空间组学与病理辅助识别诊断有了新工具
近日，深圳理工大学教授曹罡团队联合多个团队在《基因组生物学》发表最新成果，推出了一款面向空间组学和分子病理的新型人工智能工具——U-FISH。该工具是首个集成大语言模型交互的FISH和空间组分析工具，在自动化、普适化信号识别及临床辅助诊断方面展现出显著优势。在生命科学和临床诊断领域，荧光原位杂交是广泛应用的重要技术和病理诊断的金标准之一。它能让研究人员在细胞中直接“看到”基因位置，帮助研究人员理解基因表达，也帮助医生识别遗传病和肿瘤的基因异常。然而，由于显微镜图像复杂、背景差异大，以往的分析依赖繁琐的参数调整，既费时又容易出错。这也成了该领域的研究难点之一。为解决这一问题，曹罡团队以建立大规模且覆盖多种空间组学技术的图像数据集为切入点，开展了相关研究。达成初步目标，需要整合海量复杂的图像信息，工作量巨大；同时，还要构建一种合适的信号识别手段，使其既能实现精准识别，又能保证效率。研究团队基于深度学习方法，首次建立了覆盖七种空间组学......阅读全文
空间组学与病理辅助识别诊断有了新工具
近日，深圳理工大学教授曹罡团队联合多个团队在《基因组生物学》发表最新成果，推出了一款面向空间组学和分子病理的新型人工智能工具——U-FISH。该工具是首个集成大语言模型交互的FISH和空间组分析工具，在自动化、普适化信号识别及临床辅助诊断方面展现出显著优势。在生命科学和临床诊断领域，荧光原位杂交是广
学者开发PASSAGE加速大规模空间转录组学特征识别
中国科学院广州生物医药与健康研究院与北京大学生物医学前沿创新中心/昌平实验室合作，在国家自然科学基金、国家重点研发计划等项目的资助下，开发面向大规模异质性空间转录组学切片的表征与空间特征解析方法PASSAGE。2月5日，相关成果发表于《微尺度：方法》（Small Methods）。PASSAGE
联合研究：影像病理组学预测直肠癌新辅助治疗新进展
中科院分子影像重点实验室研究员刘振宇与中山大学第六附属医院、中山大学肿瘤医院、云南省肿瘤医院、北京肿瘤医院合作，开展的多中心“影像病理组学预测直肠癌新辅助治疗效果”的临床研究工作获得重要进展。相关成果近日发表于《外科肿瘤学年刊》。 直肠癌是常见的消化道恶性肿瘤之一。据了解，新辅助治疗后行全肠
空间组学技术“使用指南”来了
空间组学经历了从单细胞转录组到多模态空间组学的爆发式发展，是解析生命现象、探究疾病机制的核心工具。随着技术快速迭代，该领域逐渐显现出技术创新与临床应用之间的明显断层，还面临高额成本、技术稳健性不足等诸多痛点。如何系统理解、科学评价并合理应用空间组学技术，成为亟待解决的问题。 近日，深圳理工大学
空间转录组学研究案例简析
01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1]影响因子：11.878发表时间：2018.06发表期刊：Nat Commun肿瘤内异质性是当今癌症治疗中最大的挑战之一。在这里，研究人员使用空间转录组学（ST）技术研究整个多灶性前列腺癌的全组织基因表达异质性。利用一种新的去卷积方法，分析12个区域的近6
空间组学新技术破解肿瘤细胞早期空间侵袭模式
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516182.shtm近日，上海交通大学医学院分子医学研究院杨朝勇团队和附属仁济医院泌尿科郑军华团队开发了一种空间转录组学测序新技术Decoder-seq，并运用该技术探究了早期肾细胞癌（RCC）两种亚型肿
免疫组化－－病理诊断－（二）
2.6进一步分类不同器官与组织交界处肿瘤由于重叠的特征，在一些组织器官交界处的肿瘤，仅凭组织学基础对肿瘤进行分类很困难。如胃肠道梭形细胞肉瘤是肌肉起源的平滑肌肉瘤，是间质起源的胃肠道间质瘤(GIST)，还是神经起源的神经鞘瘤;同样发生于组织交界处的肿瘤有睾丸胚胎癌与精原细胞癌，两者较难区别，且治疗与
免疫组化病理诊断（二）
2.5对“未分化”恶性肿瘤的分类未分化恶性肿瘤包括癌或肉瘤，在HE切片上由于肿瘤的“未分化”而缺少肿瘤细胞的起源特征不能分类，初步区分组织学类型用非特异性抗体，在其基础上再选用特异性抗体做进一步鉴定。如分化差的癌可显示Vimentin或S-100蛋白，有时淋巴瘤可以表达上皮膜抗原，一些黑色素瘤表现出
免疫组化－－病理诊断－（一）
在临床病理诊断中，免疫组织化学(IHC)是一种很重要的技术和手段，从20个世纪70年代开始，免疫组化技术就应用于病理诊断，对于诊断肿瘤、肿瘤分类、判断预后产生了巨大的影响，同时也扩展了人们对于各种疾病及肿瘤形成过程的认识，提高了病理诊断与研究水平。但是，随着免疫组化的广泛应用，发现免疫组化技术存在一
免疫组化病理诊断（一）
在临床病理诊断中，免疫组织化学(IHC)是一种很重要的技术和手段，从20世纪70年代开始，免疫组化技术就应用于病理诊断，对于诊断肿瘤、肿瘤分类、判断预后产生了巨大的影响，同时也扩展了人们对于各种疾病及肿瘤形成过程的认识，提高了病理诊断与研究水平。但是，随着免疫组化的广泛应用，发现免疫组化技术存在一些
前沿：空间转录组学研究案例简析
上一期，我们介绍了空间转录组测序产品，对于它的优势和特点进行了总结。这么一款优秀产品，用起来到底好不好使呢？我们从现有在疾病研究中发表文章略窥一二。 01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1] 影响因子：11.878 发表时间：2018.06 发表期刊：Nat C
2018年新技术：空间转录组学技术
——也许不久的将来，定位组织中的基因表达就会成为一种常规技术了。 对于基因表达研究来说，空间一直都是具有挑战性的前沿研究领域。但是随着越来越多的研究人员获得了技术进展，这已经不再是令人望而生畏的领域了。这些方法的多样性和创造性使其成为一个值得关注的技术方向。 空间基因表达对于理解组织中细胞的
AFADESI空间代谢组学高级研修班
为做好AFADESI空间代谢组学技术服务工作，由中国科学院高能物理研究所测试中心和中国科学院-香港大学金属组学与健康和环境联合实验室共同承办的“AFADESI空间代谢组学高级研修班”将于2023年4月26日-4月27日在京召开。在这里，我们将竭诚为您提供丰富的前沿应用信息和与专家零距离交流的平台
前沿：空间转录组学研究案例简析
上一期，我们介绍了空间转录组测序产品，对于它的优势和特点进行了总结。这么一款优秀产品，用起来到底好不好使呢？我们从现有在疾病研究中发表文章略窥一二。 01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1] 影响因子：11.878 发表时间：2018.06 发表期刊：Nat
高深度空间代谢组学助力肿瘤微环境研究
肿瘤的发展除了与癌细胞自身基因突变导致的恶性增殖有关以外，还与肿瘤微环境息息相关。在癌症中，正常组织中和谐的细胞相互作用关系被破坏，原本保护正常细胞生存的微环境在肿瘤细胞的影响下，逐渐演变成适应肿瘤生长的条件。针对肿瘤微环境的检测和表征研究也可为癌症治疗提供新的思路。目前空间多组学技术已用于研究几种
单细胞和空间组学技术在肝脏领域应用
近期，中国科学院上海营养与健康研究所李虹研究组在《肝脏病学杂志》（Journal of Hepatology）上，发表了题为Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的综述文章。该文章阐述了前沿的单细胞
布鲁克发布全新空间单细胞代谢组学研究策略
摘要 * 创新的无偏原位空间单细胞代谢组学（SSCM）能够以单细胞分辨率实现高通量代谢组织样本表征； * 基于 timsTOF fleX MALDI 的全新 5 μm microGRID 技术可在大视场内提供几乎无伪影的小分子图像； * 创新的 4D-代谢组学可通过 CCS-Predict
“空间定位组学”和“4D组学”建起科学研究与疾病治疗的桥梁
分析测试百科网讯 布鲁克一直以MALDI技术闻名全球，并已在成像领域占据领导地位；自去年推出timsTOF Pro创新组学系统后，在深度覆盖和高通量蛋白质组学分析中取得了突破性的进展，并且迅速和国内院校和企业开展了一系列深度的合作。比如timsTOF系列，已和北京大学、清华大学、复旦大学、厦门大
我国学者在空间转录组学测序方面取得进展
图 空间转录组测序技术Decoder-Seq的示意图 在国家自然科学基金项目（批准号：21927806）等资助下，厦门大学杨朝勇教授团队在空间转录组测序技术与应用上取得进展，相关研究成果以“解码测序提高空间转录组测序的转录本捕获效率（Decoder-seq enhances mRNA captur
单细胞和空间组学技术在肝脏领域的应用
近期，中国科学院上海营养与健康研究所李虹研究组在《肝脏病学杂志》（Journal of Hepatology）上，发表了题为Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的综述文章。该文章阐述了前沿的单细胞
肝脏生物学中单细胞和空间组学技术的成果与挑战
近期，中国科学院上海营养与健康研究所李虹研究组在《肝脏病学杂志》（Journal of Hepatology）上，发表了题为Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的综述文章。该文章阐述了前沿的单细胞
大咖云集，共襄单细胞多组学及空间组学线上峰会
2009年，第一篇单细胞mRNA测序的文章的发表，标志着单细胞转录组测序的时代正式来临。2013年，单细胞测序技术被《Nature Methods》评为年度技术。同年，《Science》将单细胞测序列为年度最值得关注的六大领域榜首，认为该技术将改变生物界和医学界的许多领域。 目前，基于单细胞技
大咖云集，共襄单细胞多组学及空间组学线上峰会
2009年，第一篇单细胞mRNA测序的文章的发表，标志着单细胞转录组测序的时代正式来临。2013年，单细胞测序技术被《Nature Methods》评为年度技术。同年，《Science》将单细胞测序列为年度最值得关注的六大领域榜首，认为该技术将改变生物界和医学界的许多领域。 目前，基于单细胞技
免疫组化技术在病理诊断中的应用
由于免疫组化具有特异性强、灵敏度高、定位准确等特点，且能将形态研究与功能研究有机地结合在一起，所以，这门新技术已被广泛地应用于生物学和医学研究的许多领域。在病理学研究中，免疫组化技术的作用和意义更为重要。以肿瘤研究为例，在免疫组化技术出现以前，对肿瘤的诊断和分类还局限于细胞水平，而引入免疫组化技术后
应用基因组学的诊断方法－识别严重传染病爆发中的微生物
芝加哥 – 据4月10日发表在《美国医学会杂志》上的一则研究披露；在一项用宏基因组学（对从复杂的微生物样品中提取的DNA进行直接测序）对2011年德国产志贺毒素型大肠杆菌爆发所做的分析中，研究人员成功地对一个疾病爆发菌株的基因组序列进行了重建；这些结果表明用这种方法具有比基于细菌培养的方法更快识
张锋等人Cell发表空间基因组学最新成果
如果要观察细胞，我们常常需要显微镜。现在，科学家已经开发出一种方法，可通过细胞自身的遗传物质对细胞进行“拍摄”，进而生成独特的可视化图像。虽然当前该方法生成的图像比传统显微镜图像要模糊，但这种方法或许可以帮助科学家们改进癌症治疗，并探索人类神经系统的形成过程等。 在今日发表于Cell杂志的重磅
空间组学研究揭示肾脏结构发育及稳态维持的机制
中国科学院生物物理研究所刘江研究组与中国农业大学柯玉文研究组近期构建了小鼠肾脏的单细胞空间转录组图谱，揭示了细胞通讯在肾脏结构建立与维持过程中的调控作用。相关论文于1月17日发表于《创新》（The Innovation）。肾脏是哺乳动物重要的代谢器官，由肾单位和集合管系统共同组成，在血压调节和尿液生
动物所建立高通量大视野空间转录组学新技术
在生物医学研究领域，空间转录组学技术已成为揭示细胞组成、空间异质性以及细胞间复杂相互作用的关键工具，对探讨胚胎发育、神经科学及疾病发生机制等至关重要。然而，该技术在实际应用中受限于成本高昂、视野范围有限和数据处理通量不足等技术瓶颈。这些限制在构建三维及多时空全转录组图谱时尤为突出。9月10日，中国科
学者系统总结植物空间代谢组学技术的进展与挑战
广东省农业科学院农业生物基因研究中心研究员晏石娟团队与德国马普分子植物生理研究所教授Alisdair R. Fernie合作，在广东省重点领域研发计划、广州市科技计划等项目的资助下，系统总结了植物空间代谢组学技术的进展与挑战。相关Perspective文章近日发表于《植物杂志》（The Plant
iScience：利用蛋白质组学构建预测模型识别未知底物
近日，中国科学院大连化学物理研究所生物技术研究部生物分子功能研究组研究员朴海龙团队基于生物信息学方法，揭示了癌症中关键的去泛素化与泛素化分子相互作用网络。 去泛素化与泛素化作用是生命体内至关重要的转录后修饰作用，参与到细胞周期、免疫调控、信号传递等几乎所有的生物学通路过程中。同时，该作用体系对