全球首个跨物种大脑空间转录组基础模型发布
7月11日，由临港实验室牵头，联合上海科学智能研究院、上海交通大学、东京大学国际神经智能研究中心等多家单位，共同发布了全球首个跨物种大脑空间转录组基础模型BrainBeacon。生命科学中的细胞“语言”由DNA、RNA、蛋白质和基因表达等分子“词语”构成。开发基于这种特殊“语言”的人工智能（AI）细胞大模型，不仅可以帮助我们深入解析疾病机制，还能加速药物靶标发现。当前，单细胞转录组大模型已经能够整合数千万细胞数据，实现了跨器官、跨物种的通用细胞表征。空间单细胞转录组技术则进一步突破了单细胞转录组的局限，能够更全面地揭示细胞间互作和微环境调控机制，但目前尚未出现全面的空间转录组基础模型。研究团队此次开发的BrainBeacon，模型训练基于横跨4个物种（人、食蟹猴、狨猴、小鼠）和5种主流空间组学平台的数据，覆盖总面积超过210000平方毫米的全脑空间转录组数据，细胞总数超过1.33亿。模型采用双阶段Transformer架构，分别......阅读全文
Cell：我国科学家在几种小型哺乳动物物种中发现病毒跨物种传播
在一项新的研究中，来自中国复旦大学、龙泉市疾病预防控制中心、武汉市疾病预防控制中心和温州市疾病预防控制中心等研究机构的研究人员探究了毛茸茸的小型病毒载体如何影响病毒的传播和进化。他们报告了669种病毒的鉴定结果，其中包括534种新型病毒，大大扩展了人们对哺乳动物病毒组（mammalian vir
全基因组及转录组测序案例分析
案例：应用全基因组测序和 RNA 测序来描绘常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）的基因图谱 背景：常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）是机体免疫应答反应中不能产生抗体的最主要原因。CVIDs 变异度很高，大概 5% 的病人是由基因改变引起的。 目的：利用 Illumina HiSeq25
祖先基因调控网络机制决定蚂蚁等级
蚂蚁是社会性昆虫，其群体由世代重叠的蚁后、雄蚁和不育工蚁组成的超个体组织系统。近日，中国科学院昆明动物研究所生物多样性基因组学团队在调控蚂蚁等级分化演化机制研究上取得了进展，揭示了蚂蚁这类超个体组织物种存在的生殖等级分化的核心基因调控网络。 此前的研究成果表明，蚁后与工蚁具有相同的基因组，但在
迄今为止最精细的黑猩猩脑图谱发布
1月14日，《中国科学报》从中国科学院自动化研究所（以下简称自动化所）获悉，该研究所脑网络组研究团队联合国内外多个科研机构，发布了迄今为止最精细的黑猩猩脑图谱——黑猩猩脑网络组图谱（Chimpanzee Brainnetome Atlas, ChimpBNA）。为了促进全球科研人员的合作研究，研究团
人转录组测序内参标准物质
通过转录组测序获得人的基因表达谱数据，能进一步挖掘疾病相关的生物标志物，为临床诊断提供依据。目前，由于转录组测序无法溯源，导致不同实验室及测序平台产出的数据可比性和测序结果的准确性面临挑战。 中国计量科学研究院推出的人转录组测序内参标准物质，包含了51个内参基因组成的两套基于比值的RNA内参混
转录组测序流程步骤是哪些
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA和非编码RNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领
转录组的重编写：RNA编辑
基因的功能探索是生命科学研究的永恒主题。近几年以CRISPR-Cas9技术的发展让直接在高等生物体内进行基因的功能研究成为可能。但除了DNA之外， DNA的转录产物--RNA在生命活动中也发挥着极其重要的作用，且与癌症等多种疾病的发生密切相关。因此，对RNA进行功能研究和错误RNA的纠正，成为了
转录组的重编写：RNA编辑
前 言基因的功能探索是生命科学研究的永恒主题。近几年以CRISPR-Cas9技术的发展让直接在高等生物体内进行基因的功能研究成为可能。但除了DNA之外， DNA的转录产物--RNA在生命活动中也发挥着极其重要的作用，且与癌症等多种疾病的发生密切相关。因此，对RNA进行功能研究和错误RNA的纠
illumina测序是转录组测序吗
转录组测序属于测序应用的一种，Illumina测序属于测序技术的一种，两者没有包含于被包含关系，只能说Illumina测序可以做转录组测序。
转录组的重编写：RNA编辑
前 言 基因的功能探索是生命科学研究的永恒主题。近几年以CRISPR-Cas9技术的发展让直接在高等生物体内进行基因的功能研究成为可能。但除了DNA之外， DNA的转录产物--RNA在生命活动中也发挥着极其重要的作用，且与癌症等多种疾病的发生密切相关。因此，对RNA进行功能研究和错误RNA
全新猕猴脑网络组图谱绘成
作为研究人类认知功能机制和模拟人类脑部疾病的理想模型，猕猴在遗传学、生理学和脑结构上与人类高度相似。记者9日从中国科学院自动化研究所获悉，该所科研人员在猕猴脑部空间组织架构研究方面取得重要突破，绘制出全新的猕猴脑网络组图谱。相关研究成果在线发表于《科学通报》杂志。目前，大量脑科学研究将猕猴等非人灵长
我国学者揭示基因在灵长类脑区的空间表达和调控
近日，国际期刊Genome Research在线发表了由中国科学院上海生命科学研究院（营养与健康院）马普计算生物学伙伴研究所Philipp Khaitovich研究组和日本国立自然科学研究所认知基因组学Yasuhiro Go研究组合作发表的论文“Human-specific features o
转录组和蛋白质组有何异同之处
转录组是RNA转录后的全部产物,而转录后的产物经过加工修饰（例如甲基化、拼接、加尾等）后才变成蛋白质.相同之处就是他们的大部分结构相同.不同之处就是一个有加工过程,一个没有.
我国科学家联合发布介观脑图谱系列成果 实现从啮齿类到灵长类大脑的跨越
近日，中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心、华中科技大学苏州脑空间信息研究院、华大生命科学研究院、中国科学技术大学、浙江大学医学院附属第一医院、郑州大学基础医学院、中国科学院遗传与发育生物学研究所、上海脑科学与类脑研究中心等国内科研机构，联合法国、瑞典、英国等多国科学家，借助脑成像、空间转录组和人
人脑类器官有了“跨物种整合”模型－有助探索未知疾病
英国《自然》发表的一项神经科学研究发现，人类干细胞来源的类脑组织能与新生大鼠的大脑整合，还会影响其行为。研究结果或能提高人们构建人类神经精神疾病实际模型的能力。人类干细胞培养的大脑类器官是一种很有潜力的平台，可以模拟人类发育和疾病。然而，体外生长的类器官缺少在真实有机体中存在的各种连接，这会限制类器
中国团队试验26个物种－验证新冠如何跨种传播
新冠病毒（SARS-CoV-2）是导致新冠肺炎（COVID-19）的病原体，此前已有研究提出，SARS-CoV-2可能起源于蝙蝠，除感染人外，还可以感染猫、狗、老虎和水貂等。然而，其跨种传播过程或中间宿主目前尚不清楚。近日，国际学术期刊《细胞发现》（Cell Discovery）在线发表了一项由
单细胞测序技术在肿瘤研究中的发展趋势
单细胞测序技术在肿瘤研究中的发展趋势包括以下几个方面：多组学整合分析不仅局限于对肿瘤细胞的基因组和转录组测序，还将结合表观基因组、蛋白质组、代谢组等多组学数据，更全面地揭示肿瘤细胞的特征和调控机制。更高的分辨率和精度不断改进技术，以检测更微量的核酸物质，更准确地识别低频突变和罕见的细胞亚群，提高对肿
Nat－Commun：通过整合细胞形态学和空间转录组学深度剖析肿瘤生态系统
埃默里大学（Emory University）的胡健团队与得克萨斯大学MD Anderson肿瘤医院的王凌华团队在Nature Communications上发表论文METI: Deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morp
蛋白质组学不能被基因组和转录组取代
基因和蛋白并不存在严格的线性关系ORF并不预示一定存在相应的功能性基因mRNA水平并非与蛋白质的表达水平对应翻译后修饰及同工蛋白质（isforms)等现象在基因水平无从表现
空间组学新技术破解肿瘤细胞早期空间侵袭模式
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516182.shtm近日，上海交通大学医学院分子医学研究院杨朝勇团队和附属仁济医院泌尿科郑军华团队开发了一种空间转录组学测序新技术Decoder-seq，并运用该技术探究了早期肾细胞癌（RCC）两种亚型肿
单细胞测序数据分析的发展趋势是什么？
单细胞测序数据分析的发展趋势包括以下几个方面：多组学整合分析结合单细胞的转录组、基因组、表观基因组、蛋白质组等多组学数据进行综合分析，以更全面地了解细胞的状态和功能。更高的分辨率和精度随着技术的进步，能够检测到更细微的基因表达变化，更准确地识别细胞亚型和细胞状态的差异。时空分析结合空间转录组学技术，
学者开发出基因结构注释“抛光”工具
华南农业大学园艺学院教授夏瑞团队在国家自然科学基金等项目的资助下，开发了一种基于基因共线性进行物种基因组基因结构注释矫正的工具——SynGAP（Synteny-based Gene structure Annotation Polisher）。相关成果近日在线发表于《基因组生物学》（Genome
PNAS：睡眠紊乱改变人类转录组
根据发表在1月20日《美国科学院院刊》(PNAS)上的一项研究，在遵循28小时睡眠-觉醒周期(sleep-wake cycle )的人类志愿者体内按标准昼夜节律周期表达的基因大为减少。那些显示异常表达周期的基因与转录和翻译相关，表明打乱睡眠的常规是造成轮班工作和时差生理效应的一个主要原因。
RNA测序解析白血病转录组
巴塞罗那基因组调控中心Dr. Roderic Guigó领导研究团队，对慢性淋巴细胞白血病进行了转录组分析，获得了CLL相关基因和突变的功能图谱。这项工作发表在Genome Research杂志上。 这一项目是西班牙慢性淋巴细胞白血病基因组联盟的最新成果，该联盟曾鉴定了涉及CLL发展的
如何进行转录组数据分析
芯片我不是太了解，可能是封闭系统，目前看对于发现新转录本不是很有利。若是做转录组测序，首先去除污染序列，然后片段重叠。然后将将每一个read定位到基因组，取得GO值，功能注释，转录水平评估，功能富集及pathway分析，若对新发现的转录本感兴趣还可以做转录本的功能预测及细胞定位。希望有高手来评价--
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物
利用longread生成个人转录组
斯坦福大学医学院的遗传学教授Michael Snyder及其同事利用Pacific Biosciences系统，对三个家庭成员的类淋巴母细胞转录组进行了测序，并将获得的reads与Illumina平台上获得的较短reads进行比较。通过这些转录组，他们开发出一名家庭成员的等位基因特异的全长转录组
单细胞转录组制备仪的功能
fluidigm C1 单细胞自动制备仪用于 mRNA 测序 更完整的流程 -首尾相连的流程对单细胞进行全转录组分析 最高的通量 -每次运行可前所未有的平行处理 96 个单细胞 更容易的操作 -直接从单细胞开始，简化的样本制备，只需 3 小时手工操作时间，没有 片段化和纯化步骤 更节省的成
研究揭示人胚胎发育转录组
原始态（Naïve state）多能性相关研究是近年来干细胞及重编程领域的研究热点和难点，与传统的primed状态相比，Naïve态捕获了体内植入前胚胎发育的阶段，具有更强的可塑性，在早期胚胎发育研究及未来临床应用中具有更广阔的前景。在近10年的研究中，科学家们取得了一系列重要进展，已建立了较为
如何进行转录组数据分析
首先您做的事芯片呢？还是转录组测序呢？ 芯片我不是太了解，可能是封闭系统，目前看对于发现新转录本不是很有利。 若是做转录组测序，首先去除 序列，然后片段重叠。然后将将每一个read 到基因组，取得GO值，功能注释，转录水平评估，功能富集及pathway分析，若对新发现的转录本感兴趣还可以做转录本的功