首个韩国人基因组图谱绘制成功
据韩国联合通讯报道，韩国研究机构日前宣布，第一个完整的韩国人基因组图谱已经绘制成功。 报道指出，这是人类染色体碱基序列第四次被完整破译，这项成果是由韩国嘉泉医科大学和韩国生命工程研究院的两个研究团队通过共同研究取得的。研究人员宣布，分析测序中使用的基因物质来自于嘉泉医科大学教授金圣镇。 研究的目的是建立韩国人标准染色体数据库。研究人员期待，在染色体碱基序列图谱基础上进一步分析韩国人特有的遗传特性，有助于探明韩国人种发病率较高的遗传性疾病的病因，找到后基因时代的解决办法。 联合通讯社引用研究人员的观点说，对韩国人基因组图谱的初步解读从科学意义上证实了韩国人同中国人和日本人的差异性。染色体碱基序列分析发现，在非洲人、西方人及东方人中，韩国人的基因属于东方人类型，居中国人和日本人之间。以单核苷酸多态性位点（SNP）分析，金圣镇的染色体与美国沃森和中国杨焕明此前发表的染色体序列的差异度分别为0.05%和0.......阅读全文
华大基因、中科院Nature子刊发表新成果
OpGen公司今日宣布，通过利用ARGUS® Whole Genome Mapping System技术结合新一代测序技术(NGS)，生成了首个家山羊(domestic goat)的高质量参考基因组。这一研究是由深圳华大基因研究院和中科院昆明动物研究所领导，相关成果发表在《自然生物技术》
新一代测序技术之三国时代(上):Illumina
【摘要】2005年454公司首推划时代的新一代测序仪，从而引发了测序市场上454、Illumina、ABI等公司在新一代测序技术上的比拼高潮。也正是这种你追我赶，让绘制人类全基因组图谱由过去的耗费4.37亿美元和13年时间，骤然缩短到如今SOLiD 3运行一次即获得50GB可定位测序数据。新一代测序
OPGEN全基因组图谱应用系列——鞭虫全基因组测序
鞭虫是一种常见的土壤传播寄生虫，地理分布广，感染率高，寄生于人体盲肠，导致人体慢性感染，对人类危害巨大。鞭虫的全基因组测序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，发表在世界顶级期刊《Nature Genetics》上。该研究通过对2种不同
Genome－Biol：DNA破裂或会重新调节癌症基因的控制机制
理解介导癌症基因组中广泛DNA损伤的机制一直以来都是癌症研究人员非常感兴趣的研究领域，近日，一项刊登在国际杂志Genome Biology上的研究报告中，来自贝勒医学院等机构的科学家们通过研究发现，基因组结构的变异或许能作为人类癌症中DNA甲基化改变（基因控制的一种形式）的一种特殊机制。 文章
Genome－Biology：普通小麦精细表观组图谱绘制成功
7月15日，Genome Biology期刊在线发表中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所张一婧研究组与南京农业大学张文利研究组等合作完成的研究论文。该工作生成并绘制普通小麦精细的表观组图谱，以此为基础针对性开发整合计算流程对全基因组顺式调控元件进行了系统的挖掘与鉴定，并初步探索
《Genome－Biology》：上海交大参与发表强迫症研究成果
报道： 在2014年3月份的《基因组生物学》(Genome Biology)发表的一项研究中，美国哈佛-麻省理工博德研究所(The Broad Institute of MIT and Harvard)、麻省理工学院、上海交通大学、明尼苏达大学和康奈尔大学等研究结构的研究人员，采用全基因
Genome－Biol：突破！科学家提出“人如其食”的遗传证据
日前，一项刊登在国际杂志Genome Biology上的研究报告中，来自牛津大学的研究人员通过研究发现，有机体的饮食方式能够影响机体基因的DNA序列；文章中研究者通过对两种寄生虫进行研究发现，其机体中DNA序列的差异或许归因于食物的组成成分。 研究者Steven Kelly表示，有机体会利用从
韩敬东课题组研究成果在《Genome－Research》发表
近日，国际基因组研究权威期刊《Genome Research》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所、中科院遗传与发育生物学研究所和清华大学等处的最新研究论文“Single-cell-level spatial gene expression in the embryonic n
Genome－Biology：胰腺癌肝转移的分子特征研究新进展
近日，中国科学院上海营养与健康研究所研究员李虹、李亦学研究组，与上海交通大学附属仁济医院主任医师孙勇伟、研究员薛婧、主任医师王理伟及研究员张志刚团队合作的研究成果，以Integrated genomic and transcriptomic analysis reveals unique cha
赛默飞和Genome－Canada、OICR合作开发癌症NGS检测分析
分析测试百科网讯 近日，赛默飞世尔科技宣布与Genome Canada和安大略癌症研究所 （OICR）开展为期三年、价值600万加元（450万美元）的合作，合作开发针对基于下一代测序的检测和分析软件。 根据协议条款，他们将共同开发三种检测方法，一种用于快速诊断胰腺癌，另一种用于靶向治疗前列腺
《Genome－Research》：DNA成环损伤与HPV相关癌症之间相关联
根据最近一项利用全基因组策略和超级计算机系统的研究表明，异常的HPV“looping(成环)”可在人乳头瘤病毒DNA插入位点引起宿主染色体的特殊损伤。这一研究结果最近发表在国际基因组研究权威刊物《基因组研究》(Genome Research)。 众所周知，某些人类乳头状瘤病毒(HPV)
北京基因组所生命与健康大数据研究获进展
与健康大数据研究成果，包括生命组学数据资源建设成果（D14-20）、实时定量PCR内参基因知识库——ICG（Internal Control Genes；D121-126），甲基化数据库Methbank升级版（D288-295）以及基因组序列变异库——GVM（Genome Variation M
PacBio完成大型基因组测序项目
什么叫PacBio技术应用到大型基因组测序项目中会大打折扣，在哪个环节大打折扣?提出这个问题的读者几乎都是抱有同样的心态，尽管大多数读者都基本认同了，如果为了得到Finishing Genome，那么PacBio无论技术和成本，理论上都是最低的，但即使这样，客观成本还是高的吓人，而假如将就D
最新基因组测序成果盘点
近来，各大杂志上陆续发表了不少重要的基因组测序成果。the scientist杂志对此进行了盘点，以飨读者。 种属：野鸭，绿头鸭(Anas platyrhynchos) 基因组：约13 billion bp 鸭子是几乎所有甲型流感病毒的天然宿主(包括H5N1)。日前，研究人员测
安捷伦科技和Illumina共同推广靶向测序解决方案
新产品将Illumina Genome Analyzer的读长和安捷伦SureSelect平台有效结合，大大简化实验操作流程 2009年4月30日，北京——Illumina公司（NASDAQ：ILMN）和安捷伦科技（NYSE：A）于日前宣布，他们已经启动了一个非排他性的合作市场营销协
Genome－Biol：用于揭示阿尔兹海默氏症早期发病的基因特性
来自伦敦国王学院的科学家近日通过研究发现，一种用于特殊的基因特性或可帮助预测某些疾病的早期发病情况，比如阿尔兹海默氏症，相关研究刊登于国际杂志Genome Biology上。该研究中研究者旨在在65岁的老年个体机体中定义一些和健康老化相关的基因特性，而利用分子特性研究者常常可以进行年龄相关疾病早
Genome－Res：TET2基因突变对血红细胞成熟的影响
在静脉中，干细胞不断成熟并发育成不同的血细胞，这是身体正常工作所必需的。现在，哥本哈根大学和海德堡EMBL的研究人员已经确切地发现了血液中干细胞的特定突变如何阻碍这种成熟过程。（图片来源：Www.pixabay.com） 在一项新的研究中，研究人员展示了当TET2基因被抑制时，小鼠血细胞在分子
Genome－Biology：联合鉴定肺癌筛查与临床预后生物标志物
肺癌是最常见的癌症类型，并且表现出复杂的发病机理和高度异质性，遗传因素是导致肺癌发生的风险之一，但目前其机制尚不清楚，研究发现13q12.12中的SNP rs753955（A> G）与中国人群中的肺癌发生风险高度相关。 2019年5月24日，南京医科大学孙玉洁、沈洪斌，昆明医科大学宋鑫等人在Ge
华人研究组Genome－Bio：无创性血液样品诊断癌症新进展
来自加州大学洛杉矶分校等处的研究人员发表了题为“CancerLocator: non-invasive cancer diagnosis and tissue-of-origin prediction using methylation profiles of cell-free DNA”的文章
Genome－Biology：上海交大解析阿司匹林的抗结直肠癌机制
癌症化学预防指利用天然或合成的化学物质来阻止、逆转、减缓癌症的发生发展过程。虽然阿司匹林的化学预防效果已经被广泛研究，但人们还不完全清楚细胞组分在其中起到的作用，比如长非编码RNA（lncRNA）。lncRNA是长达两百个核苷酸以上的转录本，绝大多数位于细胞核内。 上海交大医学院的研究团队发现
Genome－Biol：RNA测序有助于前列腺癌个性化治疗
根据最近发表在《Genome Biology》的一项研究报道，RNA测序，而不仅仅是DNA测序，能够帮助医生预测前列腺肿瘤如何响应治疗。因为肿瘤的RNA显示了一种治疗方法正在引起的实时变化，作者认为这可能是一种有用的工具，帮助诊断和预测哪种治疗方法将最有利于患者个人。 来自温哥华沿岸卫生研究所
The－scientist：2013年度最热基因组
新的一年即将来临，The scientist杂志盘点了2013年度的高引基因组研究，让我们看看今年又有哪些新解码的基因组受到热捧。 斑马鱼基因组 种属：Zebrafish, Danio rerio 基因组大小：~1.41 billion base pairs 斑马鱼(Da
Nature：首个中国人基因组测序完成
11月6日最新一期《自然》杂志以封面文章形式发表了由深圳华大基因研究院完成的首个中国人基因组序列研究成果（定名“炎黄一号”）。 深圳华大基因研究院院长汪建介绍说，这一长达7页的长篇论文描绘了第一个亚洲人的全基因组图谱，测序数据总量达到1177亿碱基对，基因组平均测序深度达到36倍，有效覆盖率高
The－Scientist：最热门基因组研究
The Scientist杂志是由科学信息研究所(ISI，现为汤姆森路透科技集团)的创始人Eugene Garfield于1986年创办的一份双周刊报纸，后又转变为一本每月出版的杂志，同时伴有每日更新的在线新闻。主要刊登生命科学相关信息，并帮助科学家分析研究的，以协助决策影响他们的工作生活。
llumina高通量测序平台的应用（一）
Illumina公司的新一代测序仪Genome Analyzer最早由Solexa公司研发，利用其ZL核心技术“DNA簇”和“可逆性末端终结（reversible terminator）”，实现自动化样本制备及基因组数百万个碱基大规模平行测序。Illumina公司于2007年花费6亿美金的巨资收购了
华中农大连发两项水稻重要成果
近期，华中农业大学水稻研究团队在水稻基因组研究中接连取得重要进展，相关研究结果接连发表在国际著名学术期刊《PNAS》、《Genome Biology》。 九月十日，张启发教授和练兴明教授作为共同通讯作者，在《PNAS》发表题为“Breeding signatures of rice impro
The－Scientist：最热门基因组研究
The Scientist杂志是由科学信息研究所(ISI，现为汤姆森路透科技集团)的创始人Eugene Garfield于1986年创办的一份双周刊报纸，后又转变为一本每月出版的杂志，同时伴有每日更新的在线新闻。主要刊登生命科学相关信息，并帮助科学家分析研究的，以协助决策影响他们的
The－Scientist：最热门基因组研究
The Scientist杂志是由科学信息研究所(ISI，现为汤姆森路透科技集团)的创始人Eugene Garfield于1986年创办的一份双周刊报纸，后又转变为一本每月出版的杂志，同时伴有每日更新的在线新闻。主要刊登生命科学相关信息，并帮助科学家分析研究的，以协助决策影响他们的工作生活。
在哪里查基因组的大小
基因组大小（size of genome）是指单倍体细胞核中的所含的DNA的总量。在可以进行基因组测序之前，生物学家是用质量来衡量不同生物之间基因组的大小。通常使用的单位为pg（10e-12），这个值简称为C-value。通过简单的换算就可以知道大概的碱基的数量。不过，对于已经测序的基因组，直接数数
BioTechniques：大数据的可视化工具
如今，面对海量的生物数据集，人们往往感到束手无策。然而，这些TB级的数据有望带来新的假说、新的药物靶点，以及对生物系统的更彻底了解。数据可视化在其中扮演着至关重要的作用。在这一期的《BioTechniques》杂志上，Sarah Webb博士探讨了数据可视化的挑战和能力。 大数据是一个美好的概