全基因组测序溯源在三文鱼水产病毒防控的应用

坚守50多天的北京零本地报告新增被打破。人们还来不及享受太多复工复产、神兽回笼、生活的常态化,防疫形式骤然严峻。拎着菜篮子一头雾水,三文鱼、水产会传播冠状病毒吗?病毒究竟从哪里来? 流行病学调查和病毒毒株溯源尤为重要。新冠病毒在传播过程中会发生突变。基因测序能够找出这些突变差异。将病例与已知毒株比对可以帮助确定病毒毒株,追踪病例感染轨迹。此次病例样本全基因组测序结果显示,病毒与欧洲毒株相似。 GISAID数据库hCoV-19病毒进化分析1 正如全面开展的核酸检测,基因测序工具也将进一步转变为抗击疫情的常规武器。针对新冠病毒基因组测序,小贝特别制定从新型冠状病毒核酸提取试剂盒到自动化NGS测序文库制备的高通量基因测序方案,为奋战在一线的你备齐克“敌”利刃。Biomek自动化工作站避免人员接触,保障人员安全,自动化、标准化一系列NGS实验流程,增大每批次测序样本处理通量。纳升级移液工作站Echo,利用声......阅读全文

全基因组测序溯源在三文鱼水产病毒防控的应用

坚守50多天的北京零本地报告新增被打破。人们还来不及享受太多复工复产、神兽回笼、生活的常态化,防疫形式骤然严峻。拎着菜篮子一头雾水,三文鱼、水产会传播冠状病毒吗?病毒究竟从哪里来? 流行病学调查和病毒毒株溯源尤为重要。新冠病毒在传播过程中会发生突变。基因测序能够找出这些突变差异。将病例与已知毒株比对

关于全基因组测序的应用介绍

  全基因组测序的应用:通过生物信息手段,分析不同个体基因组间的结构差异,同时完成SNP及基因组结构注释。 DNA突变可诱发癌症。吸烟过程中所释放的>60种致癌化学物质可与DNA结合并对DNA链上的鸟嘌呤和腺嘌呤进行化学修饰从而产生大的加合物,该加合物改变了DNA双螺旋的结构,如果不被核苷酸剪切修复

OPGEN全基因组图谱应用系列——鞭虫全基因组测序

鞭虫是一种常见的土壤传播寄生虫,地理分布广,感染率高,寄生于人体盲肠,导致人体慢性感染,对人类危害巨大。鞭虫的全基因组测序研究由著名的桑格研究院(Wellcome Trust Sanger Institute)完成,发表在世界顶级期刊《Nature Genetics》上。该研究通过对2种不同

首个基于全基因组测序技术的食源性疾病分子溯源网络

  食源性疾病是全球范围内重要的食品安全问题,早期发现和查明病因是防控食源性疾病的重要保证。随着新一代基因组测序技术的发展,基于全基因组测序(WGS)的分子分型技术在食源性疾病聚集性病例识别和暴发溯源调查中已显示出极大的应用价值和发展潜力,逐渐成为国际研究热点,欧美相关国家已相继开展研究和布局。在国

全基因组测序在临床感染疾病研究中的应用

  感染病分子诊断中,PCR是公认的首选技术。然而全基因组测序(WGS)可能会超越PCR成为首选。在今年举行的欧洲临床微生物学和感染病大会(ECCMID)上,关于该技术的科学研究展示数量迅速增长,正好证明了这一点。  大会上研究人员从多个方面探讨了WGS在临床中的应用,包括帮助预测耐药性,促进流感疫

mosquito--dragonfly在新冠病例全基因组测序中的应用

截止目前,全球新冠确诊病例超200万例,在国内疫情被逐步控制的情况下,国外却呈现愈演愈烈之势,总体情况不容乐观。在这个背景下,世界各国对新冠疫苗和药物研发以及相关的检测试剂盒的开发也在紧锣密鼓的进行中,并取得了初步的成果。 近日,英国政府投资2000万英镑,联合NHS、公共卫生机构、Sanger研究

宁夏构建病原型别新冠突变病毒株技术研究快速鉴别平台

  记者近日从宁夏科技厅获悉,该厅支持自治区疾病预防控制中心牵头实施的“基于新型冠状病毒感染的病毒性肺炎防控机制和关键技术的应用研究”项目,构建了呼吸道病原体多病原快速鉴定平台,已具备4小时内快速鉴定和初步锁定病原型别的新冠突变病毒株(VOC)的能力。  “快速检测能力是疫情防控的基础保障,2020

首个基于全基因组测序技术食源性疾病分子溯源网络建成

  食源性疾病是全球范围内重要的食品安全问题,早期发现和查明病因是防控食源性疾病的重要保证。随着新一代基因组测序技术的发展,基于全基因组测序(WGS)的分子分型技术在食源性疾病聚集性病例识别和暴发溯源调查中已显示出极大的应用价值和发展潜力,逐渐成为国际研究热点,欧美相关国家已相继开展研究和布局。在国

医用冷藏在鼠疫病毒防控的应用

据内蒙古包头市卫健委通报,8月2日,包头市达茂旗石宝镇温都不令村委苏吉新村发生一例肠型鼠疫死亡病例,自治区综合疾控中心发布鼠疫防控Ⅲ级预警,8月6日起进入预警期,持续至2020年底。那么,什么是鼠疫、鼠疫有什么检测方式?下面,美菱生物医疗对这些问题进行梳理,希望对临床诊疗和防控工作有所帮助。 01概

华大智造DNBSEQG99助力入侵中国猴痘病例病毒溯源

目前,在中非和西非以外的多个非流行国家发现了许多猴痘病例,并且频繁发生人传人。世界卫生组织已于7月23日宣布猴痘为国际关注的突发公共卫生事件(PHEIC)。被忽视的人畜共患病猴痘再次成为全球关注的焦点,中国为防止猴痘病毒输入和传播敲响了警钟并于2022年7月1日发布了中国猴痘防治技术指南,实现早发现

Illumina捐款200万,免费发放试剂抗击疫情

  新型冠状病毒(2019-nCoV)导致的肺炎疫情源自武汉,蔓延全国。Illumina因美纳作为全球基因测序的领先品牌,为了全力支持中央及各地政府的疾病防控工作,我们火速开展行动:  调动全球资源,增援疫区防控物资  Illumina因美纳将向湖北红十字会捐赠200万元人民币专项资金,用于新型冠状

全基因组与外显子组测序在临床诊断中的应用

  全基因组或外显子组测序的临床应用,称为临床基因组和外显子测序( Clinical genome and exome sequencing,CGES)。由于该技术检测范围广,可以同时检测2000多个基因的变异,对于临床罕见病、疑难疾病、复杂疾病,特别是孟德尔遗传病的诊断是一种强大而有效的方法。  

关于全基因组测序的测序指标介绍

  一、全基因组测序的测序指标— 深度  测序深度(Sequencing depth)是指测序得到的碱基总量(bp)与基因组大小的比值,它是评价测序量的指标之一。测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系,测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。测序的个体,如果采用的是双末端或Ma

江西省疾控高通量测序技术获突破

  近日,省疾控中心疾检所首次在我省采用高通量测序技术直接从患儿标本中获得病毒全基因组序列,这也意味着我省在不明原因传染病暴发疫情的病原诊断和溯源方面取得重大突破,对于我省传染病防控工作具有重要意义。  据了解,今年5月初,我省宜春市某幼儿园出现以发热、咳嗽为主要症状,并继发肺部感染的聚集性疫情。经

广东陆丰疫情病毒溯源结果:与香港流行毒株高度同源

  广东省汕尾陆丰市8月14日报告发生一起新冠肺炎疫情后,广东开展病毒溯源分析。广东省人民政府22日举办疫情防控新闻发布会。广东省卫生健康委员会主任段宇飞在会上表示,陆丰疫情病毒溯源结果与香港流行毒株高度同源。  段宇飞介绍,陆丰疫情发生后,广东省卫生健康委会同省公安厅、深圳市、汕尾市以及省(市)疾

二氧化氯在空气消毒以及病毒防控中的应用

  二氧化氯是一种广谱、高效的灭菌剂。国外许多的研究结果表明,二氧化氯在极低的浓度(0.1ppm)下,即可杀灭许多诸如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等致病菌。即使在有机物的干扰下,在使用浓度为几十ppm时,也可完全杀灭细菌繁殖体、肝炎病毒、噬菌体和细菌芽孢等所有微生物。  对空气的杀菌 空气中含有大量可以

病虫测报灯在茭白虫害防控中的应用

茭白属于禾本科菰属多年生宿根草本植物,是人们餐桌上美味的一种蔬菜食物,茭白味道鲜美,营养价值高,受到人们群众的喜爱,因此茭白的种植规模也在不断扩大,为了有效防止茭白虫害,同时实现茭白作物的绿色无公害种植,病虫测报灯在茭白虫害防控中得到了重要的应用。病虫测报灯是近年来农业虫害防控中重要的植保设备,它利

基孔肯雅热确诊-3627-例!这些企业重磅布局,检测试剂盒多元解决方案密集上线!

近期,广东佛山本土基孔肯雅热疫情呈现上升趋势,最新通报截至2025年7月24日,佛山市顺德区累计报告基孔肯雅热确诊病例3627例。此外,北京疾控等宣布,偶有基孔肯雅热境外输入病例。世界卫生组织预警:全球119个国家和地区约550万人受到基孔肯雅热威胁!PCR技术作为病毒核酸检测的金标准,在疫情防控中

人类全基因组测序计划

  全基因组测序是对未知基因组序列的物种进行个体的基因组测序。 1986年, Renato Dulbecco是Z早提出人类基因组测序的科学家之一。他认为如果能够知道所有人类基因的序列,对癌症的研究将会很有帮助。美国能源部(DOE)与美国国家卫生研究院(NIH),分别在1986年与1987年加入人类基

全基因组测序的诊断价值

  根据《Nature Genetics》上发表的一项新成果,全基因组测序有望用于临床上的遗传病诊断。这项研究评估了影响全基因组测序在临床诊断中取得成功的因素。  这个国际研究小组由英国的研究人员领导,对156个病例或家庭开展了临床基因组测序。这些病例有着遗传疾病的特征,但无法通过之前的筛查检测来解

打造烈性病毒防控“航母”

  宋冬林穿上正压工作服进行例行巡查。  武汉P4实验室。  细菌还是病毒?这是15年前SARS暴发早期科研团队的争执,SARS的暴发也让分子微生物专业出身的宋冬林在40岁之际面临新的人生选择。  2003年SARS肆虐,国家从战略高度要求武汉病毒研究所承担建设P4实验室的任务。彼时,国内科学家对这

概述冠状病毒的防控措施

  传播途径  据央视新闻消息,上海疫情防控工作发布会介绍:卫生防疫专家强调,目前可以确定的新冠肺炎传播途径主要为直接传播、气溶胶传播和接触传播。直接传播是指患者喷嚏、咳嗽、说话的飞沫,呼出的气体近距离直接吸入导致的感染;气溶胶传播是指飞沫混合在空气中,形成气溶胶,吸入后导致感染;接触传播是指飞沫沉

一次封城时期的新冠毒株测序纪实

  1月26日,湖北省疾控中心成功从一名武汉市本地肺炎患者的肺泡灌洗液样本中分离获得一毒株;随即利用Illumina测序技术展开对毒株全基因组序列测定工作,文库制备、上机测序与数据比对分析一气呵成。这一系列工作为湖北省新冠疫情防控、病毒变异监测奠定了坚实基础。随着更多毒株分离与测序,将为揭示病毒传播

电动孢子捕捉器在茶花病害防控中的应用

茶花是一种耐寒能力比较强的花种,即使在冬天气温很低的时候照样可以开花,但是与其他的植物一样,茶花生长也十分担心受到各种植物病害的侵染。要想长的好,开花多,就必须要采取有效的手段来防治茶花病害。采用电动孢子捕捉器来开展茶花病害孢子监测,可以让茶花病害防控做到“未卜先知”,及时发现病害孢子的存在,及早采

北京为何突然暴发疫情?吴尊友、李兰娟的权威解读来了

  6月15日,北京市公布36例新增新冠肺炎确诊病例,已完成流调34例,均与新发地市场有关;同一天,中国疾控中心宣布已完成北京疫情病例样本病毒全基因组测序和分析,初步结论已上报并正在积极开展病毒溯源。  突如其来的新冠病毒究竟来自何方?科学的病毒溯源为何重要?备受关注的基因组测序,是否已经揭开北京新

我国首次完成寨卡病毒全基因组序列测定

  2月22日,记者从军事医学科学院获悉,该院与广州市第八人民医院、出入境检验检疫系统相关单位密切合作,在获得从委内瑞拉归国患者临床标本后,采用高通量测序技术,于2月21日直接从尿液中获得病毒全基因组序列。  寨卡病毒属黄病毒科,是一种主要由伊蚊传播的虫媒病毒。1947年首次在乌干达寨卡丛林中的恒河

全基因组测序在微生物食品安全风险评估中应用会议召开

  2016年11月10-11日,国家食品安全风险评估中心(以下简称“食品评估中心”)在北京召开了“全基因组测序在微生物食品安全风险评估中的应用国际研讨会”。食品评估中心预测微生物学技术团队外聘专家,爱尔兰都柏林大学食品安全中心主任SéamusFanning教授及其团队成员、食品评估中心主任助理李宁

简述全基因组测序的技术路线

  全基因组测序的技术路线:提取基因组DNA,然后随机打断,电泳回收所需长度的DNA片段(0.2~5Kb),加上接头, 进行DNA簇(Cluster)制备,最后利用Paired-End(Solexa)或者Mate-Pair(SOLiD)的方法对插入片段进行测序。然后对测得的序列组装成Contig,通

关于全基因组测序的内容介绍

  1998年,克莱格·凡特的塞雷拉基因组公司成立,而且宣布将在2001年完成测序工作。随后国际团队也将完成工作的期限提前。2000年6月26日,塞雷拉公司的代表凡特,以及国际合作团队的代表弗朗西斯·柯林斯(Francis Collins),在美国总统柯林顿的陪同下发表演说,宣布人类基因组的概要已经

全基因组测序各步骤工具

全基因组测序(WGS)是下一代测序技术,用于快速,低成本地确定生物体的完整基因组序列。基因组的深度测序对于临床研究的意义重大,解读WGS数据并了解基因组突变在健康和疾病中的重要性是精准医疗的基石。WGS分析流程能分为三大块,数据处理、检测变异和综合分析,具体如下图所示:由于WGS现在已经非常成熟了,