简化抑制消减杂交(SSH)法寻找差异表达基因
无论是从一个胚胎细胞分化为不同的组织器官，或者是从正常的组织突变为肿瘤组织，都可能涉及在同一基因组背景下不同基因的差异性表达。寻找差异表达的基因就有可能揭示细胞分化的机制或者肿瘤的成因，因而也就成为一项热门的技术。 寻找差异表达的基因有不少方法，抑制消减杂交（SSH）是比较有效的一种方法。以Clontech的PCR-Select cDNA Subtraction Kit为例：将样品（tester）和对照（driver）的mRNA分别反转录并合成为双链cDNA后进行酶消化；样品（tester）分为两组，分别加上不同的adaptor1/2；再将两组样品（tester）分别与过量的对照（driver）杂交，两份杂交结果混合，加入过量的对照再进行第二轮杂交；补齐adaptor然后用PCR选择性扩增。由于过量的对照封闭了在样品中共同表达的基因，而在样品中特异表达的基因会被选择性地扩增出来，......阅读全文
PNAS：小鼠模型需慎用，基因表达差异大
PNAS：小鼠模型需慎用，基因表达差异大 小鼠被广泛用于模拟人类代谢、疾病和药物应答，是医学研究中的一个基本工具。然而斯坦福大学的研究团队指出，人类和小鼠的基因表达存在着惊人的差异，不论是蛋白编码基因还是非编码基因。这项研究发表在十一月十七日的美国国家科学院院刊PNAS杂志上。 Mic
梁晗：从癌症基因组中寻找性别差异
如果有一种软件能告诉你今后患上癌症的可能性是多少，而其中判断的因素之一就是你的性别是男还是女，你会相信吗？可能大部分人都会摇头：怎么可能性别影响如此之大。但越来越多的研究表明，性别在癌症中起着不可忽视的作用。 来自美国德州大学MD安德森癌症中心的一项研究通过调查13种癌症类型，在分子水平上认
梁晗：从癌症基因组中寻找性别差异
如果有一种软件能告诉你今后患上癌症的可能性是多少，而其中判断的因素之一就是你的性别是男还是女，你会相信吗？可能大部分人都会摇头：怎么可能性别影响如此之大。但越来越多的研究表明，性别在癌症中起着不可忽视的作用。 来自美国德州大学MD安德森癌症中心的一项研究通过调查13种癌症类型，在分子水平上认识
梁晗：从癌症基因组中寻找性别差异
如果有一种软件能告诉你今后患上癌症的可能性是多少，而其中判断的因素之一就是你的性别是男还是女，你会相信吗？可能大部分人都会摇头：怎么可能性别影响如此之大。但越来越多的研究表明，性别在癌症中起着不可忽视的作用。 来自美国德州大学MD安德森癌症中心的一项研究通过调查13种癌症类型，在分子水平上认识
基因表达差异解释女人为什么来自金星
英国伦敦大学学院的科学家们，在11月22日的Nature Communications杂志上发表的一项研究表明，基因——人身体的基本构件，在男女脑部的表达存在一个普遍的差异。他们发现，基因表达和剪接的性别差异是遍布成人大脑的，能够在所有的主要大脑区域中检测到，男女大部分脑部区域的基因表达是不
荧光定量pcr为什么能够测基因表达差异
荧光定量PCR会加入带有荧光基团的探针，探针是能和目的基因结合的单链DNA，如果合成双链DNA后，荧光基团就会激活发光，所以实时检测反应物的荧光强度，反应的就是双链DNA的浓度，由于合成双链DNA的速率和模板浓度有关，所以和参考曲线比较以后是可以计算出模板的相对浓度，当模板是信号RNA是，其反应的就
tDEG（转录组差异表达基因深度分析）
本公司采用自主研发与成熟开源软件相结合的方式构建了专业高效的生物信息分析流程，对您获得的海量RNA-seq序列的质量、特征等重要信息进行图形可视化；对两个以上生物学样本之间的差异表达基因进行可信分析；对差异表达所揭示出的重要科学问题进行中肯分析；让您快速“发现”所关注生物学问题，医学问题和农业问题
汉族和日本人之间的基因表达谱差异
6月4日，《医学遗传学杂志》在线发表了上海生科院计算生物学研究所徐书华研究组的研究成果“Identification of well-differentiated gene expressions between Han Chinese and Japanese using genome
基因表达轮廓（gene－expressed－profile）技术3
电子杂交即虚拟的RNA杂交(Virtual northern blots)。用已知的EST序列为起始序列,采用BLAST(Basic Local Alignment Search Tool,BLAST)检索程序检索数据库中与其同源或有部分重叠的EST序列,以分别确定EST是属于已知基因还是已
基因分离克隆的方法
1 基因芯片技术分离目的基因生物芯片是高密度固定在固相支持介质上的生物信息分子的微列阵。列阵中每个分子的序列及位置都是已知的，并按预先设定好的顺序点阵。基因芯片是生物芯片的一种，其上固定的是核算类物质，主要用于DNA、RNA分析。分为DNA芯片和微点阵两种。分离目的基因是是指从基因组中发现或找出某个
如何检测肿瘤抑制基因的表达或功能状态？
检测肿瘤抑制基因的表达或功能状态可以采用以下几种方法：免疫组织化学（IHC）：利用特异性抗体检测肿瘤组织切片中肿瘤抑制基因所编码蛋白的表达水平和定位。实时定量 PCR（qPCR）：通过检测肿瘤抑制基因的 mRNA 水平来评估其表达情况。基因测序：包括 Sanger 测序和新一代测序技术（NGS），可
核受体对基因表达的抑制作用
核受体，例如类固醇受体（steroid receptor），可以改变响应细胞（responsive cell）的基因表达。在Cell杂志中，Ogawa等人指出核受体糖皮质激素受体（glucocorticoid receptor）、过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome prol
真核生物与原核生物基因表达调控的差异
原核生物同一群体的每个细胞都和外界环境直接接触，它们主要通过转录调控，以开启或关闭某些基因的表达来适应环境条件（主要是营养水平的变化），故环境因子往往是调控的诱导物。而大多数真核生物，基因表达调控最明显的特征是能在特定时间和特定的细胞中激活特定的基因，从而实现“预定”的，有序的，不可逆的分化和发育过
三种基因表达差异的显著性分析方法
DNA微阵列基因表达数据分析 用于检测基因表达水平的 DNA 微阵列实验，应用之一是比较实验，目的是比较两个条件下的基因表达差异，从中识别出与条件相关的特异性基因，例如，识别可用于肿瘤分型的特异基因等。为了提高实验的可靠性，对于同一样本，往往有两次或更多次的重复实验，但是，由于 DNA 微
北大CancerRes获肿瘤特异性抗原筛选新方法
来自北京大学医学部的研究人员与美国贝勒医学院等单位合作，在筛选鉴定肿瘤特异性抗原方面取得重要进展，其主要研究成果发表在最新一期的国际著名杂志《癌症研究》(Cancer Research)上。 肿瘤特异性抗原是一类在肿瘤组织中特异性高表达，而在所有或者大多数正常组织中不表达或低表达的蛋白
NEJM：抑制关键基因的表达可精准控制脂肪浓度
甘油三脂，又称脂肪。是人体内含量最多的脂类，也是血脂检查中较重要的一项指标。甘油三酯与胆固醇都属于脂质，来源于食物中的脂肪或者由我们身体产生。血液中甘油三酯的累积超过标准，会增加患心血管疾病、胰腺疾病以及其他并发症的风险。 高甘油三酯症容易引发系列常见健康问题，例如肥胖或者糖尿病。因为甘油三酯
3篇Science文章：大规模人类基因表达差异图谱
在美国国立卫生研究院基因型-组织表达（GTEx）项目的资金资助下，研究人员构建出了一个万众期待的新数据资源，它可以帮助确立个体基因组构成之间的差异对于基因活性的影响以及对疾病的贡献。借助于这一新资源，科学家们可以同时探究许多不同人类组织和细胞的潜在基因组学，并有望为研究和了解人类生物学开辟新途径
研究揭示汉族和日本人之间的基因表达谱差异
6月4日，《医学遗传学杂志》在线发表了中科院上海生科院计算生物学研究所徐书华研究组的研究成果Identification of well-differentiated gene expressions between Han Chinese and Japanese using geno
基因芯片技术及其研究现状和应用前景（二）
2．3 分子杂交 样品DNA与探针DNA互补杂交要根据探针的类型和长度以及芯片的应用来选择、优化杂交条件。如用于基因表达监测，杂交的严格性较低、低温、时间长、盐浓度高；若用于突变检测，则杂交条件相反（5）。芯片分子杂交的特点是探针固化，样品荧光标记，一次可以对大量生物样品进行检测分析，杂交过程
mRNA差别显示技术[DDRTPCR]
随着PCR技术的发展，人们在此基础上建立起了一系列基于基因分离的新技术新方法。如mRNA差别显示技术（DDRT-PCR）、以及进一步改进的代表性差示分析（RAD），抑制性扣除杂交（SSH）和交互扣除RNA差别显示技术（RSDD）。差别显示ＰＣＲ是根据绝大多数真核细胞mRNA3’端具有的多聚腺苷酸尾（
充满差异的单细胞蛋白表达
哈佛大学谢晓亮小组的最新研究结构显示，蛋白的数量（绿色）与mRNA的数量（红色）在各个细胞中有很大差异。 科学家们近日首次实现了对物种在整个表达谱范围内的蛋白表达噪声测量。该项成果是单分子技术与系统生物学交互融合的典范，预示了单细胞基因表达分析时代的来临。 在基因表达研究领域，传
差异显示法
差异显示法[原理]：该实验方法是针对从特定细胞或组织类型的mRNA池来源的样品用PCR技术对其中许多的cDNA基因一起进行扩增和显示的实验方法。该实验方法倚赖两套不同类型的合成寡核苷酸引物：一套锚定反义引物与一套随机正义引物。锚定反义引物是与mRNA的poly(A)尾及3’-非翻译区的连接处相复性结
分子杂交法进行基因定位的方法介绍
分子杂交和体细胞遗传学相结合的方法也可以用来测定人的基因的绝对位置。用体细胞遗传学方法，可以得到只含有某一条人类染色体的人－仓鼠杂种细胞的克隆。然后可以进一步取得这一人类染色体发生各种缺失的克隆。把从这一系列缺失克隆中提取出来的 DNA吸附在硝酸纤维素滤膜上。再把人的基因文库中的各个基因的 DNA片
31项与免疫学有关的分子生物学实验技术（二）
十二、大肠杆菌感受态细胞（E.coli DH5α）制备E.coli DH5α制备主要操作步骤：1）挑取受体菌（DH5或DH10B）的单菌落于LB培养基中37℃摇床培养过夜（约16小时）；2）取1ml过夜培养物转接于100ml LB培养基中，在37℃摇床上剧烈振荡培养约2.5-3小时（250-30
从基因表达和代谢组学层次揭示疫苗引发免疫反应差异
沃尔特·里德陆军研究所（Walter Reed Army Institute of Research，WRAIR）领导的一个研究小组利用单细胞RNA测序和代谢谱技术，对疫苗诱导的T细胞免疫机制有了新的认识。尽管有许多疫苗可以诱导和扩增T细胞(机体适应性免疫系统的关键部分)，但在决定T细胞反应的大
坐骨神经损伤后近远端神经组织差异基因的表达
在神经损伤和修复过程中，Wallerian溃变为神经再生创造了有利的条件。目前尽管对大鼠坐骨神经损伤后Wallerian溃变过程中远端神经组织的基因表达已有了深入的报道，但相关基因的作用机制尚不明确。中国南通大学姚登兵博士所在团队运用分子生物学技术与生物信息学技术，全面系统地分析大鼠坐骨神经损伤
荧光定量PCR(qPCR)内参的选择对基因表达差异分析结果的...
荧光定量PCR(qPCR)内参的选择对基因表达差异分析结果的影响与应用实时荧光定量PCR技术是在常规PCR基础上加入荧光标记探针或相应的荧光染料来实现其定量功能的。由于其精准度好、灵敏度高，在分子生物学研究和医学研究等方面得到了广泛的应用，尤其是在基因表达差异分析方面。基因表达差异分析一般是比较不同
用检测和驱动－DNA－探针进行差异杂交实验
下面 4 个探针用于差异筛选杂交。1. 检测者特异性消减探针（正向消减探针）。2. 驱动者特异性消减探针（反向消减探针）。3. 从检测者 mRNA(或检測者基因组 DNA) 直接合成的 cDNA 探针。4. 从驱动者 mRNA(或驱动者基因组 DNA) 直接合成的 cDNA 探针。本实验来源于 PC
Ettan－DIGE荧光差异蛋白表达分析系统
原理和应用： Ettan DIGE荧光差异蛋白表达分析系统在传统双向电泳技术的基础上，结合了多重荧光分析的方法，在同一块胶上共同分离多个分别由不同荧光标记的样品，并第一次引入了内标的概念，极大地提高了结果的准确性，可靠性和重复性。在DIGE技术中，每个蛋白点都有它自己的内标，并且软件全自动根据
简化基因组测序好做吗
简化基因组方法是一种利用酶切技术、序列捕获芯片技术或其他实验手段降低物种基因组复杂程度，进而研究基因组各类遗传结构性变异的技术手段。目前常见的简化基因组技术包括RAD（Restriction site Associated DNA）和GBS（Genotyping By Sequencing）。这些技