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基因表达RTPCR之我见

本文讨论的范围包括RNA酶保护分析,northernblot,原位杂交,半定量RT-PCR和定量RT-PCR。本文不谈具体protocol,是因为各种书籍和kit说明书上都有,主要说一些原则,而且大部分是失败和成功的经验,还有小组讨论结果以及各种书里七零八落看的内容,希望对大家有用。基因表达的定义:说到基因表达,是指RNA,还是蛋白?是指mRNA还是包括风头正旺的非编码RNA?mRNA还有不翻译的RNA呢。应该说转录水平指的是RNA水平,而蛋白应该叫翻译水平?我们这里就特指编码蛋白的mRNA的量的检测吧! 方法:很多很多,我们常用的也就是RT-PCR和northern。RNA没保护分析在国外很常用,也有半定量的功能,一次性试剂盒还能以此将一个表达簇一起分析,例如NFkB的转录激活谱中的8个常见基因。dot blot的zui大贡献是发展到了反向dot blot的顶峰――曾经无限时髦的基因芯片,而原位杂交的放大......阅读全文

利用实时定量PCR和2-△△CT法分析基因相对表达量

利用实时定量PCR和2-△△CT法分析基因相对表达量  METHODS 25, 402–408 (2001)Analysis of Relative Gene Expression Data Using Real-Time Quantitative PCR and the 2-△△CT M

比较分子生理基因组学 —cDNA阵列的异种杂交实验

近几年来, DNA 微阵列已经被公认是分子生物学研究的一种标准方法。特别是在生物医学研究方面,常用物种的微阵列一面世就得到广泛应用。但是对于非模式生物来说 ,微阵列的应用尚未得到充分开展,而这些物种往往表现出一些很有趣的生理表型。对大多数比较生物学的研究者来说,制备一个新物种的 D N A 阵列或微

比较分子生理基因组学 —cDNA阵列的异种杂交实验

实验步骤 一、材料 这里用到的所有化学试剂都为分子生物学等级,或者用它们最高纯度的等效物。所有的塑料和玻璃制品,包括瓶子和移液器吸头都要高压灭菌,在核酸实验操作过程中必须始终戴手套。 cDNA A T L A S阵列从Clo

实质等同性(转录组学)实验

实验材料:小麦  试剂、试剂盒:β-巯基乙醇                                   &nb

实质等同性(转录组学)实验2

3.9 芯片数据介绍对简单的实质等同性实验来说,一个比较转基因系与对照之间基因表达的散点图就已足够了。文献 [ 5 ] 中参与两个实验的样品都标注在图15. 2中。结果用 GeneSpring 软件包显示,绘制了每组比较小麦系之间每个基因成对的平均强度,并突出显示少数感兴趣的基因(统计上显著差异表达

荧光标记mRNA差异显示技术

mRNA差异显示技术(differential display,DD)是用于研究基因的差异表达的新方法。该技术自1992年被首次报道后,即以其不可替代的优势被广泛应用于生物医学领域。在应用过程中不断得到改进,并产生了诸多衍生技术如RPA(RNA finger printing by arbitrar

RT-PCR实验方法大全

RT-PCR实验有三步:抽提RNA,RT,PCR。 要求:1.做RT前必需测RNA浓度,逆转录体系对RNA量还是有一些要求,常用500ng或1ug。2. RT按要求做,一般不会出太大问题。 3. PCR,按常规。但如需扩长片段,则对前两步要求较高,需要有完整的cDNA存在,不是单

RT-PCR实验方法总结大全

生物谷: RT-PCR实验有三步:抽提RNA,RT,PCR。 要求:1.做RT前必需测RNA浓度,逆转录体系对RNA量还是有一些要求,常用500ng或1ug。2. RT按要求做,一般不会出太大问题。 3. PCR,按常规。但如需扩长片段,则对前两步要求较高,需要有完整的cDNA存

实时荧光定量PCR技术-2

qRT-PCR基因表达分析在384孔板上11ul/孔的总反应体积中,使用荧光Universal ProbeLibrary(UPL)探针(罗氏公司)和ABI 7900HT 实时仪器(美国应用生物系统公司)以及2X FastStart Universal Probe Master (Rox)PCR试剂(

荧光RNA随机引物触发的聚合酶链反应实验

差异显示聚合酶链反应(PCR) 可促进在诸多物种中与污染暴露相关的新分子标志物的鉴定。至今,已有多种差异显示方法被详细描述。这里,我们描述了一种改良的RNA 随机引物触发的 PCR 方 法(RNAarbitrarily primed PCR, RAP-PCR) , 主要涉及通过 罗 丹 明(rhod

荧光RNA随机引物触发的聚合酶链反应实验

实验步骤 ##一、 从组织和培养细胞中分离RNA1.TRIzol试 剂(Invitrogen)。该试剂含有苯酚和硫氰酸盐化合物,操作时应穿实验服,戴手套,存放于 4°C 。2.氯仿。3.异丙醇。4.乙醇。5.焦炭酸二乙酯(DEPC) 处理的水

敲降斑马鱼基因的方法学比较

一、基因敲降的前期准备工作相同1.1 生物信息学分析目标基因在斑马鱼早期胚胎发送过程中是否有表达。1.2 收集斑马鱼早期发育胚胎(通常为48 hpf前的胚胎),提取总RNA,然后进行体外转录(RT)。1.3 设计检测目标基因表达的PCR引物,以1.2获得的cDNA为模板,进行PCR扩增,确认目标基因

核糖体失活展示系统实验

核糖体失活展示系统             实验材料 RTA 基因

核糖体失活展示系统实验

实验材料RTA 基因试剂、试剂盒结合(或漂洗)缓冲液生物素琼脂糖洗脱缓冲液仪器、耗材RNeasy™mini 试剂盒实验步骤这里介绍的方法概括了表达载体的构建以及筛选功能蛋白的 RIDS 循环系统的构建。3.1 RIDS 表达载体的构建首先,需要准备含编码 T7 启动子、蛋白质文库、连接子、RTA 和

显微注射法建立转基因小鼠模型的操作流程

实验概要本实验详细介绍了显微注射法建立转基因小鼠模型的操作流程。实验原理转基因小鼠制备的基本原理是将改建后的目的基因(或基因组片段)用显微注射法注入供体小鼠的受精卵(或着床前胚胎细胞),然后将此受精卵(或着床前胚胎细胞)再植入受体动物的输卵管(或子宫)中,使其发育成携带有外源基因的转基因动物,通过分

聚合酶链反应(PCR)技术的发展和应用-2

第五节 PCR各处应用模式  一、兼并引物(Degenerate Primer)PCR  密码子具有兼并性,如表22-4,单以氨基酸顺序推测编码的DNA序列是不精确的,但可以设计成对兼并引物,扩增所有编码已知顺序的核酸序列。用兼并引物时寡核苷酸中核苷酸序列可以改变,但核苷酸的数量应相同。兼并度越低,

PCR各处应用模式

一、兼并引物(Degenerate Primer)PCR  密码子具有兼并性,如表22-4,单以氨基酸顺序推测编码的DNA序列是不精确的,但可以设计成对兼并引物,扩增所有编码已知顺序的核酸序列。用兼并引物时寡核苷酸中核苷酸序列可以改变,但核苷酸的数量应相同。兼并度越低,产物特异性越强,设计引物时应尽

PCR各处应用模式

一、兼并引物(Degenerate Primer)PCR  密码子具有兼并性,如表22-4,单以氨基酸顺序推测编码的DNA序列是不精确的,但可以设计成对兼并引物,扩增所有编码已知顺序的核酸序列。用兼并引物时寡核苷酸中核苷酸序列可以改变,但核苷酸的数量应相同。兼并度越低,产物特异性越强,设计引物时应尽

RNA介导的基因沉默实验

实验材料pGEM-T 载体DNA 模板试剂、试剂盒dNTP 混合物DNA 聚合酶(Sigma) 及配套缓冲液限制酶仪器、耗材PCR 纯化试剂盒或柱子实验步骤一、筛选目的基因片段的参数1. 序列( 1 ) 构建一个指定的 RNA 沉默载体首先要进行生物信息学分析。根据目的基因对应的已知 cDNA 序列

RNA介导的基因沉默实验

实验材料pGEM-T 载体                                       &nb

PCR技术应用二: 骨肿瘤诊断

  骨肿瘤较罕见,恶性骨肿瘤只占全身恶性肿瘤的1%,男多于女,性别比约为1.6 ∶1,均好发于10-30岁间,良性者以骨软骨瘤最多,依次为骨巨细胞瘤、内生软骨瘤 等,恶性者以骨肉瘤最多,依次为软骨肉瘤、纤维肉瘤等.骨恶性肿瘤的发生机理目 前认为是癌基因显性作用与抗癌基因失活的结果,是多种癌基因多阶段

常用生物软件(windows)全面介绍

常用生物软件(windows)全面介绍一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件,不仅可以进行图像分析,还可以进行数据处理,方便protocol的管理功能强大,商业版正式版:6900美元。 Arraypro 4.0

RACE技术的原理和操作

近年来随着生物技术的不断发展,出现了许多克隆新基因的方法和手段,如图谱克隆技术、转座子标签技术、mRNA差异显示技术二基因组减法技术以及cDNA文库筛选技术等。但上述方法人多具有实验周期长、技术步骤烦琐且工作量大等特点。cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA

RACE技术的原理和操作

近年来随着生物技术的不断发展,出现了许多克隆新基因的方法和手段,如图谱克隆技术、转座子标签技术、mRNA差异显示技术二基因组减法技术以及cDNA文库筛选技术等。但上述方法人多具有实验周期长、技术步骤烦琐且工作量大等特点。cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cD

RACE技术的原理和操作

近年来随着生物技术的不断发展,出现了许多克隆新基因的方法和手段,如图谱克隆技术、转座子标签技术、mRNA差异显示技术二基因组减法技术以及cDNA文库筛选技术等。但上述方法人多具有实验周期长、技术步骤烦琐且工作量大等特点。cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA

miRNA克隆实验

在细胞中表达的 RNA 除了我们所熟悉的 mRNA 以外,还有大量不编码蛋白质的非编码 RNA(noncoding RNA,ncRNA),非编码 RNA 在细胞中起着非常重要的作用,如 rRNA 和 tRNA 维持着基因的表达,还有一部分则起着调控基因表达的作用。本实验来源「RNA 实验指导手册」主

微生物学检验基本技术(2)

第六节 自动化技术在微生物检验中的应用   微生物鉴定的自动化技术近十几年得到了快速发展。数码分类技术集数学、计算机、信息及自动化分析为一体,采用商品化和标准化的配套鉴定和抗菌药物敏感试验卡或条板,可快速准确地对临床数百种常见分离菌进行自动分析鉴定和药敏试验。目前自动化微生物鉴定和药敏分析系统已

微生物学检验基本技术(2)

第六节 自动化技术在微生物检验中的应用  微生物鉴定的自动化技术近十几年得到了快速发展。数码分类技术集数学、计算机、信息及自动化分析为一体,采用商品化和标准化的配套鉴定和抗菌药物敏感试验卡或条板,可快速准确地对临床数百种常见分离菌进行自动分析鉴定和药敏试验。目前自动化微生物鉴定和药敏分析系统已在世界

如何做好荧光定量PCR实验

荧光定量PCR实验指南一、基本步骤:1、目的基因(DNA和mRNA)的查找和比对;2、引物、探针的设计;3、引物探针的合成;4、反应体系的配制;5、反应条件的设定;6、反应体系和条件的优化;7、荧光曲线和数据分析;8、标准品的制备;二、技术关键:1、 目的基因(DNA和mRNA)的查找和比

荧光定量PCR常用术语

荧光定量PCR原理和过程已经非常清楚,为方便初学者更加清晰的学习,QIAGEN为大家汇总了荧光定量PCR常用术语,供您查阅参考使用。基线:基线是早期循环的噪点水平,通常在第3和第15循环之间测量,这是因为在此期间还检测不到扩增产物引起的荧光值增加。用于计算基线的循环数量是可以改变的,如果使用高模板量