用PCR进行基因分型1
与许多一次做数百块Southern blots的研究人员一样，我第一次用PCR做基因分型（genotyping）时觉得见效很快，不再需要等几天才能看到结果，不再需要DNA显微图像或者操作紫外线了。随着技术的不断进步，RCR使基因组学和转录组学发生了翻天覆地的变化，甚至随着免疫PCR的普及开始进军蛋白组学。目前有许多以RNA为基础的基因分型技术，有些只是名称不同，简单到只是跑块胶，有些很复杂，需要检测单核苷酸多态性的累积。选择哪种方法当然依据需要而定，但这里对某些以PCR为基础的基因分型分析的优点和缺点做了一个简要总结。下标列出了一些常见的系统和平台及其详细特征。The Simple Acronyms最基本的设计是序列特异引物（sequence-specific primers ，SSP ）或称等位基因特异性引物延伸（allele specific primer extension ，ASPE）、序列特异性寡核苷酸探针（seque......阅读全文
用PCR进行基因分型1
与许多一次做数百块Southern blots的研究人员一样，我第一次用PCR做基因分型（genotyping）时觉得见效很快，不再需要等几天才能看到结果，不再需要DNA显微图像或者操作紫外线了。随着技术的不断进步，RCR使基因组学和转录组学发生了翻天覆地的变化，甚至随着免疫PCR的普及开始进军蛋白
用PCR进行基因分型
与许多一次做数百块Southern blots的研究人员一样，我第一次用PCR做基因分型（genotyping）时觉得见效很快，不再需要等几天才能看到结果，不再需要DNA显微图像或者操作紫外线了。随着技术的不断进步，RCR使基因组学和转录组学发生了翻天覆地的变化，甚至随着免疫PCR的普及开始进军蛋白
用PCR进行基因分型2
质谱法原则上，添加到引物末端的核苷能够直接依据质量，利用通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectroscopy，MALDI-TOFMS）直接检测出来，这是一种不需标
基于－PCR－的基因分型实验——用末端标记的引物－PCR－扩增－SSLP
试剂、试剂盒正向和反向引物10 X T4 多聚核苷酸激酶缓冲液ATPT4 多聚核苷酸激酶模板DNA10 X PCR 扩增缓冲液4dNTP 混合液Taq DNA 聚合酶轻矿物油2 X 甲酰胺载样液仪器、耗材96孔微量板热循环仪用旧的X光胶片或者 Whatman 3MM 的过滤纸实验步骤展
小片段法进行基因分型（二）
结果： 图1显示的是校正之前的完整的熔解峰显示。 从低温和高温内标及扩增子熔解的中部区分熔解信号。图1：派生熔解曲线显示校准和扩增子的熔解峰。左边和右边的峰是校准内标的峰。94的熔解剖面图，接近76℃，从独立的PCR反应中生成。校准分子没有对其，纯合子的扩增峰没有清楚的分开。中部最窄且
小片段法进行基因分型（一）
摘要： 背景：用于基因分型的高分辨率熔解曲线技术既简单又有效。在以熔解为基础的方法中，探针法是基因分型的黄金标准，可以将等位基因与目标的匹配完全区分开。小片段基因分型法是代替探针的基因分型法。异源双链核酸分子的存在使得检测纯合子变得容易，其熔解峰的形状有明显的改变。纯合子G/C或A/T的基
HLA基因分型方法：PCR－SSCP法
PCR－SSCP法1）提取DNA同前RFLP法 2）PCR扩增同前PCR-RFLP，也可加入1μCi32P-dCTP标记产物。 3）非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳1．取PCR的扩增产物，加凝胶加样液3μl，95℃加热变性2min，冰浴骤冷。同位素掺入的DNA取1μl稀释10倍，加样3μl。2．取样品用微量
HLA基因分型方法：PCR－SSP法
PCR－SSP法1）提取DNA同前RFLP法 2）PCR扩增操作方法基本同PCR-RFLP，但引物是根据各等位基因的核苷酸序列设计的特异性引物，主要是针对第二外显子区域的多态性，用SSP扩增出来的产物具等位基因特异性。 3）凝胶电泳取PCR扩增的产物与上样缓冲液混合，加入2％琼脂糖凝胶加样孔中，其内
HLA基因分型方法：PCR－RFLP法
PCR－RFLP法1）提取细胞总DNA方法同前。 2）PCR扩增引物的设计1．引物长度一般为15～30bp，G＋C含量应在45％～55％之间。2．应避免连续出现4个以上的单一碱基。3．不能含有自身互补序列。4．两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基，不然会形成引物二聚体。5．与非特异扩增序列的同
应用非标记探针法进行基因分型（三）
高分辨率熔解 在高分辨率熔解仪器HR-1（爱荷华科技，盐湖城，犹他州）上进行分析，将LightCycle毛细管加入HR-1中，0.3℃/s加热。主要的实验中，RET外显子的扩增及非标记探针熔解数据从60℃到95℃采集。主要实验分析了每个外显子的扩增子及探针数据，除了外显子14。因为所有报道的外显子1
应用非标记探针法进行基因分型（五）
用相似的方法分析外显子11（表3；补充图2；补充表3；http://jmd.amjpathol.org），且所有外显子11的RET序列变化用扩增子高分辨率熔解分析进行检测（没有显示数据）。外显子11的主要实验用一个在致病密码子630和634上的野生型探针。检测的外显子11的8个序列变化均有一个等位基
应用非标记探针法进行基因分型（一）
RET原癌基因单个碱基的突变可以引发多发性内分泌腺瘤2型。RET突变传统的基因分型方法是外显子测序。一种闭管操作的基因分型方法已经成熟，此方法用的是一种饱和DNA染料，非标记探针及高分辨率熔解扩增子分析。此方法需要两个连续的聚合酶链式反应阶段，主要的和第二次实验。主要的实验共用7个反应和8个非标记探
应用非标记探针法进行基因分型（六）
外显子14：多重探针分析 主要实验的外显子14， 两个野生型的探针同时用于一个反应，用来检测所有已报道的外显子14的突变，同时消除密码子836（p.S836S）多态性（图4；a和b；表3；补充表5；http://jmd.amjpathol.org）。WT14A探针在65℃-76℃
应用非标记探针法进行基因分型（七）
一般来说，用特定突变探针产生1/3结果。首先，当突变序列与特定突变探针互补时，突变等位基因的熔解Tm要高于野生型（△Tm为-2℃至-5℃）。第二，当突变在相同位置但是与特定突变探针序列不互补时，突变等位基因被野生型等位基因相似的Tm值及稳定性所遮蔽（野生型等位基因Tm±0.5℃）。在这种情况下，没有
应用非标记探针法进行基因分型（四）
外显子10和11：多重突变热点MEN2A和FMTC的主要突变位于外显子10（密码子609、611、618和620）和11（密码子630和634），且野生型半胱氨酸的密码子DNA序列“TGC”发生单核苷酸改变。外显子10和11报道的序列变化>40（表1）。RET10外显子的主要实验包括两个单独的实验和
应用非标记探针法进行基因分型（二）
材料和方法样品 此报道中用到的野生型RET基因的DNA基因组样品或有RET序列变化的样品在以前描述过。RET基因序列变化改变RET蛋白的功能引发MEN2综合症的是突变，然而RET序列改变不会引发MEN2综合症是多态。不能确定意义的稀有的或不会引起MEN2综合症的RET基因序列变化成为“序列
HLA基因分型方法：PCR－指纹图法
PCR－指纹图法1）提取DNA同前RFLP法 2）PCR扩增同前PCR-RFLP法 3）凝胶电泳取PCR产物10μl，加2μl的6×上样缓冲液，经12％聚丙烯酰胺凝胶电泳，200V，2～3h。再用溴化乙锭染色30min，照相分析结果。
HLA基因分型方法：PCR－SSO（ASO）探针法
PCR－SSO（ASO）探针法1）常规提取DNA参见RFLP法 2）PCR扩增参见PCR-RFLP法 3）斑点杂交1．将5～20μl扩增产物，加变性液100～200μl室温处理5～15min。2．在尼龙滤膜（预先用2×SSC浸湿2min）上真空点样，每孔以10×SSPE 200μl冲洗，抽干，80℃
RTPCR检测汉坦病毒基因及分型
材料： （1）急性期病人血清、鼠肺、鼠血或分离的汉坦病毒（2）引物：引物序列（5’～3’）位置片段（bp）逆转录引物TAGTAGTAGACTCC1~14LMS通用外引物AAAGTAGGTGITAYATCYTIACAATGTGG1910~1939M(+)GTACAICCTGTRCCIACCCC2373
人类血小板抗原1～4系统基因分型
关键词： PCR-SSP；人类血小板抗原；基因分型 摘要 目的：建立人类血小板抗原1～4系统序列特异性引物（PCR-SSP）分型方法。方法：合成14条引物，采用PCR-SSP方法对25名健康献血者的HPA-1～4系统进行基因分型；分型结果与采用等位基因特异性寡核苷酸点杂交（PCR-ASO）获得的
人类血小板抗原1～4系统基因分型
迄今，国际上已报道了9个血小板特异性抗原系统，包括人类血小板抗原（HPA）系统1～8以及Naka抗原。这些抗原都是在血小板输注和怀孕介导的同种免疫过程中被发现的。在现代临床输血工作中，为了能给新生儿同种免疫血小板减少症（NAITP）、输血后紫癜（PTP）以及血小板输注无效（PTR）等患者提供正确、及
基于PCR的基因分型实验—用银染的方法无放射性的分析SSLP
实验材料PCR 扩增 SSLP 的变性聚丙烯酰胺凝胶试剂、试剂盒乙醇硝酸硝酸银染色溶液显色液乙酸仪器、耗材Whatman 滤纸染色仪器80℃真空电炉实验步骤1.电泳后，小心的打开仪器，分开玻璃板。将有胶的那块板子放于染色一起的底部，仔细地将上面的架子和垫圈放置于胶边缘的上面，拧紧闩子。胶里如果有小空
PCR基因扩增1
一、实验原理 聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction，PCR）是一种体外核酸扩增系统，其原理类似DNA分子的天然复制过程，是将在待扩增的DNA片段和与其两侧互补的两个寡聚核苷酸引物，经变性、退火和延伸若干个循环后，DNA扩增 2n 倍。该技术已成为分子生物学中
细胞型操作实验——用两步基因置换法进行交配型转换
实验材料酵母菌株YSC006YSC005质粒pSC9pSC11仪器、耗材YPD 平板SC-ura平板产孢平板无菌绒垫SD 平板实验步骤第 1 天把菌株 9-4 和 9-5 在 YPD 平板上划单克隆，于 30°C 下培养。1、2、3、4 组使用菌株 9-4;5、6、7、8 组使用菌株 9-5。第 3
用ReadyMixTM－PCR－Reaction－Mix进行拟南芥SSLP
用ReadyMix TM PCR Reaction Mix 进行拟南芥SSLP （32 个样品+3 个对照）一、PCR采用SIGMA REDTaq® ReadyMixTM PCR Reaction Mix提供的 试剂 （包括20 mM Tris-HCl, pH 8.3, 100 mM KCl, 3
用微阵列的方法分型单核苷酸多态实验1
用等位基因特异性的微阵列方法进行 SNP 分型试剂、试剂盒GeneChip HuSNP 试剂盒多重引物池1〜24用生物素-T7 标记的引物用生物素-T3 标记的引物对照寡核苷酸B1HuSNP Reference DNA10 X 缓冲液ⅡdNTP仪器、耗材扩增反应管低速带旋转桶滴定板的离心机热循环仪滴
基于－PCR－的基因分型实验——无放射性的多重分析SSLP
实验材料模板DNA试剂、试剂盒10XPCR扩增缓冲液混合引物Taq DNA 聚合酶轻矿物油Qiaex Gel Extraction Kit (Qiagen）2X 甲酰胺载样缓冲液M13序列泳道内标TBE 缓冲液预杂交液地高辛标记的探针Oligo 清洗缓冲液阻滞液碱性磷酸盐连接的抗地高辛Fab片段检测
乙肝HBV基因分型检测原理
1、全面型别分析 采用Sanger测序法对乙肝病毒进行分型基因检测。通过提取慢性乙型肝炎患者血液中的病毒DNA，利用特异性引物对HBVDNA中的基因进行PCR扩增。通过对扩增后的目的基因进行测序，将测序信息与NCBI中标准株的序列信息进行比对，可一次性检出慢性乙型肝炎病毒A、B、C、D
HLA基因分型方法：RFLP法
RFLP法1）常规制备DNA盐析法1．用淋巴细胞分离液从抗凝血中分离出白细胞。2．每3ml细胞悬液加10ml红细胞裂解液溶解红细胞两次，再加2ml白细胞裂解液溶解白细胞。3．加50μl 10％ SDS和70μl蛋白酶K消化蛋白质，37℃过夜或55℃ 3h。4．加0.25体积饱和醋酸钠溶液，剧烈摇动1
丙型肝炎病毒的基因分型
HCV基因分型还无统一标准，因用于基因分型的部位和采用的技术方法不同，出现了各种基因分型结果，但各种基因型分类方法之间有一定的对应关系，兹举几种基因型分类法供参考。 HCV基因型各种分型之间的对应关系 现知欧美国家多数HCV-Ⅰ型感染，而亚洲国家以Ⅱ型为主，Ⅲ型次之。Okomoto报告日本慢