新算法提升基因融合检测效率

近日,华大基因公开一种基因融合检测算法SOAPfuse。模拟数据和真实验证数据的综合测评表明,该算法具有准确率高、敏感性强、精度高、资源消耗少等优点。该算法主要采用局部穷举算法和一系列精细的过滤策略,从而对基因融合进行快速、精确的检测。相关研究成果在《基因组生物学》(Genome Biology)杂志上在线发表。 基因融合是指染色体上两个异位的基因嵌合在一起,形成一个嵌合基因的现象。这种现象一般是由于染色体发生易位、缺失或者倒置造成的,它们在癌症的发生上扮演着重要角色,并且可以作为诊断和治疗癌症的靶标。随着对基因融合的深入研究,科研人员发现,除血液系统肿瘤外,在实体瘤中也存在着基因融合现象。 传统基因融合研究方法存在通量低、操作复杂、不便于大规模样品筛查的缺点。而高通量RNA测序技术具有通量高、成本低、检测精度高和检测范围广的优点,其与全基因组测序相比,不仅能找到由于重排导致的基因融合,还能找到更多......阅读全文

新算法提升基因融合检测效率

  近日,华大基因公开一种基因融合检测算法SOAPfuse。模拟数据和真实验证数据的综合测评表明,该算法具有准确率高、敏感性强、精度高、资源消耗少等优点。该算法主要采用局部穷举算法和一系列精细的过滤策略,从而对基因融合进行快速、精确的检测。相关研究成果在《基因组生物学》(Genome

PNAS:-融合基因组学揭示横纹肌肉瘤细胞起源

  基因融合一直被认为是肿瘤独有的特征。基因融合是指染色体上两个异位的基因嵌合在一起,由于染色体发生易位、缺失或者倒置造成的,通常在癌症的发生发展扮演着重要的角色,并且可以作为诊断和治疗癌症的靶标。基因融合现象最早在慢性粒细胞白血病中发现 BCR-ABL基因融合(费城染色体)。除血液系统肿瘤外,在实

白血病融合基因检测的意义

  白血病(leukemia)属于造血系统的恶性肿瘤,是一组高度异质性的恶性血液病,其特点为白血病细胞呈现异常增生伴分化成熟障碍。临床出现不同程度的贫血、出血、发热及肝脾、淋巴结肿大,可危及生命。    白血病融合基因(fusion gene),是白血病的分子生物学特异性标志。近年来,由于分

bcr/abl融合基因的基因检测方法

Southern Blot即DNA印迹,可以对bcr-abl融合基因DNA重排进行分子生物学检测。将经限制性内切酶酶切及琼脂糖电泳分离的DNA片段转移到固相杂交膜上,胚系DNA会产生特征性片段,但发生过基因重排的细胞DNA因酶切位点有所改变会产生有别于胚系的DNA酶切片段。大多数bcr基因的断裂点集

Myc标签融合蛋白检测,封闭应用数据

Myc 标签融合蛋白 - 检测,封闭Myc Tag来源于c-myc基因表达产物,其序列为EQKLISEEDL。以高亲和力闻名的Myc Tag的单克隆抗体(克隆号2D5),可以检测天然和变性的Myc融 合蛋白,被广泛用于WB、IF、IP实验。在天然洗脱条件下,使用Myc标签多 肽来与重组蛋白进

细胞融合技术诱发融合

异种间的细胞必须经诱导剂处理才能融合,称诱发融合。

细胞融合的融合过程

  细胞膜有内外两层,细胞融合首先发生在外层,然后再到内层,由此就出现了两种融合通道,细胞体内物质通过这两种通道转移。病毒膜与目标细胞融合时,只出现一种融合通道,即导致融合的基因只能在病毒中找到,而在目标细胞中却找不到。但是,通过EFF-1发生的细胞融合则是一个双向融合过程,需要EFF-1出现在两个

细胞融合技术自发融合

同种细胞在培养时2个靠在一起的细胞自发合并,称自发融合。

关于bcr/abl融合基因的检测方式介绍

  1、Southern Blot  即DNA印迹,可以对bcr-abl融合基因DNA重排进行分子生物学检测。将经限制性内切酶酶切及琼脂糖电泳分离的DNA片段转移到固相杂交膜上,胚系DNA会产生特征性片段,但发生过基因重排的细胞DNA因酶切位点有所改变会产生有别于胚系的DNA酶切片段。大多数bcr基

细胞融合的融合过程介绍

细胞膜有内外两层,细胞融合首先发生在外层,然后再到内层,由此就出现了两种融合通道,细胞体内物质通过这两种通道转移。病毒膜与目标细胞融合时,只出现一种融合通道,即导致融合的基因只能在病毒中找到,而在目标细胞中却找不到。但是,通过EFF-1发生的细胞融合则是一个双向融合过程,需要EFF-1出现在两个相互

细胞融合的融合过程简述

细胞膜有内外两层,细胞融合首先发生在外层,然后再到内层,由此就出现了两种融合通道,细胞体内物质通过这两种通道转移。病毒膜与目标细胞融合时,只出现一种融合通道,即导致融合的基因只能在病毒中找到,而在目标细胞中却找不到。但是,通过EFF-1发生的细胞融合则是一个双向融合过程,需要EFF-1出现在两个相互

细胞融合技术电融合法

在直流电脉冲的诱导下,细胞膜表面的氧化还原电位发生改变,使异种细胞粘合并发生质膜瞬间破裂,进而质膜开始连接,直到闭和成完整的膜,形成融合体。优点:融合率高、重复性强、对细胞伤害小;装置精巧、方法简单、可在显微镜下观察或录像观察融合过程;免去PEG诱导后的洗涤过程、诱导过程可控性强。

细胞融合技术电融合法

在直流电脉冲的诱导下,细胞膜表面的氧化还原电位发生改变,使异种细胞粘合并发生质膜瞬间破裂,进而质膜开始连接,直到闭和成完整的膜,形成融合体。优点:融合率高、重复性强、对细胞伤害小;装置精巧、方法简单、可在显微镜下观察或录像观察融合过程;免去PEG诱导后的洗涤过程、诱导过程可控性强。

什么叫融合基因-融合基因介绍

1、所谓融合基因,是指将两个或多个基因的编码区首尾相连。置于同一套调控序列控制之下,构成的嵌合基因。融合基因的表达产物为融合蛋白。根据构成融合基因的种类,可以将融合基因分为...1、所谓融合基因,是指将两个或多个基因的编码区首尾相连。置于同一套调控序列控制之下,构成的嵌合基因。融合基因的表达产物为融

融合基因检测对白血病诊断的意义

  通过临床实践发现单纯细胞形态学分型,检测者的主观成分较大,相互间的符合率及正确率有一定限制,随着细胞和分子生物学技术的迅速发展及对白血病发病机制研究的不断深入,认识到白血病发病过程中的基因和表型变化对各类白血病的诊断与治疗具有重要意义,因此提出了白血病MICM分型。  近两年白血病分子特征的研究

VSVG标签融合蛋白检测,封闭实验手册

VSV-G,来源于水泡性口炎病毒的融合性外壳G糖蛋白,常被用于逆转录病毒和慢病毒载体的生物医学研究。VSV-G标签通常融合于目的蛋白的N-或者C-端,以便使用免疫组化方法来进行观察和分析。Fig.1.Immunofluorescence staining (1:1,000) of VSV-G fus

李辉教授PNAS:融合基因组学揭示横纹肌肉瘤细胞起源

基因融合一直被认为是肿瘤独有的特征。弗吉尼亚大学的一组研究人员从干细胞肌肉分化发生的融合基因事件入手,分析了横纹肌肉瘤细胞的起源,这是首次从融合基因的角度来研究肿瘤细胞的起源。这项研究在线发表于10月31日《美国国家科学院院刊》(PNAS)杂志上,文章的第一作者谢仲秋博士毕业于湖南大学,博士期间从事

细胞融合的融合方法有哪些?

同种细胞在培养时2个靠在一起的细胞自发合并,称自发融合;异种间的细胞必须经诱导剂处理才能融合,称诱发融合。仙台病毒法融合①两种细胞在一起培养,加入病毒,在4℃条件下病毒附着在细胞膜上。并使两细胞相互凝聚;②在37℃中,病毒与细胞膜发生反应,细胞膜受到破环,此时需要Ca2+和Mg2+,最适PH为8.0

原生质体融合的融合过程介绍

将植物细胞A与植物细胞B用纤维素酶和果胶酶处理,得到不含细胞壁的原生质体A和原生质体B,运用物理方法或是化学方法诱导融合,形成杂种细胞,再利用植物细胞培养技术将杂种细胞培养成杂种植物体。①杂交时间:植物细胞杂交是从细胞融合开始,到培育成的新植物体结束。a.原生质体制备:用酶解法去除细胞壁(纤维素酶和

乳牙融合及其继承恒牙融合病例分析

融合牙(fused teeth)是一种发病率较低的牙齿发育异常类疾病。常见于乳牙,国外报道其发生率为0.5%~4.95%,国内报道为2.31%~3.04%;而发生于恒牙者更少见,有研究报道年轻恒牙融合牙的发生率在0.14%~0.17%。乳牙为融合牙者常并发其中一颗继承恒牙先天缺失,而继承恒牙亦为融合

细胞融合技术的融合方法介绍

同种细胞在培养时2个靠在一起的细胞自发合并,称自发融合;异种间的细胞必须经诱导剂处理才能融合,称诱发融合。仙台病毒法融合①两种细胞在一起培养,加入病毒,在4℃条件下病毒附着在细胞膜上。并使两细胞相互凝聚;②在37℃中,病毒与细胞膜发生反应,细胞膜受到破环,此时需要Ca2+和Mg2+,最适PH为8.0

怎样对基因组DNA质量检测

怎样对基因组DNA质量检测用凝胶电泳看,有没有质白质和RNA等物质的污染,还可以测OD,用OD260/280来判断,当OD260/OD280< 1.8,表示蛋白质含量较高当OD260/OD280> 2.0,表示RNA含量较高当OD260/OD280=1.2.0,表示DNA较纯

细胞融合技术仙台病毒法融合

仙台病毒法融合①两种细胞在一起培养,加入病毒,在4℃条件下病毒附着在细胞膜上。并使两细胞相互凝聚;②在37℃中,病毒与细胞膜发生反应,细胞膜受到破环,此时需要Ca2+和Mg2+,最适PH为8.0一8.2;③细胞膜连接部穿通,周边连接部修复,此时需Ca2+和ATP;④融合成巨大细胞,仍需ATP。

蛋白共沉淀检测实验_备择-用GST融合蛋白

实验材料全细胞抽提物试剂、试剂盒谷胱甘肽-琼脂糖或者谷胱甘肽-琼脂糖浆抗体免疫共沉淀缓冲液氯化钠蛋白 A G-琼脂糖浆2 × 样品缓冲液(用于 SDS-PAGE 胶)仪器、耗材20 ml 注射器和 18-G 针头汉密尔顿注射器实验步骤1. 按照蛋白 A/G-琼脂糖浆所述的方式准备两份样本(见「用蛋白

量身打造!RNACapseq更适合临床融合基因检测

  基因融合或易位可能产生功能改变的嵌合蛋白,也可能重新排列基因启动子,通过激活原癌基因或抑制抑癌基因导致细胞信号通路紊乱,它们在肿瘤的发生过程中扮演着重要的角色。[1,3] 例如,BCR–ABL1融合会导致酪氨酸激酶活性以及下游PI3K和MAPK信号通路的组成型激活,使细胞逃避凋亡,实现无限增殖。

数字PCR在临床和预后融合基因检测的应用

众所周知,融合基因检测对临床诊断及预后指导都具有十分重要的意义。那么究竟什么是融合基因呢?融合基因的发现始于上个世纪60年代,它是指染色体断裂后又重新拼接。如果恰巧拼接时发生了错误,使两个不同基因互相融合,大多数情况下,它会造成某些序列或功能异常的蛋白表达,亦或者是某些基因表达失调,从而促进肿瘤的发

细胞电融合

            实验方法原理 将制备的游离细胞或原生质体,置于电融合室中,在高频交流电场的作用下,细胞被极化,成为偶极子,造成细胞之间相互连接,如果施加的高频交流电压(即正弦波的p-p值)过高或作用时间过长,则细胞连接成串珠状,应适当控制以上条件,尽量使两细

细胞融合

一、原理    细胞融合(Cell fusion),即在自然条件下或用人工方法(生物的、物理的、化学的)使两个或两个以上的细胞合并形成一个细胞的过程。人工诱导的细胞融合,在六十年代作为一门新兴技术而发展起来。由于它不仅能产生同种细胞融合,也能产生种间细胞的融合,因此细胞融合技术目前被广泛应用于细胞生

细胞电融合

细胞电融合的优势在于(1)融合率高(2)无毒性(3)操作简便(4)融合后的细胞继续培养成活率高等。动物的游离细胞以及植物成微生物去壁后的原生质体,在电刺激下进行细胞融合,是细胞工程手段的又一进展。实验方法原理将制备的游离细胞或原生质体,置于电融合室中,在高频交流电场的作用下,细胞被极化,成为偶极子,

细胞电融合

            实验方法原理 将制备的游离细胞或原生质体,置于电融合室中,在高频交流电场的作用下,细胞被极化,成为偶极子,造成细胞之间相互连接,如果施加的高频交流电压(即正弦波的p-p值)过高或作用时间过长,则细胞连接成串珠状,应适当控制以上条件,尽量使两细