件的遗传基础。一些生物学特征主要是通过细胞元件间复杂的互作而产生,新基因不可避免地被整合到祖先基因间相互作用(GGI)网络中并重塑这一网络来获取它们相应的生物学功能。近期,一些个案研究证实,在果蝇、芽殖酵母和植物中个别新基因可以参与到局部祖先GGI网络中获得重要的功能。但目前对于新基因整合到祖先网络中去的机制及它们的进化意义还不是很清楚。 在新研究中,研究人员探讨了在人类及小鼠基因组中新基......阅读全文

作物基因组学研究进展

  摘要:农作物基因组学研究的发展,对于有效利用现代分子生物学手段进行物种的遗传改良发挥了重要作用。随着测序技术的发展,已经实现对重要农作物,如水稻、小麦、玉米、大豆、油菜、棉花、蔬菜等作物基因组的测序或重测序,在此基础上完成对控制重要农艺性状基因的克隆和鉴定。本文综述了2017年度主要农作物基因组

王文:追问生命终极秘密

  基因,这个生命最终秘密的载体,在生命和物种的起源进化中,究竟是如何产生的?新基因是怎样把一个新的分子功能,加进一个自然界长期演化历史形成的功能系统及其基因控制网络中,进而改变这一系统功能的?   “我们现在还不知道这些重要问题的所有答案。但是,至少我们现在知道,这样的问题并不是不可以研究的。”

用化学常识解释转基因

  河南日报退休高级编辑,大河健康报退休总编,河南农大兼职教授,中国新闻奖获得者。  各位女士、各位先生:  大家好。大家都是经常来图书馆借书、看书的读者,如今喜欢看书的人真是难能可贵。看年龄,大家多数是60后、50后,少数是70后、40后。大家可能都不是生物专业的大学生,但是大家在中学阶段都学过化

EST技术及其在基因全长cDNA克隆上的应用策略

第二军医大学细胞生物学教研室;上海200433 何志颖;姚玉成(综述);胡以平(审校)关键词:EST技术;“电子”基因克隆;生物信息学;基因摘要: 随着人类基因组计划的顺利进行,EST技术被广泛应用于基因识别、绘制基因表达图谱、寻找新基因等研究领域。利用人类基因组研究不断产生的数据,从ES

973首席科学家发现基因功能新起源

来自中科院昆明动物所的研究人员发现在哺乳动物的一个重要转录抑制因子CDYL基因中,新外显子反复在不同哺乳动物谱系中发生,而且这些新外显子能给该基因带来很大的功能改变,这说明基因中新外显子的出现也是增加蛋白多样性和新功能起源的一种重要方式。这一研究成果公布在国际著名遗传学刊物《Trends in Ge

作物基因组学研究进展(二)

⑵小麦基因组研究小麦是全球最重要的粮食作物之一,小麦的稳产和增产对我国乃至全世界粮食安全的影响举足轻重。近年来由于全球气候变化、环境变化的影响,小麦生产面临严峻的挑战,对于小麦的育种和品种改良工作提出了新的要求。普通小麦(Triticum aestivum L.)是3个不同亚基因组形成的异源

上海交大张大兵Cell子刊:新基因从何而来?

  来自上海交通大学、马克斯普朗克分子植物生理学研究所以及莱斯特大学的研究人员报告称,他们在拟南芥和水稻中追溯了一些蛋白质编码基因的起源,基于研究发现他们提出了一个进化模型来解释一些新基因从雄性生殖细胞中出现的机制。这项研究发表在6月1日Cell出版社旗下的《分子植物》(Molecular Plan

昆明动物所马普小组为新基因起源绘制全基因组蓝图

新基因的不断出现是生物进化的重要基础。昆明动物所马普青年科学家小组在王文研究员的领导下与国际一些研究小组合作,已陆续报道了包括 “sphinx”、“猴王”、“Hun”、BSC4等等一系列新近产生的新基因。这些研究成果表明新基因的起源是一个重要的生物学现象。但在全基因组水平,具体有哪些重要的新基因起源

基因编辑进展梳理 Part II 基于CRISPR-Cas9的技术应用篇(下)

  上一期为大家介绍了过去一年里CRISPR技术在动物造模及单碱基技术方面取得的重大突破。本期继续为大家从功能基因组筛选、细胞谱系示踪及疾病诊断方面谈谈CRISPR-Cas系统的技术运用。   一、大规模基因功能的筛选   尽管测序和基因组编辑技术取得了重大进展,但是解析复杂的基

基因编辑进展梳理 Part II 基于CRISPR-Cas9的技术应用篇(下)

  上一期为大家介绍了过去一年里CRISPR技术在动物造模及单碱基技术方面取得的重大突破。本期继续为大家从功能基因组筛选、细胞谱系示踪及疾病诊断方面谈谈CRISPR-Cas系统的技术运用。   一、大规模基因功能的筛选   尽管测序和基因组编辑技术取得了重大进展,但是解析复杂的基因型-表型关系仍

生物信息学在人类基因组计划中的应用

生物信息学是当前生物学领域的研究热点,预计在未来的若干年它将变得越来越重要、越来越引起人们的重视。近期任务由于未来几年蛋白质和核酸的测序数据将以指数方式增加,近期生物信息学将在以下几方面迅速发展:大规模基因组测序中的信息分析大规模测序是基因组研究的最基本任务,它的每一个环节都与信息分析紧密相关。目前

基因数据分析的主流软件

在过去的几年中,许多生物的基因组完成了测序工作,如何对如此庞大的原始序列信息进行分析和应用,正是现在最为棘手的问题。大量的基因预测软件和在线工具应运而生。如何广泛而深入地了解并能有的放矢地利用这些工具,已经成为21世纪分子生物学家的必修课。随着大规模EST和cDNA序列信息的获取,那些基于表达序列同

我国建立灵长类特异新基因数据库并系统预测新基因功能

  灵长类特异乃至人特异新基因起源是推动人类表型演化的重要推动力,但只有少量新基因功能已知。近年来基因编辑技术和类器官技术的发展使得系统揭示新基因在人之所以为人这一演化过程中的贡献成为可能。然而,由于基因年龄推断方法的差别以及较低的新基因注释质量(很难区分新蛋白编码基因和假基因),文献中已经发表的灵

基因分离克隆的方法

1 基因芯片技术分离目的基因生物芯片是高密度固定在固相支持介质上的生物信息分子的微列阵。列阵中每个分子的序列及位置都是已知的,并按预先设定好的顺序点阵。基因芯片是生物芯片的一种,其上固定的是核算类物质,主要用于DNA、RNA分析。分为DNA芯片和微点阵两种。分离目的基因是是指从基因组中发现或找出某个

基因与疾病治疗相关领域研究进展一览

  1. Retrovirology:整合到人基因组中的古老逆转录病毒有助抵抗HIV-1感染  doi:10.1186/s12977-017-0351-8  在我们的进化过程中,病毒持续地感染人体。一些早期的病毒已整合到我们的基因组中,如今它们被称作为人内源性逆转录病毒(human endogeno

西北农大张涌团队利用CRISPR技术培育出抵抗结核病的奶牛

  在一项新的研究中,来自中国西北农林科技大学动物医学院的研究人员首次利用CRISPR/Cas9基因编辑技术成功地培育出具有增加抵抗牛结核病能力的奶牛。相关研究结果于2017年2月1日发表在Genome Biology期刊上,论文标题为“Single Cas9 nickase induced gen

中科院Science公布最新基因组

  继2012年中国科学院昆明动物研究所、深圳华大基因研究院等单位合作完成了首个山羊全基因组图谱之后,6月昆明动物研究所,华大基因等处的研究人员又公布了绵羊基因组序列,并且将这一基因组与其它哺乳动物基因组进行了比对,构建了相关的系统发育树。这一研究成果公布在6月6日Science杂志上。  参与这项

科学时报:大熊猫研究步入基因组时代

10月11日,深圳华大基因研究院宣布,大熊猫晶晶的基因组框架图绘制完成,这是世界首例用短序列进行新物种测序与组装新技术完成的大型基因组序列图。 深圳华大基因研究院大熊猫基因组项目负责人田埂博士在接受记者采访时表示:“目前的基因组框架图涵盖基因组95%区域,覆盖基因区约98%。虽然这还不是最终的基因

专访赵莉:新的基因从何而来

  疾病基因,外貌基因,冒险基因……“基因”这个词近几十年来不仅出现在越来越多的科研成果中,也出现在许多大众媒体上,成为了大家耳熟能详的一个名称,但是正如我们对于宇宙的大爆炸起源尚不清楚一样,基因是如何产生,尤其是从头起源的基因如何产生的,还并未被了解透彻。   近日来自加州大学戴维斯分校的研究人

Science:新的基因从何而来,为何而来?

  近日来自加州大学戴维斯分校的研究人员发现了在6株果蝇株系中全部或部分表达的142个转录子,对应于果蝇参考基因组(reference genome)中基因间序列,这第一次利用群体遗传学的方法,尝试探索从头起源的基因在群体中扩散、尚未固定之前的表达和结构,以及这些基因受到的选择和调控情况。  

Cell Res重点论文:单细胞表观多组学测序技术最新突破

  2017年6月16日,北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells”的研

Cell Res重点论文:单细胞表观多组学测序技术最新突破

  2017年6月16日,北京大学生命科学学院生物动态光学成像中心汤富酬课题组在《Cell Research》杂志在线发表了题为“Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells”的研

Science:新技术实现精确基因组编辑

  麻省理工学院、布洛德研究所以及洛克菲勒大学的研究者开发出了一种新颖的技术,可以通过添加或去除基因来对活细胞的基因组进行修改。研究者表示,这种技术易于操作且成本低,可以用于对产生物燃料的生物将进行基因工程操作,设计用于人类疾病研究的动物模型,开发新的疾病疗法,以及其他的潜在应用

基因组学推动生命科学大步向前

  2010年下旬,河南安阳曹操墓真伪之辩正酣。而一则来自上海的重磅消息更是引发了多方关注。复旦大学现代人类学教育部重点实验室宣布,向全国征集曹姓男性DNA样本,拟用基因组科学的手段验证出土的头骨是否为曹操本人。   一下子,基因组科学成为热门,这一话题“落入寻常百姓家”。   事实上,伴随着2

国内外实验动物模型概览

  生命是“能够自我营养并独立生长和衰败的力量”,这是亚里士多德(Aristotle,公元前384—322)通过动物、植物的研究对生命的哲学概括。动物也成为古代先哲们探索生命奥秘的主要对象之一,盖伦(Galen,公元130—200)开创了动物解剖学和实验生理学,他将来源于动物的知识推广到对人体的认识

海洋所科研人员绘制完成牡蛎全基因组序列图谱

  近日,牡蛎基因组计划(Oyster Genome Project,OGP)项目组宣布,历时两年的牡蛎基因组序列图谱终于绘制完成。这是世界上第一张养殖贝类的全基因组序列图谱,标志着基于短序列的高杂合度基因组拼接和组装技术获得了重大突破。据悉,目前的基因组图谱已达到国际领先的基因组图

表达基因的克隆策略与分离表达基因序列的技术方法

人类基因组计划的主要任务之一就是要从大片段基因组区域或整条染色体DNA 上鉴定出基因表达序列(gene expressed sequences)或转录单位(transcription units)。在人类基因组30亿个碱基对中,发生转录的表达序列(即基因)仅占总序列的3~5%。基因组中绝大部

中科院、华大基因Nature子刊测序新成果

  来自中科院遗传与发育生物学研究所、深圳华大基因研究院和亚利桑那大学等机构的研究人员完成了对短花药野生稻(Oryza brachyantha)的全基因组测序,并揭示出了稻属基因组进化的机制。相关成果发表在3月12日的《自然通讯》(Nature Communications)杂志上。   

基因克隆的常用方法

基因克隆的常用方法 基因(gene)是遗传物质的最基本单位,也是所有生命活动的基础。不论要揭示某个基因的功能,还是要改变某个基因的功能,都必须首先将所要研究的基因克隆出来。特定基因的克隆是整个基因工程或分子生物学的起点。本文就基因克隆的几种常用方法介绍如下。

新冠病毒源于自然界又有新证据

自新冠肺炎疫情暴发以来,世界科研人员争分夺秒地对其展开调查分析与科学研究。除了研究如何预防和治疗新冠肺炎患者之外,研究中的很大一部分问题集中在新型冠状病毒是如何产生的,它于何时何地首次出现,何时开始在人与人之间传播,该病毒是否来自蝙蝠,在传染给人类之前有没有中间宿主,以及新冠病毒为何能如此快速地在人