科学家构建首个油菜基因转录数据库
近日，中国农业科学院油料作物研究所油料作物基因组学与抗病性改良创新团队破译了油菜基因组的全转录信息密码，构建了油菜十万余个基因的转录全景图，使得油菜基因功能研究第一次有了标准的可参考的基因转录数据库，将有力支撑油菜功能基因的相关研究。该项研究成果在线发表在《植物学报（The Plant Journal）》上。 据团队首席科学家刘胜毅研究员介绍，油菜基因组包含约12亿个碱基和十余万个基因，如何解读这些海量的基因组信息成为功能基因研究的重要任务。根据中心法则，基因通过转录形成mRNA再翻译成蛋白质。由于基因的转录通常存在多种可变的剪切方式，从而一个基因可以形成许多种不同的mRNA。此前，由于技术和资源的限制，油菜一直缺乏全基因组水平所有基因的转录mRNA数据库，导致油菜基因功能研究缺乏可查询和可参考的基因注释信息。为了突破这一瓶颈，该团队采用最新的三代测序技术准确测定了油菜全长转录组，并自主开发了一套用于多倍体油菜复杂基因......阅读全文
科学家构建首个油菜基因转录数据库
近日，中国农业科学院油料作物研究所油料作物基因组学与抗病性改良创新团队破译了油菜基因组的全转录信息密码，构建了油菜十万余个基因的转录全景图，使得油菜基因功能研究第一次有了标准的可参考的基因转录数据库，将有力支撑油菜功能基因的相关研究。该项研究成果在线发表在《植物学报（The Plant Jour
成都生物所研究构建易变山羊草首个转录组数据库
易变山羊草(2n=4x=28, UUSvSv, Ae. variabilis syn. Triticum peregrinum (Hack In J. Fraser) Marie & Hackel)是小麦的近缘物种，与小麦进行远源杂交时可产生可育后代，是小麦育种改良的重要资源。人们除了从
多组学数据库“齐聚荟”－助力油菜“全能”竞技
油菜产业集观赏、蜜源、生态、经济作物等多种功能于一身，是新兴的“全能选手”。围绕油菜，我国科学家近年来实现了从理论、技术、产品到转化的链式创新，推动了我国油菜基础研究与应用步入世界第一方阵。 然而，如何将基础研究中长期积累的资源和多组学数据优势转化成育种优势，仍是当前乃至未来很长一段时期油
南京农大构建世界首个植物重复基因数据库
图片说明：植物界不同类型重复基因含量分布及其随时间变化规律 2月21日，南京农业大学园艺学院教授张绍铃团队在国际著名学术期刊Genome Biology在线发表研究论文，系统鉴定了梨等141种植物基因组中不同类型重复基因，构建世界首个植物重复基因数据库，揭示重复基因进化的普遍规律。 植物在千百年
北京基因组所构建出多物种转录图谱综合数据库
随着高通量测序技术的发展，转录组测序（RNA-seq）已成为系统研究基因转录及转录后水平调控状态的常规方法，并在多个物种中得到广泛应用。海量转录组数据以前所未有的速度产生，以数据驱动为导向的大规模数据整合、挖掘与解析面临挑战。为更充分展现转录组数据蕴含的丰富信息，服务生物医学基础研究领域需求，构
中国科学家构建首个创伤后应激障碍遗传学数据库
创伤后应激障碍(Posttraumatic stress disorder，PTSD)发生在创伤事件暴露后，是具有复杂病因的综合征。美国2013年公布的第五版《精神障碍诊断与统计手册》中，PTSD已从“焦虑障碍”组移到新的分组“创伤和应激相关障碍”中。经历创伤事件是罹患PTSD的必要条件之一，关
南京农业大Genome－Biology构建世界首个植物重复基因数据库
以往的研究发现，有的植物有复制自己基因的功能，即通过不同类型复制方式产生一个与原基因序列相同的新基因。基因复制产生的两个同源基因称为重复基因或“姊妹基因”。近年来，随着测序技术的不断升级和测序成本的大幅度降低，越来越多的植物基因组被破译。 植物在千百年的进化中，怎样变得越来越多姿多彩？一个重要
科学家构建出中国种子性状数据库
植物性状是表征环境适应策略与资源分配模式的关键指标，为理解物种分布、群落构建及生态系统功能提供了重要基础。近年来，全球及区域尺度的植物性状数据库不断完善，推动了宏观生态学、功能生态学及生物多样性保护等领域的发展。然而，现有数据库主要聚焦于叶片等生长器官，种子、果实等繁殖器官的记录相对不足，形成显著的
国际首个双生病毒—植物—昆虫数据库构建成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/3/497155.shtm近日，中国农业科学院植物保护研究所作物病原生物功能基因组研究创新团队联合国内其他科研单位，构建了国际首个双生病毒—植物—昆虫数据库。该数据库提供了最完整的双生病毒、寄主植物、传毒介体，
科学家构建空间转录组测序新方法
中科院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾课题组新近创立了一种技术方法，可以获得具有空间位置信息的少量细胞转录组图谱。相关研究成果日前在线发表于《自然—实验室指南》。 无论是体内组织还是体外细胞系，不同细胞之间都存在着差异性，即细胞的异质性。细胞的异质性对解释肿瘤的发生、干细胞或前体细胞的多能性与
首个草鱼肠道微生物基因目录构建
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/515836.shtm10日，记者从中国农业科学院获悉，该院饲料研究所水产微生物与饲料创新团队成功构建了首个草鱼肠道微生物基因目录。该成果日前发表于国际期刊《微生物组》。肠道菌群在鱼类的新陈代谢过程和免疫系
科学家构建小麦籽粒发育中的转录调控图谱
近日，中国农业科学院作物科学研究所研究员路则府团队在《生物技术通报（英文）》（aBIOTECH）发表了文章，构建了小麦籽粒发育不同阶段的全基因组染色质开放图谱以及基因表达图谱，并对小麦籽粒发育中关键转录因子的调控网络进行了解析，揭示了小麦籽粒发育中亚基因组的分化调控，同时发掘了共调控淀粉与蛋白合成的
植物中首个多物种参考面板的综合数据库构建成功
11月2日，华中农业大学信息学院生物信息团队在《核酸研究》发表研究成果，通过收集包括水稻，玉米、小麦、油菜和棉花等12个重要农作物的遗传变异信息，构建了植物中首个多物种的高质量遗传参考变异库，为植物遗传育种研究提供了宝贵资源。 基因型填充是根据参考面板（又译参考集）中的单体型和基因型对目标样
科学家揭示基因转录终止机制
DNA是遗传信息的载体，遗传信息通过转录从DNA传递到RNA，随后通过翻译解码成蛋白质。基因是DNA遗传信息的编码单元，基因的正确解码需要执行基因转录的RNA聚合酶严谨识别基因的的起始序列（启动子）和终止序列（终止子）。转录终止过程发生异常会干扰下游基因的表达，影响DNA复制，破坏基因组稳定性等。
科学家合作构建再生生物学多组学数据库
随着细胞重编程、基因编辑、合成生物学、高通量测序等技术的快速发展，再生生物学进入前所未有的蓬勃发展时期，助力解决组织替代、功能修复、衰老干预、疾病治疗等一系列生命医学领域的重要科学难题。面对科学数据的爆炸式增长，亟需建立以再生生物学为核心的开放数据库，以存储世界范围内的组学研究数据为基础，推动再
华大基因构建全球首个小鼠肠道微生物参考基因集
2015年9月28日，中国深圳—深圳华大基因研究院、哥本哈根大学等研究机构共同构建了全球首个小鼠肠道微生物参考基因集，为以小鼠为基础的人类疾病模型研究提供有益参考。最新研究成果今日在线发表于《自然生物技术》。 人类的肠道中居住着种类繁多，数量惊人的微生物，而在这些微生物中，细菌的比例高达90%
我国科学家自主构建首个人类二倍体完整基因组
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/7/505122.shtm
中国科学家建立全球首个冰川微生物数据库
青藏高原被称为世界“第三极”和“亚洲水塔”。除南北极外，它是全球最大的冰川分布区，现有冰川2万条以上，面积超过2万平方公里，也是我国及亚洲20亿人赖以生存的十多条大江大河的源头。青藏高原冰川是微生物的天然存储器，封存了不同历史时期的微生物。 现在，中国科学家构建的全球首个青藏高原冰川微生物
中国科学家建立全球首个冰川微生物数据库
青藏高原被称为世界“第三极”和“亚洲水塔”。除南北极外，它是全球最大的冰川分布区，现有冰川2万条以上，面积超过2万平方公里，也是我国及亚洲20亿人赖以生存的十多条大江大河的源头。青藏高原冰川是微生物的天然存储器，封存了不同历史时期的微生物。 现在，中国科学家构建的
北京基因组所构建完成质体基因组结构变异数据库
多相催化是实现高效定向化学转化的关键技术，其中的一个重要基础科学问题是如何通过精确设计和调控催化活性位结构及所在环境，从而强化其定向催化功能并创造新型高效催化剂。近日，中国科学技术大学熊宇杰教授课题组和江俊教授课题组继在电催化体系中提出表面极化概念后,再次通过与黄伟新教授课题组合作，证实界面极化
芥菜型油菜种皮转录组De－Novo拼接及类黄酮生物合成基因
芥菜型油菜作为一种广泛种植的作物，能产生不同颜色的种子。种子的着色是由于内皮细胞原花色素（proanthocyanidins，PA）的沉积，该终产物是通过一条类黄酮化合物合成的途径形成。为了进一步了解芥菜型油菜种子着色的基因信号网络，研究者采用Illumina/Solexa测序平台检测近交系黄
首个草鱼肠道微生物基因目录构建成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516186.shtm近日，中国农业科学院饲料研究所水产微生物与饲料创新团队构建了首个草鱼肠道微生物基因目录，并解析了草鱼肠道微生物组的主要互作模式和功能特征，为鱼类肠道菌群调控提供了理论基础。相关研究成果
油菜一花可多用－科学家正研究“板蓝根油菜”
新华社长沙3月17日电（记者白田田）又是一年油菜花开，人们在乡村欣赏花海美景时，很多人不知道油菜全身都是宝，如今科学家们正在研究“板蓝根油菜”等新品种，延伸油菜产业价值链条。3月17日，首届湖南油菜花节在衡阳县启动，现场举办了油菜文化展览、榨油演示等活动，吸引了大量游客。油菜科研领域的多位院士和知
抗性基因助力油菜“抗癌”
冬种“一粒籽”，夏获“万斤油”。油菜是我国最重要的油料作物之一，其所产菜籽油是国产植物油的第一大来源，在我国食用油市场种具有举足轻重的地位。 而菌核病是我国油菜主产区的最主要病害，也被称作油菜“癌症”，严重影响油菜高产稳产和菜籽油品质。因此，提高油菜菌核病抗性，已然成为当前比较重要且迫切的育种
抗性基因助力油菜“抗癌”
冬种“一粒籽”，夏获“万斤油”。油菜是我国最重要的油料作物之一，其所产菜籽油是国产植物油的第一大来源，在我国食用油市场种具有举足轻重的地位。而菌核病是我国油菜主产区的最主要病害，也被称作油菜“癌症”，严重影响油菜高产稳产和菜籽油品质。因此，提高油菜菌核病抗性，已然成为当前比较重要且迫切的育种目标之一
科学家搭建草莓基因组数据库
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/3/454861.shtm 草莓为蔷薇科草莓属，因芳香多汁、营养丰富受到喜爱，在全国各地均可种植。栽培草莓为异源多倍体，基因组复杂，杂合度高。 2019年，《自然—遗传学》发表了利用三代测序数据组装的高
中国农科院构建出首个玉米全节间时空特异转录调控网络
CYP90D1（ZmD1）调控玉米节间发育和茎秆长度。中国农科院供图近日，中国农业科学院生物技术研究所玉米功能基因组团队和作物代谢调控与营养强化团队合作研究，构建出首个玉米全节间时空特异转录调控网络，发掘和解析了关键基因CYP90D1调控玉米节间发育的分子机制，揭示了调控玉米节间发育的基因表达新模式
我国发布首个柑桔全基因组变异数据库
近日，《园艺研究》（Horticulture Research）在线发表了中国农业科学院柑桔研究所构建完成的柑桔全基因组变异数据库CitGVD（http://citgvd.cric.cn/home），这是第一个园艺类作物全基因组变异数据库。 柑桔是全世界最重要的商业水果作物之一。当前，柑桔类物
华中农大建成全球首个水稻基因索引数据库
华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室、湖北洪山实验室张建伟教授课题组近日发表最新研究成果，他们建成世界上首个基于同源基因的水稻泛基因组综合数据库——水稻基因索引数据库。据介绍，这个数据库如同一本近义词词典。在数据库里，亚洲稻的每一个基因都能轻松找到同源或相近的基因，以及追踪其演变历史。目前，数据库
华中农大建成全球首个水稻基因索引数据库
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/4/498200.shtm 华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室、湖北洪山实验室张建伟教授课题组近日发表最新研究成果，他们建成世界上首个基于同源基因的水稻泛基因组综合数据库——水稻基因索引数据库。 据