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iTRAQ技术研究植物胁迫

Comparativeproteomic analysis of the shoot apical meristem in maize between aZmCCT-associated near-isogenic line and its recurrent parent.文献来源:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27468931研究背景:ZmCCT,是影响植物光周期反应非常重要的一个基因。对于玉米而言,长期光照会延迟其开花的时间。本篇文章是在蛋白质组学层面探讨一下玉米种光照周期性的分子机制。样本来源:顶端分生组织(SAM),来源于ZmCCT-positive株系NIL-cml vs. ZmCCT-negative株系H4技术路线:iTRAQ,三个生物学重复研究结果:1. 共鉴定出5259个蛋白质,386个差异蛋白质。这些差异......阅读全文

蛋白质定量技术――iTRAQ

摘要:同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)技术是近年来最新开发的一种新的蛋白质组学定量研究技术,具有较好的定量效果、较高的重复性,并可对多达四种不同样本同时进行定量分析。研究人员采用iTRAQ蛋白质定量技术加速蛋白质的定量研究,当然这门新兴的工具仍然需要进一步的完善。  &nb

iTRAQ技术常见问题与答疑

1、什么是iTRAQ?    iTRAQ技术,即同位素相对标记与绝对定量技术。该技术可对复杂样本、细胞器、细胞裂解液等样本进行相对和绝对定量研究,具有较好的定量效果、较高的重复性。由于其能够同时对多达8种样品进行标记分析,故在生命科学的各个领域得到了广泛的应用。2、iT

iTRAQ蛋白质组学研究原理、优势及实验流程介绍

  大家好,我是黄博,吉凯一小兵,蛋白质组学实验狗。今天的故事是一个作文从没及格过的闷骚理科男(我一直是这么定位自己的)是如何被陈博内个大尾巴狼生生逼来写文章的故事,真的是有血、有泪、有shi!情节需要,中间可能会穿插一些技术方面的内容,请各位自动忽略。   那是一个月黑风高的晚上,本人和大尾巴狼

李春波博士:差异蛋白质组学研究的利器

  2013年12月8日,第四十期质谱沙龙活动在北京朝阳医院顺利举办,来自北京师范大学、北京朝阳医院、中科院微生物所、空军总医院的百余名专家学者齐聚一堂共同参加了此次沙龙活动。AB SCIEX公司市场部 李春波

蛋白质组质谱新方法一览

2003年人类基因组精细图绘制完成,是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥?因为中心法则告诉我们,基因的产物——蛋白质,是生命活动的最终执行者。与基因组类比,研究生物体内全套蛋白质的科学,就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年,人类蛋白质组计划启动,令人激动

蛋白质组学几种定量方法的案例解读

   上期分享的蛋白组学内容,是不是有些小伙伴还绕在云里雾里呀?这次,小编用实例说话,帮您梳理清楚。   一、Label-free定量    Label-free定量,顾名思义就是不需要对比较样本做特定标记处理,只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化

质谱沙龙第十五期活动报道

    2008年12月21日下午,质谱沙龙第十五期活动在第二炮兵总医院远程会诊中心会议室举行。来自发酵研究院、清华大学、二炮总医院、朝阳医院、北大医学院、北医三院、安贞医院、解放军307医院、中科院植物所、AB公司的各位专家、老师、学生20余人。  

iTRAQ蛋白质组学研究原理、优势及实验流程(二)

“那iTRAQ的原理是什么,有哪些优势?”“iTRAQ(Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation)技术由美国AB SCIEX公司研发,最早于2004年美国质谱年会上被提出,是一种基于体外等重同位素标记的相对定量技术。该技术利用同

免疫方向研究思路

在“蛋白组学在临床科研中的应用”这一系列的文章中,我们分享了眼科、内分泌、心血管、神经等方面的研究思路。今天我们来介绍一个非常重要的,并且离不开蛋白质组学研究的一个学科——免疫方向的科研套路,哦不,是思路。话不多说,满满干货! 第一篇,    &nb

免疫方向研究思路精选!

  在“蛋白组学在临床科研中的应用”这一系列的文章中,我们分享了眼科、内分泌、心血管、神经等方面的研究思路。今天我们来介绍一个非常重要的,并且离不开蛋白质组学研究的一个学科——免疫方向的科研套路,哦不,是思路。   话不多说,满满干货!   第一篇, 强直性脊椎炎   杂志:Cts-Cli

探寻肿瘤标志物

肿瘤标志物是能够反映肿瘤存在的化学物质,其存在或量变可提示肿瘤的性质,借此了解肿瘤的组织发生、细胞分化、细胞功能,帮助肿瘤的诊断、分类、预后判断以及治疗指导。本文介绍了应用iTRAQ试剂和MALDI-TOF/TOF找寻退行性神经间质瘤生物标志物的方法。 本实验旨在应用iTRAQ试剂和MAL

免疫方向研究思路精选!

  在“蛋白组学在临床科研中的应用”这一系列的文章中,我们分享了眼科、内分泌、心血管、神经等方面的研究思路。今天我们来介绍一个非常重要的,并且离不开蛋白质组学研究的一个学科——免疫方向的科研套路,哦不,是思路。   话不多说,满满干货!   第一篇, 强直性脊椎炎   杂志:Cts-Cli

蛋白质组学研究选材四大原则

中国饮食文化博大精深,《舌尖上的中国》向世界展示了我们这个完美的吃货民族。一道成功佳肴,食材挑选有着非常严格的标准。在医学基础研究领域,实验与做菜亦有共通之处,做饭时如果偷懒,用煮过面条的汤煮馄饨,馄饨的卖相口感观感都大为降低。实验也如此,一是一,二是二,必要精确审慎,更不可以偷懒,变通条件。偷工减

蛋白质组学的临床科研解决方案-心血管篇

  根据世界卫生组织发布的数据,心血管疾病一直是人类健康的“第一杀手”,但是相比于各种恶性肿瘤,这个“杀手”在科研领域却低调很多。究其原因,没有细胞模型,动物模型并不能完美的模拟心血管疾病发生发展的过程等等,都导致了心血管疾病的基础科研相对薄弱。但是对于临床医生,除去关心机制,我们更应该通过科研去解

蛋白质组学相关问题与解答

  1.为什么通过elisa、WB能检测到的蛋白在itraq实验中没有检测到?    人血浆中的蛋白是有上万种的,而一般质谱只能检测到五六百种,也就是说只占了其中的百分之几,这是普遍现象,说明咱们的方法是不存在问题的;其次,ELISA/WB与质谱相对来说灵敏度不一样,前者具有放大效应,因为其间会用

蛋白质组学的临床科研解决方案-心血管篇

  根据世界卫生组织发布的数据,心血管疾病一直是人类健康的“第一杀手”,但是相比于各种恶性肿瘤,这个“杀手”在科研领域却低调很多。究其原因,没有细胞模型,动物模型并不能完美的模拟心血管疾病发生发展的过程等等,都导致了心血管疾病的基础科研相对薄弱。但是对于临床医生,除去关心机制,我们更应该通过科研去解

蛋白质组学的临床科研解决方案-心血管篇

根据世界卫生组织发布的数据,心血管疾病一直是人类健康的“第一杀手”,但是相比于各种恶性肿瘤,这个“杀手”在科研领域却低调很多。究其原因,没有细胞模型,动物模型并不能完美的模拟心血管疾病发生发展的过程等等,都导致了心血管疾病的基础科研相对薄弱。但是对于临床医生,除去关心机制,我们更应该通过科研去解决临

蛋白质组和磷酸化蛋白质组联合分析慢性肾病并发高血压

  慢性肾病病人一般会出现很多的并发症,其中大多数肾损伤晚期病人都患有严重的高血压。盐是慢性肾病和高血压发病的主要致病因素之一,但其中的病理机制仍然不清楚。本文利用蛋白质组和磷酸化蛋白质组联合分析的技术,对慢性肾病并发高血压的病理机制进行了全面系统性的分析。   Proteomic and p

蛋白质组和磷酸化蛋白质组联合分析慢性肾病并发高血压

  慢性肾病病人一般会出现很多的并发症,其中大多数肾损伤晚期病人都患有严重的高血压。盐是慢性肾病和高血压发病的主要致病因素之一,但其中的病理机制仍然不清楚。本文利用蛋白质组和磷酸化蛋白质组联合分析的技术,对慢性肾病并发高血压的病理机制进行了全面系统性的分析。   Proteomic and p

质谱技术助力全新定量蛋白质组数据差异分析计算模型

  8月13日,国际学术期刊Cell Discovery 在线发表了中国科学院上海营养与健康研究所中科院计算生物学重点实验室(马普计算生物学研究所)邵振课题组研究论文“MAP: model-based analysis of proteomic data to detect proteins wit

定量蛋白质组学方法分类

1 背景和意义从生命活动的直接执行者——蛋白质的角度研究生命现象和规律(特别是疾病防治和病理研究)已成为研究生命科学的主要手段。而这些研究往往离不开对细胞、组织或器官中含有蛋白质种类和表达量的研究。对处不同时期、不同条件下蛋白质表达水平变化的研究,识别功能模块和路径,监控疾病的生物标志物,这些研究都

蛋白质组学几种定量方法的案例解读(一)

一、Label-free定量Label-free定量,顾名思义就是不需要对比较样本做特定标记处理,只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化,通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的质谱数据。Label-free技术又可分为基于谱图数(Spectra Co

蛋白质组学发文章的四重境界(二)

译文:细胞+基因芯片+iTRAQ+WB+功能验证。遥想当初,很多老师意气风发砸钱做芯片,数据堆积如山,一脸懵逼。然而如今世风日下,基因芯片灌水发文章很难上5分,怎么将课题继续下去?其实芯片数据结合蛋白质组学可以玩出新花样,比如下面这篇:Cheng DD, Yu T, et al. MiR-542-5

AB Sciex视频讲座“AB Sciex 电喷雾质谱在蛋白质组学中的应用”

  4月12日,AB Sciex 公司在分析测试百科网成功举办了题为“AB Sciex 电喷雾质谱在蛋白质组学中的应用”的网络视频讲座。AB Sciex 亚太应用支持中心的靳文海博士首先为大家简单介绍了蛋白质组学和质谱技术发展方向,接下来重

形形色色的蛋白标签(二)

  体内标记   对于in vivo标记,人们通常用化学标记的营养物喂养细胞,让它们掺入新合成的蛋白、核酸或代谢物。之后收获细胞,分离出这些分子,从整体上查看细胞行为,或利用抗体或其他捕获试剂来研究某个蛋白。   蛋白质组研究人员常用的方法是SILAC,即细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记。两

定量蛋白质组表达谱分析技术---iTRAQ/TMT

  iTRAQ(Isobaric Tag for Relative Absolute Quantitation)和TMT(Tandem Mass Tags)技术是分别由美国AB Sciex公司和Thermo公司研发的多肽体外标记定量技术。这两种技术采用2-10种稳定同位素标签,通过特异性 标记多肽的

陈大雄最新研究:唐人街为什么不叫华人街

  我是陈大雄,生物狗一枚,实验之余最大的乐趣是看电影。最近我有个疑问:  国外很多城市有专门的华人聚集点,称之为唐人街。  那么,为什么要叫"唐"人街,而不叫华人街、秦人街?  有一种常见的说法是:  唐朝当时实在是太牛X了,发展太猛了。  老外们一个个都懵逼了,甚至到了明朝,  国外还把和中国有

蛋白质组学之逆袭,深度注释基因组

  申请课题缺创新点?撰写论文没思路?急着毕业时间紧?别怕,对于吉凯,一切都是套路!更有甚者,对于宇宙终极难题:“屌丝如何逆袭白富美?”老司机黄博也有一套经典案例分享给大家。   从前,在生物学研究领域,有一个白富美叫基因组学(Genomics),她有一项强大的技能:DNA测序,凭借这项技能,她完

大样本量SNP鉴定神器MassARRAY之技术特点、实验流程

  老美大当家的奥大叔似乎并不愿悄悄离去,在其任期最后一年又搞了个大动作。年初,奥叔在对国会发表的国情咨文中宣布将发起一项寻找癌症治愈疗法的“登月计划”,并任命二当家的拜登为该项目负责人。此外还有两项分别由个人(陈颂雄)和医院(美国MD安德森癌症中心)发起的癌症“登月计划”,可见老美此次是倾全国之力

基于iTRAQ技术鉴定梭子蟹中与生长相关的差异表达蛋白

  梭子蟹广泛分布在韩国,日本,中国和东南亚的沿海水域。这种物种栖息在河口和沿海水域。 在中国,它是一种主要的食用蟹种和重要的渔业资源,也是中国重要的养殖物种。目前关于梭子蟹的研究已经很广泛,但关于其遗传背景信息的研究亟待深入。目前为止,关于梭子蟹蛋白质组学的研究比较少。  在这项研究中,中国水产科