NatureMethods公布最大人类蛋白互作网络
一个国际研究小组公布了迄今为止最大的蛋白互作数据库资源，这将有助于解析众多疾病相关的基因如何促发疾病发生和进程的。这项研究由麻省总医院MGH和Broad研究院领衔完成，相关数据库： InWeb_InBioMap (InWeb_IM) 在线公布在11月28日Nature Methods杂志上。“现代遗传学技术能帮助我们对癌症或者精神疾病患者的基因组进行常规测序，但是科学家们依然不是很了解受到疾病相关遗传突变影响的细胞系统，”文章作者之一，Broad研究院项目负责人之一Kasper Lage博士说，如果有更完整的人体蛋白物理相互作用图谱，将能帮助我们探索细胞进程，更高分辨分析疾病的影响。虽然绘制大规模蛋白互作网络的重要性已经是共识了，但是大部分近期的实验针对的都是少于30,000个直接相互作用，从最保守的估计来说，这只代表了四分之一的相互作用总数。Lage研究组与丹麦，英国的科学家们合作，研发了一个计算机框架，能从超过43,000篇......阅读全文
北京基因组所合作开发完成长非编码RNA数据库
长非编码RNA（Long non-coding RNA, lncRNA）是近年来国际研究的新热点,与人类癌症、神经系统等疾病发生密切相关，在疾病诊疗方面表现出了潜在的重大应用价值。虽然长非编码RNA表达量相对较低，但由于其在转录、基因组印记、翻译、可变剪切、转录后表达调控、蛋白运输与定位等过程的
科学家发表非编码RNA相互作用数据库NPInter－v4.0
非编码RNA对生物分子的调控作用，一直是RNA功能研究的前沿。在以往的研究中，非编码RNA被发现可以和蛋白质、RNA以及基因组相互作用，调控复杂生物过程。比如经典的长非编码RNA Xist可以和X染色体相互作用并影响剂量补偿效应。理解非编码RNA和生物分子的相互作用对于研究非编码RNA的功能以及
高清3D基因组相互作用图生成
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/5/500236.shtm
生科院发布首个全球人群基因组多样性和祖源信息数据库
11月3日，中国科学院上海生命科学研究院（人口健康领域）计算生物学研究所徐书华课题组的研究成果，以PGG.Population: a database for understanding genomic diversity and genetic ancestry of human popula
全球共享的基因组数据库办不下去了，怎么办？
1资金困境 作为世界上最具权威性的人类疾病相关的基因目录第五十个生日时，它面临着令人不安的变化。在接下来的几年里，美国国家人类基因组研究所（NHGRI）预计退出作为基因组数据库的始祖——称为在线人类孟德尔遗传（OMIM）唯一的资助者。谁将继承标签尚未明确。当美国国家卫生研究院（NIH）评估其数
我国建成全球第四个综合基因组权威数据库
近日，中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心团队题为“The BIG Data Center： from deposition to integration to translation”（北京基因组研究所生命与健康大数据中心：从存储到整合、再到转化）的研究论文被国际学术期刊《核酸研究》
最广泛的人类基因组相互作用图谱
最近，英国剑桥Babraham研究所和伦敦Francis Crick研究所的研究人员，开发并使用了一种新的技术，将基因组拼图中的点连接起来。就像连接点拼图，需要完成才能看到整幅图片，研究者的这项分析把称为启动子和增强子的调控因子连接起来，并指出了它们在小鼠和人类基因组中长距离内的物理相互作用。确
研究构建绵羊和山羊肠道高质量微生物基因组数据库
近日，西北农林科技大学羊遗传改良与生物育种团队携手国内外多家科研机构，在绵羊和山羊肠道微生物基因组数据库构建及肠道粘蛋白和多糖代谢功能菌种挖掘方面取得进展，研究成果发表在Microbiome上。研究团队在全国范围内的32个羊场收集了来自21个绵羊和山羊品种共计320个肠道样本，分别构建了包含1.6亿
期刊数据库更新
图片来源：B. DOUTHITT/SCIENCE 期刊影响因子多年来备受批评，认为其扭曲了学术出版。近日，美国宾夕法尼亚州克拉尼特分析公司推出了其期刊引用报告（JCR）数据库的更新版本，并表示它提供了理解期刊特征和受众的背景信息。 影响因子代表期刊文章的引用次数，除以其两年间发表的文章数量，
期刊数据库更新
图片来源：B. DOUTHITT/SCIENCE 期刊影响因子多年来备受批评，认为其扭曲了学术出版。近日，美国宾夕法尼亚州克拉尼特分析公司推出了其期刊引用报告（JCR）数据库的更新版本，并表示它提供了理解期刊特征和受众的背景信息。 影响因子代表期刊文章的引用次数，除以其两年间发表
蛋白质“社交平台”建成上线
美国科学促进会（AAAS）科技新闻共享平台EurekAlert！ 29日报道称，目前最大的蛋白质—蛋白质相互作用网络数据库建成上线，该数据库集合了超过62.55万组蛋白质间相互作用，这种规模的数据资源可以阐明多种基因对疾病发展的影响。 映射大规模蛋白质—蛋白质相互作用网络的重要性被广泛认可，但
蛋白质“社交平台”建成上线
美国科学促进会(AAAS)科技新闻共享平台EurekAlert! 29日报道称，目前最大的蛋白质—蛋白质相互作用网络数据库建成上线，该数据库集合了超过62.55万组蛋白质间相互作用，这种规模的数据资源可以阐明多种基因对疾病发展的影响。 映射大规模蛋白质—蛋白质相互作用网络的重要性被广泛认可，
CRISPR序列帮助理解噬菌体宿主相互作用的演变历史
近日，一项刊登在国际杂志The ISME Journal上的研究报告中，来自美国能源部联合基因组研究所的研究人员利用来自北加州铁山公司的宏基因组数据库和专门的工具，在CRISPRs的帮助下成功地在生态系统研究中将宿主和噬菌体进行了连接。未经培养的微生物和其噬菌体之间的相互作用可以影响局部生态系统
定义癌症突变：破坏基因组3D相互作用的突变
在细胞中，DNA紧密地包裹在蛋白质周围，并以一种复杂的3D结构包装，我们称它们为“染色质”。染色质不仅可以保护我们的遗传物质不受损伤，而且通过调节基因组在3D空间的表达来组织整个基因组：展开呈现给细胞基因表达机器，然后再将它们卷回去。 在3D染色质结构中，一些区域被称为“拓扑关联域（TADs）
基于八大基因组学数据库－构建迄今最完整的癌症eRNA图谱
增强子RNA（eRNA）是一种从增强子转录的非编码RNA。目前，科学家已经在人类细胞中鉴定出数以万计的eRNA，其中许多都在RNA转录过程中发挥重要作用，以介导靶基因的激活。在人类癌症中，癌基因或致癌信号通路的激活通常引起增强子的激活和eRNA的产生。例如，ESR1的激活可以整体上增加乳腺癌中e
GenBank数据库概述（三）
结构： 1、 结构主页 — 关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。 2、 MMDB：分子模型数据库 — 一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。MMDB是来源于Brook
核酸数据库的概念
中文名称核酸数据库英文名称nucleic acid data bank定 义DNA、RNA序列的资料库，主要包括已知序列名称、DNA或RNA全序列及其特性，如启动区、起始和终止密码的位置、编码区、限制酶切位点以及推导的翻译产物蛋白质序列等。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级
GenBank数据库概述（一）
1. GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。是NIH遗传序列数据库，一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。唯一人类基因序列集合（UniGene），人类基因组基因图
GenBank数据库概述（二）
FTP GenBank and Daily Updates：1. GenBank普通文件格式 — 参见GenBank记录样本和在GenBank公布通知中的详细描述，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。 2. ASN.1格式 — 摘要句法记号1，国际标准组织（ISO）数据表示格式，下载
GenBank数据库概述（四）
NCBI站点地图---其他基因组数据介绍：1、 小鼠基因组 1) 小鼠基因组资源向导 ：把从各个中心来的各种小鼠相关的资源整合在一起，包括序列，图谱，和克隆信息以及指向小鼠种系和突变资源的指针。 2) 小鼠基因组测序：小鼠基因组计划的测序进展，HTG序列contigs（可以用大小和染色体号来浏览）由
北京基因组所转录因子TALE和DNA相互作用研究获进展
近日，中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室雷红星研究组，在其开展的转录因子TALE(transcription activator-like effector)和DNA相互作用研究方面取得阶段性进展，该研究对TALE蛋白的构象可塑性以及特异性识别DNA的机制进行了深入的计
一步一步教你使用NCBI数据库资源2
6 基因组信息6.1 数据库6.1.1 Entrez GenomeEntrez Genome数据库收录了850多种微生物、3100多种病毒以及1600多种真核生物细胞器的完整基因组数据以及将近50种动物、绿色植物和真菌的700多条染色体信息，总共收录有6200多条序列，其中有882条是去年新增的序列
关于基因组的科研成果介绍
2023年，在绘制基因和细胞图谱方面，美国科学家发布人类泛基因组首个草图，为人类基因组提供了更为完整的图像。俄勒冈健康与科学大学研究人员创建了有史以来最大的健康人体组织合子（两个配子遗传物质融合在一起）后基因组突变图谱，此项进展可为诊断和治疗遗传病开辟新途径。在基因测序方面，英国宣布将对10万名
汉语语言产生数据库发表
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517976.shtm
美国更新食品掺假数据库
9月5日食品安全新闻网消息，美国药典委员会（USP）更新了食品掺假数据库（FFD2.0）。食品掺假数据库主要为行业、监管部门以及消费者预防和应对食品掺假事件发生提供技术支持。最新的FFD2.0涵盖了科研文献、媒体信息、食品监管记录、司法裁决记录中涉及食品掺假事件的各种信息。新版食品掺假数据库将于
QP2010农药数据库
Shimadzu气质联用的多种农药库 QP2010农药数据库
全球危险病毒数据库上线
一个供研究人员共享危险病毒基因组的新数据库，有望解决许多阻碍现有方法的问题。但前提是，必须说服研究人员使用它。据《自然》报道，这一名为Pathoplexus的数据库于上个月启动，数据库背后的科学家团队希望有更多研究人员分享已知和新出现的对公共卫生具有重要意义的基因序列。澳大利亚悉尼大学病毒学家Edw
生命科学常用数据库
The NationalCenter for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/National Center for GenomeResources.http://www.ncgr.org/ncgr/ncgr.html T
拉曼光谱免费数据库
拉曼数据库在物质鉴定和化学分析方面具有重要的作用。关于拉曼数据，我们一般会关注两个峰的位置，分别是D峰和G峰。D峰和G-峰均是C原子晶体的 Raman特征峰，分别在1350cm-1和 1580 cm-1附近，D峰反应的是晶格的碳缺陷，G峰反应的是材料的碳化程度。I(D) / I(G) 是 D峰和G峰
NatureMethods公布最大人类蛋白互作网络
一个国际研究小组公布了迄今为止最大的蛋白互作数据库资源，这将有助于解析众多疾病相关的基因如何促发疾病发生和进程的。这项研究由麻省总医院MGH和Broad研究院领衔完成，相关数据库： InWeb_InBioMap (InWeb_IM) 在线公布在11月28日Nature Methods杂志上。“现代遗