苏州大学GenomeBiology：聚焦基因组中的新基因
来自苏州大学、芝加哥大学的研究人员在新研究中，调查了人类和小鼠基因组中新基因驱动基因间相互作用（GGI）网络的速度及模式。这项研究发布在近期的《基因组生物学》（Genome Biology）杂志上。 苏州大学的沈百荣（Bairong Shen）教授及芝加哥大学遗传与进化系终身教授龙漫远(Manyuan Long)是这篇论文的共同通讯作者。 新基因为生物体创造了遗传和表型多样性，往往是重要的生物学过程和结构中一些谱系特异性或物种特异性元件的遗传基础。一些生物学特征主要是通过细胞元件间复杂的互作而产生，新基因不可避免地被整合到祖先基因间相互作用(GGI)网络中并重塑这一网络来获取它们相应的生物学功能。近期，一些个案研究证实，在果蝇、芽殖酵母和植物中个别新基因可以参与到局部祖先GGI网络中获得重要的功能。但目前对于新基因整合到祖先网络中去的机制及它们的进化意义还不是很清楚。 在新研究中，研究人员探讨了在人类及小鼠基因组中新基......阅读全文
华大基因发布基因组测序新成果
来自深圳华大基因研究院的研究人员，对4种代表性的弹涂鱼（mudskippers）进行了基因组测序，由此阐明了两栖鱼类适应陆地生活环境的分子机制。相关研究论文发布于12月2日的《自然通讯》（Nature Communications）杂志上。 深圳华大基因研究院的石琼(Qiong Shi)研究员
华大基因发表宏基因组测序新成果
人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等过程中起到了重要的作用。许多人类疾病都与微生物组失衡有关，但揭示其中的因果关系并不容易。 2014年七月，华南理工大学、华大基因、哥本哈根大学等单位在Nature biotechnolog
新基因图谱揭示基因组交叉地带
据英国《新科学家》网站近日报道，美国科学家绘制出了目前世界上最先进的人类基因图谱，该图谱能帮助更准确地识别某些影响特定人群的遗传病根源。 这一基因图谱发现，西非人后裔的基因中有着欧洲人后裔所没有的基因重组的高发地带，这有可能是导致特定人种先天性疾病诸如贫血症的遗传学原因。当然
北京基因组研究所Plant－cell基因组研究新成果
来自中科院北京基因组研究所、荷兰瓦赫宁根大学和中科院/马普学会等10多家机构的研究人员组成的一个研究小组，通过测序及分析醉蝶花(Tarenaya hassleriana)的基因组提供了关于十字花科植物繁殖性状和基因组进化的新认识。相关研究发表在植物学权威期刊The Plant Cell杂志上
北京基因组所开发出比较群体基因组学新算法
随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为在基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了机遇。然而，目前的分析方法面临着技术瓶颈和挑战。其中，关键问题是如何高效准确地检测作用于非编码区的自然选择效应。同时，能够高效、高性能地分析多物种大样本数据，成为方法学方面的迫切要求。
单细胞基因组突变检测新突破
爱因斯坦研究人员已经开发并验证了一种准确识别单细胞基因组中突变的方法。这种新方法可以帮助预测癌症是否将在看似健康的组织中发展，在今天的自然方法的在线版本中发表的论文中被描述。相应的作者是Lola和Saul Kramer分子遗传学主席Jan Vijg博士。 在科学家可以分析单个细胞的基因组之前，
Nature发布轮虫基因组研究新成果
有一群动物放弃了性，但却在进化过程中生成了460多种物种。本周的《自然》(Nature)杂志上发表了一篇关于蛭形轮虫(bdelloid rotifer)全基因组的研究论文，为揭示这一进化机制减少了些许神秘。 Woods Hole海洋生物学实验室(MBL)David Mark Wel
新软件按需组装无缝基因组序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494014.shtm 科技日报北京2月16日电 （记者张梦然）美国国立卫生研究院研究人员发布了一种创新的软件工具，用于组装来自各种物种的真正完整（即无缝）的基因组序列。这种名为Verkko的软件在芬兰
5万人基因组分析发现新致病基因
一些宾夕法尼亚人并没有意识到自己携带了一些提高心脏病和中风风险的基因突变。在一项迄今最大规模的研究中，科学家网罗了超过5万人的基因组数据，并连同他们的电子健康档案，最终识别出潜在的新的致病基因。这些数据进一步证明，每250人中便有1人携带了可能使其罹患心脏病和中风的基因变异，尽管他们并没
国家基因库研发线粒体基因组重要新应用
继启动万种动物线粒体基因组计划（MT10K, https://www.mt10k.org）之后，深圳国家基因库成功研发出一套应用线粒体基因组监测生物多样性的宏线粒体基因组重测序方法（mitochondrial metagenomics，以下简称“全线粒体混合多样性分析法”）。此方法高效、准确且可
新研究填补全球基因组“南方盲区”
记者15日从中国科学院昆明动物研究所（以下简称“昆明动物研究所”）获悉，由该所牵头联合东南亚多国科研机构，历经10年攻关的“东南亚人群基因组计划”取得首期重要进展。该研究首次系统揭示东南亚大陆人群遗传结构与演化历史，填补了研究空白。国际期刊《自然》于北京时间5月14日发表了相关成果。 作为全球
新测序方法解析人体“第二基因组”
来自华盛顿大学圣路易斯分校，耶鲁大学等处的研究人员发表了题为“The Long-Term Stability of the Human Gut Microbiota”的文章，针对被称为人体“第二基因组”的肠道微生物组展开了研究，研究人员利用一种称为LEA-seq的方法，对多个个体粪便中的微生
－盘点最热门的基因组测序新成果
The scientist杂志盘点了近期各大杂志上最热门的基因组测序成果，让我们看看科学家们又从测序中获得了什么新知识吧。 种属：家猫（Felis catus） 基因组：3.1 billion bp 家猫会患上白血病也会受到免疫缺陷病毒的感染。为了更好的理解相关疾病，一个跨国科研团队测序了
大大加速基因组分析的新软件
最近，新加坡科技研究局（A*STAR）基因组研究所（GIS）和生物信息学研究所（BII）的科学家带领的一个国际研究小组，开发出了一种可以加快基因组分析的软件——SIFT 4G（SIFT for Genomes）。这项研究结果发表在《Nature Protocols》杂志。 基因组测序可帮助我们
The－scientist：值得关注的基因组测序新成果
佛罗里达大学的神经科学家Leonid Moroz领导研究团队，在五月二十一日的Nature杂志上发布了栉水母Pleurobrachia bachei的基因组，以及其他十种栉水母的基因表达数据。他们的分析指出，栉水母可能是动物界最早的一支，独立发展出了复杂的神经和肌肉系统。 研究人员发现，栉水母
新研究解析栽培草莓“祖先”基因组图谱
草莓具有重要的经济价值和营养价值，现代八倍体栽培草莓起源于两个八倍体野生种——弗州草莓和智利草莓的种间杂交。近日，中国科学院昆明植物研究所研究员朱安丹课题组深入解析了八倍体草莓的起源和遗传分化特征。相关成果在线发表于《自然-植物》。 朱安丹表示，由于草莓属系统发育解析涉及未知的祖先、同源染色体
苏州大学Genome－Biology：聚焦基因组中的新基因
来自苏州大学、芝加哥大学的研究人员在新研究中，调查了人类和小鼠基因组中新基因驱动基因间相互作用（GGI）网络的速度及模式。这项研究发布在近期的《基因组生物学》（Genome Biology）杂志上。 苏州大学的沈百荣（Bairong Shen）教授及芝加哥大学遗传与进化系终身教授龙漫远(Man
华大基因Cell子刊发表宏基因组测序新成果
人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等过程中起到了重要的作用。许多人类疾病都与微生物组失衡有关。 微生物组研究过去主要依赖16S rDNA基因测序。随着测序成本的直线下降，针对整个菌群的宏基因组测序越来越受到青睐。目前，双胞胎
整合基因组和组织学信息－基因组学公司联手开拓新前沿
10x Genomics公司宣布收购位于瑞典斯德哥尔摩的Spatial Transcriptomics公司。Spatial Transcriptomics公司是空间基因组学（spatial genomics）领域的领先公司。空间基因组学是一个新兴领域，它不但让研究人员可以获得单细胞内的基因组数据
新研究在番茄基因组库中添加近5000个基因
现在，来自农业研究局（ARS）和Boyce Thompson研究所（BTI）的科学家们在刚刚发表的《Nature Genetics》一文中，重点讨论了这个问题。 位于纽约伊萨卡的ARS植物、土壤和营养研究实验室的分子生物学家James Giovannoni和BTI生物信息学科学家Zhangju
水稻基因组编辑工具盒再添新成员
近日，中国农业科学院植物保护研究所周焕斌课题组、周雪平课题组和四川大学生命科学学院林宏辉课题组合作开发了一系列基于Cas9-NG的各种水稻基因组定点编辑工具，并成功用于水稻单基因敲除、多基因敲除、单碱基编辑（碱基对G·C和A·T的互换）以及靶基因转录激活调控。相关研究成果在线发表于《分子植物》（
The－Lancet－HIV：新研究揭示HIV基因组进化历程
美国的每个地区都跟踪艾滋病毒病例，并对病毒的基因组进行测序以观察其是否对目前的药物有抗药性的做法。最近，当地卫生部门和疾病控制和预防中心（CDC）已开始使用这些HIV基因序列来追踪病毒的传播史。 这些信息使研究人员和公共卫生官员能够建立传播网络，即具有遗传相似HIV的人群。传播网络有助于确定哪
上海生科所Nature基因组研究新成果
近日来自中科院上海生命科学研究院、日本国立遗传学研究所和中国农业科学院的研究人员通过绘制水稻基因组变异图谱揭示栽培稻(cultivated rice)的起源，相关论文“A map of rice genome variation reveals the origin of cultivate
遗传学大牛Science发现基因组新奥秘
来自斯坦福大学，霍德华休斯医学院的一组研究人员发现，当基因组中相似的基因不断“弹出来”的时候，通常这些基因会丢失，但如果能被留下来（也就成为了多余基因），就会由于一个基因发生一次表达消减这一理论，而在哺乳动物中受到保护。 这一研究成果公布在5月20日的Science杂志上。文章的通讯作者是斯坦
酵母还能快速“重建”新冠病毒基因组？
据《自然》杂志6日发表的一项合成生物学研究，瑞士一个研究团队开发出一种可以快速重建新冠病毒的方法。重建病毒有助于研究人员开发诊疗方法和疫苗，同时，拥有合成能力也被认为是未来防治相关疫情的重要一环。 在实验室重建病毒，是一种有效的研究疾病暴发所涉病原体的方法。发生疫情时，将病毒样本送至研究机构可
新CRISPR系统为基因组编辑带来了希望
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/11/513047.shtmCRISPR-Cas9最著名的功能是作为编辑DNA的实验室工具，但它的自然功能是作为免疫系统的一部分，帮助某些微生物对抗病毒。 ?CRISPR-Cas9系统(如图)用于发
水稻基因组编辑工具盒再添新成员
据中国农科院最新消息，该院植物保护研究所周焕斌课题组、周雪平课题组和四川大学生命科学学院林宏辉课题组合作开发了一系列基于Cas9-NG的各种水稻基因组定点编辑工具，并成功用于水稻单基因敲除、多基因敲除、单碱基编辑（碱基对G·C和A·T的互换）以及靶基因转录激活调控。该成果对于水稻基因功能解析和
国内首次！玉米全基因组选择育种新突破
14日，记者从四川农业大学获悉，该校玉米研究所兰海教授团队利用全基因组选择技术构建了西南玉米区域新的杂优模式，并运用该技术在国内首次选育出玉米新品种。相关成果近日发表在《植物科学前沿》上。 兰海介绍，该团队利用360份代表性自交系随机构建了2077个杂交组合，对产量相关性状进行了精准鉴定，并利
基因组新数据或改写人类进化史
新的人类进化模型表明，人类起源于非洲大陆的多个祖先种群。5月17日发表在《自然》杂志上的一项新研究对主流理论提出了挑战，认为智人是从非洲多个不同的种群进化而来的，在经历了长期的基因混合后，最早可检测到的分裂发生在12万至13.5万年前。 在检测非洲当前种群的遗传物质，并将其与那里早期智人种群的现有
中国科学家PNAS发表基因组研究新成果
来自军事医学科学院微生物流行病研究所、华大基因研究所、伦敦大学学院等研究机构的研究人员发表了题为“Historical variations in mutation rate in an epidemic pathogen, Yersinia pestis”的研究论文，解析了鼠疫耶尔森氏菌(