科学家揭示心血管疾病家兔模型的基因组和转录组特征

6月1日,由中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所李亦学研究组、美国密歇根大学医学中心和日本山梨大学分子病理系等单位研究人员合作完成的论文“Hyperlipidemia-associated gene variations and expression patterns revealed by whole-genome and transcriptome sequencing of rabbit models”在线发表于Scientific Reports 杂志。这项工作通过高通量测序,首次系统揭示了高脂血症和动脉粥样硬化家兔模型在基因组和转录组上的独特特征。 家兔是生物医学研究中的一种重要模式生物。相比于大小鼠,家兔的脂代谢特征与人类更加接近。研究人员对三种最常用的实验家兔品系,包括新西兰白兔(NZW)、日本白兔(JW)和渡边可遗传性高脂血症家兔(WHHL)进行了全基因组测序。群体遗传分析表明WHHL的遗传多样性最......阅读全文

转录组高通量测序

  (第二代高通量测序技术-454)   转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu

转录组高通量测序

  (第二代高通量测序技术-454)   转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu

转录物组的定义

转录组也称“转录物组”。是一个基因组转录的所有RNA。

转录组测序流程步骤

以真核转录组测序为例,实验流程为总RNA提取-mRNA分离-建库试剂-定量-文库回收-桥式扩增-上机测序;项目分析流程为数据产出数据=数据去杂-转录组拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注释-基因表达差异分析-差异基因表达模式聚类-差异基因富集分析。

转录物组的定义

转录组也称“转录物组”。是一个基因组转录的所有RNA。

转录组高通量测序

(第二代高通量测序技术-454)  转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titanium第二代

转录组高通量测序

  (第二代高通量测序技术-454)   转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu

空间转录组和单细胞转录组测序联合应用的典型案例

单细胞转录组测序技术的如火如荼,伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展,可以看到,在现有的高通量检测技术领域,这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展,到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展,相信在接

宏基因组及宏转录组测序揭示极端环境微生物的生态学作用

  中山大学与千年基因合作应用宏基因组及宏转录组测序对极端环境酸性矿山废水(Acid mine drainage, AMD)中的微生物群落进行研究,相关成果于11月7日发表于The ISME Journal杂志。  本研究是继2012年11月发表于The ISME Journal杂志的微生物群落多样

如何预防心血管疾病?

  健康饮食:控制饮食中的脂肪、胆固醇和钠的摄入量,增加膳食纤维、水果、蔬菜、全谷类和健康蛋白质的摄入量。  适量运动:每周至少进行150分钟的中等强度有氧运动,如快走、跑步、游泳等,也可以进行适当的力量训练。  控制体重:保持健康的体重可以降低患心血管疾病的风险。  戒烟限酒:吸烟和饮酒会增加患心

Akt与心血管疾病

  目前心脑血管疾病发病率及死亡率居全球首位,正严重威胁人类健康。由此心脏病学专家及临床工作者十分重视对心脑血管疾病的研究。近年来,从分子生物水平入手对心血管疾病发病机制研究已经取得很大成就。其中细胞信号转导通路备受关注,Akt作为信号网络的中枢环节,对细胞增殖、分化和存活起到重要作用,与动脉粥

谁在先?“鸡基因组”和“鸡蛋基因组”

是先有鸡还是先有鸡蛋?这个问题相当恼人,恐怕很难说清楚。现在,研究人员回答了与这个问题一样恼人的问题:是人类基因组中的成千上万的长重复DNA片段中,那个是第一个产生的?那些被复制了? 这个答案发表在10月7日的《自然·遗传学》杂志上。该研究给出了人类基因组中DNA重复片段复制的第一个进化证据,这种

北京基因组所转录因子TALE和DNA相互作用研究获进展

  近日,中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室雷红星研究组,在其开展的转录因子TALE(transcription activator-like effector)和DNA相互作用研究方面取得阶段性进展,该研究对TALE蛋白的构象可塑性以及特异性识别DNA的机制进行了深入的计

北京基因组所构建出多物种转录图谱综合数据库

  随着高通量测序技术的发展,转录组测序(RNA-seq)已成为系统研究基因转录及转录后水平调控状态的常规方法,并在多个物种中得到广泛应用。海量转录组数据以前所未有的速度产生,以数据驱动为导向的大规模数据整合、挖掘与解析面临挑战。为更充分展现转录组数据蕴含的丰富信息,服务生物医学基础研究领域需求,构

北京基因组所揭示共转录m6A修饰建立机制及功能

4月2日,中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)任捷团队和杨运桂团队,在《分子细胞》(Molecular Cell)上在线发表了题为DDX21 mediates co-transcriptional RNA m6A modification to promote transcription

生物物理所揭示基因组重复序列Alu调控转录新机制

  7月12日,中国科学院生物物理研究所薛愿超团队在《自然》(Nature)上,在线发表了题为Complementary Alu sequences mediate enhancer-promoter selectivity的研究论文。  转录调控在维持细胞功能和正常发育过程中起着关键作用。其中,增

转录组测序与转录表达谱测序的异同

转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息,从而发现新的转录本和可变剪接体基因表达谱(gene expression profile):指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库,大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成,从而描绘该特

人类基因组计划对人类疾病贡献介绍

人类疾病相关的基因是人类基因组中结构和功能完整性至关重要的信息。对于单基因病,采用“定位克隆”和“定位候选克隆”的全新思路,导致了亨廷顿氏舞蹈症、遗传性结肠癌和乳腺癌等一大批单基因遗传病致病基因的发现,为这些疾病的基因诊断和基因治疗奠定了基础。对于心血管疾病、肿瘤、糖尿病、神经精神类疾病(老年性痴呆

新型表观基因组技术——助力了解人体如何对抗疾病

   关于疾病,以及我们的身体对疾病的反应方式,至今我们仍然知之甚少,部分原因在于人类基因组是一个完整的DNA组装体,我们每个人都有独一无二的序列。  弗吉尼亚理工大学的一个研究小组近期研发了一种新的表观基因组技术,可以帮助我们了解人体如何对抗疾病。这一研究成果公布在Nature Protocols

我国复杂疾病全基因组关联研究取得重大进展

  全基因组关联研究(GWAS)作为揭示复杂遗传性疾病易感基因的一种行之有效的方法而备受关注,中国科学工作者利用GWAS已经成功获得了海量的遗传学数据,为揭开人类疾病的发病机制奠定了坚实的基础。   近年来,在中国人群中开展的GWAS迅速增长,中国俨然已经成为医学遗传学研究领域中的“中央王国”。首

AJMG:全基因组测序方法破解儿童罕见疾病大难题

  近日,来自美国翻译基因组学研究院(Translational Genomics Research institute)的研究人员通过研究鉴别出了能够引发儿童机体异常和发育迟缓的基因突变,相关研究刊登于国际杂志American Journal of Medical Genetics上。基于对6岁儿

NIH拨款7000万美元资助疾病基因组研究

  美国国立卫生研究院(NIH)计划投资新建两个遗传疾病基因组学研究中心。NIH投资6000万美元助研常见疾病遗传因素的研究,另外1000万美元资助孟德尔遗传性疾病的研究。  这些基因组学研究中心将是大规模测序平台,用于鉴定遗传学疾病的罕见基因变异,危险因素和保护因素。项目目标包括尽可能全面和更好地

蛋白质、基因组与人类疾病有了关联图

  据《科学》杂志近日发表的一项最新研究,研究人员将人体血液中的数千种蛋白质数据与遗传数据相结合,绘出了蛋白质、基因组与人类疾病的网络关系图,显示了影响这些蛋白质的遗传差异如何将多种多样的相关疾病联系在一起。通过创建基因组蛋白质组图,科学家们发现了不同人类疾病之间的数百种新联系。   蛋白质故障会导

蛋白质、基因组与人类疾病有了关联图

  据《科学》杂志近日发表的一项最新研究,研究人员将人体血液中的数千种蛋白质数据与遗传数据相结合,绘出了蛋白质、基因组与人类疾病的网络关系图,显示了影响这些蛋白质的遗传差异如何将多种多样的相关疾病联系在一起。  通过创建基因组蛋白质组图,科学家们发现了不同人类疾病之间的数百种新联系。  蛋白质故障会

基因组测序

如果楼主指的是人类基因组计划,那时用的方法叫做双脱氧终止法,也叫做sanger法。它的原理是在DNA合成过程中,DNA聚合酶能够使用ddNTP(双脱氧核苷酸)来作为原料,但它的反应会在加入ddNTP的时候终止。具体实验是通过PCR来完成的,但与普通PCR不同,它只需要一个引物而不是一对。在4个相同的

叶绿体基因组

叶绿体是地球上绿色植物把光能转化为化学能的重要细胞器,叶绿体中进行的光合作用是严格地受到遗传控制的。早在20世纪初,人们就已知叶绿体的某些性状是呈非孟德尔式遗传的,但直到60年代才发现了叶绿体DNA(chloroplast DNA,ctDNA)。叶绿体基因组是一个裸露的环状双链DNA分子,其大小在1

转录物组学的定义

中文名称转录物组学英文名称transcriptomics定  义研究基因组转录产生的全部转录物的种类、结构和功能的学科。应用学科遗传学(一级学科),总论(二级学科)

全转录组测序文章

研究背景       长链非编码RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)普遍被认为是一类不能编码蛋白的长链RNA。由于其序列较长,所以可以有较大的潜力形成多种复杂构象,从而通过不同生物学途径发挥其作用。此外,由于其不具备蛋白编码能力,因此此类RNA也主要由其碱基序列形成的高级

转录物组学的定义

中文名称转录物组学英文名称transcriptomics定  义研究基因组转录产生的全部转录物的种类、结构和功能的学科。应用学科遗传学(一级学科),总论(二级学科)

GenomeResearch发表基因组研究新发现基因组

多伦多大学的科学家们发现,作为基因组看门人的C2H2-锌指蛋白(C2H2-ZF)实际上肩负着更加多样化的职责。这项发表在Genome Research杂志上的研究,有助于我们更准确地解读个人基因组。C2H2-ZF有大约七百个成员,是规模最大的一种人类蛋白。然而,人们对这些蛋白一直知之甚少。C2H2-