昆明植物所利用第二代测序仪测定铁竹线粒体基因组
同动物的线粒体基因组相比，植物的线粒体基因组有着十分独特的进化方式，如具有较大的基因组、极低的分子进化速率和相对较频繁的基因组结构上的变异等特性。目前，植物线粒体基因组大都通过传统的Sanger法进行测序，需要耗费大量的人力和物力，严重限制了植物线粒体基因组的测序，进而导致对其独特进化方式的研究进展缓慢。第二代测序技术的出现为大规模测序基因组序列提供了可能，这些技术现已成功应用于植物叶绿体基因组的测序，但是其在植物线粒体基因组测序上的应用尚缺乏深入的研究。 最近，中国科学院昆明植物研究所博士生马朋飞在李德铢研究员和郭振华研究员的指导下，利用第二代测序技术Illumina测定了6种竹子的叶绿体基因组全序列，并且发现Illumina测序序列中还包含了大量来自线粒体基因组的序列，这些序列是否可以通过拼接而获得较完整的线粒体基因组序列，从而为测序植物线粒体基因组提供新的途径?该研究选取了其中的裂箨铁竹(Ferrocalamus......阅读全文
昆明植物所利用第二代测序仪测定铁竹线粒体基因组
同动物的线粒体基因组相比，植物的线粒体基因组有着十分独特的进化方式，如具有较大的基因组、极低的分子进化速率和相对较频繁的基因组结构上的变异等特性。目前，植物线粒体基因组大都通过传统的Sanger法进行测序，需要耗费大量的人力和物力，严重限制了植物线粒体基因组的测序，进而导致对其独特进化方式的研究
叶绿体和线粒体基因组变异检测获突破
近日，《公共科学图书馆―综合》发表了中国农业科学院油料作物研究所博士后曾长立与合作导师伍晓明研究建立的能高通量检测叶绿体和线粒体基因组遗传变异的新方法。 据曾长立介绍，叶绿体和线粒体基因组作为植物细胞质基因组，对光合作用、呼吸作用等重要生命过程具有重要意义。 研究叶绿体和线粒体基因组
叶绿体基因组
叶绿体是地球上绿色植物把光能转化为化学能的重要细胞器，叶绿体中进行的光合作用是严格地受到遗传控制的。早在20世纪初，人们就已知叶绿体的某些性状是呈非孟德尔式遗传的，但直到60年代才发现了叶绿体DNA(chloroplast DNA，ctDNA)。叶绿体基因组是一个裸露的环状双链DNA分子，其大小在1
《自然》：美首次对老鼠基因组调控序列测序
美国科学家在7月1日出版的英国《自然》杂志上撰文表示，他们首次详细标示出了老鼠基因组功能序列中一个重要部分——调控序列的详细情况。老鼠是生物医学研究中最广泛使用的哺乳动物模型，因此，最新研究也将有助于我们进一步解读人类基因组。 加州大学圣地亚哥分校路德维格癌症研究所基因调控实验
美首次对老鼠基因组的调控序列测序
美国科学家在7月1日出版的英国《自然》杂志上撰文表示，他们首次详细标示出了老鼠基因组功能序列中一个重要部分――调控序列的详细情况。老鼠是生物医学研究中最广泛使用的哺乳动物模型，因此，最新研究也将有助于我们进一步解读人类基因组。 加州大学圣地亚哥分校路德维格癌症研究所基因调控实验室主任任兵教
PacBio构建目前最高质量的植物基因组参考序列
来自中科院遗传与发育生物学研究所，四川农业大学的研究人员发表了题为“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章，对一个籼稻基因组蜀恢498（R498）进行PacBio单分子测序，结合遗传图谱和
二代测序技术助龙胆族叶绿体基因组进化和系统学获进展
随着二代测序技术的发展，植物叶绿体基因组序列已普遍应用于重建植物“生命之树”研究中。大多数植物叶绿体基因组呈环状四分体结构，包含约80个蛋白编码基因。叶绿体基因组由于缺乏重组，而常被认为是连锁的单一基因座；然而，越来越多的研究表明，叶绿体基因组中不同区域以及不同编码基因具有不同的核酸替代速率，经
科学家构建出目前最高质量的植物基因组参考序列
随着PacBio单分子实时（SMRT）测序技术的发展，利用它已能够独立完成高质量基因组草图的组装。然而，这些草图序列中仍然存在多种错误，比如序列中会包含有很多嵌合体（即不同位置的序列连接到了一起）或是组装质量比较差的区域等，特别是重复序列区域有的没有组装出来，有的组装出来多个序列，而且这些错误通
测序技术及DNA序列测定结果分析
实验概要 在分子生物学研究中，DNA的序列分析是进一步研究和改造目的基因的基础。目前用于测序的技术主要有Sanger等（1977）发明的双脱氧链末端终止法和Maxam和 Gilbert（1977）发明的化学降解法。这二种方法在原理上差异很大，但都是根据核苷酸在某一固定的点开始，随机在某一个特定的
鸟枪法如何测序
全基因组鸟枪法测序（Whole Genome Shotgun Sequencing）无需构建各类复杂的物理图谱和遗传图谱，采用最经济有效基因组鸟枪法测序/鸟枪法Shotgun测序（Whole Genome Shotgun Sequencing）无需构建各类复杂的物理图谱和遗传图谱，采用最经济有效的实
叶绿体基因组的概念
采用高盐、低pH值法提取雷蒙德氏棉叶绿体DNA;通过物理剪切法获得随机断裂的DNA片段;剪切片段末端、补平修饰后与pCC1FOS载体连接;用噬菌体包装蛋白包装重组DNA,侵染大肠杆菌EPI300,构建了雷蒙德氏棉叶绿体基因组文库。对于叶绿体DNA剪切,以1 mL注射器中等速度吸打18次为最佳参数。
什么是基因组测序技术
自1998年美国塞莱拉遗传公司组建以来，人类基因组研究开始由两部分科学家同时展开，分别是由公共经费支持的人类基因组工程和美国塞莱拉遗传公司。在研究过程中，他们也分别采用了两种不同的测序和分析的方法。塞莱拉公司的核心分析方法被称为"霰弹法"，人类基因组工程则采用了"克隆法"。所谓"霰弹法"，其实是一种
昆明植物所完成六种木本竹子叶绿体基因组全序列的测定
竹亚科（Bambusoideae）隶属于禾本科（Poaceae），全世界共分布有一千余种。木本竹子因种类数目多，形态性状复杂多变及多年生一次性开花等原因而成为系统发育学研究难点。随着新一代测序技术的兴起，系统发育基因组学为解决这类困难类群的系统发育关系带来了曙光。 中国科学院昆明植物研究所李德
细胞器基因组组装软件开发研究获进展
真核生物细胞器基因组包括线粒体和质体（包括叶绿体、白色体等）的全部DNA分子，是细胞质遗传的主要载体。在动植物和真菌的单个细胞内，有多个（甚至成千上万个）细胞器基因组单元的拷贝，使得利用低覆盖度的全基因组测序数据组装得到完整的细胞器基因组成为可能。随着DNA高通量测序技术的发展，测序成本下降，低
三代测序技术实现44倍测序序列连续性提升
2019年9月3日，PNAS（美国科学院院报）在线发表了上海交通大学王文琴副教授团队课题组题为“Plant evolution and environmental adaptation unveiled by long-read whole-genome sequencing of Spirodel
叶绿体基因组遗传信息获取技术体系建立
记者日前从中科院昆明植物所获悉，该所种质资源库多年来致力于叶绿体基因组学研究，并建立了较为完善的叶绿体基因组遗传信息获取技术体系。该技术体系解决了叶绿体基因组获取方法需要大量新鲜材料以及一些物种因个体微小须通过二代测序方法获取叶绿体基因组的难题。 2012年以来，科研人员利用二代测序技术研究了
关于叶绿体DNA的详细介绍
12个cpDNA分子。叶绿体具有独立基因组，被认为是内共生起源的细胞器。叶绿体基因组是多拷贝的，具有比较保守的环状结构，但也存在着一些例外。叶绿体基因组主要用于编码与光合作用密切相关的一些蛋白和一些核糖体蛋白。叶绿体基因表达调控是在不同水平上进行的，光和细胞分裂素对叶绿体基因的表达也起着重要的调
叶绿体基因组的特点介绍
叶绿体基因组在很多方面与线粒体基因组的结构是相似的。叶绿体DNA（cpDNA）是双链环状，缺乏组蛋白和超螺旋。cpDNA中的GC含量与核DNA及mtDNA有 很大的不同。因此可用CsCl密度梯度离心来分离cpDNA。 每个叶绿体中cpDNA的拷贝数随着物种的不同而不同。但都是多拷贝的。这些拷贝
关于叶绿体DNA的介绍
chloroplast DNA（cpDNA），存在于叶绿体内的DNA。高等植物叶绿体的DNA为双链共价闭合环状分子，其长度随生物种类而不同，其大小在120kb到217kb之间，相当于噬菌体基因组的大小，例如，T4噬菌体的基因组约165kb。叶绿体DNA不含5-甲基胞嘧啶，这是鉴定cpDNA及其纯
细胞化学基础叶绿体DNA
chloroplast DNA（cpDNA），存在于叶绿体内的DNA。高等植物叶绿体的DNA为双链共价闭合环状分子，其长度随生物种类而不同，其大小在120kb到217kb之间，相当于噬菌体基因组的大小，例如，T4噬菌体的基因组约165kb。叶绿体DNA不含5-甲基胞嘧啶，这是鉴定cpDNA及其纯度的
叶绿体DNA的基本介绍
chloroplast DNA（cpDNA），存在于叶绿体内的DNA。高等植物叶绿体的DNA为双链共价闭合环状分子，其长度随生物种类而不同，其大小在120kb到217kb之间，相当于噬菌体基因组的大小，例如，T4噬菌体的基因组约165kb。叶绿体DNA不含5-甲基胞嘧啶，这是鉴定cpDNA及其纯
版纳园等自主开发出叶绿体全基因组分析比较基因组程序包
高通量测序(High-throughput sequencing)，又称“下一代”测序(Next-generation sequencing)，是近年来在测序技术发展史中具有革命性改变的新突破，能一次并行对几十万到几百万条DNA分子同时测序，因此能对物种的转录组和基因组进行比以往较细致全貌的
西北农林科技大学PLOSGenetics发表红枣基因组序列测序结果
高品质的干枣基因组序列，以及从其近缘种树木的基因序列，能够阐明这种人类已经种植超过7000年的古老果树的驯化历史。近期，西北农林科技大学与美国康奈尔大学Boyce Thompson植物研究（BTI）以及北京林业大学的研究人员合作，对中国干枣进行了基因组测序，相关结果发表在12月22日的《PLOS G
简述单分子测序技术—第三代测序技术的基因组测序应用
由于具有读长长的特点，SMRT测序平台在基因组测序中能降低测序后的Contig数量，明显减少后续的基因组拼接和注释的工作量，节省大量的时间[25]。Christophern等[26]仅仅用0.5*的Pacbio RS系统长度的数据与38*的二代测序(NGS)的测序数据，对马达加斯加的一种指猴基因
武汉植物园在猕猴桃叶绿体基因组研究中获得新进展
猕猴桃（Actinidia chinensis）是一种富含Vc的经济水果，目前在全世界越来越受到消费者欢迎。尽管我国学者对中华猕猴桃的全基因组进行了测序，然而对猕猴桃叶绿体基因组并未进行组装和注释。 中国科学院武汉植物园猕猴桃资源与育种学科组副研究员姚小洪在研究员黄宏文的指导下，完成了不同倍性
新一代测序在农业领域大放光彩
普通农夫的谷仓里肯定没有最新款的HiSeq测序系统。不过，这并不意味着新一代测序（NGS）在农业领域就不如医学领域那么重要。 乔治亚大学的特聘教授Andrew Paterson就利用NGS来捕获群体的多样性，他将基因型与参考基因组进行比较。他领导的植物基因组作图实验室也利用NGS从不同个体中获
发表论文的捷径？线粒体测序论文太多
David Roy Smith是来自加拿大韦仕敦大学的一位生物学助理教授，近期他在The Scientist杂志上发文，指出目前涌现了太多线粒体基因组测序论文，2014年GenBank中新增的线粒体基因组序列信息多达上千条，这几乎比上一年激增了15%。 Smith指出，很少有人会质疑这些线粒体
简述全基因组测序的技术路线
全基因组测序的技术路线：提取基因组DNA，然后随机打断，电泳回收所需长度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接头, 进行DNA簇（Cluster）制备，最后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法对插入片段进行测序。然后对测得的序列组装成Contig，通
－Science：宏基因组学测序技术
宏基因组学技术(Metagenomic approaches)正快速拓宽我们对微生物代谢能力(microbial metabolic potential)的认识。 长期以来，对微生物(microorganism)功能开展的研究主要依赖的都是以在实验室里培养的单一物种(individua
基因“开关”控制植物细胞器演化速度
近日，中国农业科学院农业基因组研究所绿色轻简超级稻遗传解析与分子育种创新团队首次揭示了细胞器基因组的动态演化模式，绘制了线粒体和叶绿体基因组的精细图谱，并证实了通过突变与恢复MSH1基因的功能可以驱动线粒体基因组主要构型的快速演化，为开发利用细胞器遗传资源提供理论支撑。相关研究成果发表在《基因组生物