中国科学院开发比较群体基因组学新算法
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510371.shtm随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为从基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了前所未有的机遇。但是，目前的分析方法面临着一些技术瓶颈和挑战，其中一个关键问题是如何高效准确地检测作用于非编码区的自然选择效应。另一方面，能够高效、高性能地分析多物种大样本数据也成为方法学方面的迫切要求。中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）陈华团队在多物种联合等位基因频谱理论以及HKA（Hudson-Kreitman- Aguadé）检验的框架上构建了CEGA（Comparative Evolutionary Genomic Analysis）方法。CEGA整合微进化过程与宏观进化过程模型，有效刻画自然选择和群体历史在非编码区形成的遗传多态性“印记”，可高效、准确地检测作用于非编码区上的正向选......阅读全文
国际团队提出一种新量子算法
一个国际研究小组近日在美国《科学进展》杂志上介绍，他们设计了一种新型量子算法，有望推动量子计算在物理、化学等多个领域的应用。 据介绍，在复杂量子系统中存在能量较小的基态，还有能量较高的激发态。过去的量子算法只能对基态问题进行有效且精确求解。针对这个问题，英国布里斯托尔大学、美国微软公司、中国中
新算法可大幅提高图像边界识别效率
美国麻省理工学院的研究人员日前称，他们开发出了一种新的图像分割算法，可将传统分割算法的效率提高上万倍。该研究将有助于改善医疗成像系统的识别精度并实现对特定3D物体的连续跟踪识别。 当我们推开窗户向外张望时，马上就能看到汽车、人行道、行人或者远处高大的建筑。这在计算机领域中被称为视觉识别，对人类
预测小分子抗癌活性有了新算法
记者从中科院昆明动物研究所获悉，该所李功华博士在研究员黄京飞的指导下，开发了一个新的基于分子药效团的小分子比对算法，并成功应用于预测小分子的抗癌活性。近日，该研究发表在顶级计算生物学杂志《生物信息学》上。 据李功华介绍，开发新的抗癌药物是科学界和医学界的热点和难点。直接采用实验的方法筛选抗
昆明动物所等采用新的比较基因组方法定位改良相关基因
经历过长期人工选育的具有独特性状的作物优良品种很可能固定了一些在祖先基因库中以低频状态存在的优质等位基因 (elite allele)。这些优质等位基因贡献了该优良品种的优良农艺性状。在传统的遗传学研究中，科学家使用数量性状位点连锁作图(Quantitative trait loci l
《自然—方法学》发表媲美基因组测序速度的组装算法。
10年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 12月10日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 论文作者、中国农业科学院农业
分析比产生更快？中国“智”造全基因组组装算法
10年前，Illumina基因组测序技术进入市场时，前所未有的庞大数据量淘汰了较早开发的测序分析工具。 历史总是重演。如今，第三代测序技术已经达到低成本群体测序规模的临界点。 12月10日，《自然—方法学》在线发表了第一个能够跟上基因组测序产生速度的组装算法。 论文作者、中国农业科学院农业
基因组研究的“98K”——人工智能算法
每个分子遗传学家都希望找到一个易于使用的程序，可以比较来自不同细胞条件的数据集，识别增强子区域，然后将其分配给目标基因。 如今，柏林马克斯·普朗克分子遗传学研究所的马丁·温格隆（Martin Vingron）领导的研究小组现已开发出一个掌握所有这些内容的程序。 “ DNA非常无聊，因为它在每个
细胞遗传学——比较基因组杂交(CGH)
· Comparative Genomic Hybridization (CGH) CGH is a molecular Cytogenetic method of screening a tumor for genetic changes. The alterations are
榕属叶绿体基因组比较研究获进展
近年来，叶绿体基因组因基因组小、突变率和重组率低的特点，被广泛用于植物系统发育、分子进化、谱系地理学的研究。榕属（Ficus）作为桑科的最大属，且是热带雨林的关键物种，而其系统发育关系仍需进一步研究。榕属物种具有多样的生态型，体现了对不同生境的高度适应性。尽管近年来关于榕属叶绿体基因组的研究有所
PNAS：比较基因组分析揭示熊猫遗传奥秘
中国科学院动物研究所的魏辅文研究员长期从事濒危动物保护生物学研究，是大熊猫和小熊猫保护生态学等领域的权威科学家，2006年有关大熊猫分子生态学的研究成果曾入选了年度美国Discover杂志12大生物科技新闻，去年其研究组还在Science上发文揭示大熊猫维持异常低能量代谢的机制。最新一期的《美国
北京基因组所实现对大样本全基因组数据的群体遗传学分析
计算基因组学旨在发展理论和方法学，对基因组数据进行数据挖掘、提取信息。其中对遗传多态性，如基因频谱、单倍型结构等进行建模，利用群体基因组水平的遗传变异数据来推断群体的历史和变迁是群体遗传学的核心内容。传统的群体遗传学分析方法通常基于小样本数据，所推断的多为相对古老的历史事件，例如，被广泛应用的L
研究揭示冰清绢蝶基因组进化与群体演化历史
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/12/514612.shtm生物进化和地球环境演变之间的关系，特别是生物进化和环境适应的分子生物学机制是地球-生命系统研究领域的核心科学问题。近日，安徽师范大学生命科学学院教授郝家胜课题组与中国科学院南京地质古
新计算机算法可辨别声音环境方向
假如把你蒙住眼睛放在一个陌生房间里，你打个响指听听动静，能否听出房间是什么形状格局?蝙蝠和海豚能用这种回声定位法在环境中辨别方向，有些盲人也能做到这一点。而据物理学家组织网6月18日报道，瑞士联邦理工学院视听通讯实验室(LCAV)科学家设计出一种计算机算法，通过分析来自4个麦克的声音，同样能完成
AI新算法测寿命－或能助人类更长寿
据英国每日邮报报道，一项新的研究表明，利用AI技术可以检测人的细胞年龄，并依此制定出个性化医疗方案，从而帮助人们实现长寿的愿望。 据悉，科学家开发的这种AI算法被称为“Aging.AI”，根据人们的血液样本可以计算出生理年龄，并验证某些生活方式的改变和药物是否能提高人们长寿和健康的几率。目
机器学习新算法加速药物研发进程
据物理学家组织网2月6日报道，加拿大多伦多大学的科研人员最新研制出了一套新的机器学习算法，能生成微小蛋白质分子的3D结构。研究人员指出，新算法有望彻底变革药物的研发进程以及我们对生命的理解。 研发人员之一、多伦多大学的博士生阿里·普勒贾尼解释称，确定蛋白质分子的3D原子结构对于理解它们的工作原
研究提出空间细胞类型组分解析新算法
中国科学院动物研究所翟巍巍/马亮团队在《自然-通讯》（Nature Communications）上，发表了题为SONAR enables cell type deconvolution with spatially weighted Poisson-Gamma model for spatia
空间细胞类型组分解析新算法被提出！
8月7日，中国科学院动物研究所翟巍巍/马亮团队在《自然-通讯》（Nature Communications）上，发表了题为SONAR enables cell type deconvolution with spatially weighted Poisson-Gamma model for s
机器学习算法助力新模型实现羊肉精准溯源
近日，中国农业科学院农产品加工研究所肉品科学与营养工程创新团队将非靶向代谢组学与机器学习方法相结合，成功构建了羊肉产地精准判别模型，为羊肉产地精准溯源提供了新方法。相关研究成果发表于《食品化学X》（Food Chemistry: X）。受肉羊品种和饲养环境影响，羊肉品质具有鲜明的地域特征，因此地理标
AI新算法测寿命－或能助人类更长寿
据英国每日邮报报道，一项新的研究表明，利用AI技术可以检测人的细胞年龄，并依此制定出个性化医疗方案，从而帮助人们实现长寿的愿望。 据悉，科学家开发的这种AI算法被称为“Aging.AI”，根据人们的血液样本可以计算出生理年龄，并验证某些生活方式的改变和药物是否能提高人们长寿和健康的几率。目
药物动力学模拟新算法，将减少新冠药物开发时间
英国《自然》杂志近日在线发表一篇重磅研究。在美国华盛顿大学蛋白质设计研究所所长、2021年生命科学突破奖获得者戴维·贝克的带领下，研究人员创造了一种生产蛋白质药物的强大新方法。利用计算机，他们设计了可以针对体内重要蛋白质（如胰岛素受体，以及病毒的表面蛋白）的小分子结合蛋白。这一进展或有助于开发应对诸
护老新冠疫苗发布！老年群体保护力91.8％
今日，著名医学期刊《柳叶刀》发布了俄罗斯开发的新冠疫苗Sputnik V在3期临床试验中获得的中期结果。基于19866名受试者中积累的78名COVID-19患者的数据，Sputnik V预防COVID-19的效力达到91.6%。进一步分析同时显示，这款疫苗在60岁以上老年人中的防护能力也达到91
美疾控中心发布已完成新冠疫苗接种群体口罩新规
美国疾病控制和预防中心27日发布已完成新冠疫苗接种群体戴口罩的最新指导方案，称这些群体可以在无需戴口罩的情况下进行更多室内室外活动。 根据指导方案，已完成疫苗接种的群体在户外聚会或户外活动时无需戴口罩，除某些人群拥挤的场所外；与其他已完成疫苗接种的群体或与来自另一户家庭未接种疫苗的群体在室内小
Nature发布比较基因组学研究重要发现
来自杜克大学医学院、Brigham妇女医院和哈佛医学院的研究人员，发现了一个机制可以解释：一些遗传突变在一种基因组中会致病，而在另一种基因组中则为良性的原因。 在发表于6月29日《自然》（Nature）杂志上的研究论文中，研究人员比较了成千上万的人类致病突变与大约100个动物物种的相似序列。
新算法为组织发育和疾病研究提供重要支撑
近日，西南华大生命科学研究院科研团队成功开发了推断细胞时空分化轨迹的新算法SpaTrack，该算法可充分整合细胞的转录组和空间信息，构建细胞分化的动态轨迹，为揭示组织发育、器官再生和疾病进展的动态研究提供了有效的方法支持与重要见解。相关成果在线发表于Cell旗下子刊《细胞系统》。空间坐标和取样时间可
我国科学家提出DNA数字存储纠错新算法
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所农业基因组学技术研发与应用创新团队提出DNA数字存储纠错新算法，成功突破了冗余对纠错能力的限制，将大幅提升DNA存储纠错能力。相关研究成果发表在《国家科学评论》（National Science Review）上。 DNA数字存储以其存储密度高、存储寿命
中科院声学所发现新的频率追踪算法
近期，中国科学院声学研究所噪声与振动重点实验室研究员杨军、孙红灵领导的有源降噪团队提出一种新的基于并型陷波器的多频估计算法，该算法复杂度低、估计结果准确，可以有效地追踪多个变化的噪声频率。相关研究成果已在线发表于国际学术期刊《信号处理》。 噪声通常指不需要的声音，它对人类身心均会构成损害。常规
异交植物基因高效定位新算法工具开发成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519329.shtm近日，中国农业科学院蔬菜花卉研究所蔬菜分子设计育种创新团队联合马铃薯遗传育种与栽培创新团队，通过解析异交（异花授粉）植物杂交1代分离群体的遗传特点，开发了一套新算法工具OcBSA，该工
研究团队开发糖结合位点预测精准新算法
6月17日，中国科学院上海药物研究所研究员程曦、文留青等与临港实验室青年研究员王鼎言合作，通过开发基于深度学习模型的糖结合位点预测算法DeepGlycanSite，精准预测了蛋白质结构上的糖类结合位置，有助于解决糖类与蛋白质相互作用的难题。相关研究发表于《自然—通讯》。糖类不仅为生物体提供能量供应和
新AI算法“望舌诊病”成功率达98％
科技日报北京8月15日电 （记者刘霞）“望舌诊病”是最具中医特色的诊断方法之一，已有2000多年历史。在一项最新研究中，该方法获得了人工智能（AI）技术的加持。土耳其和澳大利亚研究人员成功开发出一种新型成像系统，其算法可通过分析患者舌头的颜色，预测他们所患疾病，成功率高达98%。相关论文发表于新一期
新算法突破实现药物靶标亲合力快速精准预测
海南大学药学院教授罗海彬团队联合中山大学药学院副教授李哲团队提出了一种基于组合结构的相对结合自由能 (CS-FEP) 的药物设计新方法，实现小分子药物与生物大分子靶标间的结合自由能（以下简称药物-靶标亲合力）的快速精准预测，取得药物设计关键技术的突破，实现自由能微扰（FEP）在药物设计新方法领域的国