上海生科院开发出肿瘤基因组等位基因特异性表达新算法
7月13日，国际学术期刊Bioinformatics在线发表了中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所李亦学研究组的最新研究论文cisASE: A likelihood-based method for detecting putative cis-regulated allele-specific expression in RNA sequencing data。该工作开发了一个针对肿瘤基因组的等位基因特异性表达（ASE）鉴定新算法cisASE。 等位基因特异性表达作为癌症的重要特征之一，在各种癌症中频繁地被观测到。高通量测序的发展使得ASE研究可以在全基因组范围内展开，但是由于癌症基因组的不稳定性和异质性，在正常基因组中适用的等位基因特异性表达鉴定方法并不适用于癌症基因组。 针对此问题，李亦学研究组开发了cisASE软件。cisASE利用DNA-seq数据作为校正，鉴定RNA-seq上的等位基因特异性表达，可以......阅读全文
北京基因组所开发出比较群体基因组学新算法
随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为在基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了机遇。然而，目前的分析方法面临着技术瓶颈和挑战。其中，关键问题是如何高效准确地检测作用于非编码区的自然选择效应。同时，能够高效、高性能地分析多物种大样本数据，成为方法学方面的迫切要求。
新算法提升基因融合检测效率
近日，华大基因公开一种基因融合检测算法SOAPfuse。模拟数据和真实验证数据的综合测评表明，该算法具有准确率高、敏感性强、精度高、资源消耗少等优点。该算法主要采用局部穷举算法和一系列精细的过滤策略，从而对基因融合进行快速、精确的检测。相关研究成果在《基因组生物学》（Genome
上海生科院开发出肿瘤基因组等位基因特异性表达新算法
7月13日，国际学术期刊Bioinformatics在线发表了中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所李亦学研究组的最新研究论文cisASE: A likelihood-based method for detecting putative cis-regulated allele-spec
上海生科院开发出肿瘤基因组等位基因特异性表达新算法
7月13日，国际学术期刊Bioinformatics在线发表了中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所李亦学研究组的最新研究论文cisASE: A likelihood-based method for detecting putative cis-regulated allele-spec
中国科学院开发比较群体基因组学新算法
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510371.shtm随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为从基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了前所未有的机遇。但是，目前的分析方法面临着一些技术瓶颈和挑战，其中一个
－李亦学：生命科学正面临从实验驱动向大数据驱动转型
生命科学领域的大数据时代已然到来。据相关统计，全球每年生物数据总量已经达到EB量级，完整的人体基因组有约30亿个碱基对，个体化基因组差异达6百万碱基，基于个性化的遗传背景产生了巨大数据。如果能高效、高速地利用这些大数据，无疑将为生命科学行业带来无限机遇。 生命科学正从实验驱动转向数据驱动 在
科学家绘制肝癌药物基因组学“蓝图”
8月1日，国际学术期刊Cancer Cell 在线发表了中国科学院生物化学与细胞生物学研究所惠利健研究组、中国科学院上海营养与健康研究所李亦学研究组、第二军医大学附属东方肝胆外科医院张海斌研究组以及南京大学医学院附属鼓楼医院施晓雷合作的题为A Pharmacogenomic Landscape
新算法比较分析可搜索癌症基因突变
桑福德伯翰医学研究所(Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute,SBP)承担了前所未有的对一个新兴算法类别的比较分析，该算法通过聚焦内部基因结构，在癌症数据库中挖掘遗传信息（即亚基因像素算法），这与专注于基因视其为单个单元的经典方法形成
异交植物基因高效定位新算法工具开发成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519329.shtm近日，中国农业科学院蔬菜花卉研究所蔬菜分子设计育种创新团队联合马铃薯遗传育种与栽培创新团队，通过解析异交（异花授粉）植物杂交1代分离群体的遗传特点，开发了一套新算法工具OcBSA，该工
新人工智能模型和算法揭开肿瘤基因内在交互关系
近日，《自然》子刊 NPJ Precision Oncology发表了中国科学院大学张正军教授团队等关于一类新型人工智能AI模型和算法并应用到结直肠癌关键基因识别的研究成果。研究发现，由组织样本识别出的4个基因及其交互关系就可以完全识别结直肠癌。这四个基因使用了来自与世界不同地区不同人种不同研究目标
华大基因成功开发移植瘤生物信息分析新算法――PDXomics™
2012年7月17日，华大基因宣布其成功开发出一套适用于异种移植瘤模型生物信息学分析的新算法——PDXomics™，该算法能够将移植瘤与宿主基因组序列进行区分，有效地排除后续分析中异源物种数据的污染，保证分析结果的准确性和可靠性，从而可使移植瘤模型更为有效的应用于肿瘤新药开发和疾病机理研究。
北京生科院提出基因组重复区域组装新算法
2016年12月，国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为The combination of direct and paired link graphs can boost repetitive
基因组算法立功！发现膀胱癌新靶点
膀胱癌是美国第六常见的癌症，根据美国癌症学会（ACS）的统计，2017年美国约有79000人被诊断为膀胱癌，将近17000人死于这种疾病。在过去几年中，逐渐形成了根据基因表达模式对膀胱癌进行分类的趋势。已知一种称为p53样膀胱癌（p53-like bladder cancer）的基因表达模式与侵
基因组算法立功！发现膀胱癌新靶点
膀胱癌是美国第六常见的癌症，根据美国癌症学会（ACS）的统计，2017年美国约有79000人被诊断为膀胱癌，将近17000人死于这种疾病。在过去几年中，逐渐形成了根据基因表达模式对膀胱癌进行分类的趋势。已知一种称为p53样膀胱癌（p53-like bladder cancer）的基因表达模式与侵
新算法TRFill解决生物基因组重复序列组装难题
近日，中国农业科学院农业基因组研究所农业基因组学技术研发与应用创新团队开发出了一种新算法——TRFill，解决了现有工具无法完全填补基因组间隙的难题，显著提升了基因组质量。相关研究成果发表在《基因组生物学》（Genome Biology）上。 动植物基因组的许多区域存在大量高度重复的DNA片段
转基因动物的肿瘤学应用
肿瘤基因的发现是近10年来肿瘤学研究的重大突破，现已发现乳腺癌基因等100多个肿瘤基因。实验证明，各种脊椎动物都携带肿瘤基因，在通常情况下并不引起细胞癌变，只有在某些条件下才能被激活使癌细胞增生而导致癌变。建立带有肿瘤基因的转基因动物可了解哪些组织对肿瘤基因转化活性敏感、肿瘤形成与其基因的关系、肿瘤
研究揭示Ardi1a调控损伤诱导的肝细胞重编程机制
7月3日，国际学术期刊Cell Stem Cell 在线发表了题为A Homeostatic Arid1a-Dependent Permissive Chromatin State Licenses Hepatocyte Responsiveness to Liver-Injury-Associ
血清学筛选克隆新抗原/新基因——血清学筛选法
通过以血清的各种反应为中心的机体免疫反应和变态反应的研究体系来筛选新抗原和新基因。实验材料大肠杆菌试剂、试剂盒TBST 裂解液 血清 NZY top IPTG 一抗 二抗 SM 封闭液 MgSO4 LB AP BCIP-NBT 显色液仪器、耗材硝酸纤维素膜 滤纸 冰箱 培养箱 水浴锅 平板 脱色摇床
肝细胞去分化可塑性的分子基础
国际学术期刊Cell Stem Cell 在线发表了题为A Homeostatic Arid1a-Dependent Permissive Chromatin State Licenses Hepatocyte Responsiveness to Liver-Injury-Associated
李学臣博士Nature子刊发表抗菌药物新突破
生物通报道：香港大学化学系，美国中佛罗里达大学等处的研究人员发布了他们针对一种新发现的独特抗生素：Teixobactin 的最新合成研究发现。 Teixobactin 被称为“游戏规则颠覆者”新型抗生素，它的化学合成对于新一代抗生素的发展具有重要意义。 这一研究成果公布在Nature Comm
基于影像学的多种人工智能算法在肿瘤研究中的应用进展
人工智能（artificial intelligence，AI）即为研究、探索如何模拟人类智能并对人类智能进行扩展延伸的一门学科。现如今人工智能已成为人们广泛关注的焦点，其今后的发展将对各行各业产生深远的影响。机器学习（machine learning，ML）是实现人工智能的方法之一，是使计算机
基于影像学的多种人工智能算法在肿瘤研究中的应用进展
人工智能（artificial intelligence，AI）即为研究、探索如何模拟人类智能并对人类智能进行扩展延伸的一门学科。现如今人工智能已成为人们广泛关注的焦点，其今后的发展将对各行各业产生深远的影响。机器学习（machine learning，ML）是实现人工智能的方法之一，是使计算机
血清学选克隆新抗原或新基因
实验材料血清试剂、试剂盒E.coli phagelysateTBSTNZY agar platesMgSO4IPGTTBSBCIP-NBTSM bufferchloroformLB培养基仪器、耗材nitrocellulose membranes滤纸恒温培养箱-80℃低温储藏箱分光光度计低温离心机恒温
血清学筛选克隆新抗原/新基因（二）
19. 第一轮筛选得到阳性克隆需要进行第二轮筛选以去除假阳性并获得阳性单克隆噬菌体。过程如第一轮筛选，只不过用直径90mm 平板；具体过程见步骤4，这时所加入的噬菌体溶液是第一轮筛选得到的噬菌体上清（见步骤18），在用前要滴定好噬菌体的滴度，噬菌斑的数量以可区分出单个克隆，同时密度不能太稀为
血清学筛选克隆新抗原/新基因（一）
一、E.coli/phage 裂解液预吸附血清 1. 将E.coli /phage lysate 以1:10-20 稀释在TBST 溶液中。 2. 将4 张82mm 的nitrocellulose membranes（NC）浸入稀释后的E.coli/ phagelysate 中，室温下水平摇动30
血清学选克隆新抗原或新基因
实验材料 血清试剂、试剂盒 E.coli phagelysateTBSTNZY agar plates MgSO4IPGTTBSBCIP-NBTSM bufferchloroformLB培养基仪器、耗材 nitrocellulose membranes滤纸恒温培养箱-80℃低温储藏箱分光光度计低温离
中科大解决复杂肿瘤基因检测难题
5月27日，记者从中国科学技术大学获悉，该校李骜研究组在复杂肿瘤基因检测方面取得突破性进展，他们提出的一种新颖生物信息学算法，有效解决了利用新一代测序技术检测复杂肿瘤全基因组异常的国际性难题。成果日前发表在国际权威期刊《生物信息学》上。 基因组异常是多种恶性肿瘤的标志性特征，在肿瘤发病机理、临
深度学习算法－助力精准诊断结直肠肿瘤
根据发表在《Life Science Alliance》杂志上的新研究，一种新的深度学习算法可以快速，准确地分析来自结直肠肿瘤的几种基因组数据，以进行更准确的分类，从而有助于改善诊断和相关的治疗选择。 大肠肿瘤的发展方式各不相同，需要接受的药物类型也不同，生存率也大不相同。通常，基于对基因表达
新基因学方法有望彻底消灭过敏！
昆士兰大学的免疫学研究表明，可以一次性使哮喘等严重过敏患者获得终生免疫成为可能。 由 UQ Diamantina 研究所副研究员 Ray Steptoe 领导的小组已经能够“关闭”导致动物过敏反应的免疫反应。 Steptoe 教授说：“当有人过敏或哮喘发作时，他们经历的症状是免疫细胞对过敏原
基因组学推进肿瘤研究未来发展
——访亿明达肿瘤业务营销副总裁约翰·莱特 基因组学正在改变肿瘤研究，其最终目标是推进癌症的诊断、治疗、监控及最终的筛查方式。 癌症通常按照形态进行分类，这指的是病理学家在显微镜下看到的内容。“如今，癌症分类依据已经开始从形态特征转变为更有效的治疗方式，其中的主要转变在很大程度上归功于基因组研