空间组学技术“使用指南”来了
空间组学经历了从单细胞转录组到多模态空间组学的爆发式发展，是解析生命现象、探究疾病机制的核心工具。随着技术快速迭代，该领域逐渐显现出技术创新与临床应用之间的明显断层，还面临高额成本、技术稳健性不足等诸多痛点。如何系统理解、科学评价并合理应用空间组学技术，成为亟待解决的问题。 近日，深圳理工大学教授曹罡、科研助理教授吴小凤与华中农业大学副研究员戴金霞团队合作，在《科学进展》上发表综述文章。团队从本质原理出发构建系统性技术框架与科学评价体系，为空间组学从技术爆发走向临床落地提供了“方法学指南”，有望推动生命科学与精准医学领域的技术应用革新。 研究团队跳出传统研究思路，以空间信息编码机制为核心，通过多维度创新设计，为空间组学技术的研究与应用搭建起完整研究体系： 一是原理化分类。文章摒弃了按平台名称、应用场景罗列的传统方式，从“空间信息如何被记录与解析”的本质出发，对空间组学技术进行结构化分类，揭示技术创新的内在逻辑。 二是......阅读全文
空间组学技术“使用指南”来了
空间组学经历了从单细胞转录组到多模态空间组学的爆发式发展，是解析生命现象、探究疾病机制的核心工具。随着技术快速迭代，该领域逐渐显现出技术创新与临床应用之间的明显断层，还面临高额成本、技术稳健性不足等诸多痛点。如何系统理解、科学评价并合理应用空间组学技术，成为亟待解决的问题。 近日，深圳理工大学
空间转录组学研究案例简析
01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1]影响因子：11.878发表时间：2018.06发表期刊：Nat Commun肿瘤内异质性是当今癌症治疗中最大的挑战之一。在这里，研究人员使用空间转录组学（ST）技术研究整个多灶性前列腺癌的全组织基因表达异质性。利用一种新的去卷积方法，分析12个区域的近6
空间组学新技术破解肿瘤细胞早期空间侵袭模式
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516182.shtm近日，上海交通大学医学院分子医学研究院杨朝勇团队和附属仁济医院泌尿科郑军华团队开发了一种空间转录组学测序新技术Decoder-seq，并运用该技术探究了早期肾细胞癌（RCC）两种亚型肿
AFADESI空间代谢组学高级研修班
为做好AFADESI空间代谢组学技术服务工作，由中国科学院高能物理研究所测试中心和中国科学院-香港大学金属组学与健康和环境联合实验室共同承办的“AFADESI空间代谢组学高级研修班”将于2023年4月26日-4月27日在京召开。在这里，我们将竭诚为您提供丰富的前沿应用信息和与专家零距离交流的平台
2018年新技术：空间转录组学技术
——也许不久的将来，定位组织中的基因表达就会成为一种常规技术了。 对于基因表达研究来说，空间一直都是具有挑战性的前沿研究领域。但是随着越来越多的研究人员获得了技术进展，这已经不再是令人望而生畏的领域了。这些方法的多样性和创造性使其成为一个值得关注的技术方向。 空间基因表达对于理解组织中细胞的
前沿：空间转录组学研究案例简析
上一期，我们介绍了空间转录组测序产品，对于它的优势和特点进行了总结。这么一款优秀产品，用起来到底好不好使呢？我们从现有在疾病研究中发表文章略窥一二。 01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1] 影响因子：11.878 发表时间：2018.06 发表期刊：Nat C
前沿：空间转录组学研究案例简析
上一期，我们介绍了空间转录组测序产品，对于它的优势和特点进行了总结。这么一款优秀产品，用起来到底好不好使呢？我们从现有在疾病研究中发表文章略窥一二。 01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1] 影响因子：11.878 发表时间：2018.06 发表期刊：Nat
单细胞和空间组学技术在肝脏领域应用
近期，中国科学院上海营养与健康研究所李虹研究组在《肝脏病学杂志》（Journal of Hepatology）上，发表了题为Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的综述文章。该文章阐述了前沿的单细胞
布鲁克发布全新空间单细胞代谢组学研究策略
摘要 * 创新的无偏原位空间单细胞代谢组学（SSCM）能够以单细胞分辨率实现高通量代谢组织样本表征； * 基于 timsTOF fleX MALDI 的全新 5 μm microGRID 技术可在大视场内提供几乎无伪影的小分子图像； * 创新的 4D-代谢组学可通过 CCS-Predict
高深度空间代谢组学助力肿瘤微环境研究
肿瘤的发展除了与癌细胞自身基因突变导致的恶性增殖有关以外，还与肿瘤微环境息息相关。在癌症中，正常组织中和谐的细胞相互作用关系被破坏，原本保护正常细胞生存的微环境在肿瘤细胞的影响下，逐渐演变成适应肿瘤生长的条件。针对肿瘤微环境的检测和表征研究也可为癌症治疗提供新的思路。目前空间多组学技术已用于研究几种
“空间定位组学”和“4D组学”建起科学研究与疾病治疗的桥梁
分析测试百科网讯 布鲁克一直以MALDI技术闻名全球，并已在成像领域占据领导地位；自去年推出timsTOF Pro创新组学系统后，在深度覆盖和高通量蛋白质组学分析中取得了突破性的进展，并且迅速和国内院校和企业开展了一系列深度的合作。比如timsTOF系列，已和北京大学、清华大学、复旦大学、厦门大
我国学者在空间转录组学测序方面取得进展
图 空间转录组测序技术Decoder-Seq的示意图 在国家自然科学基金项目（批准号：21927806）等资助下，厦门大学杨朝勇教授团队在空间转录组测序技术与应用上取得进展，相关研究成果以“解码测序提高空间转录组测序的转录本捕获效率（Decoder-seq enhances mRNA captur
空间组学与病理辅助识别诊断有了新工具
近日，深圳理工大学教授曹罡团队联合多个团队在《基因组生物学》发表最新成果，推出了一款面向空间组学和分子病理的新型人工智能工具——U-FISH。该工具是首个集成大语言模型交互的FISH和空间组分析工具，在自动化、普适化信号识别及临床辅助诊断方面展现出显著优势。在生命科学和临床诊断领域，荧光原位杂交是广
学者开发PASSAGE加速大规模空间转录组学特征识别
中国科学院广州生物医药与健康研究院与北京大学生物医学前沿创新中心/昌平实验室合作，在国家自然科学基金、国家重点研发计划等项目的资助下，开发面向大规模异质性空间转录组学切片的表征与空间特征解析方法PASSAGE。2月5日，相关成果发表于《微尺度：方法》（Small Methods）。PASSAGE
单细胞和空间组学技术在肝脏领域的应用
近期，中国科学院上海营养与健康研究所李虹研究组在《肝脏病学杂志》（Journal of Hepatology）上，发表了题为Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的综述文章。该文章阐述了前沿的单细胞
大咖云集，共襄单细胞多组学及空间组学线上峰会
2009年，第一篇单细胞mRNA测序的文章的发表，标志着单细胞转录组测序的时代正式来临。2013年，单细胞测序技术被《Nature Methods》评为年度技术。同年，《Science》将单细胞测序列为年度最值得关注的六大领域榜首，认为该技术将改变生物界和医学界的许多领域。 目前，基于单细胞技
大咖云集，共襄单细胞多组学及空间组学线上峰会
2009年，第一篇单细胞mRNA测序的文章的发表，标志着单细胞转录组测序的时代正式来临。2013年，单细胞测序技术被《Nature Methods》评为年度技术。同年，《Science》将单细胞测序列为年度最值得关注的六大领域榜首，认为该技术将改变生物界和医学界的许多领域。 目前，基于单细胞技
肝脏生物学中单细胞和空间组学技术的成果与挑战
近期，中国科学院上海营养与健康研究所李虹研究组在《肝脏病学杂志》（Journal of Hepatology）上，发表了题为Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的综述文章。该文章阐述了前沿的单细胞
动物所建立高通量大视野空间转录组学新技术
在生物医学研究领域，空间转录组学技术已成为揭示细胞组成、空间异质性以及细胞间复杂相互作用的关键工具，对探讨胚胎发育、神经科学及疾病发生机制等至关重要。然而，该技术在实际应用中受限于成本高昂、视野范围有限和数据处理通量不足等技术瓶颈。这些限制在构建三维及多时空全转录组图谱时尤为突出。9月10日，中国科
张锋等人Cell发表空间基因组学最新成果
如果要观察细胞，我们常常需要显微镜。现在，科学家已经开发出一种方法，可通过细胞自身的遗传物质对细胞进行“拍摄”，进而生成独特的可视化图像。虽然当前该方法生成的图像比传统显微镜图像要模糊，但这种方法或许可以帮助科学家们改进癌症治疗，并探索人类神经系统的形成过程等。 在今日发表于Cell杂志的重磅
空间组学研究揭示肾脏结构发育及稳态维持的机制
中国科学院生物物理研究所刘江研究组与中国农业大学柯玉文研究组近期构建了小鼠肾脏的单细胞空间转录组图谱，揭示了细胞通讯在肾脏结构建立与维持过程中的调控作用。相关论文于1月17日发表于《创新》（The Innovation）。肾脏是哺乳动物重要的代谢器官，由肾单位和集合管系统共同组成，在血压调节和尿液生
学者系统总结植物空间代谢组学技术的进展与挑战
广东省农业科学院农业生物基因研究中心研究员晏石娟团队与德国马普分子植物生理研究所教授Alisdair R. Fernie合作，在广东省重点领域研发计划、广州市科技计划等项目的资助下，系统总结了植物空间代谢组学技术的进展与挑战。相关Perspective文章近日发表于《植物杂志》（The Plant
大咖面对面丨金属组学为空间多组学注入元素成像新维度
——专访中国科学院高能物理研究所王萌研究员导语 在生物医学研究领域，“空间组学”如同一把钥匙，正从新的视角揭示生命的奥秘。从基因组、蛋白质组到代谢组，科学家们不断拓展多组学的边界。而中国科学院高能物理研究所王萌研究员及团队，将“空间金属组”作为空间组学的新维度，凭借高灵敏的质谱成像技术，为癌症诊疗
空间蛋白质组学：一种强大的细胞生物学发现工具
真核细胞高度区室化，生物过程被分隔在不同的区室进行。蛋白质功能与亚细胞定位密切相关，不同的区室提供不同的化学环境（例如pH和氧化还原条件）、不同的潜在作用配体或底物。因此，对蛋白质亚细胞定位的严格控制是细胞生理学的重要调控内容。大多数细胞生物学过程涉及蛋白质亚细胞定位的变化，例如转录因子在细胞核-胞
NorthwesternUniversity为空间转录组学创建开源“一站式商店”
纽约——Northwestern University的科学家最近发布了空间转录组学分析资源（SOAR），这是一个在线工具，旨在成为空间转录组学研究的“一站式商店”。 这项平台在本周《科学进展》（Science Advances）发表的一项研究中被介绍。 Northwestern Unive
布鲁克发布timsTOF－fleX™－为空间定位组学配置ESI/MALDI双源
——timsTOF Pro™系统进一步增强用于4D蛋白质组学的MBR-ddaPASEF和diaPASEF性能——timsTOF Pro超高灵敏度的4D蛋白质组学和4D脂质组学性能推进单细胞生物学研究——在ASMS 2019上还发布了用于4D蛋白质组学的新消耗品、软件合作伙伴及软件产品 分析测试百科
空间转录组学开启生命科学基因研究的3D模式
近来单细胞组学研究的发展使生命科学研究步入更加微观的层面。对单个细胞基因功能的了解不仅刷新了我们对组成组织的细胞类型的发现，也让我们对组织中的细胞功能和互作机制有了全新认识。但是，需要将新鲜组织进行单细胞解离，需要足够活性的细胞进行实验，这些要求使得很多研究在一开始就被拒之门外。另外，虽然通过数据还
布鲁克发布多重空间蛋白组学和microGRID成像创新技术
● 靶蛋白快速、大视野的 MALDI HiPLEX-IHC 成像，并把新鲜冷冻或 FFPE 组织切片小分子 MALDI 成像数据叠加，为空间生物学和癌症研究提供了具有说服力的创新性证据； ● 基于 MALDI 定位的 timsTOF fleX 平台，全新 microGRID 技术可在低至 5
Science最新综述－|－空间组学技术概览与展望，详解技术原理与优势
导读 几乎所有看似无限复杂的生物学都发生在三维空间中。在生物体内，细胞必须在三维组织中相互作用和组合，每个细胞的位置与其固有性质一样重要，决定着组织的功能或疾病的功能障碍。因此，即使在研究简单生物体或单个组织的结构时，不仅需要破译成千上万个细胞的分子谱，还需要了解空间环境如何以及造成怎样的影响
布鲁克发布多重空间蛋白组学和microGRID成像创新技术
靶蛋白快速、大视野的 MALDI HiPLEX-IHC 成像，并把新鲜冷冻或 FFPE 组织切片小分子 MALDI 成像数据叠加，为空间生物学和癌症研究提供了具有说服力的创新性证据； 基于 MALDI 定位的 timsTOF fleX 平台，全新 microGRID 技术可在低至 5 µm