什么是上游引物和下游引物

虽然这个问题很简单,但我怎么发觉挺难回答的......上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物(引物就是单链寡聚核苷酸,基因扩增需要从引物开始),同理,下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。具体示意如下:(上下两条长线代表DNA模板)5'------------------------------------3'(无法控制输入格式啊)3'-----5'<----这个是下游引物5'----3'<--这个是上游引物3'------------------------------------5'我不太明白你的补充问题哈,再解释下:普通的PCR反应(就是用来扩增基因片断的反应),都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的,也就是一对引物。因为DNA有两条链啊,半保留复制方式,细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。当然也有特殊的时候是单引......阅读全文

引物退火温度

一般低4、5度就好了。如果你用软件设计的引物,比如oligo6什么的,它会在tm之外给你一个operate t,就是操作温度,用这个就好了。

引物延伸实验

引物延伸分析用于确定位置和定量特定RNA的5'-端的数量。结束标记的寡核苷酸杂交,RNA和利用中存在的脱氧核苷酸逆转录作为底漆。因此RNA的反转录成cDNA,变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析。cDNA的长度反映了基地之间的标记引物和RNA的5'-端核苷酸的数量,基因产品的数量是针对性的RN

怎样设计引物

一般是通过设计软件,例如oligo6,primer5等,你可以在网上搜一下引物设计软件下载和使用说明,是比较容易的。至于设计引物的一般原则如下:* 序列选取应在基因的保守区段* 避免引物自身或与引物之间形成4个或4个以上连续配对,避免引物自身形成环状发卡结构* 典型的引物18到24个核苷长。引物需要

怎么设计引物

选择引物的一般规则设计和选择引物时有5个要素必需注意。1 引物的3′末端不互补 引物的3′末端一定不能有很大的互补性,因为它们的互补会形成引物二聚体,这就会带来很大的问题,例如合成出非专一的产物,极大地减少所期望产物的得量。有实验表明,3′末端双链的ΔG是0~-2 kcal/mol时,PCR产量几乎

怎样溶解引物?

生工的合成报告单给出了每OD引物稀释为100 μmoL/L(即100 pmol/ul)浓度的加水量,您可以根椐您的实验需要加入适量的无核酸酶的双蒸水(PH>6.0)或TE缓冲液(PH7.5~8.0),开启瓶盖溶解之前最好在3000~4000转/分钟的转速下离心1分钟,防止开盖时引物散失。

如何溶解引物?

干燥后的引物质地非常疏松,开盖前最好离心一下,或管垂直向上在桌面上敲敲,将引物粉末收集到管底。根据计算出的体积加入去离子无菌水或10mM Tris pH7.5缓冲液,室温放置几分钟,振荡助溶,离心将溶液收集到管底。溶解引物用的水一般不要用蒸馏水,因为有些蒸馏水的pH值比较低(pH4-5),引物在这种

随机引物法

此法系可用于从低熔点琼脂糖凝胶中回收 DNA 的放射性标记 ( Feinberg 和 Vogelstein 1983,1984)。本实验来源「分子克隆实验指南第三版」黄培堂等译。实验方法原理此法系可用于从低熔点琼脂糖凝胶中回收 DNA 的放射性标记 ( Feinberg 和 Vogelstein 1

引物延伸实验

实验材料 RNA试剂、试剂盒 T4多核苷酸激酶dATP醋酸钠乙醇EDTARNaseA苯酚氯仿仪器、耗材 恒温培养箱NAP-5柱-70°C冰箱低温离心机实验步骤 1.  依次加入下列试剂,建立用以标记引物的反应混合液(终体积10 μl)(1)2.5 μl  H2O(2)1 μl  10×T4多核苷酸激

引物延伸反应

Primer extension analysis is used to determine the location and quantitate the amount of the 5´-end of specific RNAs. An end-labeled oligonucleotide i

引物延伸实验

            实验材料 RNA 试剂、试剂盒 T4多核苷酸激酶 dATP 醋酸钠 乙醇

引物参数计算

Simple javascript Oligo CalculatorOligo CalculatorEnter Oligo Sequence in BoxLength Melting Temperature (Tm)  °C%GC contentMolecular Weight:  daltons

引物合成详解

  1. 引物是如何合成的?   目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种, 主要都是由ABI/PE 公司生产,而Bioneer自行研制的ZL384并行高通量DNA合成仪,可实现99%的高合成率。无论采用什么机器合成,合成的原理都相同,主要差别在于合成产率的高低,试剂消耗量的不

什么是引物?

引物,是指在核苷酸聚合作用起始时,刺激合成的,一种具有特定核苷酸序列的大分子,与反应物以氢键形式连接,这样的分子称为引物。引物通常是人工合成的两段寡核苷酸序列,一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补,另一个引物与靶区域另一端的另一条DNA模板链互补,其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点,核酸聚合酶

引物如何保存?

拿到手的引物一般已分装为两管。我们建议先溶解其中一管用于实验,另一管干粉保存备用,以备不时之需。干粉状态的引物非常稳定。-20℃可保存2年以上。常见的做法是将引物溶解至10倍的存储度,-20℃长期保存。使用时取出稀释至1倍的工作液。工作液保存于4℃即可。在4℃下引物溶液是比较稳定的,保存一周以上仍可

引物合成详解

  1. 引物是如何合成的?   目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种, 主要都是由ABI/PE 公司生产,而Bioneer自行研制的ZL384并行高通量DNA合成仪,可实现99%的高合成率。无论采用什么机器合成,合成的原理都相同,主要差别在于合成产率的高低,试剂消耗量的不

PCR的引物

   特异性的引物决定了所扩增的DNA片段,引物(primer)本质上是人工合成的小片段寡聚核苷酸片段,一般不超过50个碱基(通常18-25个),它们与所要扩增的DNA片段的正链与负链的末端完全互补。在“退火”时引物结合于DNA模板的起始和终止点,DNA聚合酶结合到这两个位置,开始合成新的DNA链。

如何保存引物?

引物合成后,经过一系列处理和纯化步骤,旋转干燥而成无色或白色絮状干粉。干 粉:运输时常温运输,-20℃可以保存一年。储存液:配好后分装成几管,避免反复冻融,-20℃可以保存半年。工作液:常规使用,4℃保存,也可-20℃保存,但应避免反复冻融。修饰荧光引物:需要避光保存,尽快使用为宜。

如何利用LAMP引物设计平台设计IMSA引物?2

6. 更改ParameterCondition中默认的Normal至AT rich。默认显示Normal说明我们所上传VP1 gene的序列中GC含量位于40%-65%的正常范围内。高于65%属于GC rich;低于40%属于AT rich。7. 再次点击Generate时平台显示有1000或高于1

如何利用LAMP引物设计平台设计IMSA引物?1

IMSA,全称为isothermal multiple-self-matching-initiated amplification,中文名为等温多自配引发扩增。该技术的详细介绍可见本公众号历史文章:“分子诊断万花筒” 开篇——等温多自配引发扩增技术简介。在这里隆地熊为大家介绍一种如何利用LAMP引物

如何利用LAMP引物设计平台设计IMSA引物?3

(3)找到该文档,邮件选择打开方式为记事本,可得引物信息。再次点击文档,另存为Up-LF或Down-LB.txt文件。这里的第16套引物,我们需要它的下游环引物即LB,故名为Down-LB。这样命名的目的是为了防止混淆;      (4)同样打开LAMP引物设计平台(http://primerexp

塔里木河下游再获生态输水

  随着气温回升以及源流阿克苏河流域及塔里木河干流春灌的全面结束,塔里木河大西海子水库近期再次开闸放水,第十四次向塔里木河下游生态输水“解渴”。经过此前的13次生态输水,塔里木河下游生态“脱水”的病情已有明显改善,流域生态环境也得到保护和恢复。

通用引物和随机引物是一个意思吗

不是一回事。随机引物:我们在不知道研究目标任何信息情况下,利用合成好了的任意序列的引物(可以买得到),可能扩增出来的产物条带数目不定;随机引物可能会在全基因组范围内有结合位点。通用引物:一般是指某基因外围保守序列。虽然这个基因可能是序列多变的,(如同功酶),但两侧翼序列则是保守的。利用俩侧翼保守序列

引物需要合成多少OD数?如何计算引物的浓度?

根据实验目的确定。一般PCR扩增,2 OD引物,可以做500-1000次50ul标准PCR反应。如果是做基因拼接或退火后做连接,1 OD就足够了。引物保存在高浓度的状况下比较稳定。一般情况下,我们建议将引物的浓度配制成100pmol/ul,称为保存浓度,而引物的工作浓度一般配制成10-50pmol/

PCR引物设计技巧

自从1985年美国PE—Cetus公司的人类遗传研究室 Mullis等发明了具有划时代意义的聚合酶链反应(PCP0 以来,PCR已经成为了分子生物学领域zui基本也是zui重要的技术手段之-[ I。然而能否找到一对合适的核苷酸片段作为引物,使其有效地扩增模板DNA序列,无疑决定着PCR的成败。现在动

什么是特异引物?

 多数情况下,我们要研究的基因序列都能在数据库中找到现成的序列。如果你要得到某一段序列的话,针对这个序列设计引物就行了。这样得到的引物每一个位置上的碱基都是确定的,这样的引物就叫“特异引物”。特异引物由于碱基是确定的,所以由这个序列所计算出的Tm值以及PCR退火温度都是确定的。一般特异引物的退火温度

引物合成介绍(1)

1.引物是如何合成的?目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种, 主要都是由ABI/PE 公司生产,无论采用什么机器合成,合成的原理都相同,主要差别在于合成产率的高低,试剂消耗量的不同和单个循环用时的多少。申能博彩公司采用的合成仪主要机型为ABI3900高通量合成仪,合成长链主要

引物延伸的概念

中文名称引物延伸英文名称primer extension定  义从与模板(RNA或DNA)结合的引物3′-OH端开始,在核酸聚合酶的作用下,按照碱基配对的原则,逐个连上核苷酸,由5′→3′方向合成与模板互补链的过程。该反应可用于聚合酶链反应、单核苷酸多态性检测等。应用学科生物化学与分子生物学(一级学

引物合成介绍(5)

25.用软件设计的引物为什么不管用?答:引物是否好用,能否扩增出您需要的引物,与是否用软件设计没有太多的关系。引物设计有一定的指导意见,软件就是根据这些要求设计而成。不要迷信软件给您设计的引物,软件中一些参数您可能不明白,弄错了反而麻烦。其实,PCR扩增的成败最关键的是反应模板的制备和反应条件的控制

Primer-Premier-引物设计

Primer Premier4.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计,评估的软件,和Plasmid Premier2.02一起是该公司推出的最新的软件产品。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口(Genetank),引物设计窗口(Primer Design),

探针和引物区别

基因探针,即核酸探针,是一段带有检测标记,且顺序已知的,与目的基因互补的核酸序列(DNA或RNA)。基因探针通过分子杂交与目的基因结合,产生杂交信号,能从浩翰的基因组中把目的基因显示出来。根据杂交原理,作为探针的核酸序列至少必须具备以下两个条件:①应是单链,若为双链,必须先行变性处理。②应带有容易被