有关UCSFDOCK6、AUTODOCK与AUTODOCKVINA对接准确率的探讨
1A:有没有关于主流对接软件的横评的综述啊，我看很多CNS级别的文章也在引用autodock还有vina，对接的准确与否一般是怎么定义的呢?答:这样的文章(文献)有很多，到pubmed搜一下就有了。之前群里有人发了一篇文章，说到vina的准确率比dock6高。我对此持怀疑态度。我只凭经验判断，没有重现过人家的结果，也没有去仔细研究人家的研究过程。有两个方面，我认为dock6更好：1、做过不少体系，dock6的结果更接近晶体构象或者能够解释实验现象，而vina则不太行。比如，我以前在做教程的时候，同一个PDB蛋白用dock6只产出少量(经常是一两个)pose结果，且第一个(也就是打分最好的)结果与实验晶体结构非常一致，而用vina则产生很多结果，没有一个好的。当然，并不是说vina对所有体系都没有好结果，只是我自己做的多了，渐渐发现dock6明显更可靠。这个比那些测评更实际。2、dock6的打分与实验活性的相关性能够达到0.9，v......阅读全文
有关UCSF－DOCK6、AUTODOCK－与AUTODOCK－VINA对接准确率的探讨
1A:有没有关于主流对接软件的横评的综述啊，我看很多CNS级别的文章也在引用autodock还有vina，对接的准确与否一般是怎么定义的呢?答:这样的文章(文献)有很多，到pubmed搜一下就有了。之前群里有人发了一篇文章，说到vina的准确率比dock6高。我对此持怀疑态度。我只凭经验判断，没有重
UCSF－DOCK6，AUTODOCK－与AUTODOCK－VINA对接准确率的探讨
以下是我司精选的微信群聊天记录，想加入微信学术交流群的朋友，请在公众号“殷赋科技”首页输入“加群”，验证后入群。 1 A:有没有关于主流对接软件的横评的综述啊，我看很多CNS级别的文章也在引用autodock还有vina，对接的准确与否一般是怎么定义的呢? 殷赋科技:这样的
蛋白合成之如何选择平台分析实验数据？
Autodock、Autodock Vina与Dock6A:有没有关于分子对接结果解读之类的文章呢，有些时候结果出来了不会分析不会看。答:《【文献重现】D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式研究》的最后就有分析，解读无非就是看图说话，再结合一些实验数据、相关文献进行拓展。A:dock6也是
蛋白合成交流群之如何选择平台分析实验数据
Autodock、Autodock Vina与Dock6 A:有没有关于分子对接结果解读之类的文章呢，有些时候结果出来了不会分析不会看。 殷赋科技:《【文献重现】D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式研究》的最后就有分析，解读无非就是看图说话，再结合一些实验数据、相关文献
蛋白合成交流之如何从数据库找合适的化合物？
体系相关A:http://biocomp.chem.uw.edu.pl/CABSdock/这个网站的结果怎么比较啊?答:我还没用过呢，只是在网上搜索到的。你那计算完了，有什么结果啊?A:答:没有打分之类的东西?A:只给了结果，但没看到这样排序的依据。答:应该是最上面的是最合适的，那你下载下来就可以用
蛋白合成微信学术交流之如何从数据库找合适的化合物
体系相关 A:http://biocomp.chem.uw.edu.pl/CABSdock/这个网站的结果怎么比较啊? 殷赋科技:我还没用过呢，只是在网上搜索到的。你那计算完了，有什么结果啊? A: 殷赋科技:没有打分之类的东西? A:只给了结果，但没看到这样排序
靶标预测
靶标预测A:有什么简单的方法可以通过化合物的结构式预测该化合物可能的药理毒理作用么，比如抗肿瘤，抗炎，抗神经等等。B:反向找靶。A:那就复杂咯，想简单点，然后去做细胞实验验证。想着是不是可以通过计算机来预测哈子。C:反向对接。D:直接做激酶谱不就行了。E:多糖类药物可以做这个激酶谱吗?F:激酶谱 一
微信学术交流群之靶标预测
靶标预测 A:有什么简单的方法可以通过化合物的结构式预测该化合物可能的药理毒理作用么，比如抗肿瘤，抗炎，抗神经等等。 B:反向找靶。 A:那就复杂咯，想简单点，然后去做细胞实验验证。想着是不是可以通过计算机来预测哈子。 C:反向对接。 D:直接做激酶谱不就行了。
来了！复旦大学药学院团队手把手教您药物设计
2025年7月23-26日，陶术特邀 复旦大学药学院人工智能药物设计团队 授课的第四期药物设计培训班将在上海丽昂豪生大酒店正式开班！培训班师资队伍内容强大，三位老师均为药物分子设计领域的资深研究者，理论基础深厚且教学经验丰富。他( 她)们将带领学员系统地、全面的学习分子对接、虚拟筛选、大分子相互作用
如何处理对接时候的蛋白自带小分子
想加入微信学术交流群的朋友，请在公众号首页输入“加群”，验证后入群。 殷赋云平台-分子对接方案，智能化预测蛋白质、多肽、核酸与小分子间的相互作用，识别文末二维码了解更多！ 1 A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢? 殷赋科技：对接时并不需要这些小分子，其用途
如何处理对接时候的蛋白自带小分子？
1A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢?答：对接时并不需要这些小分子，其用途只有一个——帮助定位口袋。因此，保存你需要的小分子，其他清除掉。但有一种情况例外，辅酶分子或类似作用的分子应当保留在受体中，因为它将作为受体的一部分与配体产生相互作用。A：有的还带有金属离子~ 是不是也应该保留。
关于蛋白与分子的结合的讨论
Docking相关A:新手想问一下，docking结果怎么判断小分子和蛋白产生了结合呀，形成了疏水键或氢键吗?B:打分越低越好，一般会设置一个已知的配体用来做参照，或者说用来检验参数是否合理。A:我是选择了有配体的蛋白，处理了蛋白和分子后进行docking，得到这个结果。B:只要比这个配体的打分低，
关于蛋白的处理（二）
G:不知道具体的结合位点?A:我就选中的原来配体设定的半径。H:原来的配体就是活性位点，一般半径设置10左右吧，半径太大的话对接时间会长，另外结果不准确，当然半径太小会对接不进去，可以适当调整。A:你好，我看教程也是说半径设为10但是10的话我看无法全部包括原来的配体分子啊。H:你可以适当增大，12
化合物活性预测相关知识问答
Docking相关 A:新手想问一下，docking结果怎么判断小分子和蛋白产生了结合呀，形成了疏水键或氢键吗? B:打分越低越好，一般会设置一个已知的配体用来做参照，或者说用来检验参数是否合理。 A:我是选择了有配体的蛋白，处理了蛋白和分子后进行docking，得到这个结果。
关于蛋白与分子的结合在微信学术群里的讨论结果
Docking相关 A:新手想问一下，docking结果怎么判断小分子和蛋白产生了结合呀，形成了疏水键或氢键吗? B:打分越低越好，一般会设置一个已知的配体用来做参照，或者说用来检验参数是否合理。 A:我是选择了有配体的蛋白，处理了蛋白和分子后进行docking，得到这个结果
微信学术交流群之关于蛋白的处理
Docking A:用的cdocker将晶体复合物的配体对接回原来的蛋白质重合度不好啊，rmsd也比较高，请问大家对接时受体蛋白加力场吗? B:参数没设置好吧。 C:要分析原因哦。 (1)是所有对接计算出来的pose都不好? (2) 还是打分最好的那个不好，打分差
主要分子对接软件功能特点介绍
DOCKDock是应用最广泛的分子对接软件之一，由Kuntz课题组开发。Dock应用半柔性对接方法，固定小分子的键长和键角，将小分子配体拆分成若干刚性片断，根据受体表面的几何性质，将小分子的刚性片断重新组合，进行构像搜索。在能量计算方面，Dock考虑了静电相互作用、范德华力等非键相互作用，在进行构像
新污染物的潜在内分泌干扰效应预测
近日，南京理工大学的杨先海副教授团队在Frontiers of Environmental Science & Engineering期刊第18卷第11期上发表了题为“Binding interaction of typical emerging contaminants on Gobiocypri
化合物虚拟筛选平台技术交流问答
虚拟筛选相关A:问一下，贵公司有没有关于虚拟筛选的在线培训课程?小殷 :没有呢。不过今年平台会上线虚拟筛选功能，届时会针对此功能进行免费培训。A :哦哦，之前看过公众号的教程，哈哈哈，但是想系统学一下如何选择和使用分子库。殷赋科技 : 分子库大多使用商业库，主要看你们经费条件。尽量选择结构多样性良好
预测蛋白相互作用软件的学术交流记录
A:想请问一下预测两个蛋白之间的相互作用有什么方法吗?殷赋科技:用蛋白-蛋白对接方法。蛋白-蛋白对接有好多软件都可以做，比如ZDOCK(Discovery Studio里边也整合了这个软件)、Hex、Rosetta。我们平台将来也会上线这个功能。B:请问一下大家，做分子对接是怎么收费的呀?殷赋科技：
有关氘灯能量不足的探讨
氘灯的技术性能指标通常包括氘灯能量、噪音、漂移这三个重要的指标，其中，对于最终的用户来说，可能碰到的最多的问题就集中在氘灯能量上，在过去几年的氘灯销售过程中，经常碰到购买新灯的客户反映氘灯的能量不足或者仪器自检测不能通过，后来通过反复的确认和对比，发现其实绝大多数的情况下，最终都不是氘灯的问题，因此
预测蛋白相互作用软件的学术交流记录
A:想请问一下预测两个蛋白之间的相互作用有什么方法吗? 殷赋科技:用蛋白-蛋白对接方法。蛋白-蛋白对接有好多软件都可以做，比如ZDOCK(Discovery Studio里边也整合了这个软件)、Hex、Rosetta。我们平台将来也会上线这个功能。 B:请问一下大家，做分子对接是怎么
涂片检查淋球菌有关问题的探讨
近年来，性病在我国又死灰复燃，逐年增多，而引起医务人员高度重视，淋病的诊断依据主要为病史，症状及实验室检查，当前实验室检查主要是直接涂片查菌及培养，目前我院仍将直接涂片查菌列为淋病诊断的常规项目，鉴于此，我现将淋病涂片检查的有关问题简述如下： 1 涂片查菌的临床意义 1.1 对男性淋病性尿道炎(尤
水中总氮测定有关问题的探讨
总氮是指水中氨氮，亚硝酸盐氮，硝酸盐氮和有机氮之和的总称，其结果反映了水体受污染和富营养化的程度，因此总氮的测定被列为水环境监测的重要指标之一。目前国内外监测总氮的方法很多，主要有消解过程的库伦法，微波消解法，过硫酸钾消解法等，测定过程的离子色谱法，比色法，紫外分光光度法和化学发光法。国标GB1
分子对接计算中如何确定对接口袋？（三）
在殷赋云计算平台上定义对接口袋说了这么多，分子对接中使用游离蛋白作为受体时，又该如何定义对接口袋呢？计算平台为我们提供了三种定义口袋的方式，对于复合物蛋白，可以通过“选择文件”选择之前就提取出来的配体分子进行定义（详见平台教程，在微信公众号首页回复“计算教程”即可获得下载链接）；对于游离蛋白，可通过
有关化合物靶点的活性验证探讨
1 A:我设计的靶点化合物已经测完细胞活性，除了需要买蛋白回来测活性以外，还有没有什么替代的方法来验证活性? B:你可以用生物物理的方法做亲和力测试，或者生物化学的方法做酶的抑制率和IC50(如果你是要研究抑制剂的话)。 C:你要明确你的靶点，最好有这个靶点现有药物的构效关系
有关化合物靶点的活性验证探讨
1A:我设计的靶点化合物已经测完细胞活性，除了需要买蛋白回来测活性以外，还有没有什么替代的方法来验证活性?B:你可以用生物物理的方法做亲和力测试，或者生物化学的方法做酶的抑制率和IC50(如果你是要研究抑制剂的话)。C:你要明确你的靶点，最好有这个靶点现有药物的构效关系或者药效团，然后再做结构改造，
有关“食品添加剂”质量标准问题的探讨
众所周知，食品添加剂是食品工业中不可缺少的重要元素，其产品质量的优劣直接影响到食品的卫生安全和感官品质。 长期以来，国家有关机构对食品添加剂的监督和管理的力度不够，社会上比较关注食品添加剂品种的安全性及在食品中添加限量问题，而不重视添加剂本身的质量。 随着食品添加剂在食品工业发展中的
－UCSF：如何打破临床基因测序“死循环”僵局？
近日，加州大学旧金山分校（University of California San Francisco, UCSF）表示，他们与硅谷创业公司Syapse正在合作一个项目。利用Syapse公司的技术，加州大学准备筹建一个遗传数据库，存储各种转移性癌症样本及病人临床信息，以期为今后癌症治疗提供指导。
分子对接技术研究D7152441－抑制剂与PB2蛋白的结合模式－二
6、 提交计算任务Dock6方案为我们提供了多种对接计算模式，这里稍微解释一下。在各种模式中，蛋白受体都是刚性不动的。因为Dock6的Grid算法实际上并非直接采用蛋白结构进行对接，而是采用其模型（正是前面生成的格点）。根据配体运动的方式，分为下面几种情况：1） 柔性配体对接，即配体在对接过程中是柔