中国学者最新NatureGenetics文章:破译又一关键基因组
生物通报道:来自中国水产科学研究院黄海水产研究所等处的研究人员发表了题为“The genome and transcriptome of Japanese flounder provide insights into flatfish asymmetry”的文章,破译了日本牙鲆(Japanese flounder)的基因组与转录组,为解释比目鱼的不对称性提供了新的观点。 这一研究成果公布在12月5日的Nature Genetics杂志上,文章的通讯作者分别是黄海水产研究所陈松林(Songlin Chen)研究员,王清印(Qingyin Wang),以及德国维尔茨堡大学的Manfred Schartl,上海海洋大学的Deborah M Power。陈松林研究员现任中国水产科学研究院水产生物技术领域首席科学家,黄海水产研究所二级研究员,水产基因组和细胞工程研究室主任,兼任中国水产学会水产生物技术专业委员会主任,山东省泰山学者特......阅读全文
转录组高通量测序
(第二代高通量测序技术-454) 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
转录组高通量测序
(第二代高通量测序技术-454) 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titanium第二代
空间转录组和单细胞转录组测序联合应用的典型案例
单细胞转录组测序技术的如火如荼,伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展,可以看到,在现有的高通量检测技术领域,这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展,到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展,相信在接
宏基因组及宏转录组测序揭示极端环境微生物的生态学作用
中山大学与千年基因合作应用宏基因组及宏转录组测序对极端环境酸性矿山废水(Acid mine drainage, AMD)中的微生物群落进行研究,相关成果于11月7日发表于The ISME Journal杂志。 本研究是继2012年11月发表于The ISME Journal杂志的微生物群落多样
北京基因组所揭示共转录m6A修饰建立机制及功能
4月2日,中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)任捷团队和杨运桂团队,在《分子细胞》(Molecular Cell)上在线发表了题为DDX21 mediates co-transcriptional RNA m6A modification to promote transcription
北京基因组所构建出多物种转录图谱综合数据库
随着高通量测序技术的发展,转录组测序(RNA-seq)已成为系统研究基因转录及转录后水平调控状态的常规方法,并在多个物种中得到广泛应用。海量转录组数据以前所未有的速度产生,以数据驱动为导向的大规模数据整合、挖掘与解析面临挑战。为更充分展现转录组数据蕴含的丰富信息,服务生物医学基础研究领域需求,构
北京基因组所转录因子TALE和DNA相互作用研究获进展
近日,中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室雷红星研究组,在其开展的转录因子TALE(transcription activator-like effector)和DNA相互作用研究方面取得阶段性进展,该研究对TALE蛋白的构象可塑性以及特异性识别DNA的机制进行了深入的计
生物物理所揭示基因组重复序列Alu调控转录新机制
7月12日,中国科学院生物物理研究所薛愿超团队在《自然》(Nature)上,在线发表了题为Complementary Alu sequences mediate enhancer-promoter selectivity的研究论文。 转录调控在维持细胞功能和正常发育过程中起着关键作用。其中,增
转录组测序与转录表达谱测序的异同
转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息,从而发现新的转录本和可变剪接体基因表达谱(gene expression profile):指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库,大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成,从而描绘该特
谁在先?“鸡基因组”和“鸡蛋基因组”
是先有鸡还是先有鸡蛋?这个问题相当恼人,恐怕很难说清楚。现在,研究人员回答了与这个问题一样恼人的问题:是人类基因组中的成千上万的长重复DNA片段中,那个是第一个产生的?那些被复制了? 这个答案发表在10月7日的《自然·遗传学》杂志上。该研究给出了人类基因组中DNA重复片段复制的第一个进化证据,这种
基因组育种技术翻开海水鱼类育种新篇章
目前,解决好渔业发展和生态环境保护之间的矛盾是当务之急,国家大力控制海洋捕捞的同时,促进了海洋鱼类养殖业的快速发展,这个产业在未来相当一段时间内有着广阔的发展空间和前景。 瞄准产业需求、用科技造福人类是中国水产科学研究院水产生物技术领域首席科学家、黄海水产研究所(以下简称:黄海所)研究员陈松林
基因组测序
如果楼主指的是人类基因组计划,那时用的方法叫做双脱氧终止法,也叫做sanger法。它的原理是在DNA合成过程中,DNA聚合酶能够使用ddNTP(双脱氧核苷酸)来作为原料,但它的反应会在加入ddNTP的时候终止。具体实验是通过PCR来完成的,但与普通PCR不同,它只需要一个引物而不是一对。在4个相同的
叶绿体基因组
叶绿体是地球上绿色植物把光能转化为化学能的重要细胞器,叶绿体中进行的光合作用是严格地受到遗传控制的。早在20世纪初,人们就已知叶绿体的某些性状是呈非孟德尔式遗传的,但直到60年代才发现了叶绿体DNA(chloroplast DNA,ctDNA)。叶绿体基因组是一个裸露的环状双链DNA分子,其大小在1
转录物组学的定义
中文名称转录物组学英文名称transcriptomics定 义研究基因组转录产生的全部转录物的种类、结构和功能的学科。应用学科遗传学(一级学科),总论(二级学科)
转录物组学的定义
中文名称转录物组学英文名称transcriptomics定 义研究基因组转录产生的全部转录物的种类、结构和功能的学科。应用学科遗传学(一级学科),总论(二级学科)
全转录组测序文章
研究背景 长链非编码RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)普遍被认为是一类不能编码蛋白的长链RNA。由于其序列较长,所以可以有较大的潜力形成多种复杂构象,从而通过不同生物学途径发挥其作用。此外,由于其不具备蛋白编码能力,因此此类RNA也主要由其碱基序列形成的高级
日本量子密码通信技术传送人类基因组实验成功
据日本《共同社》获悉,日本东芝公司和日本东北大学东北Medical Megabank机构(仙台市)近日宣布,成功开展了利用可防止信息被偷窥的新一代技术“量子密码通信”传送人类遗传信息(基因组)完整数据的实证试验。据悉,容量庞大的基因组数据传送在全球尚属首次,东芝介绍称这一实验确认了量子密码技术的
GenomeResearch发表基因组研究新发现基因组
多伦多大学的科学家们发现,作为基因组看门人的C2H2-锌指蛋白(C2H2-ZF)实际上肩负着更加多样化的职责。这项发表在Genome Research杂志上的研究,有助于我们更准确地解读个人基因组。C2H2-ZF有大约七百个成员,是规模最大的一种人类蛋白。然而,人们对这些蛋白一直知之甚少。C2H2-
全基因组的比较基因组杂交技术介绍
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
人血细胞中的所有蛋白编码基因进行全基因组转录组分析
在临床和研究环境中,血液都是对人类进行分子分析的主要来源,并且是许多治疗策略的目标,这突显了需要对构成人类血液的细胞进行全面的分子图谱构建。人类蛋白质图谱计划(www.proteinatlas.org)是一个开放式数据库,旨在通过整合各种组学技术(包括基于抗体的成像)来绘制所有人类蛋白的图谱。在
中国新生儿基因组、胚胎基因组计划启动
为从根本上实现新生儿遗传病的早发现、早诊断、早干预,7日,中国遗传学会遗传咨询分会联合复旦大学附属儿科医院在上海发起中国新生儿基因组计划。 中国新生儿基因组计划将在未来的5年内开展10万例样本的新生儿基因检测,旨在构建中国新生儿基因组数据库,建立新生儿遗传病基因检测标准,促进新生儿遗传病基因检
《基因组研究》:首张猫基因组草图绘就
猫是研究人类失明和艾滋病模型之一,因此测序结果大有用处 一只名为“肉桂”(Cinnamon)的4岁雌性阿比西尼亚猫有幸成为第一只完成基因组测序草图的猫。它也因此加入了包括狗、小鼠、大鼠以及黑猩猩等在内的基因组“俱乐部”。相关论文11月1日在线发表于《基因组研究》(Genome Research)杂
illumina测序是转录组测序吗
转录组测序属于测序应用的一种,Illumina测序属于测序技术的一种,两者没有包含于被包含关系,只能说Illumina测序可以做转录组测序。
人转录组测序内参标准物质
通过转录组测序获得人的基因表达谱数据,能进一步挖掘疾病相关的生物标志物,为临床诊断提供依据。目前,由于转录组测序无法溯源,导致不同实验室及测序平台产出的数据可比性和测序结果的准确性面临挑战。 中国计量科学研究院推出的人转录组测序内参标准物质,包含了51个内参基因组成的两套基于比值的RNA内参混
转录组测序流程步骤是哪些
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,主要包括mRNA和非编码RNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点,通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领
转录组的重编写:RNA编辑
前 言 基因的功能探索是生命科学研究的永恒主题。近几年以CRISPR-Cas9技术的发展让直接在高等生物体内进行基因的功能研究成为可能。但除了DNA之外, DNA的转录产物--RNA在生命活动中也发挥着极其重要的作用,且与癌症等多种疾病的发生密切相关。因此,对RNA进行功能研究和错误RNA
转录组的重编写:RNA编辑
基因的功能探索是生命科学研究的永恒主题。近几年以CRISPR-Cas9技术的发展让直接在高等生物体内进行基因的功能研究成为可能。但除了DNA之外, DNA的转录产物--RNA在生命活动中也发挥着极其重要的作用,且与癌症等多种疾病的发生密切相关。因此,对RNA进行功能研究和错误RNA的纠正,成为了
空间转录组测序样本准备指南
现有空间转录组研究平台是基于冰冻样本进行研究,所以在样本冻存前至少10分钟,将异戊烷和液氮浴准备好(之所以用异戊烷而不直接用液氮进行速冻,是因为液氮沸点比较低,直接液氮处理可能在沸腾过程中使组织周围形成空穴,导致不同区域降温不同步而改变内部形态,甚至组织碎裂)。然后用镊子或者刮刀将新鲜组织转移到异戊
空间转录组测序样本准备指南
现有空间转录组研究平台是基于冰冻样本进行研究,所以在样本冻存前至少10分钟,将异戊烷和液氮浴准备好(之所以用异戊烷而不直接用液氮进行速冻,是因为液氮沸点比较低,直接液氮处理可能在沸腾过程中使组织周围形成空穴,导致不同区域降温不同步而改变内部形态,甚至组织碎裂)。然后用镊子或者刮刀将新鲜组织转移到
空间转录组测序样本准备指南
一、外泌体研究热度持续攀升 外泌体(exosome)是活细胞分泌的30-200nm的囊泡,在电镜下具有非常明显单层膜结构,通常为茶托型或一侧凹陷的半球形。其主要来源于细胞内溶酶体微粒内陷形成的多囊泡体,经多囊泡体外膜与细胞膜融合后释放到胞外基质中。多种细胞在正常及病理状态下均可分泌外泌体,