水稻泛基因组研究方面取得突破性进展
近日，广东省农业科学院水稻研究所分子育种团队在水稻泛基因组研究方面取得突破性进展。相关研究发表于基因组学研究知名杂志Genome Biology。该论文第一单位为广东省农业科学院水稻研究所，王健博士为第一作者，杨武副研究员为共同第一作者，胡海飞博士和赵均良副研究员为通讯作者，澳大利亚莫道克大学教授李承道、澳大利亚西澳大学教授David Edwards为共同通讯作者。 优异功能基因挖掘是农作物新品种选育的基础。参考基因组为基因挖掘提供统一、高精度的参考框架。然而目前相关研究主要应用单一参考基因组，导致大量遗传变异信息丢失，大量新基因难以鉴定。泛基因组技术是解决此问题的最有效的方法之一。目前线性泛基因组技术无法保存基因组变异的位置信息，严重制约其在基因组变异分析和功能基因挖掘中的应用。 在该研究中，研究人员创新性地提出一种可保留基因组变异坐标信息的线性化泛基因组构建策略，开发出一套完整的泛基因组构建及下游分析流程（PSVCP......阅读全文
水稻泛基因组研究方面取得突破性进展
近日，广东省农业科学院水稻研究所分子育种团队在水稻泛基因组研究方面取得突破性进展。相关研究发表于基因组学研究知名杂志Genome Biology。该论文第一单位为广东省农业科学院水稻研究所，王健博士为第一作者，杨武副研究员为共同第一作者，胡海飞博士和赵均良副研究员为通讯作者，澳大利亚莫道克大学教
超级泛基因组助水稻种质资源遗传变异挖掘利用
水稻泛NLRs家族基因的共线性位点（左）；基于全基因组SNPs的水稻系统发生树（右）。中国农科院供图 近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所与国内多家高校、科研单位合作，组装了251份高质量的水稻基因组，构建了目前植物中群体规模最大、基因组充分注释、稻属中最为系统的超级泛基因组。该图谱
认识泛基因组测序
什么是泛基因组？2005年，Tettelin等人提出了微生物泛基因组概念（pangenome，pan源自希腊语‘παν’，全部的意思），泛基因组即某一物种全部基因的总称。2009 年，Li等人首次采用新全基因组组装方法对多个人类个体基因组进行拼接，发现了个体独有的DNA序列和功能基因，并首次提出了“
基于同源基因簇的水稻泛基因组综合数据库建成
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/4/498300.shtm近日，华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室、湖北洪山实验室教授张建伟课题组联合国内外高校与科研机构在《自然—通讯》与《分子植物》连续发表两篇研究论文。这两项工作以代表亚洲稻群体结构的
人类泛基因组首个草图发布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/5/500424.shtm5月10日，《自然》发表了人类泛基因组参考的初稿，这一集合旨在最终代表整个人类物种中尽可能多的DNA序列。该项研究组合的人群遗传物质来自47个遗传多样化个体，为人类基因组提供了更完整的
我国率先构建野生大豆泛基因组
中国农业科学院作物科学研究所与诺禾致源等合作，在国际上率先构建和分析了一年生野生大豆的泛基因组，为作物种质资源研究和利用提供了新的方法和启示。该研究成果9月14日在线发表于国际著名学术期刊《自然—生物技术》。 项目牵头人、中国农科院作科所研究员邱丽娟介绍，大豆是重要的油料和高蛋白粮饲兼用作物。
全球首个牧草图形泛基因组发布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/3/495404.shtm 3月3日，四川农业大学（以下简称四川农大）草业科技学院教授黄琳凯团队在国际权威学术期刊《自然—遗传学》（Nature Genetics）在线发表了题为《美洲狼尾草泛基因组构建、结构变
《自然》发表首个人类泛基因组草图
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/5/500364.shtm 该研究为当前的人类参考基因组（GRCh38）增加了1.19亿个碱基对（指在DNA双螺旋结构中的两个互补配对的碱基）和1115个基因重复，并由此得到了两个新发现。未来，该计划旨在观
《自然》发表首个人类泛基因组草图
当地时间5月10日，人类泛基因组参考联盟（Human Pangenome Reference Consortium）发表了首个人类泛基因组草图。相关的四篇论文均已发布，其中三篇发布在《自然》（Nature）杂志，一篇发布在《自然-生物技术》（Nature Biotechnology）杂志。
首个棉花泛基因组图谱助力分子育种
近日，华中农业大学棉花遗传改良团队发表了题为“Cotton pan-genome retrieves the lost sequences and genes during domestication and selection”的研究论文，公布了目前为止变异类型最丰富的棉花遗传变异数据集。文章
高质量豌豆参考基因组和泛基因组解析完成
9月22日，中国农业科学院作物科学研究所特色农作物优异种质资源发掘与创新利用创新团队联合国内外多家合作单位，成功绘制了中国豌豆基因组高质量精细物理图谱，构建了栽培和野生豌豆泛基因组，解析了豌豆基因组进化特征、群体遗传结构，为揭示豌豆起源驯化，以及基因挖掘、种质创新、育种改良提供了宝贵资源及数据支撑。
我国科学家首提“人类泛基因组”
人类基因组存在着种群特异甚至个体独有的DNA序列和功能基因 经过不懈研究和攻关，我国科研人员在人类基因组研究中获得新的重大进展――发现人类基因组中存在着种群特异甚至个体独有的DNA序列和功能基因。科研人员还首次提出了“人类泛基因组”的概念。 由深圳华大基因研究院领衔，华南理工大学参与的研
烟草和水稻叶绿体cpDNA基因组成特点
1.基因组由两个反向重复序列（IR）和一个短单拷贝序列（short single copy sequence, SSC）及一个长单拷贝序列（long single copy sequence, LSC）组成；2.IRA和IRB长各10-24Kb，编码相同，方向相反。3.cpDNA启动子和原核生物的相
烟草和水稻cpDNA基因组成及特点
烟草和水稻（Oryza sativa）叶绿体全序列分析表明cpDNA基因组成有以下特点：1.基因组由两个反向重复序列（IR）和一个短单拷贝序列（short single copy sequence, SSC）及一个长单拷贝序列（long single copy sequence, LSC）组成；2.
我国牵头完成高质量豌豆参考基因组和泛基因组解析
9月22日，中国农业科学院作物科学研究所特色农作物优异种质资源发掘与创新利用创新团队联合国内外多家合作单位，成功绘制了中国豌豆基因组高质量精细物理图谱，构建了栽培和野生豌豆泛基因组，解析了豌豆基因组进化特征、群体遗传结构，为揭示豌豆起源驯化，以及基因挖掘、种质创新、育种改良提供了宝贵资源及数据支
泛基因组：赋能未来作物育种的基石
绘图：黄怡可 泛基因组（Pan-genome）是一个物种内所有基因组信息的总和，它比单一参考基因组涵盖了更多的遗传多样性。 近年来，科学家已经获得了多个作物的泛基因组。如何利用这些更为全面的基因组信息培育下一代良
我国完成世界首个番茄超泛基因组构建
4月6日，由新疆农科院加工番茄生物育种创新团队牵头，联合中国农业科学院、新疆大学、新疆农业大学等多家单位，在国际学术期刊《自然·遗传》在线发表了题为《超泛基因组研究揭示野生和栽培番茄物种基因组和结构变异多样性》的科研成果。这是新疆农科院首次以第一单位在《自然·遗传》发表论文。 新疆农科院余庆辉
基因组研究让水稻育种走向精准设计
由中国主导的国际间科研大协作项目“3000份水稻基因组研究”26日结出硕果——北京时间当日凌晨1时，国际顶级学术期刊《自然》正式发表《3010份亚洲栽培稻基因组研究》。该研究针对水稻起源、分类和驯化规律进行了深入探讨，揭示了亚洲栽培稻的起源和群体基因组变异结构，剖析了水稻核心种质资源的基因组遗传
研究揭示水稻基因组“垃圾DNA”的真相
对于动植物的DNA来说，仅有不到5%能够翻译成蛋白质，进行生命活动。而大部分DNA转录成RNA之后，便不再继续翻译，这些非编码RNA一度被认为是转录中的“噪音”“暗物质”， 甚至有人认为这是“垃圾DNA”。 近十年来，随着探索未知的技术的进步，这些所谓“垃圾DNA”的重要性才开始为人们所了解。
研究揭示水稻基因组－“垃圾－DNA”－的真相
对于动植物的 DNA 来说，仅有不到 5% 能够翻译成蛋白质，进行生命活动。而大部分 DNA 转录成 RNA 之后，便不再继续翻译，这些非编码 RNA 一度被认为是转录中的 “噪音”“暗物质”， 甚至有人认为这是 “垃圾 DNA”。 近十年来，随着探索未知的技术的进步，这些所谓 “垃圾 DNA
水稻LEA基因组规模的鉴定与分析
实验概要本实验鉴定了OsLEA基因，将基因定位到水稻染色上，进行了序列对比和基因转变分析，LEA基因的表达分析及启动子基序分析。实验材料基因组及蛋白质序列的来源：分别从TIGR (http://www.tigr.org)和BGI (http://rise.genomics.org.cn/rice
我国科研团队发布水稻完整参考基因组
水稻是重要的粮食作物，其基因组组装对水稻育种意义重大。23日，记者从中国农业科学院深圳农业基因组研究所获悉，该所联合崖州湾实验室、中国水稻研究所、中国农科院作物科学研究所和扬州大学等多个单位发布完整的水稻参考基因组，实现了全基因组所有染色体端粒到端粒无缺口组装，为水稻育种研究提供了新的有力工具和重要
水稻RGA基因组规模的鉴定与分析
实验概要本实验对粳稻蛋白质数据库进行BLASTP，获得所有粳稻的RGA序列，对RGA进行分类，分别统计了各类RGA在不同染色体上的分布情况，对两个亚种间RGA多态性进行了鉴定和开发。实验步骤1. 水稻RGA的搜索搜集已报道的45个R基因，然后用它们对粳稻蛋白质数据库进行BLASTP (参数取E
无缺口组装！水稻完整参考基因组发布
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合海南崖州湾实验室、中国水稻研究所、中国农科院作物科学研究所和扬州大学等多个单位发布完整的水稻参考基因组，实现了全基因组所有染色体端粒到端粒无缺口组装，为水稻育种研究提供了新的有力工具和重要大数据基础。相关研究成果发表在《分子植物》（Molecular
“人类泛基因组项目”将极大促进疾病防治
科技日报北京4月21日电 （记者刘霞）一个国际科学家联盟在20日出版的《自然》杂志上发表论文称，十多家研究机构正在合作开展“人类泛基因组项目”，该项目旨在创建一个囊括全球各人种遗传多样性的参考基因组。研究人员表示，“这是人类遗传学的未来”，有望应用于疾病预防与治疗等多领域。这项工作由美国国家人类基因
首个玉蜀黍属超级泛基因组助力玉米遗传改良
玉蜀黍属超级泛基因组特征 受访者供图8月24日，《基因组生物学》（Genome Biology）在线发表华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室和洪山实验室玉米团队最新研究成果。该团队利用721份玉蜀黍属材料的基因组数据，构建了首个玉蜀黍属“超级泛基因组（super pan-genome）”图
科学家揭示水稻“编码基因集”－有助提升产量
北京时间1月16日，《自然-遗传学》杂志在线发表了中国科学家题为“泛基因组分析揭示栽培稻和野生稻中基因组变异”的研究论文，该研究首次绘制了栽培稻-野生稻的泛基因组图谱，有助于育种家充分利用各类群水稻丰富的遗传变异，进一步提升中国水稻的产量潜力等。 这项研究由中科院分子植物科学卓越创新中心/植物
发现未知！水稻基因变异的秘密被揭晓！
5月28日，全球顶尖学术期刊Cell在线发布了我校国家重点实验室、水稻研究所李仕贵与钦鹏教授团队联合中科院遗传与发育生物学研究所梁承志研究员团队完成的题为“Pan-genome analysis of 33 genetically diverse rice accessions reveals
汉字首登Nature－农科院等完成亚洲栽培稻基因组变异研究
水稻是全世界最重要的粮食作物之一，对水稻全球品种进行基因组研究，对于挖掘有利等位基因和指导基于全基因组信息的分子育种具有重大的理论和实践意义，是关系着国家乃至全球粮食安全的重大战略问题。 2011年9月，全球3000份水稻核心种质资源基因组项目（3K Rice Project）正式启动，该项目
水稻基因组编辑工具盒再添新成员
据中国农科院最新消息，该院植物保护研究所周焕斌课题组、周雪平课题组和四川大学生命科学学院林宏辉课题组合作开发了一系列基于Cas9-NG的各种水稻基因组定点编辑工具，并成功用于水稻单基因敲除、多基因敲除、单碱基编辑（碱基对G·C和A·T的互换）以及靶基因转录激活调控。该成果对于水稻基因功能解析和