分子细胞中心等研发出系统性鉴定siRNA脱靶位点新方法
12月4日，Molecular Therapy–Nucleic Acids在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）吴立刚研究组，上海市计划生育科学研究所李卫华研究组与扬州大学赵雅研究组合作的研究成果Identifying Cleaved and Noncleaved Targets of Small Interfering RNAs and MicroRNAs in Mammalian Cells by SpyCLIP。该研究运用自主研发的SpyCLIP技术，对野生型和切割活性缺失的miRNA/siRNA效应器蛋白AGO2平行进行SpyCLIP建库测序，在全基因组层面准确、高效地鉴定出siRNA、miRNA的切割活性以及非切割活性作用位点，为降低siRNA药物的潜在脱靶风险，改进siRNA的设计规则提供了强有力的手段。 2018年8月，美国食品药品监督管理局批准了siRNA药物ONPATT......阅读全文
Argonaute（AGO）蛋白的结构和功能
Argonaute（AGO）：一类庞大的蛋白质家族，是组成RISCs复合物的主要成员。AGO蛋白质主要包含两个结构域：PAZ和PIWI两个结构域，但具体功能尚不清楚。研究表明，PAZ结构域结合到siRNA 的3’的二核苷酸突出端；一些AGO蛋白质的PIWI结构域赋予slicer以内切酶的活性。PAZ
什么是Argonaute（AGO）？
Argonaute（AGO）：一类庞大的蛋白质家族，是组成RISCs复合物的主要成员。AGO蛋白质主要包含两个结构域：PAZ和PIWI两个结构域，但具体功能尚不清楚。研究表明，PAZ结构域结合到siRNA 的3’的二核苷酸突出端；一些AGO蛋白质的PIWI结构域赋予slicer以内切酶的活性。PAZ
RNA干扰相关知识Argonaute（AGO）
Argonaute（AGO）：一类庞大的蛋白质家族，是组成RISCs复合物的主要成员。AGO蛋白质主要包含两个结构域：PAZ和PIWI两个结构域，但具体功能尚不清楚。研究表明，PAZ结构域结合到siRNA 的3’的二核苷酸突出端；一些AGO蛋白质的PIWI结构域赋予slicer以内切酶的活性。PAZ
关于AGO蛋白质的基本介绍
Argonaute（AGO）：一类庞大的蛋白质家族，是组成RISCs复合物的主要成员。AGO蛋白质主要包含两个结构域：PAZ和PIWI两个结构域，但具体功能尚不清楚。研究表明，PAZ结构域结合到siRNA 的3’的二核苷酸突出端；一些AGO蛋白质的PIWI结构域赋予slicer以内切酶的活性。P
北大等在siRNA抗病毒研究方面获进展
北京大学生命科学学院李毅课题组与美国加州大学河滨分校丁守伟教授合作，近日在美国科学院院刊（PNAS）上发表了题为Virus infection triggers widespread silencing of host genes by a distinct class of endogenou
当外泌体遇上环状RNA（四）
（3）GC来源的外泌体circSHKBP1在体外能促进GC细胞的增殖、迁移和侵袭为了探索circSHKBP1是否影响GC细胞的生物学过程，分析了circSHKBP1在4种人GC细胞系（BGC823、HGC27、AGS和MGC803）和正常胃上皮细胞系GES1中的表达水平。结果表明，circSHKBP
2018国自然研究热点一：环状RNA研究深度剖析
1.环状RNA为什么火？它到底是何方神圣？ 2013年两篇Nature[1][2]文章的出世，彻底颠覆了我们对RNA的传统认知，同时也迅速引爆了整个生物医学界！经过严格统计汇总后，2017年国家自然科学金获批的项目中环状RNA研究相关的项目总数高达176项，其中有两项杰出青年基金，一项优秀
环状RNA研究深度剖析
1.环状RNA为什么火？它到底是何方神圣？ 2013年两篇Nature[1][2]文章的出世，彻底颠覆了我们对RNA的传统认知，同时也迅速引爆了整个生物医学界！经过严格统计汇总后，2017年国家自然科学金获批的项目中环状RNA研究相关的项目总数高达176项，其中有两项杰出青年基金，一项优秀
锐博生物：环状RNA研究的方法及功能作用介绍
锐博生物：环状RNA—隐秘的未知RNA平行宇宙 环状RNA，被喻是隐秘的未知RNA平行宇宙。最近，复旦大学的郑秋鹏博士（2016交流会嘉宾之一）以第一作者身份在Nature Communications上发布了他们关于circHIPK3的最新研究成果。现在就和小编一起来学习circRNA的
武汉病毒所在昆虫RNAi抗病毒免疫研究中获进展
中国科学院武汉病毒研究所/病毒学国家重点实验室研究员周溪团队在昆虫RNAi抗病毒免疫研究方面取得重要进展，揭示依诺沙星（Enoxacin）通过增强昆虫体内的RNAi抗病毒免疫，对多种病毒显示出广谱抗病毒活性。相关研究成果以Enoxacin shows a broad-spectrum antiv
circRNA在胃癌海绵调控机制的应用（二）
3. hsa_circ_0004872作为分子海绵吸附miR-224作者首先通过FISH实验观测到hsa_circ_0004872主要分布在细胞质。然后通过RIP-qPCR验证到hsa_circ_0004872与AGO2蛋白结合，pull down实验显示hsa_circ_0004872与miR-2
利用CRISPR/CAS9对人类干细胞系进行可诱导基因敲除
近日，来自美国威斯康星大学的华人科学家Su-Chun Zhang在国际学术期刊Cell Stem Cell发表了一项最新研究进展，他们利用CRISPR/CAS9技术实现了对人类干细胞系进行可诱导基因敲除，这一方法的成功对于研究基因在干细胞及分化不同阶段中的作用具有重要推动作用。 对基因表达进行
教你轻松玩转环状RNA测序加机制研究（一）
从表达谱至海绵机制完美进阶，教你轻松玩转环状RNA测序加机制研究文章导读：禽白血病病毒J亚群(ALV-J)属于逆转录病毒属，慢病毒亚科的家族成员，可引起禽类多种肿瘤性疾病，如骨髓细胞瘤、肉瘤、血管瘤、肾肿瘤和成红细胞增多症，以及禽类骨髓白血病，导致受感染鸡的高死亡很率。该分散的ALV-J菌株分布广泛
内蒙古大学哈达组：miRNA在大豆感染SMV病毒中的作用
植物通过几种不同的防御机制保护自己免受病毒感染。RNA干扰（RNAi）是一个突出的抗病毒机制，需要AGO（Argonaute）和Dicer / DCL（Dicer-like）蛋白的参与。效应物触发免疫（ETI）是由抗性（R）基因介导的抗病毒机制，其中大部分编码NBS-LRR家族蛋白。microR
揭示糖尿病血小板来源miRNA参与海绵机制介导动...（二）
图5. 荧光定量证实miRNA不管在人源还是鼠源都在糖尿病组中低表达；与靶基因的表达成反比；miRNA低表达促进糖尿病患者血管内膜增生5.构建VSMC损伤修复模型作者首次提出VSMC损伤修复机制模型，机制的参与成员主要包括VSMC、内皮组织和血小板，如下图所示。在未受伤个体中，内皮组织完整，VSMC
锐博生物：环状RNA研究的方法及功能作用介绍
锐博生物：环状RNA—隐秘的未知RNA平行宇宙 环状RNA，被喻是隐秘的未知RNA平行宇宙。最近，复旦大学的郑秋鹏博士（2016交流会嘉宾之一）以第一作者身份在Nature Communications上发布了他们关于circHIPK3的最新研究成果。现在就和小编一起来学习circRNA的
小环状干扰－RNA－(sciRNA)－作为基因沉默的有效治疗平台
为了实现由RNA干扰(RNAi)途径介导的有效的治疗性基因沉默，小干扰RNA (sirna)必须经过化学修饰。一些具有在代谢上稳定sirna潜力的超rna结构已被评估其诱导基因沉默的能力，但所有这些结构都有局限性或尚未在治疗相关的背景下进行探索。共价闭合环状RNA转录本普遍存在于真核生物中，有潜
2013年05月16日《自然》杂志精选
封面故事：透明的大脑 Structural and molecular interrogation of intact biological systems 本期封面所示为完好的小鼠海马体的一个三维图片，它被做成透明的，显示表达eYFP(绿色)、小清蛋白(红色)和胶质细胞原纤维酸性蛋
胞外RNA实现跨物种转移exRNA（二）
02 胞外miRNA进入外泌体的方式对miRNA进行包装并非是随机发生的，而是特定类型的miRNA可能会被优先分配到微泡中。有研究发现，血液细胞和单核淋巴瘤细胞THP1能够主动地、选择性地将miRNA包装到微泡中，响应各种不同的刺激将其分泌到机体循环中。神经酰胺依赖性分泌机制可以诱导核内体转移至胞外
胞外RNA实现跨物种转移exRNA（一）
人类仍然被笼罩在新冠肺炎的阴影之下，没有人能够告诉我们将口罩脱下的明确日子，难以呼吸的困境，让我们对生命和非生命形式的物质进行探索的视野逐渐扩大，新冠疫苗的研发在病毒变异的追赶下面临着极大的挑战，而旧药使用和新药研发也并不轻松，中草药（其中包含有效的miRNA成分）的重要性在此次疫情爆发的过程中逐渐
基于共价连接适合高通量应用的新型高精度CLIP方法
1月31日，国际学术期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表了中国科学院生物化学与细胞生物学研究所吴立刚实验室的研究成果：SpyCLIP: an easy-to-use and high-throughput compatible CLIP platform fo
首次！黄超兰：单碱基分辨率和单细胞层面的精准鉴定
2021年6月10日，北京大学医学部精准医疗多组学研究中心黄超兰团队，与中国科学院生物物理研究所薛愿超团队、广东省第二人民医院孙青原团队，合作在Nature Cell Biology上发表了题为“Global profiling of RNA-binding protein targetsite
用CRISPR构建诱导性基因敲除人类干细胞系
来自威斯康星大学的研究人员报告称，他们开发出了一种新策略来快速构建诱导性基因敲除（iKO）人类多能干细胞（hPSC）系。相关研究论文发布在7月2日的《细胞干细胞》（Cell stem cell）杂志上 威斯康星大学的张素春（Su-Chun Zhang）教授及助理研究员Yuejun Chen是这
中南大学等：用CRISPR构建脑瘤模型的前景
在过去的十年中，我们对于脑瘤已经有了很多了解，例如：科学家发现脑瘤难题的重要部分；但是，仍然有许多亟待解决的问题。脑瘤的病因学尚不清楚，治疗效果仍然较差。因此迫切需要开发一种合适的脑瘤模型，忠实地反映人类脑瘤的病因，并随后为这些疾病获得更有效的治疗方法。 3月14日，国际学术期刊《Oncota
lncRNA功能机制研究（二）
实验路线（1）LINC00346调控胃癌发展的上游机制结果：转录因子KLF5和MYC可与LINC00346启动子结合，并增强其表达a. 转录因子MYC、KLF5和 LINC00346的Oncoprint分析；b. 在含有或未含有胃癌KLF5/ MYC / LINC00346 SCNAs的转录因子
Molecular－Cancer:环状RNA通过经典信号通路抑制肿瘤进展
环状RNA(circRNAs)以单链和共价闭环结构为特征，通常由preRNAs的外显子反向剪接而成。以前，circRNA被认为是低丰度剪接错误的副产品。然而，通过深入的RNA测序和生物信息学，circRNAs已被证明广泛存在于转录本中。大量证据表明，环状RNA(circRNAs)在肿瘤的发生发展
当外泌体遇上环状RNA（二）
（4）circUHRF1通过miR-449c-5p相关途径来抑 制NK细胞功能作者利用生物信息学预测了14个miRNA，在NK-92细胞中进行circUHRF1-RIP以及qPCR，结果表明miR-449c-5p是NK-92细胞中一个与circUHRF1相互作用的miRNA。在NK-92细胞中进行抗
厦大科学家Nature子刊等多篇文章获免疫与癌症研究新进展
生物通报道：厦门大学的韩家淮教授是先天性免疫信号传导领域的世界知名学者，是p38这个进化上保守的应激信号通道的发现者和权威，在细胞坏死的研究上也有引导性工作。近期其研究组与清华大学等处合作，分别获得了p38α在树突状细胞抗原交叉递呈中重要作用，以及miRNA与肠癌相关性的最新进展。 第一篇文章
MCMV和SCMV复合侵染玉米引起玉米组织中siRNAs的积累
RNA沉默是真核生物中调控基因表达的一种保守机制，它在植物生长发育和抗病毒中发挥着重要的作用。RNA病毒进入寄主植物细胞后，其复制中间复合体和单链基因组RNA的高级结构形成的双链RNA可以被寄主植物DCL蛋白识别，加工产生21-24-nt的初级来源于病毒的siRNA（vsiRNA）。初级vsiR
MCMV和SCMV复合侵染玉米引起玉米组织中siRNAs的积累
背景介绍RNA沉默是真核生物中调控基因表达的一种保守机制，它在植物生长发育和抗病毒中发挥着重要的作用。RNA病毒进入寄主植物细胞后，其复制中间复合体和单链基因组RNA的高级结构形成的双链RNA可以被寄主植物DCL蛋白识别，加工产生21-24-nt的初级来源于病毒的siRNA（vsiRNA）。初级vs