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快速DNA分析有助于诊断多种疾病

在日常工作中,医生要处理很多具有不确定性的事情。通常,很难诊断是什么使病人生病,因为传染性疾病和非传染性疾病的症状可能彼此难以区分。 临床医生行之有效的方法是制定一份最有可能的清单,并通过一系列的测试来缩小清单的范围。然而,尽管今天在医院进行了广泛的、最先进的检测,我们仍然不能诊断出大约50%的呼吸道感染(肺炎)、血液感染(败血症)和神经感染病例。 由于现在的很多病人最终都没有得到明确的诊断,旧金山加利福尼亚大学的传染病医生和微生物学家们开始对运用计算机科学和生物工程的技能利用新兴的测序技术开发一个用于分析DNA测序数据的计算管道,最终的目标是提供更准确的诊断。 什么是下一代测序? 研究人员开发了一种新的临床诊断测试,可以从一个临床样本中解码数百万个DNA序列;例如,通过腰椎穿刺从住院病人身上收集的一管脑脊液,也称为"脊髓穿刺"。这项名为"元基因组下一代测序"(mNGS)的测试......阅读全文

PacBio助力感染菌株基因组重测序

  Andrew Kasarskis博士是Icahn基因中心遗传与基因组中心的副主任。他目前领导着一些专攻治疗和诊断的合作项目,而他自己的研究也主要在病原体检测,药物基因组学,睡眠与遗传的关系几个方面展开。在加入西奈山之前,他曾经就职于PacBio,Sage Bionetworks和Merck。他有

万元全基因组测序在望 全新分析平台登场

今年早期,ABI公司应用SOLiD 3系统领先的寡核苷酸连接和检测技术对人类基因组进行了测序,费用低于6万美元。这台新仪器的技术改进使更高的样品和数据通量成为可能,从而有望进一步降低基因组测序的费用。例如,更廉价的基因组数据有望加速疾病关联和生物标志物的发现,从而改善诊断和疾病处理,支持与个人最佳治

基因组测序

如果楼主指的是人类基因组计划,那时用的方法叫做双脱氧终止法,也叫做sanger法。它的原理是在DNA合成过程中,DNA聚合酶能够使用ddNTP(双脱氧核苷酸)来作为原料,但它的反应会在加入ddNTP的时候终止。具体实验是通过PCR来完成的,但与普通PCR不同,它只需要一个引物而不是一对。在4个相同的

全基因组测序在临床感染疾病研究中的应用

  感染病分子诊断中,PCR是公认的首选技术。然而全基因组测序(WGS)可能会超越PCR成为首选。在今年举行的欧洲临床微生物学和感染病大会(ECCMID)上,关于该技术的科学研究展示数量迅速增长,正好证明了这一点。  大会上研究人员从多个方面探讨了WGS在临床中的应用,包括帮助预测耐药性,促进流感疫

从百元基因组测序说起 illumina 在中国发展历程

  Illumina的使命,是解放基因组力量,提升人类的福祉。现在越来越清楚地知道,有很多疾病是跟人的基因有关的。Illumina最主要的工作,就是给科研工作者提供一个很好的工具,使得他们能够在这方面更好地做一些诊断和后期治疗的工作,帮助人类更好地处理这些疾病。  Illumina最强劲的增长点:肿

Illumina在中国的发展之路,从百元基因组测序说起

  Illumina的使命,是解放基因组力量,提升人类的福祉。现在越来越清楚地知道,有很多疾病是跟人的基因有关的。Illumina最主要的工作,就是给科研工作者提供一个很好的工具,使得他们能够在这方面更好地做一些诊断和后期治疗的工作,帮助人类更好地处理这些疾病。  Illumina最强劲的增长点:肿

解码“基因组学之父”桑格:测序,测序,测序

  “桑格当之无愧地被称为‘基因组学之父’,他的工作为人类读取和理解基因代码奠定了基础,彻底变革了生物学并极大促进了当今的医学发展。”、   有一天,65岁的英国生物化学家弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)突然停下手中的试验,转身走出实验室,宣布自己正式退休。那一年是1983

PNAS:甜瓜基因组测序

  甜瓜在世界范围具有很高的经济价值,日前西班牙的九个研究中心通力合作,利用罗氏454平台完成了甜瓜基因组的测序。除了甜瓜的全基因组,科学家还得到了 7个特定甜瓜品种的基因组,文章发表在Proceedings of the National Academy杂志上。   联合国粮农组织2009年

基因组测序仪简介

  基因组测序仪是一种用于生物学领域的分析仪器,于2012年12月19日启用。  技术指标  个体化基因组测序仪主机/ION TORRENT主机。  主要功能  样品处理、快速的运行时间以分析单个或多个样品 支持多重文库,从而实现最大的效率和经济性 可在必要时禁用个别测序通道,以节约试剂用量。

认识泛基因组测序

什么是泛基因组?2005年,Tettelin等人提出了微生物泛基因组概念(pangenome,pan源自希腊语‘παν’,全部的意思),泛基因组即某一物种全部基因的总称。2009 年,Li等人首次采用新全基因组组装方法对多个人类个体基因组进行拼接,发现了个体独有的DNA序列和功能基因,并首次提出了“