动物所piRNA的高精度预测算法研究获得突破
第二代测序技术又称作深度测序技术，应用到RNA上统称作RNA-seq或RNA测序，它已成为基因表达和转录组分析的重要手段。第二代转录组测序数据中含有大量不编码蛋白质的ncRNA序列，因为它们像宇宙中的暗物质一样难以识别和有重要功能，也被称为“基因组暗物质”。由于数据量巨大，保守性差，又有噪音干扰，这些“暗物质”的识别成为表观遗传学和调控网络研究的瓶颈。piRNA是数量最大的一类ncRNA，主要是通过与转座子的序列互补来控制转座子的表达，进而调控生殖和发育。由于不同物种的piRNA之间同源性很差，至今国际上还没有有效的识别方法。 中国科学院动物研究所康乐研究组的张屹等最近发表的题为A k-mer scheme to predict piRNA and characterize locust piRNA 的最新研究论文，解决了高精度预测生物体中数量最大的一类非编码RNA---piRNA的难题，论文发表在生物信......阅读全文
动物所piRNA的高精度预测算法研究获得突破
第二代测序技术又称作深度测序技术，应用到RNA上统称作RNA-seq或RNA测序，它已成为基因表达和转录组分析的重要手段。第二代转录组测序数据中含有大量不编码蛋白质的ncRNA序列，因为它们像宇宙中的暗物质一样难以识别和有重要功能，也被称为“基因组暗物质”。由于数据量巨大，保守性差
计算机算法预测分子气味
这不是一件可被嗤之以鼻的事情。计算机破解了一道困扰化学家几个世纪的难题：从分子的结构预测它的味道。这一壮举或许使香水制造商和味道专家得以在试验和错误大大减少的情况下创造新产品。相关成果日前发表于生命科学预印本网站bioRxiv。和结果可通过分析光波长或声音被预测出来的视觉和听觉不同，人类的嗅觉一直很
预测小分子抗癌活性有了新算法
记者从中科院昆明动物研究所获悉，该所李功华博士在研究员黄京飞的指导下，开发了一个新的基于分子药效团的小分子比对算法，并成功应用于预测小分子的抗癌活性。近日，该研究发表在顶级计算生物学杂志《生物信息学》上。 据李功华介绍，开发新的抗癌药物是科学界和医学界的热点和难点。直接采用实验的方法筛选抗
准确预测身高？这种机器学习算法能做到
美国密歇根州立大学的研究人员近日开发出一种先进的算法，能够根据个人基因组来预测他们的身高、骨密度，甚至是教育水平。这项成果于近日发表在《Genetics》杂志十月刊上。 这项研究的负责人、密歇根州立大学的Stephen Hsu博士表示这仅仅是开始。“尽管我们现在验证了这一工具的这三个结果，但我
新算法突破实现药物靶标亲合力快速精准预测
海南大学药学院教授罗海彬团队联合中山大学药学院副教授李哲团队提出了一种基于组合结构的相对结合自由能 (CS-FEP) 的药物设计新方法，实现小分子药物与生物大分子靶标间的结合自由能（以下简称药物-靶标亲合力）的快速精准预测，取得药物设计关键技术的突破，实现自由能微扰（FEP）在药物设计新方法领域的国
测序仪巨头推出AI算法，预测致病基因突变
ChatGPT等大模型点燃人工智能新一轮热潮之际，另一种累积数百万年的天书般“语言”也在试图用该技术获得最新解码。近日，全球基因测序仪龙头因美纳（Illumina）宣布推出全新的人工智能算法PrimateAI-3D，以求更准确地预测患者致病基因突变。据美国国家卫生研究院发布的数据，每年生成的基因组数
研究团队开发糖结合位点预测精准新算法
6月17日，中国科学院上海药物研究所研究员程曦、文留青等与临港实验室青年研究员王鼎言合作，通过开发基于深度学习模型的糖结合位点预测算法DeepGlycanSite，精准预测了蛋白质结构上的糖类结合位置，有助于解决糖类与蛋白质相互作用的难题。相关研究发表于《自然—通讯》。 糖类不仅为生物体提供能
研究团队开发糖结合位点预测精准新算法
6月17日，中国科学院上海药物研究所研究员程曦、文留青等与临港实验室青年研究员王鼎言合作，通过开发基于深度学习模型的糖结合位点预测算法DeepGlycanSite，精准预测了蛋白质结构上的糖类结合位置，有助于解决糖类与蛋白质相互作用的难题。相关研究发表于《自然—通讯》。糖类不仅为生物体提供能量供应和
新算法突破实现药物靶标亲合力快速精准预测
海南大学药学院教授罗海彬团队联合中山大学药学院副教授李哲团队提出了一种基于组合结构的相对结合自由能 (CS-FEP) 的药物设计新方法，实现小分子药物与生物大分子靶标间的结合自由能（以下简称药物-靶标亲合力）的快速精准预测，取得药物设计关键技术的突破，实现自由能微扰（FEP）在药物设计新方法领域
Cell发布piRNA重要发现
来自东京大学的一个研究小组鉴别出了一种叫做“Trimmer”酶，其参与生成了保护生殖细胞基因组免遭不必要遗传重写的一类小RNA。 “跳跃基因”（又称转座子）是可以在基因组中四处移动的DNA小片段。它们可以破坏宿主基因，与癌症和其他一些疾病有关联。因此，生物体需要控制它们，尤其是在生成动物精子和
用AI预测和设计材料特性，新算法已显示巨大潜力
来自新加坡南洋理工大学、美国麻省理工学院和俄罗斯斯科尔科沃理工学院的研究人员相互合作，开发了一种机器学习算法，这种算法可以预测材料应变时性能的变化。 这项工作可能会为工程新材料带来极大的潜力，新材料可能会因此具有量身定制的特性，在通信、信息处理和能源领域拥有广阔前景。 这篇论文发表在 Pro
人工智能算法超越化学家,精确预测科学试验
科学研究领域中，追求真理经常意味着穿着白大褂在实验室做实验，其中免不了做一些失败的试验。没关系，因为失败的试验有时候也能带来很多新发现。现在，哈佛大学正努力帮助科学家加速试验研究的速度，通过一个可以预测化学反应成功率的机器学习算法，算法成功率超过了人类科学家。 算法分析了失败实验的数据。通
新算法可使用遗传标记来预测糖尿病肾脏疾病
肾脏疾病是糖尿病的一种常见的、不可逆转的并发症。研究人员开发了一种算法，利用遗传标记提前数年预测2型糖尿病患者是否会发展成肾脏疾病，这可能为早期诊断和治疗这种可预防的疾病提供一种方法。 根据世界卫生组织的数据，全球2型糖尿病患者的人数从1980年的1.08亿上升到2014年的4.22亿。糖尿病
新算法高效预测病毒天然宿主－可助人类预防传染病
据美国《科学》杂志4日消息，英国格拉斯哥大学研究团队发布了一项最新人工智能研究报告：科学家借助全新的机器学习算法，可以更高效地从基因层面预测埃博拉和寨卡等病毒的天然宿主，从而采取措施预防这些病毒传播到人类身上。图片来源于网络 科学家一直试图在第一时间发现病毒的天然宿主，这对人类的传染病防控事
最新算法：高度准确预测患上阿尔茨海默病的风险
瑞典隆德大学（Lund University）的研究人员近日开发出一种算法，能够将血液测试的结果与记忆测试的数据结合起来，高度准确地预测未来患上阿尔茨海默病的风险。这项研究成果于5月24日发表在《Nature Medicine》杂志上。 即使是在专业的医疗机构，大约20-30%的阿尔茨海默病患
美开发可预测材料超导特性的模拟算法－超导材料开发提速
研究铁基超导体的科学家，正在将前所未有的电子结构算法与高效运转的美国橡树岭国家实验室能源部泰坦超级计算机结合起来，用来预测旋转动力学，可模拟检测未经实验的新材料的超导特性。 据物理学家组织网11月4日（北京时间）报道，在最新一期发表的《自然·物理》上，来自美国罗格斯大学的三个研究人员，空前详细
原噬菌体de－novo预测新算法在南海研究所建立
中国科学院南海海洋研究所研究员王晓雪团队建立了一种不依赖于噬菌体基因序列相似性的原噬菌体de novo预测新算法，集成分析流程的工具名为Prophage Tracer。9月22日，相关研究成果在线发表在《核酸研究》上。 烈性噬菌体侵染细菌宿主后，大量繁殖，裂解宿主细胞释放子代噬菌体粒子。温和噬
加速新药研发！新算法助力质谱数据准确高效预测小分子
小分子的鉴定是生命科学一项关键任务。质谱（mass spectrometry，MS）可用于分析化合物成分，高通量质谱技术能够从数十万个环境中收集小分子的串联质谱。然而，现有的方法是基于化学领域的知识，无法解释小分子质谱中的许多峰。 卡内基梅隆大学和俄罗斯圣彼得堡国立大学的研究人员提出一种算法—
新算法可预测妊娠期糖尿病－防患于未然
近日，魏兹曼科学研究所研究人员今天在《Nature Medicine》杂志上发表的一项研究表明，一种新的计算机算法可以预测在怀孕的早期甚至怀孕之前，哪些女性处于妊娠糖尿病的高风险。该研究分析了以色列最大的卫生组织Clalit Health Services提供的近60万例怀孕数据。基于这些预测，可以
微生物所等开发出预测精度更高的代谢通量分布算法
基因组规模代谢模型已被广泛应用于细菌进化分析、未知基因功能注释、生理代谢表型分析和代谢工程策略设计等。通量平衡分析(Flux Balance Analysis, FBA)是其中的核心算法，被用来计算稳态时的通量分布。然而，由于FBA的本质是线性规划，在多数情况下不可避免地存在等效解。
港中大等研发新演算法预测糖尿病患者肾脏功能
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/5/500677.shtm
沈阳自动化所：基于迁移学习的加热炉炉温预测算法
冶金行业能源消耗较大，是推进节能降耗的重点行业。高炉热风炉和加热炉等装置是节能降耗的关键环节，其燃烧控制与优化问题是国内外专家学者研究与关注的重点。 中国科学院沈阳自动化研究所科研团队以加热炉的优化控制为切入点，提出一种基于迁移学习的加热炉炉温预测算法。实现加热炉的优化控制，要克服加热炉生产过
注水算法
迭代注水算法是由Wei Yu提出的，它是一种多用户功率分配算法。这是一种自私算法，当接收端和发送端没有共享信道信息时，它的实现非常简单，复杂度低。但是，当信道上有共享信 息，需要共享信道，这是网络拓扑就会出现远近效应，这就产生了非平衡状态，引起用户间信号干扰，信息传输效率下降。 迭代注水
Nature：新研究揭示piRNA产生机制
在一项新的研究中，来自日本东京大学的研究人员发现了微小基因组防御者---由称为piRNA的短链RNA组成---的更多细节，这些微小基因组防御者通过保护可产生精子和卵子的生殖细胞的基因组来确保生育能力。相关研究结果于2020年1月29日在线发表在Nature期刊上，论文标题为“Zucchini c
植物miRNA及piRNA的逆转录
miRNA在植物的发育、抗病、和应激反应中发挥着重要作用。一般认为，这些小的非编码RNA通过靶向mRNA剪切，在后转录水平调节植物的基因表达。这些基因表达中的靶向变化由数百个成熟miRNA的差异表达所调控，每个成熟miRNA结合在靶mRNA的特定序列上。因此，对植物的成熟miRNA调控和表达进行分析
Cell子刊：piRNA，DNA的贴身保镖
生殖细胞的DNA一直处于严密的保护之下，欧洲分子生物学实验室EMBL的研究团队日前为人们揭示了这个至关重要的保护机制，相关论文发表在七月九日的Cell Reports杂志上。 转座子又称为跳跃基因，是一种“自私”的DNA链。转座子能够进行自我复制，还能在染色体不同位点之间跳跃，会导致基因失活甚
双向扫描算法和电梯调度算法区别
双向扫描算法和电梯调度算法区别：1、双向扫描(SCAN)算法不仅考虑到欲访问的磁道与当前磁道间的距离，更优先考虑的是磁头，当前的移动方向。例如，当磁头正在自里向外移动时，SCAN算法所考虑的下一个访问对象应足其欲访问的磁道既在当前磁道之外，又是距离最近的。这样自里向外地访问直至再无更外的磁道需要访问
杰出女科学家再发Cell解析调控机制
来自美国麻省大学医学院，英国牛津大学等处的研究人员发现DEAD-box家族蛋白中两个成员：UAP56和Vasa在piRNA生成和功能行使过程中扮演了重要角色，并指出了一种新型核周转录沉默机制。相关成果公布在Cell杂志上。 文章的通讯作者分别是麻省大学医学院生物信息学和整合生物学部的翁志萍
美国地下暗物质实验发现暗物质初步线索
据物理学家组织网、英国BBC新闻网消息称，继本月初丁肇中团队公布阿尔法磁谱仪项目首批研究暗物质成果后，美国明尼苏达州的地下暗物质实验——超级低温暗物质搜寻计划(Super-CDMS)日前报告了3个疑似暗物质事例，计算结果表明其是大质量弱相互作用粒子(WIMP)的可能性为99.81%，不
小鼠粗线期piRNA指导精子形成
piRNA是新近在动物生殖系细胞中发现的一类与PIWI家族蛋白相互作用的小分子非编码RNA，在哺乳动物的精子发生过程先后出现两次表达高峰，分别被称为前粗线期piRNA与粗线期piRNA。学者对在早期生精细胞中表达的前粗线期piRNA的作用已有所了解，而在减数分裂前后大量表达的粗线期piRNA的功能还