人工智能赋能空间转录组数据的计算与解析研究获进展
细胞在组织和器官内的空间位置，对其发挥特定功能颇为重要。近年来，快速发展的空间转录组（Spatial Transcriptomics）技术能够同时测量生物组织切片空间位点的基因表达和空间位置信息，为研究人员破译组织的空间结构，探讨周围环境对细胞基因表达的影响提供了条件。中国科学院数学与系统科学研究院张世华团队借助人工智能赋能空间转录组数据的计算与解析，取得了重要进展，开发了STA-系列工具。2022年，张世华团队在《自然-通讯》（Nature Communications）上发布了适应于不同空间转录组技术、不同生物组织的生物组织空间亚结构识别的人工智能工具——STAGATE（该工作入选2022年度“中国生物信息学十大进展”）。 随着空间转录组测序数据的持续积累，整合分析不同条件下产生的数据可以提供单个数据无法获取的生物学见解。然而，这些不同来源的数据之间会存在不可避免的批次效应。消除批次效应且保留不同批次之间真实存在的生物......阅读全文
蛋白质组学不能被基因组和转录组取代
基因和蛋白并不存在严格的线性关系ORF并不预示一定存在相应的功能性基因mRNA水平并非与蛋白质的表达水平对应翻译后修饰及同工蛋白质（isforms)等现象在基因水平无从表现
武汉大学JVirol解析病毒转录新机制
来自武汉大学生科院，Lerner研究所(Lerner Research Institute)的研究人员发现水泡性口炎病毒VSV磷酸蛋白的三个磷酸化位点突变之后，会剥夺了功能性N-RNA模板的形成，从而影响病毒的转录复制。这不仅有助于分析磷酸化在磷酸蛋白P3A中所起的作用，而且也能揭示一些传染
空间硬件的电气接地方法解析（一）
一、概述1．方法：为了生产出安全可靠的电气和电子线路，电气接地方法必须遵循一套已被验证的要求和设计方法。正确的接地是电子线路可靠的基础。2．益处：设计和组装电气和电子设备时，采用接地措施可防止人员和线路遭受危险电流和破坏性故障状态的伤害。其优点在于能预防潜在的对精密空间航天器、分系统和元器件的损伤及
空间硬件的电气接地方法解析（二）
4、 单点／多点接地：虽然接地参考平面的建立需要一个单点地，但在实际应用中按此要求进行系统设计存在一定的问题。现代电子系统很少只有一个地平板，为了减少可能的干扰，尽可能同时使用多个地平板。由图2可知，一组接地平板，通过最短路径返回接到系统接地点，在此形成总的系统电位参考，此种系统称为单点接地系统。但
空间硬件的电气接地方法解析（三）
7、搭接：导电诸元互连的整体性是靠电气搭接保证的。搭接是一种使部件或模块间建立电连接从而形成低阻导体的方法。搭接方法应依据MIL－STD－5087B或SSP30245来执行。搭接工艺需要采用专用压板、标准件、螺栓和螺钉附件、垫圈及材料以保证设备在变化的温度条件和腐蚀条件下坚固的搭接。除非是跨接在振动
人工智能加持－基因测序行业打开成长新空间
随着人工智能与基因测序相结合发展，基因测序行业必然迎来更大的发展空间，市场则将保持快速增长。预计到2020年，全球基因测序市场将达到138亿美元，年复合增长率为18.7%。我国有望成为全球第一，人工智能技术的引入正加速这一进程。 我国基因测序发展概况 从上世纪70年代的双脱氧核苷酸末
实质等同性（转录组学）实验
实验材料小麦试剂、试剂盒β-巯基乙醇氯仿异戊醇SSTE 缓冲液仪器、耗材SDS 聚丙烯酰胺凝胶电泳实验步骤3.1 芯片背景我们使用了 19846 个点，包含 9246 个 Unigene 序列的小麦 cDNA 芯片（http://www . cerealsdb. uk. net/index. htm
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物不
单细胞转录组制备仪的功能
fluidigm C1 单细胞自动制备仪用于 mRNA 测序 更完整的流程 -首尾相连的流程对单细胞进行全转录组分析 最高的通量 -每次运行可前所未有的平行处理 96 个单细胞 更容易的操作 -直接从单细胞开始，简化的样本制备，只需 3 小时手工操作时间，没有 片段化和纯化步骤 更节省的成
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物
研究揭示人胚胎发育转录组
原始态（Naïve state）多能性相关研究是近年来干细胞及重编程领域的研究热点和难点，与传统的primed状态相比，Naïve态捕获了体内植入前胚胎发育的阶段，具有更强的可塑性，在早期胚胎发育研究及未来临床应用中具有更广阔的前景。在近10年的研究中，科学家们取得了一系列重要进展，已建立了较为
如何进行转录组数据分析
首先您做的事芯片呢？还是转录组测序呢？ 芯片我不是太了解，可能是封闭系统，目前看对于发现新转录本不是很有利。 若是做转录组测序，首先去除 序列，然后片段重叠。然后将将每一个read 到基因组，取得GO值，功能注释，转录水平评估，功能富集及pathway分析，若对新发现的转录本感兴趣还可以做转录本的功
PNAS：睡眠紊乱改变人类转录组
根据发表在1月20日《美国科学院院刊》(PNAS)上的一项研究，在遵循28小时睡眠-觉醒周期(sleep-wake cycle )的人类志愿者体内按标准昼夜节律周期表达的基因大为减少。那些显示异常表达周期的基因与转录和翻译相关，表明打乱睡眠的常规是造成轮班工作和时差生理效应的一个主要原因。
利用longread生成个人转录组
斯坦福大学医学院的遗传学教授Michael Snyder及其同事利用Pacific Biosciences系统，对三个家庭成员的类淋巴母细胞转录组进行了测序，并将获得的reads与Illumina平台上获得的较短reads进行比较。通过这些转录组，他们开发出一名家庭成员的等位基因特异的全长转录组
如何进行转录组数据分析
芯片我不是太了解，可能是封闭系统，目前看对于发现新转录本不是很有利。若是做转录组测序，首先去除污染序列，然后片段重叠。然后将将每一个read定位到基因组，取得GO值，功能注释，转录水平评估，功能富集及pathway分析，若对新发现的转录本感兴趣还可以做转录本的功能预测及细胞定位。希望有高手来评价--
转录组测序揭示乳腺癌重排
即将在本周《美国科学院院刊》（PNAS）的网络版上发表的一篇论文中，一个国际研究小组介绍了一项利用高通量的转录组测序来发现乳腺癌细胞系中的基因组重排的原理论证研究。美国克莱格凡特研究院（J.Craig Venter Institute）、Lugwig癌症研究所的三个分所、以及纽约斯隆-凯特琳癌症
tBA－转录组数据基础分析
本公司采用自主研发与成熟开源软件相结合的方式构建了专业高效的生物信息分析流程，对您获得的海量RNA-seq序列的质量和多种重要信息进行图形可视化。我们的流程：1. Pretreatment（有效序列Reads提取）l 高通量测序质量评估，获得测序有效读长。l 剔除每条序列中的index序列和
实质等同性（转录组学）实验
实验材料:小麦 试剂、试剂盒:β-巯基乙醇 氯仿
从百万基因组“驶向”人工智能
导读： 7月28日，王俊接受了Nature和Science网站的专访，畅谈了他现在想将自己的一生都贡献给一项新的“研究计划”的原因，他想构建出一个人工智能健康监测系统，来识别人类个体基因组数据、生理性状（表型）和生活方式之间的关系。 王俊（Jun Wang）是中国最著名的科学家之一。自从16
空间构象揭示基因组的奥秘
基因组测序项目为人们提供了丰富的信息，让人们可以解析基因表达的调控序列，研究不同基因序列对疾病的影响。不过除了基因组序列之外，还存在着一个关键元素，即基因组的空间构象。空间构象一直被视为基因表达的重要调控因素，在基因组中调控元件往往并不再目标基因附近，近年来科学家们开始借助新兴技术研究远距离染色
精神疾病转录组分析－Science揭示转录组变化的遗传基础
大多数医学疾病在组织，器官和体液中都有明确的物理特征。但是，精神疾病并不是由这种病理所定义的，它们是由行为所决定的。这就造成了精神障碍如精神分裂症和自闭症的定义特征一直存在争议。 加州大学洛杉矶分校的一项研究通过分析来自患有自闭症，精神分裂症，双相性精神障碍，严重抑郁症或酒精中毒的已故受试者大
福建人工智能计算中心正式上线
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/4/499671.shtm
许瑞明课题组Nature子刊解析Sir3转录沉默新机制
8月11日，Nature structural & Molecular Biology 在线发表了中科院生物物理研究所生物大分子国家重点实验室许瑞明课题组的最新研究成果。该文章题为Nα-acetylated Sir3 stabilizes the conformation of a nu
我国团队首创新算法，让细胞与计算机“对话”
细胞内有数以亿计的碱基、表达程序以及运行策略，而且各不相同。单细胞测序技术可解读单个细胞里的这些信息，但人工干预多、过度依赖人为选定的标记基因使得单细胞测序技术对细胞的注释稳定性较低。可以理解为，同一类细胞用不同的模型解析，结果不同，对一些特殊细胞“公说公有理婆说婆有理”的分析结果往往难以得到广泛认
3D转录组图谱阐释造血干细胞和微环境细胞间的调控网络
血液系统中贮藏着一种具有自我更新、分化成各种血细胞潜能的成体干细胞，称为造血干细胞，它能够维持机体长久造血和组织稳态1。造血干细胞移植是恶性血癌的有效治疗手段，但干细胞来源不足成为限制该治疗广泛应用的瓶颈。因此，造血干细胞的发育，尤其是造血干细胞扩增的研究备受关注。然而，现在的研究主要集中在特定
基因组所发布全转录组关联研究知识库
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心（NGDC）开发的全转录组关联研究知识库正式上线。该研究成果以“TWAS Atlas: a curated knowledgebase of transcriptome-wide association studies”为题在
麻省教授连发两篇Cell解析转录机制
来自麻省大学医学院的研究人员全面分析了一种对于真核细胞转录剪接十分重要的复合物：外显子拼接复合体(exon junction complex，EJC)，并研究了相关RNA互助组，从中发现EJC的作用机制，这对于深入解析转录后剪接具有重要意义。相关成果公布在Cell杂志在线版上。 文章的
北京生科院提出环形RNA全长转录本解析技术
4月12日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长
科研家提出环形RNA全长转录本解析技术
近日，中国科学院北京生命科学研究院赵方庆团队在《自然-实验手册》（Nature Protocols）上，发表了题为Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究论文，建立了环形RNA全长转录本解析
PIL家族转录因子抑制植物分蘖机制获解析
近日，山东省农业科学院水稻研究所研究员谢先芝、中国农业科学院作物科学研究所研究员孙加强和孔秀英等合作，报道了PIL家族转录因子直接与SPLs互作，并在抑制小麦、水稻和拟南芥分蘖/分枝方面发挥重要作用。相关论文在线发表于《新植物学家》。株高、分蘖数、分蘖角等结构是小麦、水稻等作物株型的重要决定因素之一